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Linux基础入门

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Pandas | 数据排序

python 编程算法

函数格式：Series.sort_values(ascending=True, inplace=False)

2022-12-20

6800

R绘图 | 快速入门ggplot2

本次演示我们以R自带的数据集diamonds为例进行绘图，由于数据量比较大我们使用tidyverse随机抽取1000条数据进行演示。

2022-12-20

1.5K0

如何在Rstudio中使用Python？

anaconda https 网络安全 python

Anaconda：https://www.anaconda.com/（此处请留意安装路径）

2022-12-20

2.7K0

单细胞转录组 | 使用SingleR进行细胞亚群自动注释

data label na object ref

上一期我们介绍了如何人工进行亚群注释，本期我们来介绍单细胞转录组数据的自动注释方法：SingleR。

2022-12-20

4.9K1

单细胞转录组 | 细胞亚群人工注释

前几期我们确定了我们想要的cluster，接下来就需要进入标志物识别阶段，此步骤可以帮助我们验证某些类群的身份，推测未知类群的身份，即：细胞亚群注释。

2022-12-20

2.2K0

Pandas | 数据统计

本次我们介绍Pandas数据统计函数，如针对数值类型的统计（获取样本个数、平均值、标准差、极值等）；针对非数值类型的统计（获取每个类型的个数）以及计算相关系数和协方差。

2022-12-20

7740

Pandas | 如何新增数据列？

在数据分析时，原始数据往往不能满足我们的需求，经常需要按照一定条件创建新的数据列或者修改原有数据列，然后进行后续分析。

2022-12-20

2.1K0

Pandas | 数据筛选

本文框架 0. 导入Pandas 1. 数据读取与预处理 2. 使用单个label值筛选数据 3. 使用列表名批量筛选 4. 使用区间进行范围筛选 5. 使用条件表达式筛选 5.1 简单条件表达式 5.2 复杂条件筛选 5.3 定义函数筛选 0. 导入Pandas import pandas as pd 1. 数据读取与预处理 # 数据读取 data = pd.read_csv("./datas/03/Weather_2018.csv") --------------------------------

2022-12-20

1.2K0

Pandas | 数据结构

数据结构 numpy python

上一期介绍了将文件加载到Pandas对象，这个对象就是Pandas的数据结构。本次我们就来系统介绍一下Pandas的数据结构。

2022-12-20

1.6K0

Pandas | 数据读取

本文框架 0.导入Pandas 1.读取csv文件 1.1 查看读取前的csv数据 1.2 读取数据 1.3 初步数据探索 2. 读取txt文件 2.1 查看读取前的txt数据 2.2 读取数据 3. 读取excel文件 0.导入Pandas 我们在使用Pandas时，需要先将其导入，这里我们给它取了一个别名pd。 import pandas as pd 1.读取csv文件 1.1 查看读取前的csv数据文件数据以逗号分隔。 userId,movieId,rating,timestamp 1,1,4.

2022-12-20

1.1K0

单细胞转录组 | 多样本处理与Harmony整合

上期推文单细胞转录组 | 多样本处理与锚定法整合介绍了使用锚定法进行多个样本整合，本期我们来介绍另一个多样本整合的主流方法：Harmony。

2022-12-20

8.3K0

单细胞转录组 | 多样本处理与锚定法整合

data meta min na object

前几期我们介绍了对单个样本进行处理，本次我们介绍如何处理多个样本以及如何对多样本进行整合矫正。

2022-12-20

3.5K1

单细胞转录组 | 细胞聚类分析

聚类算法编程算法

单细胞测序的细胞数目成千上万，在后续分析中需要对其进行注释，但是对每一个细胞都进行注释不现实，因此我们需要对这些细胞进行聚类，这样只需要对聚类生成的cluster进行注释就可以了（聚成一类的细胞大概率是相同的细胞类型）。

2022-12-20

1.4K0

单细胞转录组 | 数据降维

假设一共1000个细胞，每个细胞只有一个基因（基因Ⅰ）的表达，那么这些细胞会分布在以基因Ⅰ为x轴的一维坐标轴上；如果每个细胞有两个基因（基因Ⅰ、基因Ⅱ）表达，那么这些细胞会分布在以基因Ⅰ为x轴（y轴），基因Ⅱ为y轴（x轴）的二维平面上；如果每个细胞有三个基因（基因Ⅰ、基因Ⅱ、基因Ⅲ）表达，以此类推……

2022-12-20

7550

单细胞转录组 | 细胞周期分析

match null object search

细胞周期一般包括G1（DNA合成前期）、S（DNA合成期）、G2（DNA合成后期）以及M（细胞分裂期）。

2022-12-20

2.7K1

BUSCO | 基因组组装完整性评估

BUSCO能利用单拷贝同源基因数据库对基因组序列的完整性进行分析。BUSCO的核心原理是调用hmmsearch将待分析的基因组（转录组序列或蛋白序列）和单拷贝同源基因数据库进行比较，最终得到全基因组（转录组或蛋白序列）对数据库中单拷贝同源基因覆盖的比率。不同物种分类具有不同的单拷贝同源基因数据库，本期以细菌的单拷贝同源基因数据库为例，评估三个株系的沃尔巴克氏菌(Wolbachia)的基因组完整性。

2022-08-18

3.5K0

GeneMarkS | 原核生物基因组预测①

linux download key version 软件

原核生物的基因没有内含子，其基因预测相对真核生物简单。本期将以大肠杆菌基因组为例，讲解如何使用GeneMarks对原核基因组进行预测。

2022-08-18

3.7K0

FastQC | 对测序数据进行质控及质控报告解读

html adapter sequence statistics

本期将演示如何使用FastQC对二代测序数据进行质控以及对质控报告进行全方位的解读。

2022-08-18

4.8K0

Racon | 三代测序数据组装结果优化

数据处理 assembly dump gzip 脚本

三代测序错误率比较高，一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用racon来对三代基因组进行纠错优化。

2022-08-18

2.6K0

Pilon | 利用二代测序数据优化三代测序数据组装结果

三代测序错误率比较高，一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错，此外Pilon还支持对二代测序数据拼接结果进行纠错。

2022-08-18

2.9K0

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