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生信札记

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简明教程 | 用 PPT 做卡通热图 - eFP Graph?!

svg 编程算法数据结构

不少人应该知道，在生物模式，通路，调控机制上，PPT 已然是常规工具之一。类似的，那么画卡通热图，PPT一样靠谱。我们知道，Adobe Illustrator 和 CorelDraw 都是收费的。而很多人并不乐意花钱买，另外就是学习难度也不低。但是呢，PPT 就不一样。只要买的是品牌电脑，尤其是笔记本或者上网本，那么都会自带正版的windows操作系统或者是 Office。换句话说，我们几乎每个人都有正版的 PPT。下述，我用 PPT 给大伙演示，如果做出来可重复使用的优雅的卡通热图。注意，似乎版本 2016 或者更高级的版本才行。

2021-06-07

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Fasta序列文件合并与分割，支持.seq等无头序列

我隐约记得我写过类似主题，但也并不确定。相关功能，我并不写使用说明的冲动，一者是这些功能至少是四五年前就有的，二者是这些功能其实比较简单，但也并不常用。然而，现在我还是决定写一篇。主要动机简单，TBtools “黑转粉” 的人不多。而其中就有一个老铁直接找我聊过。说实话，我还是比较感动。毕竟愿意花时间去认识其他人的人，确实不多。而后来，这位老铁的不少建议，我都是接受的。其中有很多好建议，尽管我都放在todo list。但既然这次的需求简单，我觉得我有必要做个回应。

2021-05-09

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稀有 | GXF Stat 一次统计物种的Gene/mRNA/Exon/Intron/CDS/UTR...信息

近日在鼓捣课题的过程中，遇到了一些数据整理需求。需要快速统计物种的序列特征情况，比如基因，转录本，外显子，内含子，CDS，UTR等。但我们其实都清楚，很多物种的基因结构注释信息比较粗糙，所以前面我写了一个功能GXF Fix，详细见《GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3》。说实话，我觉得这个功能还是比较有用的。

2021-04-14

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贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3

github git 开源

目前基因组测序和组装成本几乎已经到任何一个课题组都可以单独负担的价码，大量物种的基因组序列被测定和释放。与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件等，也可公开下载。

2021-04-13

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windows下直接跑MEME suite？对！任何人都可以。

perl node.js windows python linux

Motif，模式，pattern，如下。我个人理解为：一组具有类似特征的序列。而在分子序列中，那么就是具有类似分子(如碱基或氨基酸）的序列。

2021-04-12

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TBtools | 多图合一至强版教程！进化树+Motifs+结构域+启动子+基因结构+....

bi na structure view 可视化

“Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的主要动机，还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样，四五年过去了。直到现在，我仍然没搞懂，这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间，专门为这个功能写教程。网络上已有的教程，均是用户们自发总结，确实已经讲解得足够清晰明白。多少，我有时看到还是有点感动，毕竟这些事情也可以说是软件开发的一部分。太懒，仍然是我的问题。工作以后，能静下心来写点文字的时间，越来越少。正是假期，我已然预见明天之后便是忙碌的一个月。为此，享受这最后一天。相对系统的总结一份教程，希望能减少一部分用户使用问题，也让一些朋友能够更好的使用工具。

2021-04-05

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插件 | 蛋白序列集合功能注释快速完成 - Quick Protein Anno

数据库 sql 腾讯云测试服务

一般而言，我们会使用BLAST软件，比对到一些数据库，然后整理整理。不过这个过程还是相对较慢。快，估计是所有人都在追求的。要加速这个过程，其实只需要做两个事情：

2021-03-14

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!Help | 我又有一个有趣的想法！

Emmm，最近，说实话，确实是忙。基本没维护 TBtools 用户社群。好在老铁群管以及热心社群成员的无私付出，勉强应付得了林林总总的成员使用问题。

2021-03-03

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