Dechin的专栏

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DechinPhy

使用MindSpore计算旋转矩阵

坐标变换、旋转矩阵,是在线性空间常用的操作,在分子动力学模拟领域有非常广泛的应用。比如在一个体系中切换坐标,或者对整体分子进行旋转平移等。如果直接使用Numpy...

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在VMD上可视化hdf5格式的分子轨迹文件

在处理分子动力学模拟的数据时,不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据,也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的...

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以脚本形式运行python库

这一个条目的意思是,我们可以使用python3 -m这样的指令,在终端的命令行内运行python的一些仓库。比如我们常用的pip,就可以通过python3 -m...

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1. c6--环结构补氢

PDB(Protein Data Bank)是一种最常用于存储蛋白质结构的文件。而我们在研究蛋白质构象时,往往更多的是考虑其骨架,因此在很多pdb文件中直接去掉...

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氨基酸分子结构和原子命名

在前面的一篇文章中,我们讲述了蛋白质的组成结构,一共是20种氨基酸。由这20种氨基酸的排列组合,可以得到一条相应的蛋白质链,而这条蛋白质链经过各种螺旋和折叠,会...

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git添加被.gitignore忽略的文件

在git操作中,有时候为了保障线上分支的简洁性,会在.gitignore文件中屏蔽一些关键词,比如可以加一个*.txt来屏蔽掉项目中所有带txt后缀的文件,还可...

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关闭StackExchange等平台的privacy收集窗口

当我们打开一个StackExchange页面的时候,经常会出现一个很大的privacy收集窗口,而且不管怎么点都关闭不了,比如像下图这样:

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DechinPhy

git clone指定分支

Git是代码版本最常用的管理工具,此前也写过一篇介绍Git的基本使用的博客,而本文介绍一个可能在特定场景下能够用到的功能--直接拉取指定分支的内容。

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Python3获取5000个元素的单字符表

此前考虑过一个问题,有没有办法获取到python里面所有定义好的单字符的表,比如我们获取5000个不一样的单字符,但是常用的chr(number)的方法里面包含...

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DechinPhy

MindSpore尝鲜之爱因斯坦求和

在前面的博客中,我们介绍过关于numpy中的张量网络的一些应用,同时利用相关的张量网络操作,我们可以实现一些分子动力学模拟中的约束算法,如LINCS等。在最新的...

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DechinPhy

将python脚本打包为exe可执行文件

在很多情况下,编程人员是在Linux环境下完成的编程任务,但是更多的使用人员是在Windows环境下的,比方说,在参考链接1的文章中提到:

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DechinPhy

控制Python浮点数输出位数

在Python的一些长效任务中,不可避免的需要向文本文件、二进制文件或者数据库中写入一些数据,或者是在屏幕上输出一些文本,此时如何控制输出数据的长度是需要我们注...

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二次量子化与量子计算化学

二次量子化是量子化学(Quantum Chemistry)/量子计算化学(Quantum Computational Chemistry)中常用的一个模型,可以...

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量子计算基础——量子测量

在上一篇博客中,我们用矩阵的语言介绍了量子计算中基本量子单元——量子比特,与量子门操作的相关概念。通过对量子态的各种操作,相当于传统计算机中对经典比特的操作,就...

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DechinPhy

量子计算基础——矩阵语言

量子计算作为一种新的计算框架,采用了以超导、离子阱等物理体系的新语言来描述我们传统中所理解的矩阵运算。不同于传统计算机中的比特(经典比特)表示方法,量子计算的基...

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DechinPhy

Python3通过字符串访问与修改局部变量

在Python中定义一个函数时,就会把变量空间划分为全局变量(global)与局部变量(local),如果是定义在一个类的成员函数中,那么就还有额外的成员变量(...

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DechinPhy

为R Markdown配置TinyTex编译环境

在前面一篇博客中,我们介绍了一些关于在Windows系统上安装R Studio来编写R Markdown,最后编译成Beamer的演示文档的过程。而在Windo...

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DechinPhy

通过R Studio用Markdown写Beamer

在写一些学术演示文档时,经常有可能用到Beamer——一种Latex的学术风PPT模板,比如下图所示的这种:

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Python中将字典转为成员变量

当我们在Python中写一个class时,如果有一部分的成员变量需要用一个字典来命名和赋值,此时应该如何操作呢?这个场景最常见于从一个文件(比如json、npz...

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DechinPhy

MindSpore尝鲜之Vmap功能

Vmap是一种在python里面经常提到的向量化运算的功能,比如之前大家常用的就是numba和jax中的向量化运算的接口。虽然numpy中也使用到了向量化的运算...

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