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读文献07-黑色素瘤与T细胞亚型细胞互作
https
网络安全
数据库
sql
同纯生信挖掘找到与黑色素瘤预后相关的T细胞亚型及肿瘤激活相关基因集，为哈医大Li Xia 实验室出品。也是完全依靠public data。
北野茶缸子
2022-12-10
469
0
读文献06-纯生信挖掘找到与黑色素瘤预后相关的T细胞亚型及肿瘤激活相关基因集
https
网络安全
windows
In this study, we utilized scRNA-seq profiles of CD8+ T cells in melanoma to derive a cluster of tumor-reactive T cells, and further developed a tumor-reactive signature (TRS) to indicate the tumor reactivity of tumor samples. We validated the ability of distinguishing tumor-reactive cells or cell groups of the TRS in multiple cohorts. Furthermore, we demonstrated significant correlation of the TRS with clinical outcomes and response to immunotherapy of melanoma patients
北野茶缸子
2022-12-10
389
0
读文献05-肿瘤与非肿瘤相关巨噬细胞差异
cell
expression
image
marker
signature
bulk 结果显示，差异基因富集到M2,M1 型巨噬细胞相关通路：M2-like and M1-like macrophage gene profiles, respectively32 (figure 1D and online supplementary table S2). Transcripts associated with M2 protumor functions, such as angiogenesis (vascular endothelial growth factor signaling), metalloprotease activity, fibrosis and cancer metastasis, were expressed at higher levels in TAMs compared with NTAMs
北野茶缸子
2022-12-10
458
0
读文献04-空转揭示结直肠癌fibro和巨噬两亚群互作
数据结构
http
https
网络安全
5名非转移性肠癌患者（olonic adenocarcinoma (COAD), n = 2; rectal adenocarcinoma (READ), n = 3）：手术获取肿瘤样本和邻近正常组织，经质控后获得54103个细胞的单细胞转录组测序数据用于后续分析。
北野茶缸子
2022-12-10
517
0
读文献2-肝癌预后相关CD8+亚型
cell
decode
image
similarity
viewer
收集3,817 CD45+ immune cells GEO Accession viewer (nih.gov)[2]
北野茶缸子
2022-12-10
298
0
读文献02-denosumab单抗通过作用耗竭T细胞用于大骨细胞瘤治疗
analysis
cell
image
marker
sample
对接受DMAB 治疗前后的的病人的大骨细胞瘤进行单细胞测序（giant cell tumor of bone），最终包括The merged dataset included 13,857 cells and 20,438 。
北野茶缸子
2022-12-10
301
0
linux32-浪漫的linux命令（二）
linux
Date : [[2022-07-21_Thu]] 微信公众号 : 北野茶缸子 Tags : #linux/index/01 #linux/linux工具使用 前言 接着[[31-浪漫的linux命令（一）]] 来。 6. 黑白照片 使用asciiview 指令： shiyanlou:~/ $ sudo apt update shiyanlou:~/ $ sudo apt install -y aview imagemagick # 下载照片 shiyanlou:~/ $ wget https://l
北野茶缸子
2022-12-10
666
0
linux32-浪漫的linux命令（一）
linux
ps：许多软件conda 和pip 也有对应的支持，不一定需要用sudo 权限才能下载。比如cowsay，可以自行搜索一下。
北野茶缸子
2022-12-10
787
0
linux30-文件压缩与解压缩命令
打包
文件存储
编程算法
linux
windows
由于换行符（为不可见字符），在 Windows 为 CR+LF（Carriage-Return+Line-Feed：回车加换行），而在 Linux/Unix 上为 LF（换行）。因此在linux 编辑的文本，在windows 显示会是没有换行的。
北野茶缸子
2022-12-10
2.5K
0
linux29-将ipynb转为md
markdown
linux
jupyter notebook
开源
ide
在[[133-R工具指南24-vscode在ipynb中使用R远程开发]] ，我们通过ipynb 这一文本来进行开发。此外，python 也是该文件常用的格式。
北野茶缸子
2022-12-10
1.1K
0
linux28-利剑出鞘之好用的linux软件（一）
linux
高颜值的目录显示工具，https://github.com/Peltoche/lsd, 直接下载安装。
北野茶缸子
2022-12-10
704
0
linux27-xargs给其他命令传参
bash
这时候我们就可以使用xargs 命令了。它的作用是将管道或标准输入的数据转换成小块分段传递给其他命令。
北野茶缸子
2022-12-10
751
0
linux26-命令除错不完全指南
shell
编程算法
bash 指令
bash
linux
Date : [[2022-02-10_Thu]] 微信公众号 : 北野茶缸子 Tags : #linux/index/01 #linux/linux编程 参考： Bash 脚本中的错误处理 | 《
北野茶缸子
2022-12-10
874
0
linux25-利用crontab定时清空回收站，并发送提示邮件
bash 指令
bash
linux
我们可以用它来为[[24-DIY一个linux的回收站及好用的alias]] 中创立的回收站增加每周清空垃圾的功能。
北野茶缸子
2022-12-10
1.4K
0
133-R工具指南24-vscode在ipynb中使用R远程开发
kernel
开源
jupyter notebook
https
ide
虽然在[[117-R工具指南23-利用vscode进行R的远程开发，并打通conda环境]] 中，可以通过vscode 选择特定的环境使用R。
北野茶缸子
2022-12-10
1.2K
0
132-R茶话会24-用mailR发邮件
github
git
开源
https
网络安全
涉及到密码的操作，在[[70-R茶话会15-你的编程菜鸟路上缺失的一课]]，我们就提过，最好通过设置环境变量来访问他们：
北野茶缸子
2022-12-10
298
0
互联网游荡杂志（第22期）-李小龙的手记教会了我什么
github
git
开源
html
https
1、Bruce Lee’s Never-Before-Seen Writings on Willpower, Emotion, Reason, Memory, Imagination, and Confidence – The Marginalian[1]
北野茶缸子
2022-12-10
472
0
互联网游荡杂志（第21期）-哈佛刘小乐的生信课程被整理成了一本书
cell
com
data
io
tar
1、Introduction to Bioinformatics and Computational Biology (liulab-dfci.github.io)
北野茶缸子
2022-12-10
406
0
互联网游荡杂志（第20期）-FDA认可的somatic突变数据库
数据库
sql
github
https
git
1、OncoKB™ - MSK's Precision Oncology Knowledge Base[1]
北野茶缸子
2022-12-10
370
0
好物分享42-用Rclone挂载onedrive到服务器
linux
https
网络安全
网站
在[[31-教你用教育或开发者账户白嫖onedrive做你的同步盘]]，我们使用白嫖的onedrive 做了win 和mac 的同步盘。
北野茶缸子
2022-12-10
1.2K
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