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青青青山的学习笔记

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单细胞转录组之使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析

细胞通讯分析可以提供细胞亚群互调控的信息，细胞间的调控主要是通过受体配体结合来实现信号传递的。

2022-07-13

3.6K1

单细胞转录组之拟时序分析

bioinformatics tree

详见此链接：https://www.jianshu.com/p/34c23dbd9dc1

2022-07-09

2.5K0

单细胞转录组之拷贝数变异分析

拷贝数变异(Copy number variation, CNV)：基因组发生重排而导致的,一般指长度1 kb 以上的基因组片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的重复或者缺失。因此称为“微”缺失或重复变异。

2022-07-07

2.7K0

基因集富集分析(GSEA)及其可视化

基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一种计算方法，用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表达。

2022-07-04

3.6K0

seurat单细胞数据处理小技巧

go html bioinformatics find resolution

当有几类亚群同属于某类细胞时，比如CD4+ T细胞和CD8+ T细胞均属于T细胞，想要将他们合并在一起时，可以使用此代码。

2022-06-30

6.3K0

单细胞转录组之Seurat包全流程-数据过滤、降维分群及可视化

对于之前从CellRanger得到的比对结果，读取sample/outs/filtered_feature_bc_matrix文件夹下的三个文件：barcodes.tsv（1列，为barcode名）；genes.tsv（2列，第1列为ENS编号，第2列为基因名）；matrix.mtx（3列，第1列为基因编号，第2列为细胞编号，第3列为对应的reads数）

2022-06-16

10K0

ELISA简介及基于夹心法的PK方法学开发实例

医疗生物基因

ELISA(酶联免疫吸附反应)指将可溶性的抗原或抗体吸附到聚苯乙烯等固相载体上，进行免疫反应的定性和定量方法。

2022-05-16

1.3K0

单细胞转录组之从fastq到counts

进入NCBI SRA数据库，输入GSE编号，选择要下载的数据，下载Accession List，至rawdata文件夹.

2022-05-12

2.4K0

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