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空间转录组数据分析

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2023年献别礼------科服vs临检（肿瘤报告的解读）

人类基因组变异协会（HGVS）的主要职责是发现和分类包括人群分布与表型相关联的人类基因组变异，并根据方法学与信息学的发展对数据及相关的临床变异进行更新。目前行业中普遍应用HGVS规则对变异进行命名，统一的命名规则方便了各种各样的交流和解读。

2023-12-31

1330

NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总

dbSNP是由NCBI提供的，在这个数据库，可以查看是否有人已经发现了你的变体。dbSNP不仅包含SNPs(单核苷酸多态性)，还有很多其他的变异，如短删除、插入和多核苷酸多态性。dbSNP中的数据有两种主要类型：由用户提交，可以通过“提交的SNP”(ss)标识符来识别；由多个提交的数据和来自其他来源的数据组合而成的数据，可以通过“reference SNP” (rs)标识符识别。

2023-12-28

2950

GATK的人类宿主的微生物检测流程PathSeq和在空转上的运用

Download the latest RefSeq accession catalog RefSeq-releaseXX.catalog.gz, where XX is the latest RefSeq release number, at: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/release-catalog/ Download NCBI taxonomy data files dump (no need to extract the archive): ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz Assuming these files are now in your current working directory, build the taxonomy file using PathSeqBuildReferenceTaxonomy:

2023-12-27

3120

粉丝答疑之贝叶斯公式

2023-12-18

1120

肿瘤突变负荷（TMB）及计算方法

TMB的 cut-off值目前暂时没有一个统一的标准，业内公认的几个cut-off值为10，12，16。

2023-12-14

2750

空转第三节课多样本整合的补充2（python版本）

Visium slide serial number. Refer to the Slide Parameters for information on supported slide versions. Required unless --unknown-slide is passed.

2023-10-03

4922

空转第三节课多样本整合的补充

在空间第三节课，空转多样本整合及去批次，涉及到的CCA和harmony的去批次效果，这篇文章我们来判断一下。

2023-09-26

1420

细胞注释之marker列表

最近一段时间更新的少，是因为自己搜集经典marker的工作接近尾声了，所以花了比较长的时间整理和总结，我自己拿了几个数据测试了一下，基本上效果不错，用搜集到的marker配合clustermole的自动化分析，基本都能定义出该有的细胞类型。

2023-08-30

5573

10X空间转录组通讯信号流的运用（COMMOT）

配体和受体通常在有限的空间范围内与多种复合物相互作用。考虑到这一点，作者提出了具有三个重要特征的collective optimal transport：首先，the use of non-probability mass distributions to control the marginals of the transport plan to maintain comparability between species(需要一点数学背景知识);其次，对CCC实施空间距离约束，以避免连接空间上相距较远的细胞;最后，将多种配体分布结合到多中受体分布以解释多种相互作用。

2023-07-22

3911

空间转录组共定位展示分析图

2023-07-21

3780

空间转录组细胞类型和配受体的空间定位图

人生之路曲折盘恒、错综复杂，看似一条路的终点其实也是另一条路的起点。人生没有永远的高居临下，也没有永远的低谷失意，一路走下去才是人生的本意。其实无论发生任何事，都是教我们如何做人，低调前行是最为稳妥的做法，平凡就很好。

2023-07-21

3910

空间细胞类型密度分布图

2023-07-19

3110

Nat Genetics|单细胞、单核、VDJ、空间构建肺全图谱和免疫生态位

肺脏除了拥有气体交换功能外，还具有重要的屏障功能，对人体健康至关重要。肺脏功能异常可引起肺部疾病。目前，肺部疾病在全球死亡原因中排名第三，全面了解界定肺功能的细胞和微环境对于治疗肺部疾病十分重要。

2023-07-10

3090

空间转录组数据分析之近邻热图绘制

2023-07-05

2430

单细胞和空间测序确定了牛皮癣中角质形成细胞和成纤维细胞放大炎症反应的过程

这里我们需要注意一点的就是批次，大家看到图中PP样本明显有单独的细胞群，当然了，也有一些三组混合的细胞群，这种分析就要考验我们对批次的认识，通常有混合的细胞群就代表了批次的矫正适度,这个时候千万不可过矫正丧失生物学差异。

2023-07-04

2980

从空间聚类的角度看结直肠癌肝转移的细胞异质性

结直肠癌(CRC)是一种恶性肿瘤，其中部分CRC存在转移性，尤其是肝转移，这也是预后较差的一个指标。转移过程涉及多个步骤，包括癌细胞从原发肿瘤部位逃逸、在血流中存活、在远处部位播散，最终生长为转移性肿瘤。癌细胞和基质细胞之间的交流在促进转移扩散中起着至关重要的作用。这种交流通过分泌细胞因子、生长因子和蛋白酶来重塑肿瘤微环境(TME)。TME是一种复杂的细胞组成，包括不同群体的成纤维细胞和免疫细胞，所有这些细胞在癌症逃避、转移和对治疗的反应中发挥重要作用。所以时空组学的研究就在于发现两种肿瘤之间的区别。

2023-06-28

3141

针对高维数据（10X单细胞空间）的共表达网络分析（hdWGCNA）

生物系统是非常复杂的，在不同分子、细胞、器官和有机体之间严格调节的相互作用的基础上，被组织成一个多尺度的功能单元层次。虽然实验方法能够在数百万个细胞中进行转录组范围的测量，但流行的生物信息学工具不支持系统级分析。

2023-06-20

6970

关于空转数据聚类的一点思考

2023-06-14

3470

如何利用数据库的单细胞数据分析自有的空间转录组

今天我们来聊一个话题，那就是借助现有的单细胞数据辅助研究我们自有的空间转录组数据，尤其在没有匹配的单细胞数据的情况下。文章在Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity by emergent cellular ecosystems，2023.6.2发表于Science Immunology,IF 30.63，样本类型：健康的皮肤和银屑病。其中在研究的过程就是借助了其他人的单细胞数据辅助研究自己的空间转录组数据，思路值得借鉴。

2023-06-09

4250

10X单细胞空间数据分析之富集篇

一个不算正式的引言：目前来说，基于基因集进行分析已经开发出来了很多成体系的R包或者流程，理解来看，基因集评分其实就是自定义一个评分，然后来衡量目标基因集在某组织的表达情况，进而来推断其功能富集情况，所以说，这个给了我们以提示，算法是一定的，但是参考基因集可以是不同的，比如说铁死亡、铜死亡、细胞衰老等等

2023-06-03

9580

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