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小汪Waud
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使用Microeco绘制微生物共现网络并指定节点颜色
基础
数据
网络
插件
对象
基于微生物组数据绘制Co-occurence network的方法网上已有非常多的教程，但在试过多种方法以后，我发现还是R包 microeco最简单，再加上Gephi进行美化一般能做出可用于发表的图。
小汪Waud
2024-04-11
156
0
向大语言模型提问时的神奇咒语和指导性原则
模型
编程
测试
脚本
解决方案
在课程中，李宏毅老师讲到不训练模型也能强化语言模型（精读和准度）的方法，第一点就是使用“神奇咒语”，通过多加一句指令，让模型得到的结果大不同。如下图中，使用GPT早期的版本，通过添加右侧框中的咒语，比直接使用效果好很多。
小汪Waud
2024-03-18
140
0
AI 实现全自动的生物学研究还有多远呢？
自动化
https
chatgpt
com
设计
独立查阅资料、设计实验、自动化执行验证，根据现有文章进行讨论并完成写作，AI 实现全自动的生物学研究还有多远呢？
小汪Waud
2023-12-26
89
0
科研术语扫盲：UNCORRECTED PROOF
网站
http
https
表格
论文
有的 PLOS PATHOGENS 的文章我们能够看到大大的 UNCORRECTED PROOF，这是什么意思呢？
小汪Waud
2023-12-04
172
0
Data to Viz：饼图的问题
data
plot
可视化
数据
图表
饼图是一个分为多个扇区的圆，每个扇区代表整体的一部分。它通常用于显示百分比，其中扇区之和等于 100%。
小汪Waud
2023-11-27
141
0
适用于QIIME2的UNITE 9.0分类器及训练方法
数据库
reference
后台
内存
数据
在使用 QIIME2 分析 ITS 数据时，需要注释降噪得到的代表序列，而注释需要输入所参考的数据库。
小汪Waud
2023-11-17
388
5
科研术语扫盲：Contributed by
https
center
member
nas
论文
我们以“PNAS”和“Contributed by”作为关键词在谷歌上检索，就能直接跳转PNAS Submissions Contributed by NAS Members[1]的官方介绍。
小汪Waud
2023-11-17
140
0
R绘图|时间热图
data
na
基础
数据
优化
在徐凌老师的 Nat Com 文章 Genome-resolved metagenomics reveals role of iron metabolism in drought-induced rhizosphere microbiome dynamics 中有这么一张补充图，介绍了本研究中涉及到的处理和取样的时间线。
小汪Waud
2023-10-24
145
0
ChatGPT 解码的生物信息学插图：好的、坏的和丑陋的
chatgpt
浏览器
入门
搜索
网络
近日，西弗吉尼亚大学研究团队在 bioRxiv上发表文章 Bioinformatics Illustrations Decoded by ChatGPT: The Good, The Bad, and The Ugly，讨论使用ChatGPT解析文章插图的能力。
小汪Waud
2023-10-24
189
0
学习资源推荐——可汗学院
金融
教育
翻译
计算机科学
视频
最近在学习signalling transduction的时候在网上找教学资源，虽然我已经有了Molecular Biology of THE CELL的第七版了，但是我一直觉得书没有视频有意思，在众多信息中突然找到了可汗学院出品的课程，他们免费提供了视频讲解、教材、讨论区和练习题。
小汪Waud
2023-10-19
144
0
Snakemake入门
snakemake
程序
工作
入门
数据
Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。
小汪Waud
2023-09-18
211
0
科研术语扫盲：opportunistic
host
root
signals
我第一次关注到这个词是在文章 Root hair mutations displace the barley rhizosphere microbiota 中， 文章提到 “Of note, the ‘reduced-complexity’ communities inhabiting the rhizosphere of root hair mutants were clearly distinct from both the corresponding wild-type and bulk soil profiles, suggesting that these communities are the likely result of a perturbation of the host recruitment signals rather than an opportunistic colonization by the soil biota.”
小汪Waud
2023-09-18
158
0
优质网页插件——沉浸式翻译
网站
插件
翻译
服务
浏览器
最近在刷一些外刊新闻，阅读过程中一般感叹词汇量的不足，一边又在思考“信达雅”的翻译。找着找着，发现了一款非常棒的浏览器插件——沉浸式翻译，特推荐给大家。
小汪Waud
2023-09-18
335
0
“互联网菜鸟驿站”——AirPortal
登录
服务器
互联网
客户端
系统
这是 AirPortal，也叫空投快传，一个“电子 U 盘”，你可以简单理解为“互联网菜鸟驿站”，由两位我非常佩服的大佬杨尚臻和毛若昕联合开发。
小汪Waud
2023-09-18
256
0
科学术语扫盲：Zenodo
数据库
存储
安全
工具
数据
今天在看 2023 年发表在 Cell Reports 的文章 Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection时发现了一个我之前没有关注过的数据库 Zenodo。
小汪Waud
2023-09-18
496
0
Nature Microbiology | 浙江大学王蒙岑等发现微生物组调控植物抗病防御新机制
安全
工作
论文
设计
研发
Phyllosphere microbiome induces host metabolic defence against rice false-smut disease
小汪Waud
2023-09-18
283
0
3 天！无代码从零手搓课题组网站！
网站
插件
服务器
建站
教程
最近花了几天时间给课题组捣鼓了一个新网站，所谓新是因为之前有一个，由师兄用 html 写的前端，python 写的后端，在师兄离开课题组以后我接手了网站的管理，并着手开始美化。由于从 0 学习 html 的成本较高，我选择使用 WordPress 从零开始进行建站，这里我简单比较一下两者的优劣。
小汪Waud
2023-09-18
317
0
发了 Nature 不仅能开发布会，还能拿摄影奖！
遍历
编码
工作
基础
优化
文章通过水稻的快中子诱变体库 KitBase 中筛选到一个病斑突变体 rbl1，RBL1编码水稻胞苷二磷酸-二脂酰基甘油合酶（CDP-diacylglycerol synthases，CDS1），通过遗传学、细胞生物学和多组学分析，揭示了RBL1负调控水稻免疫的作用机制。利用CRISPR Cas9基因编辑技术，优化了RBL1基因，创造了一种广谱抗病且不影响产量的水稻材料。
小汪Waud
2023-09-18
112
0
科学术语扫盲：blind testing
testing
测试
论文
设计
系统
在 Nature 文章 uORF-mediated translation allows engineered plant disease resistance without fitness costs 中有这么一段话：
小汪Waud
2023-09-18
137
0
使用 ImageJ 为你的照片添加比例尺
file
label
slice
所谓已知长度参照物，比如在图中放把尺子📏，又或者给盆栽🪴拍照的时候，已知盆栽的直径等等，不管是拍照前就知道参照物的长度，还是拍照后再去测量参照物的长度，都满足要求。
小汪Waud
2023-09-18
563
0
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