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生信课程note+实验知识

R、分子实验
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SingleR ref<- HumanPrimaryCellAtlasData()报错
下载注释数据库(我的保存至F:\sxjns h\danxibao\singleR zhushiku),复制一份到当前工作目录,加载即可使用
素素
2023-11-08
3.3K9
TCGA分析-数据下载-1
是https://cloud.tencent.com/developer/article/2353511 数据整理的上一步
素素
2023-11-01
2260
TCGA分析-数据下载2
https://cloud.tencent.com/developer/article/2353514
素素
2023-11-01
2170
TCGA分析-数据整理2
素素
2023-10-31
2800
TCGA分析-数据整理-1
素素
2023-10-31
3250
RNA-seq 231023
参考https://www.zhihu.com/people/gu_chen/posts?page=2
素素
2023-10-31
3310
RNA-seq下游分析-2
#与原文存在差异的原因是原文mRNA-seq要对注释gtf文件对进行过滤甲基化区域和polyA尾以及原文用的hg19 74gtf 本文用的hg38.
素素
2023-10-26
2880
RNA-seq下游分析-1
素素
2023-10-25
3530
批量提交作业
素素
2023-10-18
1380
STAR--比对
素素
2023-10-18
1670
conda下载multiqc出现报错+conda配置镜像+R语言环境修改
2.出现报错”RuntimeError: Click will abort further execution because Python 3 was configured to use ASCII as encoding for the environment
素素
2023-10-16
2830
R-语言学习-20230911
对于芯片数据而言,在分析之前,需要先进行背景校正background correct。 所谓背景校正,其本质上都是一个减法,将总体信号看做由探针特异性的结合信号 (真实信号)和非特异性结合 (噪声信号)两部分组成,背景校正的工作就是从总体信号中减去噪声信号,从而得到真实信号。
素素
2023-09-12
1470
R-语言学习-230910
在R语言中, palette 是一个用于设置颜色调色板的函数。调色板是一组预定义的颜色集合,用于绘制图形、制作图表或设置绘图设备的颜色。通过使用 palette 函数,您可以选择不同的调色板来自定义图形的颜色方案。例如,您可以使用 palette("rainbow") 来设置彩虹色调色板,或使用 palette("heat.colors") 来设置热色调色板。
素素
2023-09-12
1280
实验知识-20230912
在原核迁移至卵子中央后数小时,雌雄原核 核膜 破裂,来自两个配子的遗传物质融合在一起,这一方面标志着受精过程的结束,同时又代表着合子的形成。 合子的核物质没有完整的核膜包被,因此核融合时,染色质聚合成染色体,合子进入第一次分裂阶段。
素素
2023-09-12
850
实验知识-230910
WB蛋白样本准备中最常用的是热变性(95-100℃,5min) ,并在加用上样缓冲液(loading buffer)。 Loading buffer分还原型和非还原型,还原型loading buffer多加有β-巯基乙醇等还原剂,能抑制或者破坏二硫键等的形成,能够更好地维持蛋白质的一二级结构。
素素
2023-09-10
9480
R语言学习
4.安装R包的代码是install.packages("xxx")和BiocManager::install("GEOquery")。
素素
2023-09-08
2490
生信技能树-R作业-2
#10.把前面读取的样本信息表格的样本名字根据下划线分割看第3列元素的统计情况。第三列代表该样本所在的plate#plate指384孔PCR板,编号分别是48号和49号。title=sample$Titletitle## [1] "SS2_15_0048_A1" "SS2_15_0048_A2" "SS2_15_0048_A3" "SS2_15_0048_A4" ## [5] "SS2_15_0048_A5" "SS2_15_0048_A6" "SS2_15_0048_A7" "SS2_
素素
2023-05-19
4870
生信技能树-R初级作业-1
title: "R-all" author: "susu" date: "2023-05-18" output: html_document R Markdown #1.当前工作目录是什么路径。 getwd() ## [1] "D:/desktop/sxjns h/zuoye chuji" #2.新建6个向量,基于不同的原子类型。(重点是字符串,数值,逻辑值) #原子类型包括向量,列表,矩阵,数组,因子,数据帧。 a=c(1,2,3,4,5)#数值型向量 a ## [1] 1 2 3 4 5 b=c("a"
素素
2023-05-19
4000
note-6实操
---title: "note6-实操"output: html_documentdate: "2023-02-09"---R Markdown# 6-1# 1.加载test.Rdata,分别test的以a和b列作为横纵坐标,change列映射颜色,画点图。library(ggplot2)load("test.Rdata")ggplot(data = test)+ geom_point(mapping = aes(x = a, y = b,
素素
2023-02-09
2090
rmarkdown的使用
rmarkdown的使用:代码里加两句message=F,warning=F然后在R markdown下面摁ctrl+alt+i最后引用写在下面三个~~~的下面:>空格加内容如引用自生信技能树最后点击毛线球knit键knitr::knit("note-3.Rmd")注意:###是三级标题,#是一级标题。 写在白底的地方,不要写在~~~{r}下面>引自生信技能树也是写在白底的地方
素素
2023-02-09
2990
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