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文章/答案/技术大牛

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LN生物笔记

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R语言 | GEO单通道芯片表达矩阵标准化

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⛳前言：🤔GEO的数据在分析之前要进行标准化处理，这已经是老生常谈的事情了。👉🏻但是如何进行标准化，以及选择那种方法进行标准化，目前依然是很多小白甚至是生物信息学家所迷惑的地方。 💡今天在这里，我对于两种常见的标准化方法进行一个简单的解释 ---- 今天拿GSE97508这个数据为例子来降解。首先，我们先看一下我们拿到手后没有经过任何处理的原始数据。（这里说的没有经过任何处理并不是说数据真没有经过任何处理，其实在研究人员上传数据时，这些数据就已经经过各种处理，与真正意义上的原始数据差别很大）先画一个箱

2023-02-23

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分子生物学 | miRNA的根源区"seed region"

✴️今天我们简单介绍一下seed region，以及重点讨论它的中文翻译问题。 ---- 🔶seed region 什么是miRNA的seed region？🤔 miRNA 是一种非编码 RNA，可以与其靶位点在种子区域互补。这意味着 miRNA 和其靶位点之间有一个匹配的序列，这个序列位于靶位点 RNA 的种子区域。种子区域是指靶位点 RNA 的一个小片段，通常是 2-8 个核苷酸，它与 miRNA 的种子序列互补。这个互补关系是 miRNA 结合到靶位点的关键，它可以导致靶位点 RNA 的降解或转录抑制

2023-02-23

5480

R语言 | GEO数据库表达矩阵标准化

✴️前言：我们从GEO数据库下载得到表达矩阵，在进行各种分析之前，首先要做的就是对数据进行标准化。

2023-02-23

2.7K2

生信 | 利用Bioconductor包注释探针，进行探针ID转换

不同的GPL进行注释所需要用到的R包是不同的，我们首先要明白我们的GPL应该用什么R包

2023-02-23

1.7K0

生信 | 细节提升——如何获得一个GSE的平台信息GLP？

没错，去GEO上检索GSE对应的GPL号确实是大家非常常用的一种方法，也是最原始的一种方法。今天在这里讲的其实是一个更简便的小技巧，适合初学者使用。

2023-02-23

4570

R语言 | GEO数据库的下载以及表达矩阵和临床信息的提取

csv dataframe geo list view

install.packages("AnnoProbe")#用于下载GEO数据的包

2023-02-23

3.7K0

细胞系、细胞株还在傻傻分不清？ | 这篇文章一次性就让你彻底弄清楚两者的区别

细胞系（cell line）和细胞株（Cell Strain）想必是很多学同学学习细胞培养时所傻傻分不清的两个概念了。

2023-02-23

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科研必备好物 | 电脑软件篇

开源费用中心

1.文献翻译软件 ❌不推荐：知云文献翻译虽然这款软件很多科研人都推荐过，但是在这我要说他不！好！用！理由： 1️⃣要关注公众号才能进行登录使用，一个星期自动掉线，每次用起来很麻烦😅 2️⃣如果不赚取积分，仅用免费的翻译接口，时常出现bug，会出现大段文字翻译不出来的情况，好几个版本没有改进过😅 3️⃣臃肿。下载知云文献翻译还要内嵌一个pdf阅读器，只能用这一个pdf阅读器来看文献，换别的就不能用翻译。🤨 ✅推荐：CopyTranslator 理由： 1️⃣完全开源，源代码在github上可以自行查看，非

2023-02-23

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分子生物学实验技术——荧光素酶实验

🔶报告基因/报告基团（reporter）：是一种可被实验仪器非常方便检测到的化学基团、蛋白质或酶以及编码它们的基因。reporter可以通过实验手段非常容易被鉴定与检测，因此在实验中广泛应用。例如，荧光素酶报告基因实验中运用的荧光素酶基因，以及qPCR中的荧光报告基团。 🤩报告基因是现代分子生物学研究领域中用于潜在的顺式元件和反式作用因子相互作用关系的一种重要工具，被广泛应用于基因表达调控、信号转导、启动子分析、受体功能鉴定、基因治疗以及药物筛选等领域。 ---- 一、荧光素酶报告基因实验（lucifer

2023-02-23

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合成生物学第一章绪论

面向对象编程

🤔合成生物学：通过人工设计构自然界中不存在的生物系统来解决能源、材料、健康、环保等问题。 📌合成生物学中生物系统的层次： 1️⃣part（元件）：具有最基本生物功能的核酸或蛋白质序列。例如终止子、启动子、RNA结合位点（RBS）、转录因子结合位点（TFBS）等。生物元件是设计合成生物系统的最基本单元。 2️⃣module（模块）：多个生物元件结合在一起，共同构成可以行使某一基本生物功能的序列。例如，启动子+RBS+终止子=启动子模块。 3️⃣device（装置）：由不同功能的生物模块按照一定的逻辑组装而成

2023-02-23

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