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从头开始的生信学习

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从零开始的异世界生信学习 GEO数据库数据挖掘--GEO代码-芯片数据分析-1

在列表中取子集后得到"ExpressionSet"结构数据，为"Biobase"包中的数据形式

2023-03-09

9400

从零开始的异世界生信学习 GEO数据库数据挖掘--GEO背景知识简介

箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比较。箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的上边缘、下边缘、中位数和两个四分位数；然后，连接两个四分位数画出箱体；再将上边缘和下边缘与箱体相连接，中位数在箱体中间。

2023-03-07

1.6K0

从零开始的异世界生信学习 R语言部分部分好用的函数

match函数的基本用法 a <- c(1,2,3,5,7,20) b <- c(3,8,10) match(a,b) ＃match (A,B) 其中把A里的元素逐个匹配B中所有元素，如能匹配上，就返回匹配上的元素在B向量的位置；所以返回值长度和A相等 match(a,b) ＃[1] NA NA 1 NA NA NA　 #把1和B向量进行匹配，没有-NA； #把2和B向量匹配，没有-NA； #把3和B向量进行匹配，是B向量的第一个元素，所以返回值是1，其余同样比较 #match(a,b)的意思是a里的每个

2023-03-07

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

一、玩转字符串 stringr包图片 1.str_length() 检测字符串长度 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 1.检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素的个数图片图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 2.字符串拆分 str_sp

2023-03-07

2.5K0

从零开始的异世界生信学习 R语言部分 05 作图-1

ggplot2的特殊语法规则：列名不带引号，行末写加号（加号表示不同函数之间的连接）

2023-03-05

7410

从零开始的异世界生信学习 R语言部分 04 文件的读写与认知

文件读写 .csv 文件打开方式，excel，记事本，sublime，vscode（适合大文本打开）图片 .csv 逗号分隔文件 .tsv 制表符分隔文件图片文件的读取读取txt文件 #1.读取ex1.txt ex1 <- read.table("ex1.txt") #列名不能正确表示，并且内容中的数值变为了字符串 ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T) #通常读取txt格式文件，header参数表示将文件的第一行作为列名，默认为F 图片图片读取c

2023-03-04

1.3K0

从零开始的异世界生信学习 R语言部分 03 函数和R包

1.函数与参数图片写函数的函数 fun <- function(a,b,m = 2){ (a+b)^m #a+b的m次幂 } #{}内部的为具体的函数运算 fun(a = 1,b = 2) fun(1,2) fun(3,6) fun(3,6,-2) 图片 par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成四块，两行两列调整元素顺序 x <- c("A","B","C","D","E");x x[c(2,4,5,1,3)] #按照[]内的顺序进行重新排列图片 #sort 排序 score

2023-03-04

3110

从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型

2023-03-03

1.8K0

从零开始的异世界生信学习 R语言部分 01 数据结构之向量

数据结构 1.向量数据框单独的一列是向量，视为一个整体；一个向量只能有一种数据类型，可以有重复值。 1.1 向量的生成 #(1)用 c() 结合到一起 c(2,5,6,2,9) c("a","f","md","b") #(2)连续的数字用冒号“:” 1:5 #(3)有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),随机数用rnorm() rep("x",times=3) seq(from=3,to=21,by=3) rnorm(n=3) #(4)通过组合,产生更为复杂的向量。 paste0(rep(

2023-03-03

3590

从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 基础---学习笔记-4 shell脚本编程

环境变量、状态变量、位置参数变量、自定义变量，调用变量时，要在变量前面加一个 $符号

2023-03-03

2260

从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 基础---学习笔记-4 环境变量

shell bash bash 指令

系统配置文件，包含专用于你的 bash shell 的bash信息、设置，每次登录或打开新的 shell 时，该文件会被自动读取和执行。如果正确修改了~/.bashrc，需要source(相当于修改系统中的默认设置)

2023-02-22

2210

从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 基础---学习笔记-3 Linux三剑客 grep,sed,awk

grep linux unix 编程算法正则表达式

-w：word 精确查找某个关键词 pattern less -S Data/example.gtf | grep -w 'gene' ##匹配文件中含有gene的文字

2023-02-21

5280

从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 进阶---学习笔记 1

:%/ word1/word2 / 将每一行第一次出现的所有word1替换成word2.

2023-02-16

2500

从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 基础---学习笔记-2

常见参数：-A ## 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符； -n ##答应所有出行号，-b 参数仅打印出非空白行行号

2023-02-16

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