腾讯云开发者社区-腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

在生信技能树学习

专栏作者

20

文章

10087

阅读量

15

订阅数

跟小新老师学转录组的第五天

1.差异分析筛选基因：MAOA(按照FC排序取top10)（NCBI-GeneID ：4128）

2023-04-03

4260

跟小新老师学转录组的第四天

计数结果的差异的影响因素：落在参考区域上下限的read是否需要被统计，按照什么样的标准进行统计。

2023-04-03

4020

跟小新老师学转录组的第三天

NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/human/index.shtml

2023-04-03

2670

跟小新老师学转录组的第二天

FastQC主页：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

2023-03-30

3460

跟新叶老师学转录组测序的第一天

(1) 磁珠富集真核生物mRNA（此步骤对RNA的完整性要求比较高，一般RIN值要大于8）；

2023-03-28

2990

跟萌老师学Linux的第5天

Linux系统环境 • 查看CPU信息：lscpu • 查看内存信息：free -h • 查看硬盘信息：df -h • 查看文件大小：du -h -d 1 • 查看文件大小：du -sh ~ • 查看系统进程与任务： • top • htop（top的升级版，但是需要安装，系统不自带） • ps -ef • jobs （只在命令运行的当前窗口起效）文件系统结构 / 虚拟目录的根目录。通常不会在这里存储文件 /bin 二进制目录，存放许多用户级的GNU工具 /boot 启动目录，存放启动文件 /dev 设备

2023-03-28

4830

跟萌老师学Linux的第四天

在长长的列表里，往下翻（或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest）找到：Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键，复制链接地址用wget -c进行下载

2023-03-28

9750

跟萌老师学Linux的第三天

linux 正则表达式变量搜索字符串

是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。

2023-03-23

1.1K0

跟萌老师学Linux的第二天

linux unix set vim 编辑器

Linux上的文本编辑器vim 图片命令模式 • 用vim FILENAME进入之后的默认模式 • 可以“上下左右”移动光标 • 可以剪切字符或整行、也可复制、粘贴移动光标： • 方向键或者hjkl • ^和$：快速到所在行的开头和末尾（用0也可以到开头） • 30j：向下移动30行（数字+方向进行快速移动） • ctrl+f或b:上下翻页（forward/back） • gg：快速回到文档的第一行的第一个字符 • G:快速到文件底部（或者用和）撤销动作（后悔药）： • u：复原前一个动作（可

2023-03-23

4640

跟萌老师学linux的第一天

linux 管理排序统计压缩

linux系统简介命令格式：命令+参数+文件修改命令行配色echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc文件夹管理或路径有关的符号.当前目录..上一级目录~家目录/只有当/在路径最前端时才是根目录，其他位置的都是目录层级分隔符|管道符：前面

2023-03-23

6010

跟小洁老师学习GEO的第三天

go 数据库 geo 可视化

差异分析可视化 rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata") load(file = "step4output.Rdata") # 火山图 library(dplyr) library(ggplot2) dat = distinct(deg,symbol,.keep_all = T) p <- ggplot(data = dat, aes(x = logFC, y = -log10(P.Va

2023-03-19

2700

跟小洁老师学习GEO的第二天

geoChina的用法 #数据下载 rm(list = ls()) library(GEOquery) #先去网页确定是否是表达芯片数据，不是的话不能用本流程。 gse_number = "GSE28345" library(AnnoProbe) eSet <- geoChina(gse_number, destdir = '.') class(eSet) length(eSet) eSet = eSet[[1]] 批量安装R包 options("repos"="https://mirrors.ustc.e

2023-03-19

4180

跟小洁老师学GEO的第一天

检查矩阵是否正常，如果是空的就会报错，空的和有负值的、有异常值的矩阵需要处理原始数据。0~20之间就是一个已经取过log的矩阵

2023-03-18

4020

跟小洁老师学习R语言的第七天

distinct 字符串

专题一：玩转字符串1.检测字符串长度x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."xstr_length(x)#检测字符串内的字符数，空格也算length(x)#向量里面元素的个数2.字符串拆分str_split(x," ")#以空格为分隔符号将字符串拆分开x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")str_split(y," ")str_split(y,"

2023-03-18

1.4K0

跟小洁老师学习R语言的第六天

alpha ggplot2 grid size

图片图片常用可视化R包作图 base ggplot2（特殊语法：列名不带引号，行末写加号）图片颜色：color 大小：size 形状：shape 图片透明度：alpha 填充颜色：fill（既有边框又有内心的，才需要color和fill两个参数）映射和手动设置的区别图片自行指定映射的具体颜色 ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Pe

2023-03-16

4760

跟小洁老师学习R语言的第五天

文件读取和导出图片 read.csv("ex3.csv.csv") csv可以用excel、记事本、sublime（适用大文件）、R语言打开纯文本文件的后缀只起提示作用，不起决定作用 read.csv() #常用于读取csv文件 read.table() #常用于读取txt文件将数据框导出 write.csv(test,file="example.csv") write.table(test,file="example.csv") R语言特殊的保存格式Rdata save保存，load加载文件读写部

2023-03-12

5070

跟小洁老师学习R语言的第四天

形式参数与实际参数图片 jimmy <- function(a,b,m = 2){ (a+b)^m } #function就是用来写函数的函数 jimmy(a = 1,b = 2) #m默认为2 jimmy(1,2) jimmy(3,6) jimmy(3,6,-2) #修改m为（-2） R包 CRAN网站 install.packages（） bioconductor biocManger：：install（）需要先安装biocManger hithub devtools：：install_gith

2023-03-12

2380

跟小洁老师学习R语言的第三天

each和times的区别是times输出的是abcdabcdabcd，each输出的是aaabbbcccddd

2023-03-12

4840

跟小洁老师学R语言的第二天

paste0（rep（“x",3）,1：3）和paste0（”x”，1：3）是一样的

2023-03-08

2920

在生信技能树学习的第一天

以下图片与知识点均来自生信技能树，本文章仅供本人笔记使用感谢老师们地耐心讲解如何在R studio中新建项目R project 图片如何设置字号图片如何运行脚本图片如何知道解决问题图片如何判断数据类型 class（将要判断的内容） 4是数值型 “4”是字符型图片多个逻辑条件的连接与&、或|、非！ tips1 图片 tips2 图片

2023-03-07

2150

点击加载更多

社区活动

腾讯技术创作狂欢月

“码”上创作 21 天，分 10000 元奖品池！

Python精品学习库

代码在线跑，知识轻松学

博客搬家 | 分享价值百万资源包

自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼

技术创作特训营·精选知识专栏

往期视频·千货材料·成员作品最新动态