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R语言 / Linux

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通量平衡分析(FBA)

FBA的第一步是用数学方法表示代谢反应。这种表示的核心特征是以数值矩阵的形式列出每个反应的化学计量系数。这些化学计量对代谢物通过网络的流动施加了限制。诸如此类的限制是FBA的核心。

2023-06-05

8271

转录组实战练习题-1 加深对fastq数据认识

N说明在进行碱基识别的时候（base calling）没有被识别出来。N表示未知碱基。

2023-04-09

4030

Linux_shell脚本编程

（1）shell 脚本：为了和普通文本文件区分开，通常shell脚本都会以 .sh 为后缀名（不写.sh也可以执行，能否执行取决于文件里面写了什么样的代码以及用什么解释器进行解释。）

2023-04-07

6600

Linux ——结构化语句

（1）${变量#关键字} 若变量内容从头开始的数据符合“关键字”，则将符合的最短数据删除

2023-04-05

5160

Linux ——变量

输入命令时Linux会去查找PATH里面记录的路径，如果命令存在某一个路径中，就可以成功调用。

2023-04-04

2.5K0

Linux 系统环境

• HOME：当前用户的主目录 • PATH：shell查找命令的目录列表，由冒号（:）分隔。 • SHELL：bash shell的全路径名 • LOGNAME：当前用户的登录名 • PS1：shell命令行界面的主提示符

2023-04-02

1.4K0

Linux_生物信息学常见文件格式

fastq：一种保存生物序列（通常为核酸序列）及其测序质量得分信息的文本格式。FASTQ文件中，一个序列通常由四行组成： • 第一行：以 @ 开头，之后为序列的标识符以及描述信息 • 第二行：为序列信息，如 ATCG • 第三行：以 + 开头，之后可以再次加上序列的标识及描述信息（保留行） • 第四行：为碱基质量值，与第二行的序列相对应，长度必须与第二行相同

2023-03-30

1.2K0

Linux 上的文本编辑器 vim

功能强大：代码补全、编译及错误跳转等方便编程的功能特别丰富，在程序员中被广泛使用。功能强大到其官方现在对自己的定位是“程序开发工具”

2023-03-26

1.2K0

Linux_文件查看、操作、统计命令

Linux_文件查看、操作、统计命令文件的6种看法（1）head ：查看文件头10行（2）tail：查看文件末尾10行 head / tail -n ：查看文件的前/后 n 行，默认 10 行例如：head -n 2 Data/example.fq （3）cat：查看文本文件的内容，将文件所有内容输出到屏幕常见参数 -A ## 打印所有内容，包括特殊字符，如制表符 -n ## 打印出所有行号，-b 参数仅打印非空白行行号常见用法： cat #输入 cat > file1 #重定向，往fi

2023-03-25

1.7K0

GEO数据挖掘—3

数据挖掘 go geo

GEO数据挖掘—3 富集分析（一）GO富集分析（用差异基因做富集）输入数据 #(1)输入数据 gene_up = deg$ENTREZID[deg$change == 'up'] gene_down = deg$ENTREZID[deg$change == 'down'] gene_diff = c(gene_up,gene_down) #得到了差异基因 #(2)富集 #以下步骤耗时很长，设置了存在即跳过 f = paste0(gse_number,"_GO.Rdata") if(!file.e

2023-03-20

2340

GEO数据挖掘-2

数据挖掘 geo 表格

GEO数据挖掘—2 四、代码分析流程 1. 下载数据并从中提取有用信息 gse_number = "GSE56649" eSet <- getGEO(gse_number, destdir = '.', getGPL = F) #(1)提取表达矩阵exp exp <- exprs(eSet) dim(exp) exp[1:4,1:4] 关于表达矩阵里的负值取过log，有负值 —— 正常没取过log，有负值 ——错误数据有一半负值 ——做了标准化获取实验分组和探针注释 # 生成Grou

2023-03-18

6220

GEO数据挖掘—1

数据挖掘 go geo gsm

logFC > 0，treat>control，基因表达量上升（而不是上调，上下调要结合p值来定义）

2023-03-16

5600

R语言的综合应用-2

apply data gin lapply sapply

2.用if语句：if(F){...}，则{}里的代码被跳过，if(T){...}，则{}里的代码被运行

2023-03-15

2590

R语言的综合应用-1

for循环 unique

例如 y=c("nihaoa 11","niyehaoa 22","zhangsongwen 33")

2023-03-15

8620

作图baseggplot2 ★ggpubr拼图par里的mfrowgrid.arrange cowplotcustomLayoutpatchwork ★导出经典三段论ggsave ★（属于ggplot2,可以存储）eoffice （可以导出为ppt）ggplot2语法入门级绘图模板ggplot(data=<DATA>)+ <GEOM_FUNCTION>(mapping=aes(<MAPPINGS>)) #ggplot() 括号里面是数据例如 ggplot(data=iris)+ geom_po

2023-03-14

1.5K0

文件读写的代码

生物基因 r 语言

#3 读取soft.txt >soft <- read.table("soft.txt",header=T,sep="\t") >#4 soft的行数列数是什么？列名是什么？ >dim(soft) >colname(soft) #5 将soft导出为CSV >write.csv(soft,file="soft.csv") #6 将soft保存为Rdata并加载 >save(soft,file="soft") 用于读取/导出文件的R包 base包（R语言打开的那一刻就可以使用的包） read.table()

2023-03-13

2920

1）现在学“表格” 二维：二维有两个：（1）matix 矩阵 —— 二维，只允许一种数据类型。（2）data.frame 数据框—— 二维，每列只允许一种数据类型（列与列之间相不相同都行）。

2023-03-13

8710

编程算法数据结构

（1）数据框约等于”表格“，不是完全等于表格。因为数据框不是电脑上的一个文件，并且要求每一列只能有一种数据类型。但是数据框可以导出，可以导出为一个表格。

2023-03-13

4220

r 语言数据结构编程算法

比如新建一个名为 LearnR的project，选择存放路径。新建好了看RSstudio的右下角模块中会有提示。

2023-03-13

1.2K0

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