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生信技能树-R

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表达定量两个软件 featureCount，SalmonfeatureCount 常用参数图片cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts## 定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2/# f

2023-05-18

3230

转录组数据分析-比对

Ensembl:www.ensembl.org #用得最多数据库完善有基因对应的ID

2023-05-09

4920

转录组数据—质量控制（数据质量评估，过滤低质量）

·fastqc后报告结果带有fastqc结尾的文件，html为主要质控报告，网页版本，使用浏览器打开；zip里面是表格或者图片等

2023-04-19

1.1K0

转录组数据分析- Raw data

图片转录组概述图片图片图片图片图片图片图片上机测序完成之后得到的测序数据为FASTQ文件图片 Linux 复习图片准备工作-目录管理图片 # 进入到个人目录 cd ~ ## 1.建立数据库目录：在数据库下建立参考基因组数据库，注意命名习惯：参考基因组版本信息 mkdir -p database/GRCh38.105 ## 2.建立项目分析目录 mkdir project cd project mkdir Human-16-Asthma-Trans # 注意项目命名习惯：物种-

2023-04-10

7190

Linux-shell 脚本

vim编辑器复习pic1 图片 ·shell脚本为了之后可以看出使用shell写的后面加上后缀 .sh shell脚本解释器(shebang) pic2 图片 shebang扩展:如何解决不同的平台

2023-04-04

1.6K0

Linux 脚本-echo for while if

• 环境变量:用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量 • 状态变量:用于记录命令的运行结果

2023-04-04

5.2K0

Conda安装与使用

·conda env export envname > env.yml （可跨平台，不同系统）

2023-04-04

9260

Linux-文本编辑 awk

awk pic1 图片 awk '{print $9$10}' ar402 09:16:06 ~ $ less -S Data/example.gtf | awk '{print $9$10}' | head gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223

2023-04-03

1K0

Linux -文本处理 sed

sed (pic1) 图片 sed 例子 Mar402 10:42:55 ~ $ cat Data/readme.txt Welcome to Biotrainee() ! This is your personal account in our Cloud. Have a fun with it. Please feel free to contact with me( email to jmzeng1314@163.com ) (http://www.biotrainee.com/thread-137

2023-03-29

1.2K0

Linux -文本处理 grep

grep （pic1，2）图片图片抓取单词 grep -w$ less -SN Data/example.gtf | grep 'gene'$ less -SN Data/example.gtf | grep -w 'gene' #按照单词gene抓取区别看 pic3$ less -SN Data/example.gtf | grep -w -e 'gene' -e 'exon' #多个关键词的抓取加上-eeMar402 09:29:52 ~$ vim file #创建一个文件，把所有要抓取的关键词都写里

2023-03-29

7420

Linux 文件格式fasta/fastq/gff/gtf

fasta pic1 图片 fastq pic2 图片 gff pic3，4 图片图片 gtf pic5，6 图片图片按列隔开 column -t | less -S 不自动换行 pic7 less -SN example.gtf | column -t | less -S 图片 -----来自生信技能树----

2023-03-28

4.5K0

·输入exit退出termius （快捷键controlcontrol+D）按上键重新登陆

2023-03-28

1.7K0

Linux-vim编辑器

替换 %s/被替换/替换为/g （%s/A/a/g)把所有的A替换为a （///可以换成其他的符号，只要是一样的三个字符就可以）

2023-03-28

1.1K0

富集分析-KEGG/GO

是系统分析基因功能、基因组信息数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究，以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。

2023-03-28

1.7K0

·上下五条线的意思中间的又黑又粗的—中位数；上下两条线是最大值和最小值；方框的上下两条线是75%和25%（四分位数）；在外面的点-离群点

2023-03-28

1K0

options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")cran_packages <- c('tidyr', 'tibble',

2023-03-28

2620

(x <- c(1,3,5,1)) #用（）直接括起来空格和减号都是特殊字符不要随意用

2023-03-28

3630

Learn R 专题1-3

图片专题1 玩转字符串图片检测字符串长度代码1 str_length(x) if(!require(stringr))install.packages('stringr') library(stringr) x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." str_length(x) [1] 42 ### 1.检测字符串长度,包含空格和符号 le

2023-03-28

1.4K0

Learn R 画图1-3

R包下载设置镜像 >options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #安装R包 >if(!require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F) >if(!require(ggpubr))install.packages('ggpubr',update = F,ask = F) >if(!require(eoffice))install.packa

2023-03-28

7010

Learn R 函数和R包

函数与参数形式参数与实际参数形式参数99%可以删除图片命名新的函数 > jimmy <- function(a,b,m = 2){ + (a+b)^m + }。#命名jimmy这个函数，自己设置 m=2是默认值 > jimmy(a = 1,b = 2) [1] 9 > jimmy(1,2) #省略写法 [1] 9 > jimmy(3,6) [1] 81 > jimmy(3,6,-2) #更改m的值有2改为-2 [1] 0.01234568 图片复习：绘图函数plot() par(mfrow

2023-03-28

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