还能用就不管它，原因如下：1、conda会改变原来设置好的环境2、不同的软件的依赖会相互冲突3、方便项目管理（基因组，转录组，Chip-seq，相应就算是同一个软件在不同的环境里都要重新安装一遍，不用担心多个安装软件占据太多存储...，因为软件远不如数据大）conda create -n rna#创建一个名为rna的conda小环境# -n 指定环境名称conda env list#展示全部已经有的环境conda info -env...# 看环境的信息，两者效果相同conda remove -n rna --all# 删除环境及包conda create -n rna python=3.8 -y# 创建环境时可以预装软件并指定版本#...-y的作用是代替我写yes去安装conda只要能正常使用就没有必要升级，但3.8以后conda有较大的更新，更早的版本conda建议升级创建小环境成功之后会出现3个done，代表成功了哪些软件可以用conda...solving environment1.网络差，换个时间试试2.conda clean -a 清空环境中的缓存3.实在不行就重新创建环境安装频道404添加的频道不存在，从.condarc文件中删除错误频道后重新添加
=1.8.0 更新，卸载安装包： conda list #查看已经安装的文件包 conda list -n xxx #指定查看xxx虚拟环境下安装的package conda...第一步：通过conda clean -p来删除一些没用的包，这个命令会检查哪些包没有在包缓存中被硬依赖到其他地方，并删除它们。...conda clean -p //删除没有用的包 conda clean -t //删除tar包 conda clean -y --all //删除所有的安装包及cache 参考：https...切记不要直接mv移动环境的文件夹来重命名, 会导致一系列无法想象的错误的发生!...--all 注意：必须在base环境下进行以上操作，否则会出现各种莫名的问题。
--channel https://conda.anaconda.org/anaconda tensorflow=1.8.0 更新，卸载安装包： conda list #查看已经安装的文件包...conda update xxx #更新xxx文件包 conda uninstall xxx #卸载xxx文件包 删除虚拟环境 conda remove -n xxxx --all //创建xxxx...虚拟环境 清理（conda瘦身） conda clean就可以轻松搞定！...第一步：通过conda clean -p来删除一些没用的包，这个命令会检查哪些包没有在包缓存中被硬依赖到其他地方，并删除它们。...第二步：通过conda clean -t可以将conda保存下来的tar包。
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...conda update –all 可以很容易的实现这一功能。...conda list –export conda_list.txt 可以导出所有你已经安装好的包，包括版本和编译字符。你可以把这些保存在文件里。...conda clean 使用一段时间之后， Conda 会占用很多硬盘空间，这是因为它不会自动删除一些没用的包。 你可以通过 conda clean -p 来删除这些没用的包。...注意，如果你是通过 symlink 等方式或通过一个单独的文件系统安装的包，你就没有办法使用这个命令删除它们，因为它检测不到它们的存在。 Conda 也会保存所有下载下来的 tar 包。
创建一个环境 # x.x是python版本 conda create -n env_name python=X.X conda create --name env_name python=X.X 激活环境...# Linux系统 source deactivate 删除环境 conda remove -n env_name --all 复制环境 conda create --name new_env --...xxx # 更新 conda update xxx # 查看包 conda list # 删除没用的包 conda clean -p # 删除tar包 conda clean -t...# 删除所有包 conda clean -y --all 环境备份 # 导出yml文件 conda env export > environment.yml # 导入yml文件 conda env...conda clean -i 其他命令 # 查看Conda版本 conda --version # 更新Conda conda update conda # 查看Conda详细信息 conda
conda list # 创建新的Python环境 xxx , 指定python版本为3.8 conda create --name xxx python=3.8 # 激活环境 conda activate...xxx # 删除环境 conda remove --name xxx --all # 退出conda source deactivate 结合 IDE 使用, 比如 IDEA, 在 Python 的项目结构中选用...卸载 安装官方的卸载工具, 卸载 conda install anaconda-clean # install the package anaconda clean anaconda-clean -...-yes # clean all anaconda related files and directories rm -rf ~/anaconda3 # removes...clean up) 参考资料 Linux-Centos7 下安装 Anaconda（2019 年新版） - 知乎 conda 的安装与使用（2021-04-27 更新） - 简书 Anaconda
本文使用docker + conda (mamba) 作为基础分析环境，镜像获取：docker/docker-compoes 的安装及镜像构建见《基于docker的生信基础环境镜像构建》,docker镜像基于...并尝试初次运行时初始化安装所需软件下载所需文件（作为代价首次运行时间会较长，切需网络通畅），即实现自动初始化的分析流程。...分析前QC，看下数据质量 #conda检测环境是否存在，首次运行不存在创建该环境并安装软件 if [ !...检测环境是否存在，首次运行不存在创建该环境并安装软件 if [ !...使用Pangolin获取序列分型信息 #conda检测环境是否存在，首次运行不存在创建该环境并安装软件 if [ !
查看已经创建的环境conda info --envs完整的删除一个环境conda remove --name ENVNAME --all导出环境文件，并创建新环境conda env export --name...包管理查看一个未安装的包在库中是否存在conda search pkg-name# 例如conda search selenium安装一个包conda install pkg-name# 例如conda...install numpy查看刚安装的包是否存在conda list查看某个环境下的包conda list --name ENVNAME将当前环境下包的列表导出指定文件，用于创建新的环境conda create...--name NEWENV --file pkgs.txt更新环境下的所有包conda update --all --name ENVNAME卸载某个环境下的包conda uninstall PKGNAME.../anaconda/cloud/conda-forge/清除索引缓存conda clean -i常用源默认源：https://repo.anaconda.com/清华源：channels: - defaultsshow_channel_urls
--version conda 4.8.3 ###另外，你还可以将所有conda的包更新为最新兼容的版本(可选的) conda update --all 对于conda下载的缓存临时文件...，可以定期通过 conda clean进行清理: conda clean -a 使用conda安装生物信息软件bcftools 在没有conda之前，我们需要 通过一系列的操作，才能完成安装: ?...我强烈不建议在同一环境中安装所有软件包/工具。这个是很多新手玩家会犯的错误。很多刚刚入门生信的初学者，都会一个劲的在base的环境里，安装各种各样他们所需的工具。...举个例子，比如有些软件是依赖python3的，但是有一些是依赖python2，当你安装新的软件时，conda会自动帮你把当前的环境转换成你该工具所依赖的环境。...首先需要激活已经安装好的环境: conda activate bwa_old # 你的terminal就会变成提示你你已经切换成(bwa_old)这个环境了 # (bwa_old) root@
1.CondaHTTPerror 解决办法： 1.确认一下当前服务器网络正常 (可尝试ping www.baidu.com) 2.conda clean -a 清空环境中所有的缓存 3.把 ~/.condarc...中的 https 改成 http 4.换个时间再尝试 一直在 Solving environment?...解决办法： 1.网络较差，换个时间试试 2.conda clean -a 清空环境中的缓存频道404?...解决办法： 添加的频道不存在，从.condarc文件中删除错误频道后重新添加 conda config --add channels https://xxxxx 如果提示缺失libtbb.so.2 解决办法.../envs/rna/lib/ 3.conda update --all 4.export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/miniconda3/lib 引用自生信技能树
：oldgeek-study 新创建环境中安装所需包：oldgeek-study 退出新环境：输入exit 删除环境：conda remove -n [环境名称] --all 创建个低版本的环境：Python3.8...小码匠：你又不舍得揍我，吓唬我不管用的。 老码农：好啦，今天我写了篇文章，你自己静下心来，好好读读，有不懂的我们在探讨。学习这个东西，还是要靠自己的，手把手教你，不是好事。...安装完conda，默认我们会去官方镜像站点拉取包，官方的服务器都在国外，网络一旦不稳定，自然我们拉取软件包会很慢。...] --all 移除环境 conda activate [env_name] 进入环境 环境内直接输入：exit 退出环境 conda create --name new_env_name --clone...老码农：小码匠，很严肃的话题，学习要注重效率，梳理资料，搞N次，每次都丢三落四的，会严重影响未来的效率。一次搞全，后面再补充新知识补充就好了。要养成好的学习习惯，才能事倍功半的。
整个流程是shell写的，依赖软件 image.png 大部分都可以用conda安装 bbtools这个软件 conda安装的时候 是安装 bbmaps popins这个软件是不能用conda装的...root权限的，我就用我阿里云的服务器来安装 apt install libseqan2-dev 安装在目录 /usr/include/ 下 把seqan这个文件夹放到课题组服务器上 和popins.../seqan-library-2.2.0.deb 重新安装popins make clean make quast用conda也一直没有安装成功 ，可能是和其他软件的依赖软件有冲突 我在另外的conda...环境中安装过quast，我用软连接把之前的安装可执行文件链接到当前的conda环境下 ln -s /mnt/shared/scratch/myan/apps/mingyan/Biotools/mambaforge...和第三步blast比对NT数据库需要的时间很长 我这里用到的数据是拟南芥的数据 所有样本运行完 还要运行 PANZ_cluster_pipe.sh,等运行完所有样本再来记录这个过程
conda conda和pip类似，conda专注数据科学包，且不仅仅用于安装python包，而pip为python量身定制的，应用更广泛。...Options: positional arguments: command clean Remove unused packages and caches....metapackage render server skeleton verify 上面每个命令已经说的很详细了，常用的命令如下： 搜索包： conda search package_name...安装包： conda install package_name 注意安装的时候，conda会自动安装依赖项。...更新所有包： conda update --all 列出当前已安装的包： conda list 列出当前存在的虚拟环境： conda env list Install 对于不同的操作系统下载不同的环境
conda 频道是存储 包 的位置，安装 包 时 conda 会搜索现有的频道集合，并选取其中一个频道来安装 包。...安装完成后，可以使用 conda list 命令查看已经安装的包。...] [packages] 已经介绍的选项这里就不再介绍了。...remove -n my_env --all ---- 需要注意的是，conda 没有提供重命名环境的命令，我们只能先克隆一份原来的环境，然后再删除原来的环境，具体操作如下（例如将环境 a 重命名成...clean -i 清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引。
现在要迁移到B服务器，又要重新安装一遍，还不知道A服务器上哪些包是必须的。conda就是解决这种问题，把该应用需要的包都安装到应用所在的环境中，迁移的时候，只要把环境导出，再导入到B环境即可。.../conda -follow -type f -name '*.pyc' -delete conda clean -afy cp ....退出环境 conda deactivate 删除环境 conda remove -n env_name --all 复制环境 conda create --clone ENVNAME --name NEWENV...查找 package信息 conda search (-n python34) numpy 更新目前环境所有 package conda update --all 导出当前环境的 package信息...conda env export > environment.yaml 清除缓存 删除索引缓存、锁定文件、未使用的缓存包和tarball(压缩包). conda clean -a 环境的复制 注意：yaml
JupyterHub API 是以 REST 风格向开发者们提供的 API 接口，可以完成一系列对 Jupyter 的操作，比如生成用户环境、配置环境等。...无论之前的 Jupyter 是什么样子，现在的 JupyterLab 已经是和曾经的 Cloud9 （一款先进的在线代码编辑器，现已被 AWS 收购）一样的支持多用户多实例的代码运行平台。...&& conda install --quiet --yes pip \ && conda update --all --quiet --yes \ && conda clean --all...| grep tini | tr -s ' ' | cut -d ' ' -f 1,2 >> $CONDA_DIR/conda-meta/pinned \ && conda clean --all...=3.0.16' \ && conda clean --all -f -y \ && npm install -g npm@7.20.0 \ && npm cache clean
， 它之前上面的peak, bam 文件不要指定，因为diff_peak_result 的生成依赖于它们提前运行生成结果 conda 环境 上面中通过conda 设置conda环境为"...../envs/test.yaml"， 然后rule中运行的程序会自动激活conda环境，使用环境中的程序来运行。该分析流程中， 所需的软件都能通过conda 安装，包括R包。...可以设置不同conda环境，同时还可以利用本地的其他conda环境，只需把yaml文件地址改成conda 环境名就行了。...使用conda 环境 运行完后， 查看下生成的目录结构 $ tree result -d result ├── 01seq │ ├── clean │ └── raw ├── 02fqc │...而结合在基因外显子和内含子区域的调控因子 则可能影响该基因的可变剪切行为。
前提 在刚接触python的时候我想大多数人都会面临一个问题，我到底是选择2还是3，因为现在网上好多的资料和视频项目中都还是用的2，我们跟着学习的时候肯定也是首先从2开始学的，但是我们心里肯定也担心学2...环境管理工具了，可以在电脑上同时搭建两套环境，并且可以在两个环境之间来回切换而不受对方的影响，Anaconda就是你需要的。...（“你希望安装器添加Anaconda安装路径在/home/<user /.bash_profile文件中吗？”）...删除环境 $ conda remove --name myenv --all ?查看当前的环境列表 $ conda info --envs or $ conda env list ?...安装到指定环境 $ conda install -n myenv XXX 总结 以上所述是小编给大家介绍的Mac下Anaconda的安装和使用教程，希望对大家有所帮助，如果大家有任何疑问请给我留言，小编会及时回复大家的
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
