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R语言中操作vcf文件一个实例—vcfR

vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and quality filter data in VCF file. vcf格式文件...利用各种测序数据检测变异结果存储文件,简单划分vcf格式文件内容 ‘#’号开头行 非#号开头行 vcfR存储vcf文件分为三个部分 ‘#’号开头行——meta 非#号开头行分为fix和gt两个部分...fix部分存储vcf文件中非#号开头行前7列,分别是 染色体编号 碱基位置 ID 参考碱基 变异碱基 质量值 是否过滤 gt 部分存储两部分内容 format 样本基因型 本文数据使用 pinf_sc50....vcf.gz 来自R pinfsc50 读入数据 vcf<-read.vcfR("pinf_sc50.vcf.gz") 可以通过@符号获取meta、fix、gt三部分数据 vcf@meta vcf...(vcf,element="GT") gt[1:2,1:7] 结合基因组注释文件对数据进行展示 install.packages("ape") library(ape) vcf<-read.vcfR(

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如何在 Linux 上安装卸载一个文件中列出软件

在某些情况下,你可能想要将一个服务器上软件列表安装到另一个服务器上。例如,你已经在服务器 A 上安装了 15 个软件并且这些软件也需要被安装到服务器 B、服务器 C 上等等。...这仅仅需要使用发行版官方包管理器命令替代本文中包管理器命令就行了。 如果想要 检查 Linux 系统上已安装软件列表,请点击链接。...为实现这个目标,我将使用简单明了第一种方法。为此,创建一个文件并添加上你想要安装列表。 出于测试目的,我们将只添加以下三个软件名到文件中。...使用以下 apt 命令在基于 Debian 系统 (如 Debian、Ubuntu 和 Linux Mint) 上安装文件中列出软件。...上卸载文件中列出软件

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Golang 入门教程 ( 一 ) 运行环境搭建

下载 go 软件 安装软件可以上 go中文网上下载,选择推荐下载版本即可,一般推荐都是稳定版本。...export GOBIN=$GOROOT/bin export PATH=$PATH:$GOBIN source ~/.bash_profile 执行验证 go version go env 再跑一个简单...,这个目录里面有 src,pkg,bin GOBIN:是 GO bin 文件 PATH:环境变量,需要 go/bin 目录加入到 path 路径下,生成文件可以直接运行 在 GOPATH 中,还有一个是...pkg 文件夹存放在go install后生成非main函数文件 会遇到问题 安装失败 godef: failed to install godef(github.com/rogpeppe/godef...): Error: Command failed: /usr/local/go/bin/go get -v github.com/rogpeppe/godef 这样情况是因为国内网络问题,可以单独改这个安装下载

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Go开发使用VSCode完全配置指南

近期和朋友合作完成一个项目,后端使用 Golang 来进行编写。那么我又把 Golang 重新捣鼓起来了,然后看了一下文件记录,都一年多没有写了。...GOPATH Go 项目/工程工作区,它包含 3 个主要目录(目录名均为小写) bin 编译/构建后,可执行文件目录。(Executable File) pkg 归档文件目录。...GOTMPDIR Go 命令将在其中写入临时源文件、软件和二进制文件目录。 这里就不重复说明如何配置 Go 开发环境了。...golang/protobuf.git (protobuf 协议) 以上为额外且常用一些功能源码扩展,如有需要则可以考虑使用,当然也可以使用第三方实现。...,当然各位小伙伴也可以修改为自己觉得舒服配置,例如在配置中搜索 go.docsTool 就可以看到配置值有哪些,然后自己尝试即可。

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你知道在终端执行 Python 代码方式吗?

# 指定 python 文件路径python spam.py 要实现这一点关键是将包含文件目录放到sys.path里。这样你所有导入都可以继续使用。...但这也是为什么你不能/不应该传入包含一个模块路径。因为sys.path可能不包含目录,因此所有的导入将相对于与你预期包不同目录。...5、执行一个压缩文件如果你确实有多个文件和/或依赖模块,并且希望将所有代码作为一个单元发布,你可以用一个__main__.py,放置在一个压缩文件中,并把压缩文件所在目录放在 sys.path 里,Python...(译注:扩展模块 extension module,即 C/C++ 之类非 Python 文件) 要加载扩展模块,Python 必须调用 dlopen()[9]函数,它要传入一个文件路径,但当该文件路径就包含在压缩文件内时...我知道至少有一个人与 glibc 团队交谈过,关于支持将内存缓冲区传入压缩文件,以便 Python 可以将扩展模块读入内存,并将其传给压缩文件,但是如果内存为此服务,glibc 团队并不同意。

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使用sublime打造go语言开发环境

作为一个码农,编辑器是我们每天用最多工具。那么怎么构建一个go语言环境编辑器呢?...sublime是一个高度定制化编辑器,有强大插件管理平台,并内置了宏操作和python语言进行插件开发,通过这些,可以打造出复合我们习惯IDE工具。...>shift+cmd+p [lugo29tuih.png] 修改配置 安装完成后,修改Godef插件自定义配置文件 { "goroot": "", // $GOROOT路径...安装 安装说明,由于gosublime现在还不支持集成sublime集成式安装,所以可以通过将package包下载到sublime目录下手动来安装 具体安装参考:https://margo.sh/...总结 通过gosublime和Godef插件安装和设置,完成了go语言IDE,可以实现自动补全,保存自动格式化,代码校验,跳转以及源代码查看等功能,以上功能完成一个工程化项目完全可以够了。

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涨见识了,在终端执行 Python 代码 6 种方式!

但这也是为什么你不能/不应该传入包含一个模块路径。因为sys.path可能不包含目录,因此所有的导入将相对于与你预期包不同目录。...如果你看一下促成此博客文章示例,python news可执行,就是因为 news 目录有一个 __main__.py 文件目录就像一个文件路径被 Python 执行了。...不过炫技好处也非常明显,即__main__.py 里不用导入 announce 模块,还是以它为主模块执行,也就不会破坏原来依赖导入关系) 6、执行一个压缩文件 如果你确实有多个文件和/或依赖模块,...(译注:扩展模块 extension module,即 C/C++ 之类非 Python 文件) 要加载扩展模块,Python 必须调用 dlopen()[9]函数,它要传入一个文件路径,但当该文件路径就包含在压缩文件内时...我知道至少有一个人与 glibc 团队交谈过,关于支持将内存缓冲区传入压缩文件,以便 Python 可以将扩展模块读入内存,并将其传给压缩文件,但是如果内存为此服务,glibc 团队并不同意。

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使用sublime打造go语言开发环境

↑ 点击上方 “云端漫记” 关注我 使用sublime打造go语言开发环境 工欲善其事,必先利其器。作为一个码农,编辑器是我们每天用最多工具。那么怎么构建一个go语言环境编辑器呢?...修改配置 安装完成后,修改Godef插件自定义配置文件 { "goroot": "", // $GOROOT路径 "gopath": "" // $GOPATH路径 }...安装 安装说明,由于gosublime现在还不支持集成sublime集成式安装,所以可以通过将package包下载到sublime目录下手动来安装 具体安装参考:https://margo.sh...开启自动补全配置 打开用户自定义配置文件,开启以下两项配置,即可完成自动提示,代码补全功能。...总结 通过gosublime和Godef插件安装和设置,完成了go语言IDE,可以实现自动补全,保存自动格式化,代码校验,跳转以及源代码查看等功能,以上功能完成一个工程化项目完全可以够了。

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go语言环境安装

离线二进制安装 通过手动下载官方提供编译好二进制执行程序压缩,在本地手动解压到指定目录下,并将可执行程序路径加入到环境变量PATH中,使得在命令行工具中,可以在任意目录中使用命令行工具。...选择喜欢安装方式,在go语言中文网下载对应,安装以上说明进行安装 GOPATH环境变量 GOPATH是一个go语言环境变量,官方给出说明 The GOPATH environment variable...简单说,就是go语言依赖一个环境变量,在编译时会在目录下查找第三方依赖 在1.11版本之前,需要引用第三方项目需要将代码放到目录下,在该路径下存在三个目录 ~/go  tree -L...在配置文件中添加vim-go插件,即可使用打造出符合go开发习惯编辑功能。 ? sublime sublime是一个简易高效编辑器,强大插件机制可以让其变得足够强大。...注意,goSublime插件现在还不支持自动化安装,需要手动将安装包下载到sublime安装目录下。

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什么是Deno,它与Node.js有什么不同?

hello.txt 和 hello2.txt 文本文件,其中包含一个 “Hello world” 消息。...代码正在沙箱中执行,因此它无法访问文件系统。 还要注意,我们用是 Deno 命名空间而不是 fs 模块,就像在 Node 中一样。Deno 命名空间提供了许多基本辅助函数。...然后导入它: import { serve } from "http/server.ts"; 为了使它工作,必须通过包含 --importmap 标志告诉 Deno 导入映射: deno run...但是,像 Babel 这样工具会将代码转换为 ES5 版本 JavaScript,因此,即使在不支持语言所有最新功能旧版浏览器中,代码也可以运行。...但这也是以在最终文件包含大量不必要代码并使输出文件膨胀为代价。 由自己决定我们主要目标是什么,并相应地做出选择。

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go语言环境安装

离线二进制安装 通过手动下载官方提供编译好二进制执行程序压缩,在本地手动解压到指定目录下,并将可执行程序路径加入到环境变量PATH中,使得在命令行工具中,可以在任意目录中使用命令行工具。...选择喜欢安装方式,在go语言中文网下载对应,安装以上说明进行安装 GOPATH环境变量 GOPATH是一个go语言环境变量,官方给出说明 The GOPATH environment variable...简单说,就是go语言依赖一个环境,在编译时会在目录下查找第三方依赖 在1.11版本之前,需要引用第三方项目需要将代码放到目录下,在该路径下存在三个目录 ~/go  tree -L 1...在配置文件中添加vim-go插件,即可使用打造出符和go开发习惯编辑功能。...注意,goSublime插件现在还不支持自动化安装,需要手动将安装包下载到sublime安装目录下。

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【收藏篇】Java关键字 及其 更详细介绍

开始和结束标记 { 和 } 是 catch 子句语法一部分,即使子句只包含一个语句,也不能省略这两个标记。 每个 try 块都必须至少有一个 catch 或 finally 子句。...2) package package 关键字指定在 Java 源文件中声明类所驻留 Java 。 package 语句(如果出现)必须是 Java 源文件一个非注释性文本。...如果 Java 源文件包含 package 语句,在该文件中定义类将位于“默认”中。请注意,不能从非默认类引用默认类。 6.... } -注释- 开始和结束标记{和}是catch子句语法一部分,即使子句只包含一个语句,也不能省略这两个标记。...,即使子句只包含一个语句,也不能省略这两个标记。

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Java之Java关键字及其作用

开始和结束标记 { 和 } 是 catch 子句语法一部分,即使子句只包含一个语句,也不能省略这两个标记。 每个 try 块都必须至少有一个 catch 或 finally 子句。...2) package package 关键字指定在 Java 源文件中声明类所驻留 Java 。 package 语句(如果出现)必须是 Java 源文件一个非注释性文本。...如果 Java 源文件包含 package 语句,在该文件中定义类将位于“默认”中。请注意,不能从非默认类引用默认类。 6....每个try块都必须至少有一个catch或finally子句。 如果某个特定异常类未被任何catch子句处理,异常将沿着调用栈递归地传播到下一个封闭try块。...{和}是finally子句语法一部分,即使子句只包含一个语句,也不能省略这两个标记。

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Java 9模块系统到底怎么用

然后在cn.felord.module下创建一个module-info.java文件,这个文件被称为模块描述符文件。 在模块描述符文件同级别创建Java。...最后在创建包下编写你Java类文件即可。 创建模块规则 创建模块也必须遵守下面的规则: 模块名称必须是唯一。 模块描述符文件module-info.java 必须有。 名称必须是唯一。...即使在不同模块中,我们也不能有相同名。 每个模块将创建一个 jar 文件。对于多个 jar,我们需要创建单独模块。 一个项目可以由多个模块组成。 模块类型 模块同样还具有类型,一共有四种。...导出包 默认情况下,模块里下所有都是私有的,即使被外部依赖也无法访问,一个模块之内还遵循之前规则不受模块影响。...❝定向导作用域是模块。 依赖 如果一个模块要访问从其它模块导出,则模块必须使用requires关键字导入要访问所在模块。

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我们如何选择

我们如何选择 作者:张首富 时间:2020-05-25 w x:y18163201 起因 今天让我同事帮忙构建一个基于python代码docker,然后他问我使用那个底层镜像,我说你直接去docker...hub上找一个,他打开之后问我这么多我使用那个,他们之间有什么不一样呢?...”稳定版“软件 ubstable 不稳定版,开发版本 buildpack-deps 基础镜像 镜像包含了通常开发所必须文件和工具(比如源码管理工具)。.../hello"] 生成镜像大小为 7.5M,对于一个只打印 ‘hello world’程序来说确实有点大了,但我们可以换个角度: 即使程序很复杂,生成镜像也不会很大。...包含了很多有用调试工具。 即使运行时缺少某些特殊调试工具,也可以迅速安装。 Go 语言搞定了,C 语言呢?并没有 gcc:alpine 这样镜像啊。

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我们如何选择

我们如何选择 作者:张首富 时间:2020-05-25 w x:y18163201 起因 今天让我同事帮忙构建一个基于python代码docker,然后他问我使用那个底层镜像,我说你直接去docker...hub上找一个,他打开之后问我这么多我使用那个,他们之间有什么不一样呢?...”稳定版“软件 ubstable 不稳定版,开发版本 buildpack-deps 基础镜像 镜像包含了通常开发所必须文件和工具(比如源码管理工具)。.../hello"] 生成镜像大小为 7.5M,对于一个只打印 ‘hello world’程序来说确实有点大了,但我们可以换个角度: 即使程序很复杂,生成镜像也不会很大。...包含了很多有用调试工具。 即使运行时缺少某些特殊调试工具,也可以迅速安装。 Go 语言搞定了,C 语言呢?并没有 gcc:alpine 这样镜像啊。

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