最近被奥密克戎刷屏了，想看下结构，结果发现，只有一张图片，没有相关的结构数据 先从PDB库中获取，搜索关键词，Omicron PDB 官网：https://www.rcsb.org/ 检索结果，不是新冠的
被称为“奥密克戎的妹妹”新冠病毒变异株，现在版本的奥密克戎毒株的亚变体 BA.2 也登场了(，病毒还有 2.0 版本？)，由于缺少一个关键突变，科学家们认为可能使其更难追踪。...奥密克戎毒株的传染性很强，但致病力和危害性有多大，目前还在研究中。 不过，值得注意的是，有研究发现奥密克戎有让感染过病毒康复后的人群以及打过疫苗的人群再次感染的能力。 ■ 疫苗对奥密克戎的效果如何？...■ 奥密克戎导致中和抗体的效力大减，打疫苗没有用了？ 研究虽然证实接种 2 剂灭活疫苗 (国药) 的人对奥密克戎突变株的血浆中和抗体的滴度显著下降，但接种第三针加强针后中和抗体滴度有所上升。...疫苗对奥密克戎突变株建立的免疫应答仍有可能发挥作用：人体免疫系统，尤其是免疫记忆细胞，可能不会像抗体反应这样受到奥密克戎突变很大的影响。 大家还是需要及时接种加强针，共筑防疫的长城。...■ 奥密克戎感染 “媲美” 大号流感？ 与德尔塔毒株相比，奥密克戎毒株引发的症状似乎属于“轻症” (部分人常见的症状包括喉咙痛，流鼻水和头痛。
Omicron 持续突变引发免疫逃逸和更高传染性奥密克戎 (Omicron) 作为新型冠状病毒...“免疫印迹”效应诱导趋同进化为研究 RBD 趋同进化的原因，研究者表征了 Omicron BA.2 和 BA.5 突破性感染 (新冠疫苗接种者以及 Omicron 感染康复者体内都能建立免疫保护屏障；突破性感染指机体在建立自身免疫保护屏障后依旧被病毒感染...抗原原罪：首次感染病毒株时，免疫系统产生针对其主要抗原的有效抗体，从而消除感染。但当后续感染同类型病毒株时，免疫系统仍产生针对首次感染病毒株的抗体，而非针对同类型新毒株抗原产生新的抗体。...并且，中和抗体表位的比例和多样性在 Omicron 突破性感染中减少 (这意味着针对多种抗原表位的新抗体的比例和多样性减少)，特别是在 BA.5 突破性感染中 (图 4b)。...该研究基于大量不同变异株感染者抗体逃逸图谱表征的数据所建立的计算模型，可准确推断 RBD 的突变热点。
数据显示，在感染 3 个月后，这 120 万有症状的 SARS-CoV-2 感染者中，至少有 1 种长新冠症状群 (持续疲劳伴身体疼痛或情绪波动；认知问题；或持续呼吸问题) 的患者比例为 6.2%，12...(图 3b); 突破性感染 (新冠疫苗接种者以及新冠病毒感染康复者体内都能建立免疫保护屏障；突破性感染指机体在建立自身免疫保护屏障后依然被新冠病毒感染) 6 个月后，心血管疾病、疲劳等风险增加 (图...此外，新冠感染会造成多器官损伤。对 536 名患者 1 年的随访研究发现， 59% 的患者有单器官损伤，27% 有多器官损伤。...一项研究发现，在感染新冠后的 2 个月，有 16% 的患者出现认知障碍，这种比例在感染 12 个月后增加至 26%。...■ 生殖系统与未感染新冠以及感染新冠但无长新冠症状的妇女相比，患长新冠的妇女更容易出现月经不调、月经稀少、卵巢储备下降和生殖内分泌紊乱等情况。病毒还可能使勃起功能障碍的风险增加。
然而，在这篇论文中，研究人员指出，哪怕是接种过3针疫苗的人群，感染奥密克戎也并不能针对奥密克戎本身提供多少免疫增强。...本文的主要作者Rosemary Boyton教授表示，「感染奥密克戎确实不能有效增加未来再次感染奥密克戎的免疫力。如果感染的是之前的毒株，那确实能增强下一次感染的免疫力。...在最新的研究中，研究人员细致考察了为什么一直以来的惯例到奥密克戎这儿就行不通了：为什么很多感染过奥密克戎的人并没有产生相应的抗体，甚至有的人该打的疫苗也打全了。...研究小组想借此来研究抗体、T细胞、B细胞针对奥密克戎的免疫情况。 研究发现，之前没有感染过新冠病毒的人群，假如在之后感染了奥密克戎，那么就会产生加强的交叉反应性免疫——针对奥密克戎之前的毒株。...然而对奥密克戎而言，反倒还弱了。 此外，在第一波疫情来袭时感染过的人群，再感染奥密克戎的话（包括其子变体BA.4以及BA.5），免疫没什么增强。 研究人员把这种现象称作「混合免疫抑制」。
新智元报道 编辑：David 【新智元导读】目前肆虐全球的新冠奥密克戎变种，到底是哪里来的？目前科学家提出了三种假说：基因突变、慢性感染、其他动物传入。...来源：GISAID 但由于约翰内斯堡是非洲大陆最大机场的所在地，实际上奥密克戎可能起源在世界任何地方——只是在南非被发现，Tulio de Oliveira 说，他是一名生物信息学家，领导了南非追踪包括...德尔塔毒株与奥密克戎毒株刺突蛋白突变对比图 尽管研究人员已向 GISAID 基因组数据库提交了近 750 万个 SARS-CoV-2 序列，但尚未对来自全球 COVID-19 患者的数亿个病毒基因组进行测序...假说二：人类的慢性感染 第二种理论是人类的慢性感染，充当了奥密克戎的「孵化器」。 在慢性感染的患者体内人，病毒可以繁殖数周或数月，并会出现不同类型的突变，来躲避人体的免疫系统。...Pond 说，慢性感染使病毒有机会与免疫系统玩猫捉老鼠的游戏，他认为这是 Omicron 出现的一个合理假设。 在免疫系统受损的人群中已经观察到此类慢性感染。
突变最多的变体 在奥密克戎被世卫组织命名的第二天，不列颠哥伦比亚大学的研究人员们就火速下载了发布在网上的基因序列组，并把奥密克戎的基因样本送进了实验室。...为了弄清楚奥密克戎变体如何附着并感染人体细胞，研究人员使用低温电镜技术，对奥密克戎与人类受体ACE2的结合体进行了接近原子分辨率的结构分析。...尽管表现出了更强的抗体逃逸能力，但这样的实验结果表明，与未接种疫苗的新冠患者产生的自然感染免疫力相比，疫苗对奥密克戎的效果依然更强。...简单总结一下，这项研究从分子水平上，指出奥密克戎突刺蛋白表面的大量突变，被认为能帮助病毒躲避由疫苗接种或先前感染引发的抗体。 并且这样的广泛突变并没有影响奥密克戎与人类细胞结合的能力。...他在文章中表示，到2022年3月，全球将有很大一部分人感染奥密克戎变体。同时随着疫苗接种率的持续提高，全球免疫水平将达到历史最高位。此后，虽然新的新冠病毒变体仍会出现，但大流行应该能得到扼制。
” (图 1a)[1]，Omicron 的变种正在迅速传播到世界各地，与罪魁祸首的原始奥密克戎毒株相比，这些变种在病毒刺突蛋白的一个被称为受体结合域的关键区域有许多突变 (该区域是感染细胞所必需)，突变的增加可能会使这些毒株比原始毒株更难识别...二次感染的可能性有多大那么二次感染新冠其他变异株的可能性大么？...) 的康复者的中和抗体可以预测有症状感染的病情严重程度[5]。...这样看下来，虽有感染风险，但是有了免疫力 (接种过疫苗或者感染过新冠) 的我们，重症或者短期内重复感染的可能性很小。...关于防护与适量运动做好个人防护，根据小 M 的“杨过”经验，切忌过分嚣张，心中认为自己便是不会中招的天选之人，不戴口罩，轻视防护，大摇大摆出入各种阳圈，宣言奥密克戎不过如此，十有八九便是要中招。
丰色 发自 凹非寺 量子位 | 公众号 QbitAI 奥密克戎的新变体又来了，这次叫XE。 它是两种奥密克戎子毒株的重组变体（recombinant variant）。...一般在同一人感染两种或多种新冠病毒时，就可能发生。 2022年1月19日，XE重组变体首次被发现于英国。 其毒株分别来自奥密克戎变体BA.1和奥密克戎“妹妹”BA.2。...要知道，当下BA.2席卷全球多国，光是在英国的传播速度就已经比其他奥密克戎变体快了约75%。 但UKHSA专家表示，在多种变体流行时重组变体并不罕见，大多数都不会给病毒带来任何优势，很快就会消亡。...据以色列《国土报》2022年3月16日报道，该国有一对30多岁的夫妇感染了一种不明奥密克戎病毒。 这两名患者来自入境航班，在抵达以色列之前就已感染，有发烧、头痛和肌肉酸痛症状，但程度较轻。
而当时只提到了目前国内本轮疫情的主要毒株是奥密克戎BF.7，但实际准确的来说：我国现阶段流行的新冠病毒以奥密克戎变异株BA.5的亚分支BA.5.2和BF.7（全称为BA.5.2.1.7）为主。...钟南山介绍[7]，丹麦开展的一项样本量为数万人的研究表明，只要得过一次奥密克戎，98%的人就能避免第二次奥密克戎的感染。...卡塔尔的研究显示，感染了奥密克戎后，不管有无症状，有78%的人在相当长时间内都不会重复感染奥密克戎。 经过查询，丹麦的该项研究[8]确实存在，但发生在今年初（丹麦国内BA1、BA2变异株交替）。...丹麦科学家证实，BA.2变异株同样可以感染之前被奥密克戎感染过的患者，但感染率比较低。...参考资料 [1] 【防疫科普】感染奥密克戎BF.7变异株会有哪些临床表现？专家详解: [2] 北方毒株比南方凶？: 奥密克戎不同分支有无差别？
SARS-CoV-2 德尔塔和奥密克戎变异株之间的重组可能导致一组新的突变，对病毒的传播性和严重程度产生未知影响。...最终发现18例患者存在德尔塔和奥密克戎共感染，其中一例患者检测到德尔塔和奥密克戎重组病毒的证据。...该研究通过对29719样本进行测序，确定并验证了18例与德尔塔和奥密克戎共感染的病例，并在其中一例患者中发现了德尔塔和奥密克戎重组的证据。...然而，无法确定是两种病毒同时感染该患者或是仅感染了德尔塔和奥密克戎重组毒株。无论是那种情况，重组德尔塔-奥密克戎重组体没有显示出增加了宿主间的传播能力。...综上所述，研究发现德尔塔-奥密克戎重组病毒很少见，且没有证据表明德尔塔-奥密克戎重组病毒与奥密克戎毒株相比具有更高的宿主间传播能力。
---- 新智元报道 编辑：David 时光 【新智元导读】奥密克戎继续肆虐全球，最新一期Nature封面连发6文，详细揭示奥密克戎变种毒株是如何逃避现有疫苗，并以惊人速度传播开来。...面临奥密克戎变种的大流行，现有疫苗确实起到了一些保护作用。 但是，奥密克戎的高传染、快传播、隐匿性，给世界疫情防控提出了严峻挑战。...今天，Nature封面刊题《奥密克戎和抗体》，集纳6篇与此主题相关论文，对奥密克戎与抗体问题进行专题研究。 奥密克戎是如何「逃避」疫苗抗体的？...此次Nature《奥密克戎和抗体》专题论文涉及：如何逃避疫苗抗体，避开抗体中和，以及感染者恢复期的血清活性等等。...这些论文中，详实的数据与图表支撑了研究观点，揭示了奥密克戎如何逃避疫苗抗体。 此外，针对未感染者、H1299感染者、H1299-ACE2新型冠状病毒感染者进行对照研究。
简单来说，就是现有疫苗对奥密克戎病毒有用，但由于其结构的改变，降低了抗体的识别能力。 这就能解释，为何现有的奥密克戎感染病例中有已经打过疫苗的患者了。...…… 而从实验结果上来看，现有的中和抗体可能仍然会与奥密克戎变异的突变刺突蛋白结合。 然而，与参考RBD结构相比，奥密克戎的RBD对中和抗体的亲和力似乎降低了。...AlphaFold2和RoseTTAFold的结果都表明，以前感染的抗体至少会对奥密克戎提供一些保护。...如果你的免疫力不够强大，奥密克戎不是“大号流感”；如果没有很好的医疗资源，奥密克戎是会“咬人”的。...而就在最近，世卫组织也对奥密克戎发出警告，称“尽管其毒性可能较弱，但不能低估了它”。 甚至还做出了“或在6到8周内感染半数以上欧洲人”的预测。 因此，做好防疫措施依然是重中之重。
只要感染过奥密克戎 BA.5.2 毒株，就不会感染其他奥密克戎毒株（如BF.7）。 相信很多朋友都有这样的疑问：到底是“早阳早好”呢，还是一直和病毒捉迷藏，晚被感染更恰当？...上图为卡塔尔的一项研究结果，感染过奥密克戎之前的毒株（如Alpha，Delta等）的康复者，只有35.5% 能免于感染奥密克戎。...这是由于奥密克戎变异太大，分子结构和原始野生的新冠毒株已经“长得不一样”了，使得之前感染野生毒株产生的抗体无法识别出奥密克戎，从而使人再次感染。...奥密克戎是 2021 年底出现的，在此之前的新冠疫苗都是针对原始毒株和某些变异株，因此对奥密克戎的防感染能力就相对较弱。...钟院士在中山大学的讲座上介绍了丹麦的研究结果（下图），即奥密克戎的感染对 BA.5 (奥密克戎的孙辈变种) 有 92.7% 的二次感染保护率。
德尔塔和奥密克戎结合的消息引起了许多人的恐慌，双毒合一是不是意味着更强的传播性？我们应该怎么应对？ 文摘菌带大家来看一下。...那这个结合了德尔塔和奥密克戎的病毒的威力如何呢？会不会引起更强的传播效应？...“德尔塔克戎”的来源：同一人感染两个病毒 “德尔塔克戎”是怎么来的呢？...也就是说，“德尔塔克戎是德尔塔和奥密克戎在同一人群中传播的产物”，比如有一个人，同时感染了德尔塔病毒和奥密克戎病毒，然后这两个病毒在他体内入侵了同一个细胞，在病毒复制扩增的过程中，可能就会出现重组现象。...从目前的研究来看，德尔塔克戎是GK/AY.4和GRA/BA.1谱系的后裔，近期的研究显示，德尔塔克戎病毒98.3%为奥密克戎毒株，传播机制和奥密克戎毒株并没有大的区别。
金磊 发自 凹非寺 量子位 | 公众号 QbitAI 德尔塔 + 奥密克戎 = 德尔塔克戎（deltacron）。 最近，来自法国的一项研究，通过基因组测序首次证实这种新冠“双毒合一”变异的存在。...德尔塔克戎，双毒合一 早在今年1月9日，来自塞浦路斯大学的研究人员就怀疑，在当地出现了一种德尔塔与奥密克戎的重组新冠毒株。...其基因与德尔塔毒株更为接近，但拥有大量奥密克戎毒株的特有变异，因此当时他们便把这种新病毒命名为德尔塔克戎。...在此期间，研究人员对29719个阳性样本进行了测序，并对德尔塔或奥密克戎特异性突变的存在和比例做了分析。...对此，研究人员表示： 德尔塔克戎重组病毒十分罕见，与奥密克戎相比，没有证据表明其具备更高的传播性。
今年以来，奥密克戎变异株在国内多地引发疫情，其隐匿性更强、传播速度更快、感染率更高，且具备更强的免疫逃脱能力，给防控工作带来更大考验。面对不断变异的奥密克戎，各地既要调整防控策略，也要升级防疫设备。...以数字哨兵为代表的新型AI防疫设备，既涵盖人脸识别测温一体机、健康码扫码机等产品功能，还具备更强的防疫管理能力，是应对奥密克戎变异株的利器。...守牢防疫战“第一道门岗”应对奥密克戎变异株，“外防输入”仍然是行之有效的防控策略。汕头大学病毒学专家常荣山建议，在变异株“外防输入”上要坚持“唯早唯快不败”。...以AI技术为抗疫筑起“智慧防线”，进而有效降低奥密克戎变异株输入风险。...快速部署响应防疫需求疫情就是命令，应对奥密克戎变异株，防疫设备的快速高效部署十分重要。
新智元报道 编辑：Aeneas 好困 【新智元导读】让蒙脱石散卖脱销、药厂老板梦中笑醒的XBB，是怎么在一众奥密克戎亚种中「脱颖而出」的？ 新年第一天，「蒙脱石散」忽然冲上微博热搜榜榜首。...10月下旬，英国卫生安全局给两个新的奥密克戎「孙子辈」毒株分别起名为BQ.1和XBB。 对，XBB起初并不是WTO的官方命名，而是首先被研究人员和公共卫生机构使用。...在奥密克戎（Omicron）变种的「家谱」中，可以看到，BA.2是BA.5的父亲、BQ.1的祖父。BQ.1可以看作是BA.5的儿子。...论文地址：https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.12.018 奥密克戎的这些变种进化得这么「成功」，部分原因在于刺突蛋白的受体结合域中的几个共享突变。...而12月19日这篇Nature的论文则进一步证实了，目前的群体免疫和BA.5疫苗加强针，都无法有效预防奥密克戎融合变种的感染。
大数据文摘出品 作者：Caleb 被奥密克戎支配的恐惧还没结束，XBB.1.5又来了。...该谱系是BA.2谱系的两个后代的重组体，该谱系于2022年初开始激增；BA.2本身是奥密克戎的分支。XBB的刺突蛋白具有一系列突变，可增强变体逃避抗体的能力，这有助于XBB在全球范围的传播。...弗雷德·哈钦森癌症中心的传染病专家阿尔帕纳·瓦赫玛也对此表示认同，目前还没有证据表明感染任何新亚变体的人会出现新的或不寻常的症状，或者他们的疾病比之前的奥密克戎变体中看到的更严重。...二价加强针可以让免疫系统学会识别原始毒株以及BA.5奥密克戎变异株。虽然二价疫苗产生的抗体抵御XBB.1.5的能力还有待观察，但如果被感染，靠加强针产生的T细胞防护仍能保护人体免受严重疾病的影响。...从多项研究结果来看，XBB进化分支最开始发现的原始株和之前的VOC关切变异株，德尔塔和奥密克戎比较靠前的，早期发现的进化分支，它的免疫逃逸能力明显增加，这导致美国这些国家的传播呈现明显增加的趋势。
本次获奖的图表涵盖了生命科学、天文学、环境科学等多个研究领域，包含奥密克戎毒株变体、詹姆斯韦伯望远镜等年度热点话题。 话不多说，快来看看获奖选手的作品有多亮。...奥密克戎家族树图谱 2022年，奥密克戎以及它的其他变体亚型毫无疑问是个绕不开的话题。...图为奥密克戎亚型于SARS-Cov-2家族中的树状图 早期的Alpha 和 Delta，都来自 SARS-CoV-2 家族树的不同分支。
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