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NeurIPS 2021|分子的三维构象集的扭转几何生成

今天给大家介绍的是NeurIPS 2021上一篇来自MIT的论文。在化学信息学和药物发现领域中,从分子图中预测分子的三维构象集具有关键的作用,但现有的生成模型存在严重的问题,这包括缺乏对重要分子几何元素的建模,优化阶段容易出现累积误差,需要基于经典力场或计算代价昂贵的方法进行结构微调。作者团队提出GEOMOL模型,一种端到端、非自回归和SE(3)不变的机器学习方法来生成低能分子三维构象的分布。利用消息传递神经网络(MPNN)捕捉局部和全局信息的能力,我们能预测局部原子的3D结构和扭转角,这样的局部预测即可用于计算训练损失,也可用于测试时的完整构象。作者团队设计了一个非对抗性的基于损失函数的最优传输来促进多样的构象生成。GEOMOL优于流行的开源、商业或最先进的ML模型,同时速度得到了显著提升。我们希望这种可微的三维结构生成器能对分子建模和相关应用产生重大影响。

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R语言数据分析与挖掘(第四章):回归分析(1)——一元回归分析

回归分析只涉及到两个变量的,称一元回归分析。一元回归的主要任务是从两个相关变量中的一个变量去估计另一个变量,被估计的变量,称因变量,可设为Y;估计出的变量,称自变量,设为X。回归分析就是要找出一个数学模型Y=f(X),使得从X估计Y可以用一个函数式去计算。当Y=f(X)的形式是一个直线方程时,称为一元线性回归。这个方程一般可表示为Y=A+BX。根据最小平方法或其他方法,可以从样本数据确定常数项A与回归系数B的值。A、B确定后,有一个X的观测值,就可得到一个Y的估计值。回归方程是否可靠,估计的误差有多大,都还应经过显著性检验和误差计算。有无显著的相关关系以及样本的大小等等,是影响回归方程可靠性的因素。R语言中的一元线性回归是用lm()函数实现的。

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学习笔记 | 吴恩达之神经网络和深度学习

机器学习 机器学习研究的是计算机怎样模拟人类的学习行为,以获取新的知识或技能,并重新组织已有的知识结构使之不断改善自身。简单的说,就是计算机从数据中学习规律和模式,以应用在新数据上做预测的任务。 深度学习概念 深度学习指的是训练神经网络,有时候规模很大。 线性回归 回归函数,例如在最简单的房价预测中,我们有几套房屋的面积以及最后的价格,根据这些数据来预测另外的面积的房屋的价格,根据回归预测,在以房屋面积为输入x,输出为价格的坐标轴上,做一条直线最符合这几个点的函数,将它作为根据面积预测价格的根据,这条线就是

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