一、简介 shiny是R中专门用于开发轻量级web应用的框架，在本地写一个shiny应用并调用非常方便，但如果你希望你的shiny应用能够以远程的方式提供给更多人来使用，就需要将写好的shiny应用部署到服务器上...，主要有两种方式，第一种是将shiny应用发布在shinyapps上，第二种是将你的shiny应用部署到自己租用的服务器上，前者比较方便但遇到一些R包环境或中文显示等问题时几乎是无解的，而后者虽然麻烦，...其实可以在服务器中输入wget 下载链接 来下载对应的文件，但是无奈这样下速度太慢，于是我在本地电脑用了之后以很快的速度下载了Rstudio的geb文件，然后用pscp上传到我们的服务器上的指定目录下：...2.4 安装shiny和shiny server 接下来到了最重要的地方，我们来安装shiny和shiny server，首先我们在服务器上的R环境中安装shiny包： ? ...接下来安装shiny server，同样的在本地从官网下载对应的geb安装包，然后用pscp上传到指定目录下： ?
在需要创建一个简单的仪表盘初始版本并将其并入更高级的设计版本时，flexdashboard包十分好用。利用flexdashboard包可以在一个小时内启动和运行仪表盘。 4....随着Shiny的发展，越来越多的验证函数和测试函数加入了Shiny，帮助程序员更好地诊断和提醒错误。 当操作环境中没有其他变量时，req（）函数可以悄无声息地阻止一个操作的发生，并且不弹出错误提醒。...利用系统环境保密所有凭证 如果在分享代码时，设置了数据库登录凭证或类似的设置，可以利用系统环境，防止凭证被上传到Github或其他地方造成代码泄露。...具体来说，需要在R Markdown文件的YAML标头中设置参数，并给每个参数赋值。...尽管这一功能看起来是毫无意义的自我赞赏，它实际上发挥着巨大的作用。它可以在用户成功地完成一个任务时，对用户进行赞美或鼓励。
但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源，实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP，所以我在自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署在课题组的服务器上...，具体使用可以参考官方手册，我这里不讲，因为我的应用无法部署上去，我使用到的一个包genetics显示来源有问题，不兼容。...配置服务器 有了云服务器就能各种折腾了，我已经折腾过好几台服务器了，所以比较顺利就安装配置好了部署环境，新手的话参考生信技能树的帖子：如果有一个新的服务器你会做什么？，基本能顺利地走通。...需要注意的是，你购买的云服务器你进去之后实际上是root用户登录的，我一开始部署的时候由于安装的包都是root用户安装的，所以就修改了配置问题，用root用户运行Shiny-server，开始的时候运行正常...所有准备环境准备好了之后，就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面，可能需要修改目录所属权限： sudo chown -R shiny:shiny shiny-server
将Shiny应用程序部署到Web上的方法有很多种; 本教程使用Shiny Server在Linode上托管示例Shiny应用程序。...构建一个Shiny测试应用 Shiny Server附带预装的演示应用程序。但是，为了演示部署应用程序的过程，您将在本地创建应用程序并将其部署到CVM上的Shiny Server。...打开RStudio并安装Shiny包： install.packages('shiny') 在“ 文件”菜单中的“ 新建文件”下，选择“ Shiny Web App ...”。...将Shiny应用程序部署到远程服务器 应在您的CVM上完成本节中的步骤。...更改此文件后，重新启动该shiny-server服务： sudo systemctl restart shiny-server.service 总结 为了使部署的应用程序与本地环境中所做的更改保持同步，
要使用GitHub，您需要注册（免费）并选择一个用户名。 要通过GitHub共享应用，请在GitHub上创建项目存储库。然后将您的app.R文件以及该应用程序使用的所有补充文件存储在存储库中。...您无需注册GitHub帐户即可使用此服务。即使您拥有GitHub帐户，gist也是共享Shiny项目的一种简单快捷的方法。 操作方法： 将您的app.R文件复制并粘贴到gist网页。...他们要求您的用户在计算机上安装R和Shiny。 但是，Shiny创造了绝佳的机会，可以与没有R（也无意安装它）的人们共享输出。您的Shiny应用恰好是世界上使用最广泛的通信工具之一：网页。...RStudio Connect 如果您在营利性环境中使用Shiny，则可能需要为自己提供大多数付费服务器程序随附的服务器工具，例如 密码认证 SSL支持 管理员工具 优先支持 如果是这样，请查看RStudio...回顾 shiny的应用程序易于共享。您可以将应用程序共享为几个R脚本，也可以将其共享为具有自己的URL的功能完善的Web应用程序。每种方法都有其自身的优点。
App 4 安装并配置node.js 4.1 下载解压 4.2 配置环境变量 4.3 配置npm参数 4.4 安装 electron-packager 5 使用electron-quick-start...另外，Rstudio主张将Shiny部署在https://www.shinyapps.io/，但是看到这个价格以及资源限制以后进一步被劝退了。...那么，如果我们实现了一个精妙的Shiny App，如何0成本的分享给别人，且别人能够方便的使用呢？...那么一个最为方便且易于实现的思路是这样的： 安装R-Portable作为开发、部署、分发的R环境 在上述环境中开发ShinyApp（推荐使用golem） 通过electron-quick-start将R-Portable.../R/run_app.R') run_app() 出现下面这个界面Shiny App基本上就成了，可以打开一个csv文件自己测试一下。
你可以在 https://github.com/hadley/neiss 上找到有关此数据集的更多信息。 本文将聚焦于 2017 年的数据，该数据不是很大，因此可以存储在 Git，并方便后续的使用。...我们使用下面的代码提取需要的数据并将其存储。...我们将其与其他两个数据框配对使用，以提供更多背景信息：products 可让我们从产品代码中查找产品名称；population 可告诉我们 2017 年美国各个年龄段和性别的总人口。...我们可以通过比较受伤人数与总人数并计算受伤率来控制这一情况。在这里，我使用每 10,000的比率。...浏览这些内容是一种非正式的方法，可以用来检查我们的假设并产生新的想法以供进一步探索。
图片KeyShot Pro 11 for Mac(3D动画渲染工具)KeyShot11新增功能3D绘画 用笔触探索细节3D Paint 允许您通过直接在模型表面上绘画或冲压来进一步定制产品的材料和饰面。...这个强大的功能集消除了将渲染输出与其相应材质对齐的手动过程，允许您定义自定义架构、利用材质库元数据并轻松生成现成的“技术包”以供设计审查。物理模拟 摇晃、摇晃和滚动。...物理模拟允许您记录对象的物理并将其应用为关键帧动画。该工具引入了完全模拟的动画以及更精确的散射对象。模拟可以应用于单个或多个模型集、对象或对象组，并作为部分或整个组进行模拟。控制重力、摩擦力和弹力等。...将场景上传到 KeyShot Cloud，并通过一个链接跨浏览器、桌面和移动设备与其他人共享交互式场景。...附加功能和改进环境光动画使用 KeyShot Animation 直接控制和调整环境的亮度。
表单仅仅是一个“模块”，你可以将其插入任何所需 Shiny App 中。每次提交响应时，它将被另存为文件。...当前功能 •表单结果保存到本地文件；•支持必填字段和可选字段（在问题列表中使用 mandatory 参数）；•仅用一行代码即可为 Shiny UI 和 server 添加表单；•可以在同一 App 中包含多种不同形式...）；•支持管理员模式：如果在 URL 上添加 ?...validations 参数）；•可选加入“重置”按钮，用于重置表单中的字段（在表单信息列表中使用 reset = TRUE 参数）；•问题可包含提示文本，显示在标题下方（在问题列表中使用 hint...再举一个例子 此示例与上一个示例相似，但进一步说明了其他的一些功能。它显示了如何在一个应用程序中插入两个表格，以及如何使用管理员查看功能。
我们首先创建一些结构体来定义我们将通过 POST 调用接收的 Web 请求负载，以及一种将其上传到我们的 S3 存储桶的方法。...我们的同步处理器一次只将一个有效负载上传到 S3，并且由于传入请求的速率远远大于单个处理器上传到 S3 的能力，我们的 job 缓冲通道很快达到了极限并阻止了请求处理程序的能力，队列很快就阻塞满了。...对于那些熟悉 Java、C# 等的人来说，可以将其视为 Golang 使用通道实现 Worker 线程池的方式。...由于我们在这个项目中使用了 Amazon Elasticbeanstalk 和 dockerized Go 环境，因此我们从环境变量中读取这些值。...以下是服务器数量变化截图： 图片 在正确配置集群和自动缩放设置后，我们能够将其进一步降低到仅 4x EC2 c4.Large 实例，并且如果 CPU 使用率超过 90% 持续 5 天，Elastic Auto-Scaling
使用交互式shiny和绘图界面，我们可以将鼠标悬停在点上以查看特定点的位置，然后单击点以轻松标记它们。 还提供了一种直接导出为 PDF 以供发表的简单方法。...R包安装 install.packages("easylabel") library(easylabel) 可视化介绍 01 散点图 使用 easylabel() 打开一个shiny的应用程序并绘制和标记散点图...rect_col = 'black', text_col = 'white', border_col = NA) 03 曼哈顿图 可以使用函数...SLE_gwas$pos >= 28e6 & SLE_gwas$pos <= 34e6, ], output_shiny...shareY = T, titleX = T, margin=0.05, nrows=2, heights=c(0.7, 0.3)) 小编总结 easylabel通过shiny
生信研究 1、 Nucleic Acids Research | 汤富酬课题组实现基于单细胞测序数据的人类基因组从头组装 汤富酬课题组使用单细胞基因组三代测序技术，首次在单细胞水平上完成了 Mb 级连续性的人类基因组组装...这项研究的发现有望为个性化的癌症预防提供新的契机，为基于肿瘤易感基因的治疗策略提供更为精准的指导，有望推动癌症研究和治疗的进一步发展。...这些研究与456个质谱数据集一起证实了人类蛋白水平上存在603个小肽，并为这些小蛋白的亚细胞定位提供了见解。...区分微生物代谢物与其他人（例如宿主，食物或环境）并探索其代谢功能以及与微生物组的相关性可能会提高生物标志物发现的效率和准确性。到目前为止还没有此类生物信息学工具可用。...本文开发了Metorigin交互式Web服务器，可区分源自微生物组的代谢物，执行基于原始的代谢途径富集分析，并使用Sankey网络可视化在数据库中集成了数据库中的统计相关性和生物关系。
Thanos Sidecar: 连接 Prometheus，将其数据提供给 Thanos Query 查询，并且/或者将其上传到对象存储，以供长期存储。...Thanos Ruler: 对监控数据进行评估和告警，还可以计算出新的监控数据，将这些新数据提供给 Thanos Query 查询并且/或者上传到对象存储，以供长期存储。...实际上，Thanos 也是使用了类似的设计思想，Thanos Query 就是这个 "中间件" 的关键入口。它实现了 Prometheus 的 HTTP API，能够 "看懂" PromQL。...它们都可以将数据上传到对象存储以供长期保存，区别在于最新数据的存储。...如果仔细看完，我相信你已经 get 到了 Thanos 的精髓，不过我们还没开始讲如何部署与实践，实际上在腾讯云容器服务的多个产品的内部监控已经在使用 Thanos 了，比如 TKE (公有云 k8s)
在仪表盘中添加 Shiny，可以利用viewers更改参数，并显示实时结果。...在 flexdashboard 中使用 Shiny 可以将一个静态的 R Markdown 报告变成一个交互式文档。...需要注意的是，交互式文档需要部署到 Shiny 的服务器上，以便广泛共享(而静态 R Markdown 文档是可以附加到电子邮件或从任何标准 web 服务器提供的独立 web 页面)。...注：文档顶部标记为 global 的 R 代码块在全局环境中都可以被调用。这将为用户带来更好的启动性能，强烈推荐大家使用。...关于部署交互式文档，你可以使用 Shiny Server 或 RStudio Connect：https://www.rstudio.com/products/shiny/shiny-server/。
工作流系列将向读者介绍如何提升 3 个重要的 Shiny 工作流： 创建应用，进行更改并尝试结果的基本开发周期。 调试，找出代码出了什么问题的技巧，并集思广益地解决该问题。...创建 Shiny 应用 我们基本上使用相同的六行 R 代码启动每个应用程序： library(shiny) ui <- fluidPage( ) server <- function(input, output...进一步降低迭代速度的另一种方法是打开自动重新加载（options(shiny.autoreload = TRUE)），然后在后台作业中运行该应用，使用此工作流程，保存文件后，您的应用将重新启动：无需关闭并重新启动...这将导致更快的工作流程： 编写代码并运行保存快捷键保存文件。 交互式地测试应用。 回到第 1 步。...具体使用方法见 https://github.com/sol-eng/background-jobs/tree/master/shiny-job。
”，这样可以让应用程序开发人员可以轻松地采用新技术，并将其融入到现有的workflow中。...所以相比之下，Docker容器是创建密集环境的理想选择，在这种环境中，主机服务器的资源被充分利用，但不会被过度使用。...此外，Docker不会强制您为容器分配给定数量的资源(虽然您可以为单个容器设置资源配额)。这意味着Docker容器能够更高效和动态地使用来自主机的资源。...当放置在一个容器或服务上的需求减少时，它所消耗的资源将被释放以供其他服务使用。 因此，这让Docker拥有了让人信服的优点： 1 简化配置 Docker倡导的主要使用场合是简化配置。...虚拟机的一大优点在于，能够在你的基础设施上运行任何平台，虚拟机有自己的配置。Docker提供了同样这项功能，却没有虚拟机的开销。它让你可以将环境和配置放入到代码中加以部署。
KeyShot 11是一款相当优秀的专业化实时3D渲染工具，使用它可以简化3d渲染和动画制作流程，并且提供最准确的材质及光线，渲染效果更加真实，KeyShot为您提供了使用 CPU 或 NVIDIA GPU...这个强大的功能集消除了将渲染输出与其相应材质对齐的手动过程，允许您定义自定义架构、利用材质库元数据并轻松生成现成的“技术包”以供设计审查。物理模拟摇晃、摇晃和滚动。...物理模拟允许您记录对象的物理并将其应用为关键帧动画。该工具引入了完全模拟的动画以及更精确的散射对象。模拟可以应用于单个或多个模型集、对象或对象组，并作为部分或整个组进行模拟。控制重力、摩擦力和弹力等。...将场景上传到 KeyShot Cloud，并通过一个链接跨浏览器、桌面和移动设备与其他人共享交互式场景。...KeyShot Web Viewer 经过高度优化，可提供最逼真的视觉效果和最流畅的交互，以便在 Web 浏览器和移动设备上查看 3D。工作流程自动化每个变体的自动化。
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，相关行业的大公司也越来越关注数据中蕴含的价值，数据的收集和应用比以前任何时候都看得更加重要，甚至业务相近的公司不惜打价格战或亏本以获得用户活跃量，这些都看中的是数据中蕴含的价值，需要等待数据科学家去进一步挖掘...值得庆幸的是，大量的开源数据可视化工具能够从空间和表格中获取到独特数据，并通过使用高级图形和图表向用户呈现信息。 那么哪些工具值得花时间去探索或采用呢？...R Shiny R Shiny是一个开源软件包，它提供了使用R语言来构建数据可视化，通过交互式图表和应用程序的Web框架建立。...随着新零售的到来，我们已经看到零售行业内不断地更新数据，并寻找能够成功每分钟更新的平台。 ?...你只需将数据上传到CSV文件中，在线工具就可以构建自定义的视觉效果，例如条形图和折线图。
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