Python又是当下最流行的编程软件之一，Python也是开源的，包含了非常丰富的第三方库（如机器学习算法），那么如何让Python和R共同工作呢？利用Python中的rpy2包就可以实现这一想法。...加载rpy2与rpy2包的内容 rpy2，可以实现使用python读取R的对象、调用R的方法以及Python与R数据结构转换等。 （1）加载rpy2 ? rpy2包里面包含下面的内容： ?...如何使用ry2 （1）在Python中加载R软件包 需要用到robjects中的packages里面的importr函数，我们以R中的stats包和ggplot2包为例，ggplot2是R中超级强大的绘图包...当然，需要先在R软件中加载这两个包。 ? （2）访问R实例 需要用到robjects.r，它是在Python中的嵌入式R进程，把r当作从python走向R的通道来看就可以了。...总结 本文主要介绍了利用rpy2包在Python中访问R语言包和函数，其中最重要的子包是robjects，可以生成R中的数据结构；最重要的实例是rojects.r(' ')，可以通过三种方式访问R中的数据和函数
目录： R 包更新 R 更新 前言 虽然在09. R studio/R 工具指南（八：R 的版本控制） 我们提到过，有不同的R 的版本，并且可以通过一定的操作，在不同的系统下进行R 版本的无缝切换。...★查看了一下，发现updateR 和installr 这两个包分别对应了win os 与mac os 的两个系统。”...这里我直接是现将新版本4.0 下的library 目录中的包保存出来，接着直接将原本版本R 中的library 直接复制进去，接着再将本来的4.0 下的包（base 之类R 安装中自带的）再覆盖回去。...一切完成后，在新版本的R 中尝试调用安装的其他包： > library(maftools) 错误: package or namespace load failed for ‘maftools’: package...这时候直接对目录中的 R 包进行更新： update.packages(checkBuilt=TRUE, ask = T) 接着就在后台放一阵吧～ 但有时候基础包的更新函数却对Bioconductor
在python中，代码有以下两种组织形式 module， 模块 package，包 与perl语言不同，一个python脚本就是一个模块，而包则是多个模块组成的功能完善的整体。...，内层的文件夹下是不同的子模块，为了区分普通的文件路径和python包，在每一层文件夹下都必须有一个名称为__init__.py文件，该文件用于定义模块初始化的一些属性，如果没有特殊要求，该文件内容为空即可...模块到包的变化，只需要遵守特定的文件结构即可，而普通的python脚本作为一个模块来使用，则有一些注意事项。...可以实现模块导入时其主程序中的代码不执行，而单独运行该模块时，又可以执行主程序中的代码。...，说明该模块作为一个脚本在单独运行，相反的，当值不为__main__时，说明该模块被导入，通过这个if判断，将对应的代码放置在不同的分支中，就可以将两种情况下需要执行的代码区分开，这也是为何python
因为我们可以为R 读取包的路径设置多个，接下来我还做了一些其他设定： 增加一个机械硬盘中的目录，专门给那些大的R 包准备，比如基因组数据等等； 增加一个固态下的目录，并同步到坚果云等同步盘中，文件名设置为操作系统...-R版本的格式，专门存放那些经常使用且内容并不太大的R 包，比如哈德雷老哥全家套等等。...那么该如何在特定情况下，将R 包安装到指定位置呢？...这里需要借助参数lib： install.packages(pacman, lib = "xxx") 这时候你就可以将路径指向其他目录了： 机械硬盘中的目录，专门给那些大的R 包准备 固态下的目录，并同步到坚果云等同步盘中...(qq.com) 这里再多一嘴destdir 参数，它表示下载的R 包压缩数据存放的位置，默认为NULL，表示将默认下载到R 启动所在的工作目录，比如你用的Rproj 则在Rproj 下。
那么，作为神一样的R语言简直无所不能，他们开发了Rtool，这个工具不仅是为创建R包用的，同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。...data文件夹保存数据（本例中对应d），R文件夹保存函数（本例中对应f和g），man文件夹存放.Rd文件，用来生成帮助文件。...接下来就是编译R包，编译R包前我们需要先验证时是不是Rcmd所在的文件夹已经在环境变量中否则直接调用Rcmd会出错如图 ?...接下来将是见证奇迹的时刻了，填充好title后再次运行编译程序： ? 那么我们的R包建好了，当然R包也是gz结尾的，意味着只有Linux下是好用的。
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。
导读 在前期推文Python中的时序分析工具包推荐（1）中介绍了时序分析的三个工具包，分别侧重于时序特征工程、基于sklearn的时序建模和更为高级的时序建模工具。...prophet工具包性能还是很强大的，最主要的是其自动化程度相当高，即使是全默认参数也能取得不错的效果，所以很多其他时序工具包都将其集成在内。...于我个人而言，对salesforce的了解源于在使用AutoML工具transmogify，这也是由salesforce推出的一款基于Spark.ml的自动化机器学习框架。...Merlion因为在本次对比的几个时序分析工具中推出时间相对较晚，所以一定程度上占有后发优势。...下图是Darts的Github中给出的模块功能阵列，从中可以看出支持的模型及所使用时序预测场景： Darts给我的第一印象是其与Merlion十分接近，包括二者都是定制了一个TimeSeries数据类型作为模型的标准输入
Python中的包 什么是python的包与模块 包就是文件夹，包中还可以有包，也就是文件夹 一个个python文件就是模块 包的身份证 __init__.py是每一个python包里必须存在的文件 如何创建包...要有一个主题，明确功能，方便使用 层次分明，调用清晰 包的导入 import 功能 将python中的某个包（或模块），导入到当前的py文件中 用法 import package 参数 package...：被导入的包的名字 要求 只会拿到对应包下__init__中的功能或当前模块下的功能 模块的导入 form..import.....功能 通过从某个包中找到对应的模块 用法 form package import module 参数 package：来源的包名 module：包中的目标模块 举例： form animal import...dog dog.run 我们通过 form import 直接找到了dog模块 所以只需要使用dog模块用.的方式找到里面的方法并执行 as可以取别名 代码 test1.py # coding
该工具包是基于scikit-learn、numpy和scipy进行二次开发的工具包，所以其本质上可看做是将scikit-learn中的主要功能面向时序数据进行了定制化的转换和开发，例如数据预处理、分类、...；另一方面，该工具包的更新频率是比较迟滞的，从github中可以看出其最近一次更新也在7个月前。...比较接近，也是一个scikit-learn风格的时序分析工具包，主要功能大体也可分为时序预测、时序分类、时序回归（与时序预测任务较为接近）、时序聚类等，其中有些功能属于已经比较成熟，而有些模块则仍在实验开发中...sktime工具包的功能特性如下： 虽然sktime与tslearn类似，同样延续了sklearn的API风格（例如模型训练用fit、预测用predict，评分用score等等），但在功能上sktime...在实际使用过程中，三个工具包本无优劣高下之分，需灵活选取调用，这样才不失为一名优秀的算法工程师调包侠。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
目录： R包来源 R包安装前设置 R包安装与加载 R包来源决定安装使用的代码 安装后需要加载才能用 R包的使用逻辑及帮助 帮助 R包使用常见问题 (1)大片提示信息 (2)packages not available...(3)别更新 (4)依赖包问题 (5)connection问题 部分内容参见 生信技能树课程 R 包基本介绍与相关函数 mean(), list(), sample()，这些function 都来自于某...这些函数以及它们的package 都作为基础的包默认安装在了R中。...(2)已安装、不加载，直接使用 BiocManager::install() dplyr::filter()包名 ::函数名 ，表示显式的指定用某个包里的某个函数，通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中的函数名有冲突的情况...原因1：包名写错 原因2：安装命令使用错误 原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符(极少) (3)别更新 能不更新就不更新，除非一直报错。
参考： 141-R小技巧-R包的多版本控制 | BIOINFOPLANET (jieandze1314.com)[1] 前言 之前我们提到过 [[09-R工具指南08-R的版本控制]]，那么我们可不可以对...可如果我不想把原来3.2 的Seurat 覆盖，可不可以多个版本呢？ 多个路径 在[[59-R工具指南17-R包安装路径的更换与设定]] 我们知道.libPath 可以获得或设置安装包的目录。...ps：之前写过一个[[62-R工具指南18-用pacman管理你的R包]] 的R包，可惜它并没有R包的版本控制的功能。...比如区分R4.1_seurat3 和R4.1_seurat4，可以参见：[[112-R工具指南21-使用conda帮你在服务器上装R包]] 我们既可以通过conda 解决复杂包服务器安装所需的环境，也可以利用其特性天然地隔离不同项目版本所需的包...，不必受复杂的版本与管理包目录而烦心。
在函数嵌套的前提下，内部函数引用了外部函数的变量，并且外部函数返回（return）了内部函数，即外部函数返回了引用了外部函数变量的内部函数，这时我们称内部函数为闭包。...f = func_outer(1) # 执行闭包 num1 = f(2) num2 = f(3) print(num1) print(num2) 在这里，f就叫做闭包的实例，func_inner函数就叫做闭包...可以见得，f里封存了外部函数的变量1，当闭包实例建立出来，再实行闭包实例，此时相当于1+2和1+3，得到了如上结果。...一个外部函数.内部函数的对象存储在了内存中，注意：在执行完f = func_outer(1)并没有立即产生这样一个对象，而是在调用时才会产生该对象 这时，再步入内部函数： ? ?...这样c=3便出现了，此时在打印c就会出现3,4的出现与3的原理一样 修改外部函数的变量 代码如下： # 外部函数 def func_outer(a): # 内部函数 def func_inner
lv # 导入My模块中的love变量，起个别名 print(love) print(lv) ``` #### 模块中的测试代码 ```python # 自定义模块中，通常只是去定义类或函数，变量，等，...### 包的结构： ```python ''' package/ # 包(文件夹) ├── __init__.py # 包中的初始化文件 ├── a.py # 包中的模块 ├── b.py...导入指定包中的指定模块 from package import a a.funca() # 4。...当前导入模块的程序所在的文件 2. python的扩展目录中 C:/Users/username/AppData/local/....../Python37/lib 3. python解释器指定的其它 第三方模块位置 /lib/sitepackages ''' # 在当前脚本中查看 包或模块 的 搜索路径 import sys print
class Session(runner) ¶ 会话对象被传递到用户自定义的每个会话函数中。 这是在 Nox 会话中安装软件包和运行命令的主要途径。...)¶ 调用conda install来在会话环境中的安装软件包。...]==2.9.1') 根据 requirements.txt 文件来安装软件包： session.install('-r', 'requirements.txt') session.install('...-r', 'requirements-dev.txt') 安装当前的包： session.install('.') # Install in editable mode. session.install...这可以指定适当的字符串(与nox -s 的使用相同)或使用函数对象。 posargs¶ ——用于设置从命令行上传给 nox 的额外参数。
目前富集分析工具多种各样包括在线工具与R包等，富集到的结果以及分析的库也各不相同，昨天我在生信技能树介绍了：从基因名到GO注释一步到位，里面提到了其实有3个常见的网页工具也可以做到同样的分析，代码并没有任何神奇的地方...但是网页工具我用起来毕竟还是有些丢脸，所以安排学徒比较了一下常用的3大在线分析工具:Enrichr、WebGestalt、gprofiler与R包clusterprofiler，有了这个笔记分享给大家。...R包与网页版功能是一致的，但是在国内建议网页版，因为3个R包需要连接到外网，真的很慢~ PART 04 cluster profiler 最后就是Y叔开发的R包cluster profiler，...感觉gprofiler与cluster profiler的结果比较相似，与其他2个工具分析结果相距甚远。（但是，总体来说，这些工具的一致性都好弱！！！）...终总结 综上所述，4个工具中GO分析最好用的还是webgestalt： 因为更新时间为最新（2020.01） 有冗余与非冗余2种GO库选择 国内最好还是使用网页版 如果想用R包就用Y叔的cluster
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...引用ggplot2函数 与引用其他包类似，你需要在DESCRIPTION文件下的Imports条目下列出ggplot2，并使用::访问ggplot2提供的函数。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
首先，画图入门可以读《R Graphics》，个人认为这本是比较经典的，全面介绍了R中绘图系统。该书对应的有一个网站，google之就可以了。...R and GGobi》，不过，也只是适宜入门，更多更全面的还是去ggobi的主页吧，上面有各种资料以及包的更新信息！...然后，是《Applied Econometrics with R》，该书对应的R包是AER，可以安装之后配合使用，效果甚佳。计量经济学中很大一部分是关于时间序列分析的，这一块内容在下面的地方说。...此外，是风险度量与管理类。...7数据挖掘 现在相关的书籍已经比较多了,可见一文中推荐的几本书。 8附注 与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。
R studio/R 工具指南（十四：在Rstudio中使用python和conda） 0....创建py 脚本 虽然我们可以在R studio 中直接创建python 脚本，但这样毕竟比较麻烦，这里可以直接使用我的R 包函数make_py_template(): > make_py_template...R 与py 的转型 虽然R 和python 都是面向对象（新手）的编程语言，但是从数据类型上来看，二者还是存在很大区别的： 通常来说，我们在R 中使用python 函数，会默认的将py 类型数据转型为..." 一些小建议 个人还是觉得，虽然一些代码方便了我们在R 中使用py，比如np_array 等方便我们在R 中直接获得py 中的类型对象；但是，相比起熟练的掌握R 中的python 语法，倒不如直接去学习...当然，从我个人来说，我还是更偏向直接运行py 脚本的；毕竟这样你也基本不用去管py 与R 的对象转型，又可以偷懒一点～ 因此，教程里有很多R 中的python 指令我自己也都没有看了，如果你想学习，可以参见
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