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数据分析项目实战！Python分析员工为何离职

它们允许模型在执行机器翻译、语言生成等任务时专注于输入数据的相关部分。在这篇博客[1]中，我们将深入研究被称为“Flash Attention”的注意力机制的突破性进展。...注意力机制注意力机制使模型能够以不同的方式权衡输入数据的不同部分，在执行任务时关注最相关的信息。这模仿了人类选择性地关注周围环境的某些方面，同时过滤掉干扰的能力。...这种优化是通过有效利用硬件内存层次结构并最大限度地减少不必要的数据传输来实现的。准确：Flash Attention 保持与传统注意力机制相同的准确度。...重新计算：在后向传递中，Flash Attention 使用存储的输出和 softmax 归一化统计数据重新计算注意力矩阵，从而无需过多的内存存储。

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临床试验编程-Adam数据转换

1.介绍从各系统导出的数据无法完成所需要的统计分析，需经过转换后形成标准Adam数据方可进行分析。涉及到数据集名称、变量名称、变量标签、变量值。...例如ab表的拼接： [数据转换说明.jpg] 常见数据转换包括以下几种类型： *表转置：横向数据转置为纵向数据。 *表拼接：ab表不同变量合并成一张表。...中国临床药理学杂志, 2020, 36(18):5. [2]王骏, 韩景静, 黄钦. 临床试验缺失数据的统计学考量[J]....中国临床药理学杂志, 2016, 32(5):4. [3]衡明莉, 陈丽嫦, 王骏. 临床试验中缺失数据处理方法研究[J]. 中国临床药理学杂志, 2019, 35(22):5....每一个数据集均应产生配套的生成程序.sas、数据集、日志存放在临床试验编程篇-Setup中创建的文件夹中。方便后续做TFLs时调用。

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临床相关突变查询数据库

写在前面越来越多的研究发现某一个基因的突变和很多的临床特征有关系。如果我们想有查找临床性状和基因突变的关系的话，内容比较全面的就是ClinVar数据库了。...ClinVar 数据库是ncbi旗下用于查看临床相关突变的数据库。但是其数据库的内容比较多，而且检索界面不是很友好。所以经常看不懂其结果。所以今天就介绍一个检索简单的突变和表型的数据库。...通过其名字我们就知道这个是一个简易版的Clinvar数据库。输入数据库的输入很简单，我们可以数据疾病；基因名; 突变等。都可以。我这里输入gastric cancer。...另外数据库也提供了下载的功能。我们点击Show Table就可以看到其下载结果的地方了。写在后面以上就是这个数据的所有功能的。输入关键词—界面友好的查看结果。是不是很简单。...一直再说这类汇总其他数据库的资源，最怕的资源更新慢的问题。不过看这个数据库还是经常更新的。所以可以放心使用的

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UCSC xena如何下载TCGA临床数据

UCSC xena如何下载TCGA临床数据...生信自学网 UCSC xena数据库对TCGA临床数据进行了整理，如果需要TCGA肿瘤全部的临床信息，可以通过UCSC xena网站进行下载。...TCGA有两套数，最好选择GDC开头，这套数据和最新TCGA官网数据是配套的。我们以胃癌为例，点击下图圆圈处即可。 03.png 5....进入我们选择肿瘤界面后，我们会发现很多数据，选择其中的”Phenotype”按钮，既可以进入临床数据的下载界面。 04.png 6. 进入临床数据界面，点击下载，就可以下载临床数据表格。

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TCGA数据库临床资料官方大全

因为TCGA计划跨时太长，纳入研究的病人数量太多，或多或少有点资料继续错误或者不完整，所以TCGA团队下功夫在计划结束后（April 2018）完整的系统性的公布了权威的临床资料。...TCGA-CDR 看起来是乱码，但的确是真实的下载地址：https://api.gdc.cancer.gov/data/1b5f413e-a8d1-4d10-92eb-7c4ae739ed81 题外话：关于不同数据源的...TCGA临床资料冲突的讨论关于生存分析的冲突问题，我们多次讨论了：集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值比如下面的代码比较两个数据源； rm(list...## 来源于 XENA 数据源： # https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.survival.tsv.gz...=substring(clin1[,2],1,12) head(clin1) clin1[,3]=clin1[,3]/30 clin1[clin1[,3] <0,3]=0 #重新读入TCGA-CDR数据

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临床数据统计分析-shiny

临床数据分析在临床上，经常会碰到两组间比较疗效，或者想知道两组之间的统计学指标有没有统计学差异。...在整理好数据后，需要借助统计软件去计算统计学参数，譬如卡方值，t值，f值，但是在进行统计分析时候，往往会有各种条件限制。下面来介绍一款可以在线分析的临床统计shiny网页。点击进去即可操作。...主要包括： 1.数据描述 2.相关性分析 3.连续性变量分析 4.计数资料分析只要上传数据，即可得出分析结果，也不用考虑应用条件，给出指标让你自己选择。操作简单方便。

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默克与Saama合作构建机器学习驱动的临床数据层，加强临床开发能力

2022年8月10日，Saama Technologies宣布与默克（Merck & Co，在美国和加拿大以外称为 MSD）达成一项多年协议，利用Saama的生命科学分析云（LSAC）建立和运营一个新的临床数据层...根据协议，默克将把LSAC整合到其临床开发系统中，以提高与数据摄取、管理和转换相关的速度和效率，并促进从多个内部和外部数据源到多个业务平台和分析需求的处理。...默克研究实验室高级副总裁、全球临床开发负责人兼首席医疗官Eliav Barr博士说："随着默克日益增长的需求，我们必须继续采用最新的数字技术来优化和加快我们的数据管理、临床试验操作和生物统计能力，这一点至关重要...Saama的LSAC是一个端对端、支持机器学习（ML）的临床数据管理和认知洞察力平台，旨在加速临床研究结果。...Saama的人工智能模型是用超过一亿的临床数据点训练出来的，很容易嵌入到现有的基础设施和业务工作流程中。

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临床样本检测

国际顶级学术期刊 Nature Biotechnology 以《纳米孔上的临床宏基因组学》（Clinical metagenomics on a nanopore）为封面，刊登了英国东安格利亚大学 Justin...据悉，为了能够准确、快速地识别细菌病原体，研究团队开发了一种能够从临床样本中去除多达 99.99％的宿主核酸的流程，并在便携式 MinION 测序仪上开展了实时的检测和分析。...该团队在 40 个临床呼吸道样品上进行初期测试，在另外 41 个样品上进行了优化和测试。与培养法和 PCR 相比，优化的流程具有较高对病原体鉴定的敏感性（96.6％）和临床特异性（41.7％）。...二、下载数据 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB30781 三、病原微生物鉴定 3.1单个样本过滤宿主序列 #数据路径 #/data...gzip >P10.filter.fq.gz #统计过滤前后数变化 seqkit stat /data/PRJEB30781/P10.fastq.gz P10.filter.fq.gz 将过滤完的数据

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GEO芯片数据提取表达矩阵和临床信息

', getGPL = F) #网速太慢，下不下来怎么办 #1.从网页上下载/发链接让别人帮忙下，放在工作目录里 #2.试试geoChina,只能下载2019年前的表达芯片数据 #library(AnnoProbe...length(eSet) eSet = eSet[[1]] class(eSet) #(1)提取表达矩阵exp exp <- exprs(eSet) dim(exp) range(exp)#看数据范围决定是否需要...log，是否有负值，异常值 exp = log2(exp+1) #需要log才log boxplot(exp,las = 2) #看是否有异常样本 #(2)提取临床信息 pd <- pData(eSet...后面要根据它来找探针注释 gpl_number <- eSet@annotation;gpl_number save(pd,exp,gpl_number,file = "step1output.Rdata") # 原始数据处理的代码

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大数据分析提升电子病历临床价值

大数据文摘作品，转载需授权选文：孙强翻译整理：孙强, Dr Guo, 胡楠，汪霞医疗服务从业者理应继续使用大数据分析策略将电子健康档案中的信息转换为临床可执行的洞见。...其中87%的机构在质量报告上运用了临床数据分析技术，从而使得他们能战胜同一领域其他竞争对手。...服务提供者可以使用电子病历实时地监测临床基本数据，更进一步的应用是通过逻辑运算程序进行前瞻性措施。...例如，高层领导涉及全民的临床和财务绩效数据，而部门经理更关心的是供应商和设施的具体结果和那些提供医疗服务的需要患者的具体信息。无论角色如何，越是量身定制的数据报告，越有可能转化为临床实际行动。...一旦解决，这些可以导致行动的分析结果是临床优化和人口健康管理的一个重要机会拥抱临床数据分析并把洞察整合到临床工作流程，最终会使整个医疗领域超越疾病治疗的反应性医学，真正成为基于价值的预防医学。

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临床基因组分析相关数据库汇总

一、人群SNV频率数据库数据库名称网站简介 dbSNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ dbSNP 包含人类单核苷酸变异、微卫星和小片段插入和缺失，以及常见变异和临床突变的发表...ClinGen https://www.clinicalgenome.org/ ClinGen是美国国立卫生研究院(NIH)资助的数据库资源，用于精准医学，研究基因和变异的临床相关性。...三、表型数据库数据库名称网站简介 GeneReviews http://www.genereviews.org/ GeneReviews 是为忙碌的临床医生提供的国际即时护理资源，以标准化的期刊样式格式提供与遗传病相关的临床相关和医学上可操作的信息...DECIPHER https://www.deciphergenomics.org/ 使用Ensemble基因组浏览器，将基因芯片数据和临床表型进行关联，便于临床医生和研究人员使用的细胞分子遗传学数据库...七、其他数据库数据库名称网站简介 Pharmgkb https://www.pharmgkb.org/ PharmGKB是一个综合资源，为临床医生和研究人员管理有关基因变异对药物反应影响的知识。

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数据代码分享|R语言lasso回归、贝叶斯分析员工满意度调查数据、缺失值填充

而员工满意度调查是常用的研究方法之一，通过收集员工的反馈数据来了解他们的期望、需求和感受。本文的目标是探讨使用R语言中的缺失值填充、lasso回归和贝叶斯分析方法来应对员工满意度调查数据中的缺失值。...具体而言，我们将通过应用这些方法来处理一份实际的员工满意度调查数据，并比较它们在填充结果方面的差异和效果。...数据变量：读取数据 dat <- read.spss("Non-Wser coutris eclUNJan .sav", to.data....lambda.1se") 根据lasso筛选出重要的变量 variables 贝叶斯bayes 模型 Bayes(as.factor(E2) ~ ., data = dat2.train) ##预测数据

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玩转TCGA临床信息

但是，有时候却很难重现原作者的结果，甚至有时候连作者的实验数据如何获取，样本如何分类都很难搞清楚。前些日子有位同学follow一篇宫颈癌的文章， ?...对作者是如何从307个early-stage cervical cancer (CESC)病人中根据临床信息挑选出145个病人的过程有些疑惑。下面是原作者筛选样本的标准。 ?...首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息，在TCGA中搜索CESC，选择TCGA-CESC。 ? 选择miRNA样本，点击307这个超链接。 ? 任意选择一个样本，点击进入。 ?...点击Download下载，里面就包含所有样本的临床信息 ? 解压到当前文件夹 ?...更多临床信息解读可以参考肿瘤TNM分期。 ? ? 这就和原文中的表1中的数字相同了。 ? 接着我们检查一下相应的Tumor Grade样本数是否正确。

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Follow这些步骤，临床数据也能妙笔生花！

对于临床医生而言，我们能接触到的更多的其实是临床数据。目前关于数据分析有一个专门的术语叫做“数据科学”。今天就给大家介绍一个数据分析流程的网站，利用这个网站来简单的了解一下数据分析流程。...这个介绍数据分析流程的网址: http://www.saedsayad.com/ 对于数据分析而言，这个网站把数据分析分成了两个方面：解释过去和预测未来。这个只是针对数据分析而言。...其实如果我们从拿到原始数据入手的话，其实还有第一步是数据整理，之后才是数据分析，而且数据整理基本上占数据分析的很大的一部分时间。这里我们就简单的介绍一下这个过程，具体的可以查看这个网站。...PART1 解释过去在进行数据分析之前，我们要知道数据分成主要的两种类型：连续性和分类变量。所以如果要进行数据分析的话，对于不同的数据类型会有不同的处理方式。...对于解释过去而言，我们只要是看单个或者多个数据之间的变化。 ? 这个网站对于单个的数据类型，提供了不同的数据需要做的基本的分析和基本的可视化建议。

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临床治疗数据的癌症分型能发31分？

导语 GUIDE ╲ 从一项临床 III 期试验鉴定的823个晚期肾细胞癌患者的分子亚型，与抗血管生成剂和检查点抑制剂的不同临床结果息息相关。...结果解析 01 肾癌七种亚型的鉴定和表征利用大型IMmotion151 RNA-seq数据集，作者通过利用非负矩阵分解 (NMF) 以无偏见的方式进一步识别和改进转录定义的患者亚组。...作者用差异基因表达 (DGE) 分析补充了这一分析，再次将每个cluster与所有其他cluster进行了对比，并使用Reactome数据库中的基因集进行了通路富集分析。...为了在独立队列中验证这些亚组，从IMmotion151中的RNA-seq数据训练了一个随机森林分类器，并在IMmotion150随机II期试验中预测了患者的NMF类肿瘤。...除了大量的临床真实数据以外，本文的亮点还在于新颖的分型方式以及对七种亚型进行不同药物治疗产生的不同临床结局也进行了详细的分析。

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Oxford Nanopore 的临床应用

复杂结构变异检测来自一名患有胎儿心动过缓（低心率）的女性新生儿的未解决样本数据表明，存在两种complex structural variations (cxSVs)结构的替代模型，其中一种或两种与早期婴儿癫痫性脑病相关的...下呼吸道感染金标准培养需要48-72 hours 基于PCR的方法能减少时间但不能检测整个病原谱，而且不能检测耐药性纳米孔测序提供的实时数据分析。

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TCGAbiolinks获取癌症临床信息

今天我们来用R获取感兴趣的癌症的临床信息，其中就可以找到我们上次讲到的TNM分期信息。...#加载TCGAbiolinks包 library(TCGAbiolinks) #下载TCGA-CHOL这个项目相关的临床信息，这个项目是胆管癌 clinical <- GDCquery_clinic(project...= "TCGA-CHOL", type = "clinical") #将下载到的临床信息写入到clinical.csv文件中 write.csv(file="clinical.csv",clinical...) > dim(clinical) [1] 51 158 一共得到51个样本的临床信息，一共有158条临床信息，他们分别是 > names(clinical) [1] "submitter_id

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各种临床试验终点

临床试验终点（End Point）服务于不同的研究目的。在传统的药物的研发中，早期的临床试验目的是评价安全性以及药物的生物活性，如肿瘤缩小。...后期的有效性研究通常评价药物是否能提供临床获益，例如生存期延长或症状改善等。让我们一起来看看常用的临床试验终点都有什么区别以及优缺点。...药物上市申请时如果采用基于肿瘤测量的临床试验终点作为有效性的唯一证据，那么通常应提供来自第二个试验得到的确凿证据。...PFS 的改善包括了「未恶化」和「未死亡」，即间接和直接地反映了临床获益，它取决于新治疗与现治疗的疗效/风险。...因此，在临床试验设计中，「肿瘤进展」的标准必须要进行明确的定义，还包括 PFS 的评估、观察、分析方法，随访和影像学评价必须是均衡的，最好有一个由影像学专家和临床专家组成的处于盲态的独立裁定小组进行。

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肿瘤基因检测与临床

提到基因检测，前几年，临床医生在向患者推荐时还心存疑虑，而近两年，基因检测已成为癌症诊疗的标准动作，基本上每一个癌症患者都有一套自己的基因检测报告。不得不说，一个患者一套方案的个体化诊疗时代已经到来。...利用各种方法，把这些变异的基因找出来，仔细分析，可以协助临床诊断、指导治疗选择、辅助监测疾病复发和耐药、预估生存期等。...缺点：昂贵和低产量; 需要完全不同于传统上用于大多数突变检测技术的DNA制备方法; 需要更多的肿瘤组织; 需要复杂的生物信息学; 对数据存储和处理有巨大的计算需求。...这个里面大数据分析可谓关键性的技术问题，所以，学好数据分析，以后到哪都是“香饽饽”。

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谷歌自曝医疗AI临床结果不佳：实验室丰满，临床骨感

实验室数据不断刷新记录的Google Health，最近公布了一项临床诊断试验结果。不理想。 ? 不仅诊断结果不一致，而且实际操作方法和在实验室里压根不一样。...没想到，落到临床试验，却失败了。这大概就是理想与现实的差距吧。理想有多丰满，现实就有多骨感。像极了我们在大学实验室里做实验的样子。 ?...为此，谷歌研究人员专门建立了一个12.8万幅图片的数据集，每张图片记录了3-7名眼科医师的评估结果。...为了验证算法的性能，他们还使用了2个独立的临床试验数据集，包括1.2万幅图片，审核结果由专家来判决。...临床试验很“骨感” 这个项目主要是在泰国展开，与泰国公共卫生部门合作，在泰国巴吞他尼省和清迈省的11所诊所安装了这个深度学习系统。

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