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Nature:华大研究院解密狨猴二倍体遗传信息差异, 提出“完美基因组”新标准 | CNGBdb支撑发表科研成果速递

本研究利用家系基因组测序数据,独立组装出人类疾病研究模型之一——普通狨猴(Callithrix jacchus)的父母本两套高质量的基因组。...为了得到更完美的狨猴基因组,还原遗传信息的父母本来源,研究团队采用了基于家系的基因组测序和组装方案,利用父母本各自特有的序列,拆分子代数据并各自进行组装和拼接,最终得到两套各自组装到染色体级别的父母本基因组...子代个体的两套染色体一套来自于母亲,一套来自于父亲。...传统组装策略获得的是遗传信息混合的基因组,新策略则可以通过父母本特异的序列得到遗传自父母本的两套完整的基因组数据(杨琛涛和周旸 绘) 得益于新的高质量染色体数据,研究团队可以对来自父亲和来自母亲的两套染色体进行直接地比较...在此,我们对二倍体物种完美基因组序列提出了新的标准,即二倍体细胞中的两套基因组应分别独立组装到染色体水平并含有极少的测序漏洞。本次研究我们论证了实现这一目标的可行性。”

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52-R茶话-十二:为什么我不建议你使用 rm(list=ls())

为什么我不建议你使用 rm(list=ls()) 你可能会经常在脚本中遇到rm(list=ls()),尤其是某些workflow 的内容。 它们的本意确实是好的:希望开启一个新的R。...,如stringsAsFactors = FALSE,而未在脚本中声明,则其他使用者也会报错; 可能外部读取使用了相对路径,而在命令行中直接修改了路径setwd(),而此时又未在脚本中声明新的路径,导致重启...; 避免在脚本中使用rm(list=ls())、setwd(),可以使用rs.restartR() 替代rm(list=ls()); 将重要的对象导出到output 文件夹内,保存为.Rdata,其他脚本中如果需要使用可以直接读取...; 所有的文件输出读取都使用相对路径; 如果是使用R studio 的话,关闭默认保存环境中变量到.Rdata 文件; FYI: prints a reminder about how to do this.usethis...the menu item _Session > Restart R; Command+Shift+F10 (Mac OS) 总结一下 如果是代码开头习惯写rm(list=ls()) ,换成重启R ; 使用

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宇称不守恒

假使τ和θ是不同的粒子,它们怎么具有一模一样的质量和寿命呢?而如果承认它们是同一种粒子,二者又怎么具有完全不一样的运动规律呢?为了解决这一问题,物理学界曾提出过各种不同的想法,但都没有成功。...吴健雄用两套实验装置观测钴60的衰变,她在极低温(0.01K)下用强磁场把一套装置中的钴60原子核自旋方向转向左旋,把另一套装置中的钴60原子核自旋方向转向右旋,这两套装置中的钴60互为镜像。 ?...实验结果表明,这两套装置中的钴60放射出来的电子数有很大差异,而且电子放射的方向也不能互相对称。实验结果证实了弱相互作用中的宇称不守恒。 不过,究竟为什么粒子在弱相互作用下会出现宇称不守恒呢?...这就是说,如果用反粒子代替粒子、把左换成右,以及颠倒时间的流向,那么变换后的物理过程仍遵循同样的物理定律。

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MyBatis Plus的“幻查” 规范到底要怎样使用哪几个查询函数 为什么会出现幻查?还有幻删为什么删不掉

MyBatis Plus的“幻查” 规范到底要怎样使用哪几个查询函数 为什么会出现幻查?...还有幻删为什么删不掉 先来解释一下 幻查和幻删 不知道前人有没有提及这样的概念 就是 他提示查询成功了 能够根据id查到对应的数据了 但是有一天这个表需要增加字段 增加完以后你就发现 他查出来的数据是没有新字段的...这是个非常神奇的现象 就是使用MyBatis Plus进行删除操作 可能需要复杂的where语句 导致他没有办法找到对应的数据并删除 这是原代码: Java QueryWrapper queryWrapper...他在数据库中并没有删掉 但是使用下面这个来删除却没有问题 Java int deletedRows = appointmentMapper.deleteById(appointment.getId())...我给出的总结就是 删除尽量使用对应的id来删除

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初学Qt不会样式表怎么办,打包好的Qt样式表一键生成送给你。

随着深入学习,你渐渐知道阅读文档和自己动手实践才是最高效的学习方法。...和QWidget是子代,而QWidget里面的两个QPushButton对于QFrame来说就是孙子代。...7.属性选择器(QPushButton[flat=“false”])        属性选择器应用于同一个类型下不同实现效果(如希望 QPushButton 有两套通用样式),文字好理解,操作起来不一定好理解...为什么复杂控件需要子控件呢,比如Slider滑条: ? 滑块(红色)的凹槽使用:: groove设置样式。默认情况下,凹槽位于窗口小部件的“内容”矩形中。...得到的数字最大者即最终样式,如果数字一样,则以最后样式表为准。 八.级联和遗产 1.级联 可以在QApplication父窗口小部件和子窗口小部件上设置样式表。

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终于有人把线性回归讲明白了

两百年前,与达尔文同时代的统计学家高尔顿在研究父代与子代的身高关系时,发现一种“趋中效应”:如果父代身高高于平均值,则子代具有更高概率比他父亲要矮,简单来说就是身高回归平均值。...在回归的世界里,万物的发展轨迹都不是一条单调向上走或向下走的直线,而是循着均值来回波动,一时坠入低谷,但也迎来春暖花开,而一时春风得意,也早晚会遇到坎坷挫折,峰回路转,否极泰来,从这个角度看,回归与其说是一个统计学问题...我们不是要预测未来吗,为什么反而说历史数据这么重要呢?...你也许担心,线性模型简单好懂,这也是它为什么特别适合用来做入门任务,但唯一的问题是它太简单了,现实世界这么复杂,它真的能够解决问题吗?...譬如把“2020”作为x输入,就能计算出对应的y值是“6”,也就得到了2020年小明将是6岁的预测结果。

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终于有人把线性回归讲明白了

两百年前,与达尔文同时代的统计学家高尔顿在研究父代与子代的身高关系时,发现一种“趋中效应”:如果父代身高高于平均值,则子代具有更高概率比他父亲要矮,简单来说就是身高回归平均值。...在回归的世界里,万物的发展轨迹都不是一条单调向上走或向下走的直线,而是循着均值来回波动,一时坠入低谷,但也迎来春暖花开,而一时春风得意,也早晚会遇到坎坷挫折,峰回路转,否极泰来,从这个角度看,回归与其说是一个统计学问题...我们不是要预测未来吗,为什么反而说历史数据这么重要呢?...你也许担心,线性模型简单好懂,这也是它为什么特别适合用来做入门任务,但唯一的问题是它太简单了,现实世界这么复杂,它真的能够解决问题吗?...譬如把“2020”作为x输入,就能计算出对应的y值是“6”,也就得到了2020年小明将是6岁的预测结果。

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相关性 ≠ 因果性,用图的方式打开因果关系

半马尔可夫模型 如果一个未观察到的变量在图中有两个子代,则不符合马尔可夫属性。在这种情况下我们未必能够使用调整公式。例如,如果 X 的某个父代未被观察到,则我们无法将它作为识别策略。...因此,我们可以得到以下测试,用于确定 P(v|do(X=x) 是否可识别: 当且仅当没有双向路径将 X 连接至它的任何子代时,P(v|do(X=x) 是可识别的。...为什么它是可识别的?该示例中所有其他变量都是 Y 的祖代,在这种情况下我们无法简化问题。...在 R 语言中,使用 causaleffect 软件包能够实现该算法。将其用于第一个示例,得到: ?...如果 X 和它的子代(也是 Y 的祖代)之间存在双向路径,则因果关系不可识别。 本文还提供了一个充分必要条件,并展示了如何在 R 语言中使用它。

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我们有了可重复使用的火箭,但为什么还没有飞的汽车?「Rodney Brooks」法则为你解惑

即便如此,如果没有人想要使用它,不管开发它的技术人员有多热情,它也会在仓库里渐渐黯淡下去。 弄清楚是什么使一项潜在的技术易于开发或难以开发是十分重要的,因为做出一个错误可能导致你做出不明智的决定。...过去,未来主义者满怀信心地预测人们在可预期的将来可以使用核聚变内发电,但这一点到现在还没有实现。我怀疑今天的许多人相信任何具体的预测核聚变被用于发电的日期。...我还注意到,自动驾驶汽车的车主可能以他们永远不会通过他们使用普通汽车的方式使用自动驾驶汽车,他们可能屈服于自己的反社会行为。...也许他们将被限制在一天中的特定时间和特定的天气条件下使用。最终,自动驾驶汽车的各种问题应该会得到解决。但这一切的展开将比狂热的追捧者者想象的要慢。...在所有的技术挑战都得到了明确和成功的证明之后,还有一个完全不同的问题。这就是心理问题:至少在一开始,要说服乘客使用那些没有窗户的高速系统是很难的。

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IE6已逝,遗忘在角落的选择器,赶快用起来

伪类选择器 :first-child 子代选择器 .wrap > p 毗邻选择器 .con + p 伪类选择器 :first-child 说到:first-child,很多人联想到:last-child...:first-child是CSS2版本时代提出的伪类选择器,得到了IE7及IE7以上的各个主流浏览器的支持; :last-child是CSS3版本时代提出的伪类选择器,得到了IE9及IE9以上的各个主流浏览器的支持...> 子代选择器也是使用多个选择器的组合来找到要控制的标签,不同的选择器之间使用大于号“>”分隔。...整体的原理与后代选择器类似,所不同的是,子代选择器仅仅选择到的是一代,而非所有后代。得到了IE7及IE7以上的各个主流浏览器的支持。...子代选择器的应用场景 ?

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韦东山freeRTOS系列教程之【第十一章】中断管理(Interrupt Management)

文章目录 系列教程总目录 概述 11.1 两套API函数 11.1.1 为什么需要两套API 11.1.2 两套API函数列表 11.1.3 xHigherPriorityTaskWoken参数 11.1.4...: 2 section1 11.1 两套API函数 11.1.1 为什么需要两套API 在任务函数中,我们可以调用各类API函数,比如队列操作函数:xQueueSendToBack。...FreeRTOS中很多API函数都有两套:一套在任务中使用,另一套在ISR中使用。后者的函数名含有"FromISR"后缀。 为什么要引入两套API函数?...ISR中调用时,需要的参数不一样,比如: 在任务中调用:需要指定超时时间,表示如果不成功就阻塞一 在ISR中调用:不需要指定超时时间,无论是否成功都要即刻返回 如果强行把两套函数揉在一起,导致参数臃肿..."FromISR"函数 反过来就不行,非FromISR函数无法在ISR中使用 第三方库函数也许提供OS抽象层,自行判断当前环境是在任务还是在ISR中,分别调用不同的函数 11.1.2 两套API函数列表

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NSGA2理解

为什么要记录np和Sp: Np是指支配个体p的个体数,就是比个体p优秀的个体 Sp是指受p支配的个体,也就是没有个体优秀的个体。...为什么引入拥挤度? 因为在NSGA中需要认为指定一个共享参数,这个参数需要结合经验,不太好确定,所以引入拥挤度,就不需要小生境技术了。...对其余个体进行拥挤度计算: 算法基本思想: 首先,随机产生规模为N的初始种群Pt,产生子代种群Qt,并将两个种群联合在一起形成大小为2N的种群Rt; 其次,将父代种群与子代种群合并,进行快速非支配排序并且分层...密度估计:为了得到种群中特定解周围的解的密度估计,我们根据每一目标函数计算这点两侧的两个点的平均距离。...全部拥挤系数值是通过个体每一目标的距离值的加和计算得到的。每一目标函数在计算拥挤系数前都会进过归一化处理。在页底展示的算法概括了非支配集合中所有解拥挤系数的计算过程。

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【学术】优步发布VINE,一个用于神经进化的开源交互式数据可视化工具

最近深度神经进化的越来越得到重视,其中主要贡献来自 OpenAI,DeepMind,Google Brain和Sentient,这增加了对帮助该领域研究人员的工具的需求。...使用VINE 为了利用VINE,在评估期间记录每个父代和所有假子孙的行为特征(BC)。在此,BC可以是智能体在与其环境交互时的行为的任何指标。...例如,在Mujoco中,我们简单地使用智能体的最终{x,y}坐标作为BC,因为它能表示智能体离开原点有多远。 然后可视化工具根据父神经网络和伪子代的BC将其映射到2维平面上。...然后,用户与这些图进行交互,以探索伪子代云的整体趋势以及任何父代或伪子代在进化过程中的个体行为:(1)用户可以可视化父代,出色的子代和整个伪子代云,并探索的在BC平面图有不同适应度评分的伪子代的数量和空间分布...比如,下面的图6展示了,对使用ES训练智能体玩Frostbite(Atari 2600的游戏之一)可视化的云计算图,我们使用最终的模拟器的RAM状态(捕获游戏中的所有状态变量,在这里为长度为128的整数值向量

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Varscan检测de novo mutation

这个突变在父本中是没有的,只是在子代中第一次出现。 在varscan中,专门有一个子命令trio, 用来分析de novo突变。...min-coverage 10 \ --min-var-freq 0.20 \ --p-value 0.05 \ -adj-var-freq 0.05 \ -adj-p-value 0.15 varscan首先会使用和...mpileup2snp子命令相同的算法分析3个样本中的生殖细胞变异位点,然后会根据子代和父本的分型结果,筛选出不符合孟德尔遗传规律的突变位点,即子代的allel不可能通过父代遗传得到的突变位点,这些位点也称为...这条命令运行成功之后,产生如下两个输出文件 trio.mpileup.output.snp.vcf trio.mpileup.output.indel.vcf 分别对应snp和indel两种变异类型的结果...需要注意的是,直接分析得到的de novo突变中,还是会存在部分假阳性的位点,需要做进一步的过滤。

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python拼接sql?duckdb:不允许你用这么low的方式

事情源自于一位小伙伴,它给了我一个使用 duckdb 的例子代码: 为什么执行会报错?...不过,在 duckdb 中,使用 execute 才能使用参数化,并且要额外调用 fetch 相关方法才能得到结果。 但我更喜欢使用 query 方法,那怎么办?...平时我们编写的 sql 文本,duckdb 解析编译成 sql 表达式。而 duckdb 在 python 端公开了这些表达式的接口。 像这里的例子,在 sql 表达中,其实就是定义了一个常量。...它可以实现类似 polars 的延迟执行的强大效果 正常使用 duckdb 加载数据,一般是: 本身提供了许多 from 相关方法 加载之后,得到的是一个叫 DuckDBPyRelation 对象。...当然,普通场景不会使用这种关系函数构造查询。它主要用于用户界面动态构造查询的场景。 那为什么说它是延迟执行呢?

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Hadoop数据分析平台实战——050MapReduce结构以及编程模型介绍(做过MR程序略过)离线数据分析平台实战——050MapReduce结构以及编程模型介绍(做过MR程序略过)

除此之外,当运行mapreduce任务的时候,产生ApplicationMaster和Container, 其中ApplicationMaster负责向resourcemanager节点进行资源的申请并控制任务的执行...image.png MapReduce编程思想 MapReduce采用"分而治之"的思想, 将对大规模的数据集的操作分配给各子节点进行操作, 然后通过整合各子节点的中间结果,得到最终结果。...image.png MapReduce新旧API说明 从整体角度来讲的话,MapReduce有两套不同的开发API,一套是位于mapred包下面的api,我们成为旧API;一套是位于mapreduce包下的...api,我们成为新API;两套api的区别在于旧api使用接口来进行管理,而新api采用抽象类来进行管理。...image.png 倒排索引为什么叫倒排索引? https://www.zhihu.com/question/23202010/answer/23901671

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