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R语言系列第五期(番外篇):R语言与线性模型相关问题

你可能已经注意到,lm()函数既可以应用到分组数据的情况,也可以应用到线性回归问题 但是,事实上,他们是同一个模型的特例而已。...这个技术常常用来防止模型公式中的操作符被特殊解释。这种解释不作用于函数命令内部,I()是反身函数,原封不动地返回自身的输入参数。 使用predict()函数可以绘制带预测值和置信带的拟合曲线。...对于同样的数据,我们有两种可供选择的数据模型。两者都属于线性模型的范畴,且都能通过lm()函数拟合。线性回归模型是单因素方差分析模型的子模型,因为前者可以通过向后者的参数添加约束来获得。...grpfin变量,将得到一个关于分组号的线性回归模型。...如果想做一个正规的检验来比较简单线性模型和各组具有独立均值的模型的话,可以直接运行下面代码: > anova(lm(trypsin~grp+grpf)) Analysis of Variance Table

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R语言系列第五期(番外篇):R语言与线性模型相关问题

你可能已经注意到,lm()函数既可以应用到分组数据的情况,也可以应用到线性回归问题,详情点击:R语言系列第四期:④R语言简单相关与回归、R语言系列第四期:②R语言多组样本方差分析与KW检验、R语言系列五...这个技术常常用来防止模型公式中的操作符被特殊解释。这种解释不作用于函数命令内部,I()是反身函数,原封不动地返回自身的输入参数。 使用predict()函数可以绘制带预测值和置信带的拟合曲线。...对于同样的数据,我们有两种可供选择的数据模型。两者都属于线性模型的范畴,且都能通过lm()函数拟合。线性回归模型是单因素方差分析模型的子模型,因为前者可以通过向后者的参数添加约束来获得。...grpfin变量,将得到一个关于分组号的线性回归模型。...如果想做一个正规的检验来比较简单线性模型和各组具有独立均值的模型的话,可以直接运行下面代码: > anova(lm(trypsin~grp+grpf)) Analysis of Variance Table

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「R」数据操作(八):dplyr 的 do, do, do

关于dplyr的基本操作我已经写过很多笔记了,不再赘述,这篇文章重点介绍 dplyr 的一个函数 do() 的用法。...与data.table类似,dplyr也提供了do()函数来对每组数据进行任意操作。 例如将diamonds按cut分组,每组都按log(price) ~ carat拟合一个线性模型。...和data.table不同的是,我们需要为操作指定一个名称,以便将结果存储列中。而且do()表达式不能直接在分组数据的语义下计算 ,我们需要使用.来表示数据。...我们可以通过索引来提取模型结果: models$lmod[[1]] #> #> Call: #> lm(formula = log(price) ~ carat, data = .) #> #> Coefficients...: #> (Intercept) carat #> 6.78 1.25 需要完成高度定制的操作,do()的优势非常明显。

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【数据分析 R语言实战】学习笔记 第九章(下)岭回归及R实现 广义线性模型

其中,formula是回归模型公式表达形式,形如response~predictors; data指定数据的数据框;当只需要data 的一个子集参与计算,用参数subset来设置;na.action表示遇到缺失值应采取的行为...其中,formula为拟合公式,与函数lm()中的参数formula用法相同;最重要的参数是family, 用于指定分布族,包括正态分布(gaussian)、二项分布(binomial)、泊松分布(poisson...例: 车险保单索赔次数分组数据 ? 已知索赔次数服从泊松分布,相应的连接函数常用对数连接函数模型可以写为 ?...,它的值越小说明模型拟合效果越好;模型的AIC统计量为61.68,它和deviance一起可以用来作为判断标准,选取合适的分布族和链接函数。...下面通过作图来观察模型拟合的效果,首先提取模型的预测值,注意函数predict()提取的是线性部分的拟合值,在对数连接函数下,要得到Y的拟合值,应当再做一次指数变换。

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R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

添加数据拟合线性模型绘图 fit <- lm(Volume ~ Girth, data = trees) #线性拟合 trees$predicted <- predict(fit) # 保存预测值...重要参数: formula # 模型公式;类似y~x,如果按组绘制,则类似y~x|z,其中z为分组变量; data # 为模型公式中变量来源的数据集; subset # 指定筛选数据子集; x, y #...;如为FALSE,则不添加; # 指定lm()函数拟合回归线,默认参数为regLine=list(method=lm, lty=1, lwd=2, col=col) legend # 逻辑词,当按组绘制散点图且为...cex # 设置绘图字符的大小,默认为1; # 其他参数为cex.axis、cex.lab、cex.main和cex.sub等; col # 未分组,直接指定绘制颜色;分组,设置参数长度应等于组数的颜色向量...="none"使用,拟合是跨越图的整个范围还是只跨越数据?

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R语言STAN贝叶斯线性回归模型分析气候变化影响北半球海冰范围和可视化检查模型收敛性

了解 Stan 像任何统计建模一样,贝叶斯建模可能需要为你的研究问题设计合适的模型,然后开发该模型,使其符合你的数据假设并运行。 统计模型可以R或其他统计语言的各种包中进行拟合。...您可以声明参数使用上限或下限来限制先验(即 lower = 0\> 确保参数为正)。 采样由 ~ 符号表示,并且 Stan 已经包含许多常见的分布作为矢量化函数。...我们通过使用stan() 函数拟合我们的模型 ,并为它提供模型、数据,并指示预热的迭代次数(这些迭代稍后不会用于后验分布,因为它们只是模型“预热” ”),总迭代次数,我们要运行的链数,我们要使用的内核数...北半球海冰范围随时间的变化(Stan 线性模型拟合)。 后验预测发生了什么变化?模型是否更好地拟合数据?为什么模型拟合发生了变化?通过制作非常窄的先验分布,我们的模型改变了什么?...让我们还绘制非贝叶斯线性模型值,以确保我们的模型运行正确 par(mfrow = c(1,3)) plot(dnsty(alpha) 图 8.Stan 模型拟合的密度图分布 与一般lm 拟合的估计值比较

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回归分析与方差分析:数理统计的基石

方差分析针对因子型解释变量(也即分组变量)进行建模,而回归分析一般针对连续型解释变量进行建模。方差分析基于贝叶斯概率理论判断组间差异,而回归分析则可以基于最大似然法推断模型参数。...回归分析利用实验获得的数据构建解释变量对响应变量的线性模型(linearmodel,LM),当利用这个解释模型来预测未知数据为预测模型。...回归分析中,最根本也是最常用的分析方法是普通最小二乘法(ordinaryleast squares,OLS)回归,其预测变量X与响应变量Y的拟合模型如下所示: 其中yi为Y的拟合值,xip为预测变量...(观察值与拟合值的差值)平方和最小,也即使预测值最接近观察值,如下所示: 上式也被称为损失函数,OLS回归模型需要满足的条件如下: ⑴正态性,对于固定的自变量值,因变量成正态分布; ⑵独立性,因变量的值...R中拟合线性回归模型最常用的是lm()函数,其使用方法如下所示: lm(formula, data=data.frame) 函数中表达式(formula)符号及书写方法如下所示: 常用的回归模型结果提取及分析函数如下所示

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R语言STAN贝叶斯线性回归模型分析气候变化影响北半球海冰范围和可视化检查模型收敛性|附代码数据

您可以声明参数使用上限或下限来限制先验(即 lower = 0> 确保参数为正)。 采样由 ~ 符号表示,并且 Stan 已经包含许多常见的分布作为矢量化函数。...我们通过使用stan() 函数拟合我们的模型 ,并为它提供模型、数据,并指示预热的迭代次数(这些迭代稍后不会用于后验分布,因为它们只是模型“预热” ”),总迭代次数,我们要运行的链数,我们要使用的内核数...让我们与我们之前使用“lm”的估计进行比较: plot(y ~ x) 图 3. 北半球海冰范围随时间的变化(比较 Stan 线性模型拟合和一般 lm 拟合)。 结果与lm 输出相同 。...北半球海冰范围随时间的变化(Stan 线性模型拟合)。 后验预测发生了什么变化?模型是否更好地拟合数据?为什么模型拟合发生了变化?通过制作非常窄的先验分布,我们的模型改变了什么?...让我们还绘制非贝叶斯线性模型值,以确保我们的模型运行正确 par(mfrow = c(1,3)) plot(dnsty(alpha) 图 8.Stan 模型拟合的密度图分布 与一般lm 拟合的估计值比较

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R语言 线性混合效应模型实战案例

R中,有两种主要的方法来拟合多级模型,这些模型考虑了数据中的这种结构。这些教程将向用户展示如何使用lme4R中的包来拟合线性和非线性混合效果模型,以及如何使用rstan以完全适合贝叶斯多级模型。...本教程将介绍如何lme4 设置和运行一些基本模型,其中包括: R中构造变化的截距,变化的斜率以及变化的斜率和截距模型 从混合效应模型中生成预测和解释参数 广义和非线性多层次模型 完全贝叶斯多级模型适合...最后,我们指定要计算模型的数据。这里我们使用该lm函数执行OLS回归,但R中还有许多其他选项。 如果我们想要提取诸如AIC之类的度量 。...现在让我们看一个简单的模型拟合不同的 模型 我们的下一步可能是使用分组变量(如学校或班级)来拟合不同的 模型。...在这里,我们修改我们的随机效应项,分组术语之前包含变量:(1 + open|school/class)告诉R拟合变化的斜率和不同的学校和学校类别的截距模型,并允许open变量的斜率因学校而异。

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孟德尔随机化之IVW和MR-Egger方法简介

这里或许有人会问,为什么我们不需要P值呢?...IVW法 该方法中文叫做逆方差加权法,它的特点是回归不考虑截距项的存在并且用结局方差(se的二次方)的倒数作为权重来进行拟合,具体的R语言代码如下: fit <- summary(lm(b_out ~...R语言里lm()函数表示拟合线性模型(linear model),summary()函数是用来汇总回归模型拟合的结果。关于R语言的相关信息,请参考往期推送R语言入门系列和R语言进阶系列。...MR-Egger法 MR-Egger法与IVW最大的区别就是回归考虑截距项的存在,另外它也使用结局方差(se的二次方)的倒数作为权重来进行拟合,具体的R语言代码如下: fit <- summary(lm...(b_out ~ b_exp, weights = 1/se_out^2)) 这个代码和IVW的非常相似,区别就在于少了-1,这是因为R函数lm()里默认回归模型保留截距项。

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R语言STAN贝叶斯线性回归模型分析气候变化影响北半球海冰范围和可视化检查模型收敛性|附代码数据

您可以声明参数使用上限或下限来限制先验(即 lower = 0\> 确保参数为正)。采样由 ~ 符号表示,并且 Stan 已经包含许多常见的分布作为矢量化函数。...我们通过使用stan() 函数拟合我们的模型 ,并为它提供模型、数据,并指示预热的迭代次数(这些迭代稍后不会用于后验分布,因为它们只是模型“预热” ”),总迭代次数,我们要运行的链数,我们要使用的内核数...让我们与我们之前使用“lm”的估计进行比较:plot(y ~ x)图 3. 北半球海冰范围随时间的变化(比较 Stan 线性模型拟合和一般 lm 拟合)。结果与lm 输出相同 。...北半球海冰范围随时间的变化(Stan 线性模型拟合)。后验预测发生了什么变化?模型是否更好地拟合数据?为什么模型拟合发生了变化?通过制作非常窄的先验分布,我们的模型改变了什么?...让我们还绘制非贝叶斯线性模型值,以确保我们的模型运行正确par(mfrow = c(1,3))plot(dnsty(alpha)图 8.Stan 模型拟合的密度图分布 与一般lm 拟合的估计值比较 。

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R语言STAN贝叶斯线性回归模型分析气候变化影响北半球海冰范围和可视化检查模型收敛性|附代码数据

您可以声明参数使用上限或下限来限制先验(即 lower = 0> 确保参数为正)。采样由 ~ 符号表示,并且 Stan 已经包含许多常见的分布作为矢量化函数。...我们通过使用stan() 函数拟合我们的模型 ,并为它提供模型、数据,并指示预热的迭代次数(这些迭代稍后不会用于后验分布,因为它们只是模型“预热” ”),总迭代次数,我们要运行的链数,我们要使用的内核数...让我们与我们之前使用“lm”的估计进行比较:plot(y ~ x)图 3. 北半球海冰范围随时间的变化(比较 Stan 线性模型拟合和一般 lm 拟合)。结果与lm 输出相同 。...北半球海冰范围随时间的变化(Stan 线性模型拟合)。后验预测发生了什么变化?模型是否更好地拟合数据?为什么模型拟合发生了变化?通过制作非常窄的先验分布,我们的模型改变了什么?...让我们还绘制非贝叶斯线性模型值,以确保我们的模型运行正确par(mfrow = c(1,3))plot(dnsty(alpha)图 8.Stan 模型拟合的密度图分布 与一般lm 拟合的估计值比较 。

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ggpmisc--给你的曲线添加回归方程

导语 GUIDE ╲ 基于模型拟合的常见绘图注释有模型方程、显着性检验和各种拟合优度指标。...某些情况下,可能需要添加方差分析表或汇总表作为绘图注释。...背景介绍 ggplots中支持基于计算和模型拟合的注释可以作为新的统计信息来实现,这些统计信息对绘图数据进行计算,并将结果传递给现有几何图形。...然而这种方法相当繁琐且容易出错,因此小编给大家介绍一个可以为各种模型拟合函数绘制预测值、残差、偏差和权重的R包ggpmisc,可以轻松地实现与拟合模型相关的注释和绘图!..., sep = "")), parse = TRUE) stat_fit_tb 可以为任何拟合模型添加汇总表或方差分析表

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R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2间序列数据|附代码数据

当然,当您使用光滑项拟合模型,可能会发生许多复杂的事情,但是您只需要了解基本原理即可。...在过去,它可能类似于分段线性函数。 例如,您可以模型中包含线性项和光滑项的组合 或者我们可以拟合广义分布和随机效应 一个简单的例子 让我们尝试一个简单的例子。...() + geom_smooth(method = lm) 查看图或 summary(lm_y),您可能会认为模型拟合得很好,但请查看残差图 plot(lm_y, which = 1) 显然,残差未均匀分布...---- 点击标题查阅往期内容 【视频】广义相加模型(GAM)电力负荷预测中的应用 左右滑动查看更多 01 02 03 04 运行分析 R中运行GAM。...您可以通过plot 拟合的gam模型上调用函数来绘制局部效果 ,还可以查看参数项,也可以使用 termplot 函数

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R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2间序列数据|附代码数据

当然,当您使用光滑项拟合模型,可能会发生许多复杂的事情,但是您只需要了解基本原理即可。...在过去,它可能类似于分段线性函数。例如,您可以模型中包含线性项和光滑项的组合或者我们可以拟合广义分布和随机效应一个简单的例子让我们尝试一个简单的例子。...() + geom_smooth(method = lm)查看图或 summary(lm_y),您可能会认为模型拟合得很好,但请查看残差图plot(lm_y, which = 1)显然,残差未均匀分布...----点击标题查阅往期内容【视频】广义相加模型(GAM)电力负荷预测中的应用左右滑动查看更多01020304运行分析R中运行GAM。...您可以通过plot 拟合的gam模型上调用函数来绘制局部效果 ,还可以查看参数项,也可以使用 termplot 函数

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R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2间序列数据|附代码数据

当然,当您使用光滑项拟合模型,可能会发生许多复杂的事情,但是您只需要了解基本原理即可。...在过去,它可能类似于分段线性函数。例如,您可以模型中包含线性项和光滑项的组合或者我们可以拟合广义分布和随机效应一个简单的例子让我们尝试一个简单的例子。...() + geom_smooth(method = lm)查看图或 summary(lm_y),您可能会认为模型拟合得很好,但请查看残差图plot(lm_y, which = 1)显然,残差未均匀分布...----点击标题查阅往期内容【视频】广义相加模型(GAM)电力负荷预测中的应用左右滑动查看更多01020304运行分析R中运行GAM。...您可以通过plot 拟合的gam模型上调用函数来绘制局部效果 ,还可以查看参数项,也可以使用 termplot 函数

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R语言广义相加模型 (GAMs)分析预测CO2间序列数据|附代码数据

当然,当您使用光滑项拟合模型,可能会发生许多复杂的事情,但是您只需要了解基本原理即可。...在过去,它可能类似于分段线性函数。 例如,您可以模型中包含线性项和光滑项的组合 或者我们可以拟合广义分布和随机效应 一个简单的例子 让我们尝试一个简单的例子。...() + geom_smooth(method = lm) 查看图或 summary(lm_y),您可能会认为模型拟合得很好,但请查看残差图 plot(lm_y, which = 1) 显然,残差未均匀分布...---- 点击标题查阅往期内容 【视频】广义相加模型(GAM)电力负荷预测中的应用 左右滑动查看更多 01 02 03 04 运行分析 R中运行GAM。...您可以通过plot 拟合的gam模型上调用函数来绘制局部效果 ,还可以查看参数项,也可以使用 termplot 函数

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R语言多项式回归拟合非线性关系

当我们分析有一些弯曲的波动数据拟合这种类型的回归是很关键的。 在这篇文章中,我们将学习如何在R中拟合和绘制多项式回归数据。我们在这个回归模型中使用了lm()函数。...虽然它是一个线性回归模型函数,但通过改变目标公式类型,lm()对多项式模型也适用。本教程包括 准备数据 拟合模型 寻找最佳拟合 源代码 准备数据 我们首先要准备测试数据,如下所示。...我们可以将'df'数据可视化,图中进行直观的检查。我们的任务是用最佳曲线拟合这个数据。 plot(df$x, df$y ? 拟合模型 我们用lm()函数建立一个带有公式的模型。...I(x^2)一个公式中代表x2。我们也可以使用poly(x,2)函数,它与I(x^2)的表达方式相同。 ? 接下来,我们将用训练好的模型来预测数据。...本教程中,我们简要了解了如何拟合多项式回归数据,并使用R中的plot()和ggplot()函数绘制结果,完整的源代码如下。 ---- ?

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