scons 版本依赖于 Python 版本，考虑到之后 scons 的版本更新，不能将基础镜像指定为特定版本的 Python，所以这里选择了 conda 虚拟环境，可以在镜像构建时指定 Python 版本和...这个方案在本地进行测试时，发现镜像构建时会报错，具体原因是找不到特定版本的 g++-mingw-w64-x86-64。于是我调整了一下配置，在一些地方进行了微调。...这样 Dockfile 的编写就完成了，可以通过 docker build 命令构建镜像。...总结和后续至此，我们已经完成了 GDExtension C++ 的环境搭建和构建，通过 Docker 镜像的方式，可以在不同的操作系统下快速搭建开发工作流，提高开发效率。...- 知乎小贴士：Windows下docker挂载目录填坑记录-CSDN博客GDExtension C++环境搭建与使用-CSDN博客Docker构建镜像中的换源 - 知乎Docker使用conda构建Python
如果你想进一步省事，还可以直接使用我已经构建好的镜像，来作为基础镜像使用：https://hub.docker.com/r/soulteary/docker-pytorch-playground 。...，等到命令执行完毕，我们的 PyTorch 基础镜像就构建完成了。...我推荐大家在做应用模型构建的时候，可以考虑提前进行依赖模型的下载，在构建镜像的过程中，将模型放置到合适的目录位置即可。...片刻之后，我们就得到一个包含了模型和模型运行程序的应用镜像啦。 接下来，我们来看看如何使用这个镜像，来得到文章一开始时的模型运行结果。...如果在上文构建应用模型镜像时，没有选择将 GFPGAN 模型打包到镜像中，那么我们就需要使用文件挂载的方式，来运行模型了。
本节教程将会使用到docker，去安装minconda的镜像。如果你还没看我docker的教程，强烈建议你先回顾一下: 可重复的生信分析系列一:Docker的介绍 什么是Conda?...的环境管理 相信大部分的小伙伴对上面提到的分析都应该了如指掌了，但是conda在可重复的生信分析中，究竟能起到一个什么的作用，下面请听我细说： 什么是Conda的环境?...我强烈不建议在同一环境中安装所有软件包/工具。这个是很多新手玩家会犯的错误。很多刚刚入门生信的初学者，都会一个劲的在base的环境里，安装各种各样他们所需的工具。...这样一来，就相当于拆东墙补西墙，很多软件都互相打架了，然后实在没办法了，嗯，就把conda删了，重新把所有软件安装一遍。不要问我为什么那么清楚，因为我也踩过坑。...这样conda就会自动帮你处理好不同软件包之间的依赖项，完成安装。 对于两种安装方式而言，第一种是我个人更喜欢的形式。为什么呢？
而模型与数据相比，模型即便是优化得再好，数据不够、不好的话，最终也不能得到一个好的预测结果。因此，我们在使用机器学习方法去建立某个领域模型的同时，也要注意相关原始数据的收集和整理。...这个时候，即使我们提交的计算在一段时间后得到了结果，恐怕也会是很多个结果文件，我们也很难从这些文件中抽取出我们关心的、想要的某些数据，更难将其整理成可直接用于机器学习的数据格式。 ...它使得在研究中复杂的计算流程的可重复性得以保证。...这里不仅介绍由 AiiDA 团队构建的 aiida-team/aiida-core 镜像，也介绍具有多种集成环境的 Quantum Mobile 镜像。...Docker 安装 单独环境 使用以下 docker-compose.yml 文件和命令 docker-compose up -d 即可启动一个 aiida-team/aiida-core 容器实例
可能唯一有用的就是 Jupyter 官方提供的镜像构建 Dockerfile 集合 吧。 ...以下为搭建所需的文件的列表： 构建 Jupyter Notebook 实例镜像 基础镜像 base-notebook 这里的基础镜像可以根据需要自行选择，与 jupyter/docker-stacks...相比镜像构建 Dockerfile 有些内容做了修改，本目录下其他文件和 base-notebook 目录 一致。...另外，这里的本地目录需要预先建立好，否则由于 Docker 自身的安全性而新建立的目录的所有者会是 root 用户，这样就不能够正常使用该目录。...以下配置文件需放置在 docker-compose.yml 的同层目录 data 里面。
Linux系统登录-联系远方的她 1.1.5 初识Linux系统 - 黑夜中的闪烁是你的落脚点 1.1.6 我的电脑在哪？...fault/段错误 怎么办 2.4.11 Conda为什么越来越慢？...2.4.12 Conda是如何工作的 2.4.13 Conda哪一步慢？...自动构建镜像 2.5.8 Docker的特征 2.5.9 Docker使用注意 2.6 Makefile知识 2.6.1 参考 3 Linux神器 3.1 正则表达式替换文本随心所欲 3.2 awk-生信分析不可缺少...BioMart数据下载 5.3 如何获取目标基因的转录因子（下）——Linux命令获取目标基因TF 5.3.1 1. 基础回顾 5.3.2 2. 文件格式处理 5.3.3 3.
他们在Docker Hub上有1000多个存储库，其中包含各种生物信息工具的Docker镜像。 关于Docker的基础 首先下载Docker,到下面的网站下载好对应版本的docker，然后进行安装。.../ 下载我们第一个docker镜像 准备工作结束后，开始使用 docker pull下载我们的第一个docker镜像。...下面我们尝试使用docker来构建一个R的环境，这里需要下载R studio的镜像： docker pull davetang/rstudio_biocasia 成功下载安装镜像后，请尝试运行以下命令...镜像 docker镜像是基于Dockerfile中包含的命令构建的。...Dockerfile用于在带有Dockerfile的文件夹中使用以下命令构建镜像: docker build -t davetang/rstudio .
本文使用docker + conda (mamba) 作为基础分析环境，镜像获取：docker/docker-compoes 的安装及镜像构建见《基于docker的生信基础环境镜像构建》,docker镜像基于...ubuntu21.04构建，并安装有conda/mamba，ssh服务。...备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行# 拉取docker镜像docker pull doujiangbaozi.../sliverworkspace:latest# 查看docker 镜像docker images基础环境配置，docker-compose.yml 配置文件，可以根据需要自行修改调整version...编写脚本匹配whitelist基因，突变过滤后vcf文件，vep注释后的文件，得到最终结果#需借用gatk环境中的python来运行 source activate gatkpython ${envs}
2.4.12 conda 是如何工作的 2.4.13 conda 哪一步慢？...上面命令中我们已经帮您加进去了）。...Use 'conda deactivate'. ct@ehbio:~# which python /usr/bin/python 1.4.2 在环境 phylo 中安装 ete3 起因是使用官方的推荐命令安装时出了问题...conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0 R 会安装于conda_path/envs/r/bin中，软链到位于环境变量的目录中即可正常使用。...1.7 Conda 环境简化运行 为了方便不同环境里面程序的运行，我写了一个 shell 脚本（conda_env_run.sh)，具体运行如下： # -c: 表示实际需要运行的命令 # -e: 表示需要启动的软件环境
我的学习路径 Docker命令大全 Dockerfile中的指令 B站全套生信视频课程 Docker三要素 Dockerfile 是文件指令集，用来说明如何自动创建Docker镜像 Docker...当然，还可使用docker commit命令反过来由Containers生成Images，但一般不建议这样做，主要是因为在运行中的容器中进行操作（如：安装软件或添加无关内容）会导致镜像极其臃肿。 ?...我的实战操作 将centos7作为基础镜像并安装一些工具 1. FROM centos:centos7 2. MAINTAINER ZhiHaoPlus,proea_00@163.com 3....创建images并修改名称 docker build . 因为在Dockerfile在当前工作目录下，所以用“ . ”代替了绝对路径。 ?...,其在启动容器时执行echo命令，然而奇怪的事情发生了，启动容器后确实输出了"Hello,World!"却没进入容器中，就好像没被开启。如下图： ?
层（layer）：对已有镜像的修改，由 Dockerfile 中的一个指令表示。层按次序应用到基础镜像上，以创建出最终的镜像。 本文将使用这些术语，如果你在阅读时忘记了，一定要回来查看！...最重要的是，你也可以随时发布你构建的镜像，即使该镜像是通过在其它镜像上加层得到的！这有无尽的可能性。...这也是你在不为 FROM 语句指定标签时默认 pull 的镜像。比如说如果你的 FROM 语句是这样： FROM ubuntu 然后你就将 pull ubuntu:16.04 镜像。为什么？...在这里我安装了一些我喜欢的实用工具，比如 curl、htop、byobu，然后安装了 Anaconda，之后还安装了一些基础 Anaconda 中没有的其它库（你可以在完整的 Dockerfile 中查看其它...RUN 语句后的命令与 Docker 没什么关系，只是一些你在安装这些软件包时需要运行的正常 Linux 命令，所以就算你不熟悉这些软件包或 Linux 命令也不要担心。
(上面命令中我们已经帮您加进去了)。...Use 'conda deactivate'. ct@ehbio:~# which python /usr/bin/python 在环境phylo中安装ete3 起因是使用官方的推荐命令安装时出了问题，...conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0 R会安装于conda_path/envs/r/bin中，软链到位于环境变量的目录中即可正常使用。...Conda环境简化运行 为了方便不同环境里面程序的运行，我写了一个shell脚本 (conda_env_run.sh)，具体运行如下： # -c: 表示实际需要运行的命令 # -e: 表示需要启动的软件环境...添加Bioconda通道时，注意顺序，给予conda-forge最高优先级，其次是bioconda。如果之前已经添加好了通道，自己在~/.condarc中调整顺序。
，但又受限于对计算机系统的复杂性，遇到了此类问题时，只能听天命了，真是令人捉狂！去问开发者，开发者常常会说：“它可以在我的机器上跑了”，也就是说可能换个环境，流程就认生跑不动了。...每个镜像有自己唯一的ID，名字和标签，还包含一些运行时准备的一些配置参数（如环境变量、软件等）。镜像不包含任何动态数据，其内容在构建之后也不会被改变。...仓库（Registry）：镜像构建完成后，可以很容易的在当前宿主机上运行，但是，如果需要在其它服务器上使用这个镜像，我们就需要一个集中的存储、分发镜像的服务，就如同存储镜像的数据库一样，Docker Registry...可能有的小伙伴就会犯嘀咕，“这不和conda干的是同一件事吗？”确实，在很多时候Docker能干的事，conda就能完成。...但是，Docker是更接近操作系统的工具，conda能同时在一个环境里面安装Python2和Python3吗？Docker就能，而且在Docker容器中也能安装conda哟！
基于docker构建环境 笔者使用docker的方式属于网上不推荐的方式，类似于虚拟机镜像。原因就是懒得去编写dockerfile，感觉太麻烦。.../bin https://github.com/docker/compose/releases 选择docker镜像并构建基础镜像 因为之前的Ubuntu16.04过于老旧，这里直接选择Ubuntu20.04...，我们commit创建自己的镜像，打开终端 docker commit first ubuntu20.04-ssh:1.00 第二阶段：安装bioconda构建基础生信镜像 退出并删除之前运行的容器...构建bioconda 第二阶段镜像 #测试没有问题，打开一个新的终端提交镜像，第二阶段镜像后续可以用于各种生信环境 docker commit rnaseq ubuntu20.04-bioconda...-amd64.deb gdebi rstudio-server-1.3.1093-amd64.deb #创建配置文件 vi /etc/rstudio/rserver.conf #添加如下语句 ###在两个配置文件中添加以下语句
演示环境准备 容器 本文以在 docker 容器中搭建 JupyterLab 为例进行说明： # 拉取 python 镜像 $ docker pull python # 启动容器并映射 8099 端口作为访问...# 查看 channel $ conda config --show channels # 设置搜索时显示 channel 地址 $ conda config --set show_channel_urls...不再需要这个演示的虚拟环境时，可以通过下面方式移除： $ conda deactivate $ conda env remove --name lab_env 安装 JupyterLab 可按 官方文档...kernel 为 Bash，就可以在 notebook 中执行 bash 命令了： bash 调整 kernel 修改 kernel 在界面中的显示名 使用 jupyter kernelspec list...[3] Quick command line install: https://docs.conda.io/projects/miniconda/en/latest/#quick-command-line-install
前面我在生信技能树提到过：没有docker我真的不想动这样的生信软件，引起了很多生信工程师的共鸣，大家基本上都在软件安装方面踩坑过，都是泪。...在生信菜鸟团也有关于生物信息学环境搭建的讨论 可重复的生信分析系列一:Docker的介绍 可重复的生信分析系列二:Conda的介绍 现在我就分享一下我自己mac电脑的conda等生物信息学环境配置，提高大家的生产力...感兴趣的自己阅读文档：https://docs.python.org/zh-cn/3.8/whatsnew/3.8.html 在Anaconda 镜像使用帮助的页面，告诉了我们如何配置好conda。...配置好了各大NGS组学的conda环境后 接下来就学习我好几年前全部免费共享在b站的技术流程的视频教程，如果你没有看，而且我同步分享了视频配套讲义和教辅材料； 学徒第1月，基础知识介绍掌握：文档链接：https...再比如前面提到的hisat2+stringtie流程，主要是lncRNA-seq数据分析之新lncRNA鉴定和注释 参考：猪狗的参考基因组构建索引，还有使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 ，做好准备工作
那么本文是我在组装工作站过程中记录的详细操作流程，供有类似需求的同学参考~ 首先我们来看一下配置完后最终效果的视频： 1. 硬件篇 1.1 工作站配置选型 ?...），选择Desktop Image版本，得到.iso的镜像文件。...更新软件列表： sudo apt update sudo apt upgrade 也可以去网上搜其他镜像，在我这边经测试阿里云是最快的。...现在可以在docker里面正常使用GPU啦~ 3.6 测试 这里通过一个简单的python脚本测试一下GPU训练是否一切正常，跑一个DL里面的Hello World程序，通过两种方法测试：本地conda...按照前面的配置方法同样配置好pytorch和其他软件包，然后运行同样的脚本，也可以得到上述输出，说明gpu在docker中正常工作。 4.
最开始是为了培训时，学员更方便搭建流程引入的，现在分享出来，方便更多人使用。 Conda包管理系统 Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。...最吸引我的是它的工作环境概念，可以简单的配置不同Python版本的环境、不同Python包的环境、不同R环境和R包的环境，对于生物信息软件繁杂的应用和频繁的更新提供了很大的便利。...安装ete3 使用官方的推荐命令安装时出了问题，py3.5的包装到了py2.7环境下。解决办法，新建一个py2.7的环境，然后安装。...conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0 R会安装于conda_path/envs/r/bin中，软链到位于环境变量的目录中即可正常使用。...Conda环境简化运行 为了方便不同环境里面程序的运行，我写了一个shell脚本 (conda_env_run.sh)，具体运行如下： # -c: 表示实际需要运行的命令 # -e: 表示需要启动的软件环境
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
