我们可以开始尝试分析一些文献的公共数据集啦,不过在处理那些数据的过程中,我们还需要传授给大家几个小技巧。 修改FCS文件 FCS文件类型,流式细胞术数据文件标准。...读取fcs文件的函数来自于 flowCore 包 我们读取fcs文件,可以读取一个文件夹下面的全部fcs文件,或者单个fcs文件独立读取。...文件 tmp=cytof_list[[1]][[1]] dim(tmp@exprs) tmp@parameters@data 首先需要明白读取fcs文件的函数来自于 flowCore...包: read.flowSet {flowCore} ## 批量读取文件夹下面的全部fcs文件 read.FCS {flowCore} ## 单个fcs读取 简单的思考,既然是有read.FCS可以猜出应该是有...write.FCS {flowCore} 修改flowFrame-class 使用read.FCS {flowCore} 读取fcs文件后是一个 flowFrame-class,需要修改它就得先理解它
读取数据及可视化 首先我们看下flowCore包中的读取数据的函数read.FCS和read.flowSet: ? ?...那如果我们的荧光素1对应的通道可以检测其荧光信号,那么其它的通道也会产生荧光素1的信号,那这些信号就成为溢出,组成的荧光信号值的矩阵也就是溢出矩阵,在flowCore中作者提到了对溢出矩阵的处理方法:...质量控制 我们主要是看下flowClean中clean函数进行对flowdata类型的数据进行质量控制并获得质控之后的数据,当然这个函数有一个缺点,那就是细胞数必须大于30000,不然没法进行质控: ?...我们看下flowCore包中的数据的标准化需要用到函数transfom,我们直接看一个对数转换的实例: fs <-read.flowSet(path=system.file("extdata", "compdata...圈门以及可视化 首先我们看下通过算法的自动圈门过程。我们看下flowCore中的几种方法: ?
1 猿与故事 今天的故事发生在程序猿菜菜身上。 凡是对接过三方的都知道,代码中难免要加载很多三方分配的证书等相关配置文件。...但是,后期业务扩展,三方接入的证书配置会很多,该怎么办? 这当然难不倒菜菜同学,发挥一下 CV 大法,于是乎一坨硬生生的代码出现了(估计有很多同学都这么干,)。...问题很清晰了,通过上面这种方式获取 SpringBoot 打好的 jar 中的资源文件不太可行,需要换方案。...3 菜菜侃大山 1、如何获取 SpringBoot jar 包中的指定文件夹下的资源文件子目录?...菜菜曰:SpringBoot 没办法通过 File 的形式访问 jar 包里面的文件,借助 resource.getURL().getPath() 获取当前资源对应的URL的路径得以解决。
上一讲我们提到了,跟着cytofWorkflow,可以使用read.flowSet函数全部的FCS文件后,会产生一个对象,这里面变量名是 samp 。...其实cytofWorkflow只是一个流程而已,这个read.flowSet函数来自于R包。 但有了FCS文件不够,具体的每个样本是有临床表型的,而且呢,里面的抗体也是有对应的生物学意义的。...这3种信息组合起来,就是 CATALYST 包的 prepData函数该派上用场啦,官方示例代码如下: # construct SingleCellExperiment library(CATALYST...) 就是使用 CATALYST 包的 prepData函数把3个信息整合起来哈。...如果你有自己的FCS文件,就需要使用read.flowSet函数读取,然后自己制作抗体表格,以及样本表型表格。必须要严格follow这里面的例子哦!
我这里演示其中5个文件,如下: 3.6M Nov 6 10:20 WT-UnRx 3-G2_CD45pos.fcs 13M Nov 6 10:27 WT-UnRx-1_CD45pos.fcs...读取FCS文件 只需要把全部的下载成功的FCS文件统一存放在一个文件夹,比如 paper_fcs文件夹,然后使用read.flowSet函数即可读取,示例代码如下: rm(list = ls()) require...= p1) samp 熟悉read.flowSet函数产生的对象 使用read.flowSet函数全部的FCS文件后,会产生一个对象,这里面变量名是 samp 。...cytofWorkflow流程示例数据集 其实R包 HDCytoData 就内置了一些cytof数据集哈, 不同数据集,需要不同的函数来下载,所以对网速要求比较高: library(HDCytoData...package 这个下载到的fs变量,就就等价于前面的使用read.flowSet函数全部的FCS文件后产生的对象: > fs A flowSet with 16 experiments.
最近接到粉丝求助,看了我的教程,发现没办法处理一个文献的cytof数据集,标题是:《Single‑cell profiling of myasthenia gravis identifies a pathogenic...确实有点麻烦,我使用下面的代码进行了简单的探索: require(cytofWorkflow) c1 = read.flowSet('....., function(x){ # x = names(exp_list)[[1]];x tmp = c1 tmp@exprs = as.matrix(exp_list[[x]] ) write.FCS...(tmp,file.path('new',paste0(x,'.fcs'))) }) 把每个样品都输出自己的fcs文件,输出如下所示的文件: $ ls -lh new/|cut -d" " -f...p16.fcs 18M Feb 7 16:52 p17.fcs 15M Feb 7 16:52 p18.fcs 14M Feb 7 16:52 p19.fcs 每个 fcs 后缀的文件,
同时我之前看到了vue-cli 源码 里有 read-pkg 这个包。源码仅27行,非常值得我们学习。 阅读本文,你将学到: 1. 如何学习调试源码 2....用最新的VSCode 打开项目,找到 package.json 的 scripts 属性中的 test 命令。鼠标停留在test命令上,会出现 运行命令 和 调试命令 的选项,选择 调试命令 即可。...返回:完全解析的特定于平台的 Node.js 文件路径。此函数可确保正确解码百分比编码字符,并确保跨平台有效的绝对路径字符串。...new URL('data.txt', import.meta.url) 注意,Node.js 环境中,import.meta.url 返回的总是本地路径,即是file:URL协议的字符串,比如 file...学 Node.js 可以多找找简单的 npm 包学习。比直接看官方文档有趣多了。不懂的就去查官方文档。查的多了,自然常用的就熟练了。
# 然后:loaded into R as a flowSet using read.flowSet() from the flowCore package # 这个cytof的panel的抗体信息表格...plotCounts 函数就明白了。...绝大部分情况下,初学者都无需自己写太多函数,各种工具调用的溜起来就行了。...样品之间的距离关系 这样的图表在我一直讲解的表达矩阵分析也是如此。...其实这个时候的分析,跟纯粹的单细胞转录组就非常类似了。单细胞转录组数据分析的细节,以及背景我就不赘述了,看我在《单细胞天地》的单细胞基础10讲。
大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 分享一下我老师大神的人工智能教程!零基础,通俗易懂!http://blog.csdn.net/jiangjunshow 也欢迎大家转载本篇文章。...下面, 我们先在工程当前目录下制作我们需要的test.txt文件, 在里面输入几行字符串: ab cd ef gh 我们先看逐行读取文件: #include #include...我很好,谢谢! 我很好,谢谢!...当你完成了一篇文章的写作, 在上方工具栏找到 文章导出 ,生成一个.md文件或者.html文件进行本地保存。...导入 如果你想加载一篇你写过的.md文件或者.html文件,在上方工具栏可以选择导入功能进行对应扩展名的文件导入, 继续你的创作。
每个被拆分的数据块都会被放入单独的网络包中,并在每个被拆分的数据块中添加TCP头信息,然后由IP模块来发送这些数据。...ARP 协议会以广播的形式在以太网中发送一个请求,询问所有设备:“谁是拥有这个 IP 地址的设备?请告诉我你的 MAC 地址。”...然后,将会有一个设备回答:“这个 IP 地址是我的,我的 MAC 地址是XXXX。” 如果对方设备和我们在同一个子网中,通过上述操作就可以获取到对方的 MAC 地址。...另外,末尾的帧校验序列(FCS)也是非常重要的。在数据包传输过程中,可能会发生噪声、干扰或其他错误,导致数据包损坏。为了确保数据的完整性,网卡在数据包的末尾添加了FCS。...接收方在接收数据包时,会利用FCS对数据包进行校验,以检测是否有损坏或错误发生。如果校验结果与FCS不匹配,接收方将知道数据包在传输过程中发生了错误。
代码主要还是 C# 基础,为什么说简单?...多个 Then 节点,可以组成一条连续的工作流。 ? Parallel 并行节点,可以设置多个并行节点放到 Parallel 中,以及在里面为任一个节点创建新的分支。 ?...(); } .StartWith() 方法开始一个工作流; FlowCore.RegisterWorkflow() 注册一个工作流; FlowCore.Start();执行一个工作流...FlowCore.Start(2); Console.ReadKey(); } 通过以上示例,可以大概了解本篇文章中我们要写的程序。...文件,用于存储和索引工作流。
前者意味着包是在 glibc 公共库版本为 2.17 的系统下编译出来的,因此,它不会包含大于 2.17 的库函数,兼容性会更强。...我选择支持的是 minimal 包,这个版本剔除了与调试相关的二进制文件和调试符号,体积非常小,仅为常规包的三分之一,我认为非 minimal 包并无优势。...== 1 and db_type == 'greatsql' + delegate_to: 127.0.0.1 在正常情况下,您应该手动上传 GreatSQL 的包到 downloads/ 文件夹中...如果在 downloads/ 文件夹中没有找到对应的包,且在 common_config.yml 文件中设置了 fcs_auto_download_mysql == 1(允许从互联网下载安装包),并且...因此,我之前已经在我的 dbops 工具中加入了在部署时选择使用 jemalloc 内存分配器的功能,它是在 systemd 服务中实现的。
以太网因不同的通信介质,所以通信速度会有所差异。10BASE,100BASE以及10GBASE中的10,100,10G分别指10Mbps,100Mbps,10Gbps。...有时候还会有10BASE-T等,后缀表示的是传输介质。 以太网是不可靠,面向无连接的服务。以太网将错误的包直接丢弃掉。 以太网帧的前端有一个叫做前导码的部分。...它由0,1交替形成,表示一个以太网帧的开始,也是对端网卡能够保持同步的标志。在这个前导码的末尾是一个叫做SFD的部分,它的值是11,占两位(在IEEE802.3标准中,SFD占8位)。...如下所示: 目标MAC地址 源MAC地址 帧长度(2字节) LLC(3字节) SNAP(5字节) 在IEEE802.3标准下,上层协议类型通常是LLC/SNAP中。...在以太网数据帧的末尾还会有一个FCS,它用于检查帧是否损坏。发送端会计算FCS,接收端也会计算FCS。 LLC,SNAP实际上是逻辑链路控制。
mac地址是tcpip模块从mac模块中取出的2.ip协议通过本地路由表找到发送方的ip地址,并将数据传递给网卡,ip模块发送的数据会保存到网卡的缓冲区中;什么时候读取缓冲区进行数据发送呢?...网卡的mac模块会读取缓冲区数据 并将数字信号转换为通用信号并借助mai模块转换为网卡传输的数据格式并发送到网线中添加报头起始帧和fcs图片网卡会取出缓冲区的数据并切割,为每部分的头部填充包头和起始帧;...尾部添加验证是否短缺的尾部(检测错误的帧校验序列)为什么需要添加报头和起始帧呢?...fcs末尾校验序列fcs用来检查包传输过程中因噪声导致的波形紊乱、数据错误,它是一串32比特的序列, 是根据包中所有的内容带入一个公式中计算出来的序列。...我正在参与2023腾讯技术创作特训营第二期有奖征文,瓜分万元奖池和键盘手表
我在运行这个函数的时候sce <- prepData(samp, Panel, Sample_sheet, features = Panel$fcs_colname)报错如下:Error in prepData...(samp, Panel, Sample_sheet, features = Panel$fcs_colname) : all(unlist(md_cols) %in% names(md)) is...not TRUEmd的第一列为图片fs的文件名也是这个。...但不知道为什么出错,有人能指导吗,感谢!
,不过单细胞转录组数据分析的细节以及背景我就不赘述了,看我在《单细胞天地》的单细胞基础10讲: 01....我们可以开始尝试分析一些文献的公共数据集啦,不过在处理那些数据的过程中,我们还需要传授给大家几个小技巧。 绝大部分情况下cytof样品的细胞数量差异非常大!...这个时候就很麻烦,假如我们希望是最开始就把细胞数量至少拉平到同一个数量级,就需要解析read.flowSet函数全部的FCS文件产生的对象。...FCS文件产生的对象。...只需要修改一下 exprs 函数能取出来的抗体信号值矩阵 即可。
FCS Express是一个完全集成的分析、统计、图表和报告工具用于获取结果FCS Express使用集成的电子表格因此您的图表和统计数据会随着您的门的变化而更新所有图形都以高分辨率直接导出到PowerPoint...使用 FCS Express,您可以直接在软件中轻松自定义绘图的各个方面,从而获得分析期间所需的可视化效果。03、批量处理只需单击一下即可为多个文件创建多个分析文档!...交流是科学的关键,今天的研究人员需要能够快速轻松地导出结果,通常是多种不同的格式。FCS Express中的批处理使您可以通过各种导出模式和文件类型快速轻松地报告和共享您的结果。...FCS Express 允许您在分析中的任何位置插入名为 Tokens 的实时更新文本。它们可以显示绘图统计信息、文件关键字、门和布局属性,甚至来自您的计算机的系统信息。代币将加快您获得结果的时间。...在这种类型的测定中,细胞示踪染料(例如 CFSE)被掺入细胞中。随着每一轮细胞分裂,染料的相对荧光强度降低一半。其他软件包提供有限的数据建模功能或要求您完全使用单独的软件包。
原理很简单,实现起来稍有一点难度:首先要先要获取本机的IP地址和MAC地址,我在下面的Deemo中实现了SharpPacp获取本机IPv4地址和MAC地址的方法: ?...ARP应答包,启动线程发送一个包后,检测网卡数据,并过滤出所有网卡中的ARP数据包,然后对包进行解析,如果包中的源主机IP是构造的包中的目标主机证明这个包是刚才发送的请求包的应答包,然后: 1.通知事件更新...除了要换掉包中的地址信息,还要在尾部加上FCS校验码:什么是FCS校验码?...FCS提供了一种错误检测机制,用来验证帧在传输过程中的完整性。 FCS采用了循环冗余校验CRC32校验算法,那么什么是CRC校验呢?...3.输入:netsh -c “i i” add neighbors 连接的Idx号 网关IP 网关MAC 添加一条静态映射,我已经添加过了,所以会显示 对象已存在 netsh -c "i i" add
前面我们已经完成了cytof数据处理的主要步骤,读入文件,质量控制,降维聚类分群,生物学注释和细胞亚群比例差异分析。...目录如下: 1.cytof数据资源介绍(文末有交流群) 2.cytofWorkflow之读入FCS文件(一) 3.cytofWorkflow之构建SingleCellExperiment对象(二) 4....,不过单细胞转录组数据分析的细节以及背景我就不赘述了,看我在《单细胞天地》的单细胞基础10讲: 01....我们可以开始尝试分析一些文献的公共数据集啦,不过在处理那些数据的过程中,我们还需要传授给大家几个小技巧。...(flowCore)) suppressPackageStartupMessages(library(diffcyt)) suppressPackageStartupMessages(library(
如果已经存在该源地址的 MAC 地址表项,则交换机重置老化计时器。通常一个表项会保持5分钟。...在进入端口接收完整一帧之后,交换机将数据报最后一个字段的帧校验序列(frame check sequence,FCS)与自己的 FCS 进行比较。...例如,接收到一个以 1Gb/s 速率发出的帧,转发至百兆以太网端口,就需要使用存储转发方式。当进入与输出端口速率不匹配时,交换机将整帧内容放入缓存中,计算 FCS 校验,转发至输出缓存之后将帧发出。...如果网络中出现高差错率(无效帧),直通交换可能会对带宽造成不利影响,损坏以及无效帧会造成带宽拥塞。在拥塞情况下,这种交换机必须像存储转发交换机那样缓存。...当设备发出二层广播包,帧中的目的 MAC 地址被设置为全二进制数,广播域中的所有设备都会接收到该帧。二层广播域也称为 MAC 广播域。MAC 广播域包含 LAN 上所有接收到广播帧的设备。
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