Conda安装配置生物信息软件 Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。...# 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7 conda create -n phylo python=2.7 # 在phylo环境中安装 ete3 # ete3存在于2.../phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate phylo # 在新环境里面执行命令操作...Conda环境简化运行 为了方便不同环境里面程序的运行，我写了一个shell脚本 (conda_env_run.sh)，具体运行如下： # -c: 表示实际需要运行的命令 # -e: 表示需要启动的软件环境...，conda create -n python35copy --clone python35，把python35备份为python35copy。
） # 这个目录下存在bin文件夹，一般使用全路径就可以调用，如下 # anaconda_path/envs/transcriptome/bin/salmon -h # 但有时会因为依赖关系而失败...# 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7 conda create -n phylo python=2.7 # 在phylo环境中安装 ete3 # ete3存在于2.../phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate phylo # 在新环境里面执行命令操作...1.7 Conda 环境简化运行 为了方便不同环境里面程序的运行，我写了一个 shell 脚本（conda_env_run.sh)，具体运行如下： # -c: 表示实际需要运行的命令 # -e: 表示需要启动的软件环境...，conda create -n python35copy --clone python35，即把python35备份为python35copy。
以下文章来源于气象备忘录 ，作者蓝胖 小姜 conda可以很方便地管理不同项目的环境，避免相互污染，常用命令如下： # 创建环境 conda create -n py36 python=3.6 #...env list # 查看当前环境安装包 conda list ---- 在日常的工作和学习中，可能手头有很多服务器，在一台服务器上搭建了合适的开发环境，如何高效地复制到所有机器上呢？...conda env create -f pyn_env.yml（确保目标机器已经安装了Anaconda，下同）。...通过 vim pyn_env.yml 命令将 yml 文件中的 name 由 base 改成任意非 base 的环境名即可成功运行，如 wrf_env 。...至于为什么建议修改 .bash_ profile 而不是 .bashrc ，可以见【科研利器】关于 “.bash_profile” 和 “.bashrc”区别的总结。
conda create –name new_env_name –clone old_env_name #复制old_env_name为new_env_name conda remove...// 导出当前环境的包信息 conda env create -f environment.yaml // 用配置文件创建新的虚拟环境 五、python 虚拟环境 1）什么是虚拟环境...2）为什么要用虚拟环境？ 因为在开发当中，我们需要根据不同的需求，下载不同的框架库，或者不同的版本。...补充：Anaconda 所谓的创建虚拟环境，实际上就是在本地安装了一个真实的python环境，具体位置就在下面这个文件夹里 我们可以使用conda 命令随意切换当前的python 环境，使用不同版本的解释器和不同版本的包去运行...六、Anaconda 与 pyCharm 连接 在工作环境中我们会集成开发环境去编码, 这里推荐JB公司的pycharm, 而pycharm也能很方便的和anaconda的虚拟环境结合 在Setting
的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件 conda create -y -n rna python=3.7 # 创建小环境成功，并成功安装python3版本 # 每建立一个小环境，安装一个python...=3的软件作为依赖 # 查看当前conda环境 conda info -e conda env list # 每次运行前，激活创建的小环境rna conda activate rna # 退出小环境...env create -n rna -f rna.yaml # 如果有mamba的话可以用mamba安装 # mamba env create -n rna -f rna.yaml conda env...create -n R4 -f R4.yaml 或者试试导入下面这个新的配置文件： 从钉钉群里下载RNA.env.txt conda create --name RNA --file RNA.env.txt...#(仅限相同平台) #导入环境: conda env create --name --file env.yml conda create --name --file
三、为什么需要Anaconda？ 我已在本地安装了 Python，那我为啥还需要 Anaconda？...管理环境 比如你在一个项目中用了 Python 2，而另一个项目中使用Python 3，如果直接同时安装两个版本的Python可能会造成许多错误和混乱。...例如，要创建环境名称为 py3 的环境并在其中安装 python 3.5，在终端中输入 : conda create -n py3 python=3.5 conda create -n envName...create -n py2 python=2 因为我们的项目要求不同，有时会用Python2，还有时会用Python3。...如果我们要安装特定版本（例如 Python 3.5），请使用: conda create -n py python=3.5 conda create -n py3 python=3 进入环境
Conda包管理系统 Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。...# 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7 conda create -n phylo python=2.7 # 在phylo环境中安装 ete3 # ete3存在于2.../phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate phylo # 在新环境里面执行命令操作...conda env create -f ehbio_env.yml Conda配置R 在添加了不同的源之后，有些源更新快，有些更新慢，经常会碰到版本不一的问题。...Conda环境简化运行 为了方便不同环境里面程序的运行，我写了一个shell脚本 (conda_env_run.sh)，具体运行如下： # -c: 表示实际需要运行的命令 # -e: 表示需要启动的软件环境
基本介绍与其特点 从Conda的官方文件中找到了下面这一段解析: Conda是在Windows，macOS和Linux上运行的开源软件管理系统和环境管理系统。...Conda可以快速安装，运行和更新软件包及其依赖的环境与工具。Conda可以轻松地在本地计算机上的环境中创建，保存，加载和切换。它是为Python程序创建的，但可以适用于任何语言的软件。...conda env create --file environment.yml # 检查当前conda所有的环境 conda env list ##可以看到当前的环境有两个 # conda...下面看一个例子: conda create -c conda-forge -n test_env python=2.7 numpy matplotlib pandas 这里我就手动告诉conda，通过...下面给大家一个例子，如果分享我们刚刚构建的 bwa_old环境： ##激活`bwa_old`环境 conda activate bwa_old ### 输出当前环境的文件配置 conda env
Conda包管理系统 Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。...ETE构建、绘制进化树 # 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7 conda create -n phylo python=2.7 # 在phylo环境中安装 ete3...，如下 # anaconda_path/envs/phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate...Conda环境简化运行 为了方便不同环境里面程序的运行，我写了一个shell脚本 (conda_env_run.sh)，具体运行如下： # -c: 表示实际需要运行的命令 # -e: 表示需要启动的软件环境...，也就是上面conda create建立的环境 # -b：一般不需要指定，如果conda没在环境变量中需要给出conda的安装路径 conda_env_run.sh -c 'ete3 -h mod'
作为好奇宝宝的你是不是发现了一个新名词 conda，那么你一定会问 conda 又是什么呢？ 1.2 什么是 conda ？...默认的环境是 root，你也可以创建一个新环境： conda create -n env_name list of packages 其中 -n 代表 name，env_name 是需要创建的环境名称...pandas 包，于是我们运行以下命令来创建： conda create -n py2 python=2.7 pandas 细心的你一定会发现，py2 环境中不仅安装了 pandas，还安装了 numpy...删除名为 env_name 的环境： conda env remove -n env_name 显示所有的环境： conda list 当分享代码的时候，同时也需要将运行环境分享给大家，执行如下命令可以将当前环境下的...conda env create -f environment.yaml 常用操作 # 创建一个名为python27的环境，指定Python版本是2.7（不用管是2.7.x，conda会为我们自动寻找2.7
conda 环境相关命令 创建环境 conda create -n env_name python=3.7 --clone another_env -n：name 表示新环境名称 python：使用...Clone 上文介绍过这个命令，用于本地重现某个环境 conda create --name new_env --clone old_env Spec List 相同操作系统的计算机之间复制环境...python-course --file spec-list.txt Environment.yml 使用 -export 选项生成一个 environment.yml 文件，以在不同的平台和操作系统之间复现项目环境...environment.yml 仅列出了软件包名称，由 conda 基于软件包的名称构建环境。 另一个区别是 -export 还包括使用pip安装的软件包，而 spec list 则没有。...#导出 environment.yml 文件： conda env export > environment.yml #重现环境： conda env create -f environment.yml
yes conda create -y -p ENV.machine.proj python= [学习 Conda 的高级特性（上）] 其它虚拟环境 python虚拟环境virtualenv...（系统中没有pip，并且也没有root权限使用sudo apt-get安装） 安装的库的位置 env/Lib/site-packages/目录里，而不是在系统的python的Lib/site-packages...) mingw(git): venv >source Scripts/activate 这时会发现，在命令行前面，会多出(env)出来，表示你已经进入了虚拟机了。.../bin/python3，是相对这个ipython.py执行的路径，激活virtual env后如果在另一个目录下输入python就会出错找不到或者直接调用系统中的python了，而不是virtual...env中的python，而原始的默认路径使用绝对路径就可以在virtual env激活后在任意目录都可以执行ipython而不出错！
在数据分析中，你会用到很多第三方的包，而conda（包管理器）可以很好的帮助你在计算机上安装和管理这些包，包括安装、卸载和更新包。 （3）管理环境。为什么需要管理环境呢？...比如你在A项目中用到了Python2，而新的项目要求使用Python3，而同时安装两个Python版本可能会造成许多混乱和错误。这时候conda就可以帮助你为不同的项目建立不同的运行环境。...要创建具有特定 Python 版本的环境，例如创建环境名称为python36，并安装最新版本的Python3.6在终端中输入： conda create –n python36 python=3.6 或也可以这样创建环境名称为...命令的第一部分 conda env export 用于输出环境中的所有包的名称（包括 Python 版本）。你在终端中上可以看到导出的环境文件路径。...conda env remove -n python27 运行Python Anaconda自带的Spyder就是个不错的IDE 当然也有许多人偏爱Pycharm Python–>Preferences
比如A项目中用了Python2，而B项目使用Python3，而同时安装两个Python版本可能会造成许多混乱和错误，这是使用Anaconda就可以为不同的项目建立不同的运行环境。...3、查看安装结果： conda info 三、Anaconda使用入门： 1、创建环境：conda create -n # 基于python3.6创建一个名为...py36的环境 conda create --name py36 python=3.6 2、激活环境：conda activate 3、退出环境：conda deactivate... 4、查看已安装的环境信息：conda env list 5、复制环境：conda create -n –clone # 通过克隆py36来创建一个称为py36_bak的副本： conda create -n py36_bak --clone py36 6、删除环境：conda env remove -n <env_name
之前我们在教程：为什么要用conda来安装一个R包 提到过常规的conda命令 都是基于Linux 操作平台，比如Linux各个用户里面安装自己的conda，每个用户独立操作，安装方法代码如下： #...安装aspera，新建download子环境，然后在该环境下面安装指定软件 ，就可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ，代码如下： conda create -n download conda...比如使用conda安装pyscenic的一些依赖： # 需要一些依赖,尤其是这个python 版本 conda create -n pyscenic python=3.7 conda activate...，每次运行都需要激活不同环境，也是很麻烦，所以我们就会把十几款软件都放在rna这个小环境里面。...conda env create -f rna_env.yml
Pipfile 文件是 TOML 格式而不是 requirements.txt 这样的纯文本。一个项目对应一个 Pipfile，支持开发环境与正式环境区分。...pip在系统自带Python中，包的**更新/回退版本/卸载将影响其他程序；而conda不会影响系统自带Python。... #示例： conda create --n test_conda_env 注意： 即创建的环境名。...如：conda create --name python2 python=2.7，即创建一个名为“python2”的环境，环境中安装版本为2.7的python。...如：conda create -n python3 python=3.5 numpy pandas，即创建一个名为“python3”的环境，环境中安装版本为3.5的python，同时也安装了numpy和
完全没有统一的开发平台，因此，即使利用 bioconda 还是会出现一些问题，比如需要使用的软件是基于 python2.7 版本，而安装之后的 python 版本为 3.7。...一、虚拟环境 conda 可以创建一个隔离的软件运行环境，利用 conda env list 可以查看虚拟环境，默认安装的为 base 环境。通过 create 可以创建虚拟环境。...创建 python 2.7 环境 conda create -n py27 python=2.7 -y 查看现有虚拟环境 conda env list 激活 python2.7 环境 conda activate...py27 查看 python 版本 python -V 在 python2 中安装软件 mamba install -y blast=2.7.1 mamba install -y metaphlan2...直接运行 py2 中的 python conda run -n py python --version 2.6 删除虚拟环境 conda 的虚拟环境可以通过 conda env 进行管理，除了创建
conda info --unsafe-channels 三、conda create conda create 可以用来创建新的 conda 环境，其格式如下： conda create [-n env_name...---- packages：我们新创建的环境如果不安装必要的包是无法使用的，需要安装的包用空格隔开，即 conda create -n my_env python numpy flask 我们用该命令创建了一个叫...此外，我们的 python 安装的是最新版本，当然我们也可以指定版本进行安装： conda create -n my_env python=3.9.7 numpy flask 四、conda install...： conda install -n my_env python=3.9.7 # 根据名称 conda install -p G:\anaconda3\envs\my_env python=3.9.7...实战操作 Pycharm，jupyter使用场景 以一个错误的程序为例子 python文件 一个块一个快递执行 用于存储一些代码信息 python控制台 常用：一行一行的执行 也可以以块为单位运行
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