no change /home/ubuntu/miniconda3/condabin/conda no change /home/ubuntu/miniconda3/bin/conda...no change /home/ubuntu/miniconda3/bin/conda-env no change /home/ubuntu/miniconda3/bin/activate.../conda.sh no change /home/ubuntu/miniconda3/etc/fish/conf.d/conda.fish no change /home/ubuntu.../miniconda3/shell/condabin/Conda.psm1 no change /home/ubuntu/miniconda3/shell/condabin/conda-hook.ps1...__conda_setup="$('/home/ubuntu/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" if [ $?
不过还是不完全明白，我们在服务器上能调用哪些范围内的软件？...比如一个组每个同学有自己的账号，但是大家的目录都在课题组目录下，组里别的同学下载安装的软件我也能用，这是为什么呢，我们能调用到哪个层级的目录下的软件是取决于什么呀？...parameter to false: conda config --set auto_activate_base falseThank you for installing Miniconda3!...直接在主目录下输入 source ~/.bashrc ，之后在随便哪个文件夹下输入conda都能出来conda的基本信息，不太懂它的作用范围，查了一下安装路径，是在conda里面，所以是在我的主目录下都可以调用的意思吗...(base) bio04@VM-0-6-ubuntu:~/tmp$ whereis condaconda: /home/bio04/miniconda3/bin/conda /home/bio04/miniconda3
下载命令wget -c + 网址 -c 是断点续传（没有下载完会接着下载，不会重新下载）图片图片图片为什么要添加频道·要收到对应的频道的信号才能看到该频道的节目·要配置好conda的频道才能用conda...## $ conda deactivate (base) Mar402 10:18:42 ~$ conda activate RNA #激活RNA这个环境(RNA) Mar402 10:19...shell会话和工作环境的系统变量 pic7图片echo 1打印字符串 2打印变量的值，变量调用要加 $ 修改命令配色环境变量PATH pic8图片新建PATH图片一个命令能被执行的三个要素当我们输入一个命令...，之所以能全局地调用，有三个条件要满足: 1.这个命令的本体文件真实存在在服务器里 2.这个命令的本体文件有可执行的权限 pic9，有x（当作命令）的才可以执行 3.这个命令能被系统查找到(命令所在的路径在...$PATH里有记录)chmod +x tmp1 #给tmp1添加权限图片生信软件安装-二进制【Binary】·下载·解压·添加到PATH步骤 pic a，b图片图片源代码【source code】安装·
环境 先启动conda环境 source ~/miniconda3/bin/activate conda search bwa 结果搜索不到，需要添加channels 添加频道 去清华镜像源，anaconda.../activate 现在退出miniconda3环境看，还能不能运行bwa和samtools source deactivate 可以发现bwa不能运行了 再次查看环境变量 echo $PATH /...python2环境 启动minicon3环境 source ~/miniconda3/bin/activate #查看conda环境# conda info --envs 可以看到只有miniconda3...~/.local/bin/ 以上两种都可以执行macs2 另外，进入python3环境 source ~/miniconda3/bin/activate 也可以执行macs2 通过vim可知， vim.../envs/python2/ 总结 conda安装小技巧 -1 根据软件所用的编程语言确定安装策略 -2 安装conda不要添加到环境变量中，用source activate启动 -3
生物软件安装有多种方式，可以直接使用源代码编译，也可以直接下载安装编译好的版本。当前还有 bioconda 方便管理生物软件。如果以上方式都很难安装成功软件，还可以使用 docker 的方法。...由于生物软件更新较快，源代码编译或者预编译的软件更新比较麻烦，这里推荐使用biocodna 来管理软件。...activate 激活环境中的 bioconda，直接使用其他环境中安装的软件。...conda activate /share/Software/miniconda3/ #查看bwa路径 (/share/Software/miniconda3) xiehs 07:44:36 ~ $ which.../Software/miniconda3/envs/test/bin/NanoPlot 1.4 配置 PATH 变量 可以将管理员安装生物软件目录配置到每个用户.bashrc 文件中的 PATH
:conda config --set auto_activate_base falseYou can undo this by running `conda init --reverse $SHELL...bio08/miniconda3/bin/condano change /home/bio08/miniconda3/bin/conda-envno change /home/bio08...miniconda3/etc/profile.d/conda.shno change /home/bio08/miniconda3/etc/fish/conf.d/conda.fishno change.../home/bio08/miniconda3/shell/condabin/Conda.psm1no change /home/bio08/miniconda3/shell/condabin...(base) bio08@ecm-cefa:~/biosoft$ 5、添加镜像镜像网站相当于主网站的副本，conda在国外，在国内下载软件速度慢，从镜像网站下载，可以加快下载速度#使用北外的镜像，在命令行输入一下代码
和 build.gradle 等中。...而 Python 相比编程语言有时更体现了脚本语言的特性，系统化和标准化程度都不太高。很多 Python 项目上来就是怼代码，没有声明依赖、配置环境的文件。...基于一定的工具链，Python 也能写出漂亮标准的项目代码、将环境和依赖理的明明白白。 基于PIP 最基础的依赖管理应当能解决如下问题： 能快速配置好项目依赖，搭建好开发环境。...__conda_setup="$('/home/zhenping/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" if [ $?...参考 anaconda-vs-miniconda conda官方文档 Pip-deptree Pip-autoremove
和 build.gradle 等中。...而 Python 相比编程语言有时更体现了脚本语言的特性，系统化和标准化程度都不太高。很多 Python 项目上来就是怼代码，没有声明依赖、配置环境的文件。...基于一定的工具链，Python 也能写出漂亮标准的项目代码、将环境和依赖理的明明白白。 # 基于PIP 最基础的依赖管理应当能解决如下问题： 能快速配置好项目依赖，搭建好开发环境。...__conda_setup="$('/home/zhenping/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" if [ $? ...$ conda create -n frida python=2.7 -y ... $ conda activate frida 需要注意的是，创建环境之后，一定要 activate 该环境，否则后续的
/usr/bin/env bash #用env调用 • #!/usr/bin/env python • #!...(base) Mar402 20:35:23 ~ $ conda activate R4 (R4) Mar402 20:35:44 ~ #在不同的环境下 Rscript不一样 $ which Rscript.../trainee/Mar402/miniconda3/envs/R4/bin/Rscript (R4) Mar402 20:39:33 ~ $ conda activate RNA (RNA) Mar402...bin /trainee/Mar402/miniconda3/condabin /usr/local/sbin /usr/local/bin /usr/sbin /usr/bin /sbin /bin.../usr/games /usr/local/games /snap/bin #不同环境中调用不同的内容，是因为conda已经将PATH改了 想把脚本当成命令使用 （满足三个条件） (R4) Mar402
问题描述 最近升级了macos系统，安装miniconda遇到问题，在终端输入 conda 指令报错：command not found: conda 笔者使用 指令 sudo vim ~/.bash_profile...__conda_setup="$(CONDA_REPORT_ERRORS=false '/Users/xshine/opt/miniconda3/bin/conda' shell.bash hook 2...=false conda activate base else \export PATH="/Users/xshine/opt/miniconda3/bin:$PATH"...，然后使用source 激活：注意 /Users/xshine/opt/miniconda3/bin 要用自己电脑安装的地址。...export PATH="/Users/xshine/opt/miniconda3/bin:$PATH" 1.
本文重点分享Python的包管理工具和环境管理工具：conda。 未来的日子中，期待和大家一起成长，一起分享高质量原创文章 闭嘴，安静的看文章 小码匠：今天学什么？...# # $ conda deactivate 环境包导入和导出 场景 老码农在自己的电脑环境：coder-base安装了许多软件包，一直运行很稳定 小码匠自己瞎捣鼓，把自己环境弄挂了，着急想尽快重新构建个环境...active environment : base active env location : /Users/coder/opt/miniconda3 shell...__conda_setup="$('/Users/coder/opt/miniconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)" if [ $?...$ENVIRONMENT_NAME 进入环境 conda activate $ENVIRONMENT_NAME* X source $ENV_BASE_DIR/$ENVIRONMENT_NAME/bin
整体思路 我们一旦安装了 miniconda，启动 python shell 的首选方法就是使用 miniconda 的 activate.bat 文件来配置 shell 环境。...在我的系统上（默认安装 miniconda），文件存储在这里：C:/Users/luobo/AppData/Local/Continuum/miniconda3/Scripts/activate.bat...当 conda 在 Windows 上创建新环境时，该环境的默认目录位置如下所示：C:/Users/luobo/AppData/Local/Continuum/miniconda3/envs/work..." / "work") 我们还可以选择传入一个需要包含完整路径和图标索引的图标。...icon = str(miniconda_base / "Menu" / "Iconleak-Atrous-Console.ico") 最后需要做的就是在指定的工作目录中启动 conda 环境。
然后使用conda进行软件安装（vcf2maf和VEP） conda create -n vep -y conda activate vep conda install -y -c bioconda...VEP，所以需要先测试VEP软件是否成功，然后使用下面的脚本： conda activate vep vcf2maf.pl --help # 注意下面的 --normal-id NORMAL --.../envs/vep/bin/ \ --ncbi-build GRCh38 # 然后我上面的vep因为是conda安装，所以路径是自定义。.../envs/vep/bin/vcf2maf.pl 参考 https://github.com/mskcc/vcf2maf/blob/master/vcf2maf.pl 定位到下面的代码，注释掉里面的专门针对...，小心 --normal-id 和 --tumor-id 信息的丢失。
\Scripts%PATH%\miniconda3\Library\bin配置如下图所示：terminal配置博主尝使用的终端是 windows terminal,因为miniconda默认使用的配置是...在windows terminal，打开下拉框选择 设置，添加新配置文件，复制CMD，然后修改命令行为 %windir%\System32\cmd.exe "/K" D:\ProgramData\miniconda3...\Scripts\activate.bat D:\ProgramData\miniconda3，这段字符在（Anaconda Prompt (miniconda3)）快捷方式 右键属性->快捷方式，把这段文字复制出来然后替换即可...激活环境错误根据脚本提示#执行如下命令激活faceswap环境# # To activate this environment, use# # $ conda activate...# 如果你执行 conda activate faceswapusage: conda-script.py [-h] [-v] [--no-plugins] [-V] COMMAND ...conda-script.py
Miniconda对armv7的支持参考 我是32位的于是我重置SD卡下载了64位的,在Raspberry Pi中 在我往期博客可以看入门时树莓派的一系列笔记 2、查看树莓派版本 uname -a 注意...如果您的树莓派系统和配置与此类似，那么您应该避免安装4.10及以上版本的Miniconda，以确保兼容性。...PATH="/home/pi/miniconda3/bin:$PATH" ctrl+s保存后；ctrl+x退出 请确保将/home/pi/miniconda3/bin替换为你的miniconda安装路径...确认，三个done为安装成功 激活环境 source activate 虚拟环境的名称 比如 conda activate py38 退出环境 conda deactivate 7、卸载 在有miniconda...的文件夹中卸载： rm -rf miniconda3 参考文章：Raspberry Pi 3B 安装Miniconda_initialize miniconda3 no change-CSDN博客
在已有的 conda 中安装 官方文档中明确说不推荐这种安装 Mamba 的方式，他们强烈建议使用 Mambaforge 方法（见上文）。...~/miniconda3/bin/conda install -c conda-forge mamba For both mamba and conda, the base environment is...强烈建议不要在基础环境中安装任何其他东西。这样做可能会破坏 mamba 和 conda 安装。...只需在您喜欢的 shell 中执行安装脚本即可。.../bin/micromamba shell hook -s posix)" 这个 shell hook 会修改您的 shell 变量以包含 micromamba 命令。
MinGW 的全称是 Minimalist GNU for Windows，本质是将包括 gcc 在内的 GNU 工具链移植到 Windows 平台，可以将源代码编译成为 Windows 平台下的后缀为...基础镜像选择的是 continuumio/miniconda3，默认安装了 conda 环境，方便指定 Python 版本和安装 scons 编译工具。...SHELL ["/bin/bash", "--login", "-c"]RUN conda init bashRUN set -ex \ \ && conda create -y -n py311...python=3.11.9 \ && conda activate py311 \ && conda install -c conda-forge -y scons=${SCONS_VERSION...构建产物在 godot-cpp/bin 和 demo/gdextension 目录下。构建 Godot 项目首先通过 Godot 新建项目，也可以从已有项目导入，如上图所示。
SD 是由 CompVis、Stability AI 和 LAION 共同开发的一个文本转图像模型，目前正式开源了代码、模型和权重参数库。.../bin/conda no change /data/ai/anaconda3/bin/conda-env no change /data/ai/anaconda3/bin/activate...no change /data/ai/anaconda3/etc/fish/conf.d/conda.fish no change /data/ai/anaconda3/shell/condabin.../Conda.psm1 no change /data/ai/anaconda3/shell/condabin/conda-hook.ps1 no change /data/ai/anaconda3...环境 依然在 InvokeAI 代码目录下，通过环境文件创建 SD 运行的环境。
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate。 ?.../activate #这里的第一个点跟source是一样的效果，我比较懒。 ? 成功启动conda 当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。.../activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)现在退出只要: . ....ln -s ~/miniconda3/bin/gatk ~/.soft 这样就可以运行啦~如果还是不行建议试试初始化一下bashrc：. ....参考及感谢 感谢青山屋主在知乎的专栏文章~ 使用Bioconda管理Linux系统中的生物信息软件 我为什么能知道这么多呢？因为我看了我洲更学长hoptop的课啊！ conda的cheatsheet。
transcriptome salmon -h # 默认安装到了anaconda_path下面的envs/transcriptome目录下（在屏幕输出也会有显示） # 这个目录下存在bin文件夹，一般使用全路径就可以调用...把目录anaconda_path/envs/transcriptome/bin/放入环境变量，就可以直接调用这个环境中的大部分程序了。...Use 'conda deactivate'. ct@ehbio:~# which python /usr/bin/python 在环境phylo中安装ete3 起因是使用官方的推荐命令安装时出了问题，...# 默认安装到了anaconda_path下面的envs/phylo目录下（在屏幕输出也会有显示） # 这个目录下存在bin文件夹，一般使用全路径就可以调用，如下 # anaconda_path/envs.../phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败 # 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式 source activate phylo # 在新环境里面执行命令操作
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