tibble 是一种简单数据框,它对传统数据框的功能进行了一些修改,其所提供的简单数据框更易于在 tidyverse 中使用。
最近知乎热议:R和Python谁更优雅的问题,或者谁更适合数据分析的问题,各种讨论,非常值得一看:
除了函数,减少重复代码的另一种工具是迭代,它的作用在于可以对多个输入执行同一种处理,比如对多个列或多个数据集进行同样的操作。
在R中更易于处理的数据形式是data.frame,list并不是太好处理,常用操作就是对它进行循环迭代。
本文的写作由来是知识星球一个朋友对如何在 tidyverse 系列包中使用公式函数(单侧公式)不太熟悉,所以通过本文分享一下我的心得。
tibble 是一种简单数据框,相对于传统的data.frame做出了一些修改。tibble 包是tidyverse 的核心 R 包,其所提供的简单数据框更易于 在 tidyverse 中使用。
核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats,它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。
很多人推荐《R语言实战》这本书来入门R,当然,这本书非常不错,我也是通过这本书开始接触的R。这种入门的学习路径属于base R first,学习的流程基本是先了解变量的类型、数据的结构,再深入点就会学到循环与自定义函数。有些类似于先认识编程,再按照数据处理、可视化、统计分析等应用方向开始下一个学习的旅程。
是用于清洗数据的工具,如dplyr一样,其中每一列都是变量,每一行都是观察值,并且每个单元格都包含一个值。 “ tidyr”包含用于更改数据集的形状(旋转)和层次结构(嵌套和“取消嵌套”),将深度嵌套的列表转换为矩形数据框(“矩形”)以及从字符串列中提取值的工具。它还包括用于处理缺失值(隐式和显式)的工具。
同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用,但是通过拷贝和粘贴的方式进行的话既枯燥就容易产生错误。
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法,包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats。出版有《R for Data Science》(中文版《R数据科学》),这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
tibble是一种简单数据框,它对data.frame的功能进行了一些修改,更易于使用。本文将介绍tidyverse的核心R包之一——tibble包
可以看到如往常一样,中文字符也是以方块的形式展示,但是如果我们点击Export将其导出为pdf格式可以看到中文字符正常显示了,如下图所示。
前面分享了单个文件中的select列,filter行,列拆分等,实际中经常是多个数据表,综合使用才能回答你所感兴趣的问题。
单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵
dplyr包在数据变换方面非常的好用,它有很多易用性的体现:比如书写数据内的变量名时不需要引号包裹,也不需要绝对引用,而这在多数baseR函数中都不是这样的,比如:
❝最近看到一篇论文通过系统发育树添加饼图来展示数据,本节来简单介绍一下如何绘制一个类似的图。下面小编通过一个小案例来进行展示,图形过程仅供展示用,希望各位观众老爷能够喜欢,代码可直接复制粘贴运行。 ❞
这么久以来,这是我最喜欢的一个R脚本,解决了我一直以来函数编写的问题,以前都是使用eval(parse(text=“代码字符串”))来实现自定义函数的传递功能,另外R for data science,这本书贵不贵?,想买一本看看。
这里是林小编的新模块 ~ 一直想系统学习一下 R 语言关于机器学习的应用,主要从算法和 R 包的角度出发,并把自己的学习笔记分享出来,希望大家可以批评指正,一起交流,主要参考书是 《Machine Learning with R, tidyverse, and mlr[1]》,本书涉及两个非常重要的 R 包为 mlr 和 tidyverse,感兴趣的读者可以先行安装:
forcats 这个包是用来处理因子的,是tidyverse包的核心,提供了处理分类变量的工具。
本示例数据集很小,实际中数据量很大,可以根据使用filter()函数筛选出后续需要的“行”子集。
假设数据以 tibble 格式保存。数据集如果用于统计与绘图,需要满足一定的格式要求,(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data),基本要求是每行一个观测,每列一个变量,每个单元格恰好有一个数据值。这些变量应该是真正的属性,而不是同一属性在不同年、月等时间的值分别放到单独的列。
dplyr的函数由于使用tidy evaluation(R中的一种非标准执行(NSE)实现方式)的方法,可以使得其具有更好的易用性:变量不需要绝对引用和引号包裹。
R-Ladies是一个世界性的促进R语言社区性别多样性的组织,本文分析了这个组织的粉丝成员分布信息。
有人喜欢用 Excel 的 vlookup 函数来处理。但对于生信人来说,这显然不够优雅,因为我们有更好的办法。
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集(2013)。
str_detect:用来匹配字符中的字母,返回布尔值 str_count():匹配字符,返回匹配的个数
有群友问如果文件比较大,读入 R 比较慢怎么办?我告诉他用 data.table 包的 fread 读取。
许多 R 的新用户在金融、市场、商业分析等领域有丰富的行业经验,但是他们并没有太多的编程背景,所以日常工作中还是选择 Excel、PowerBI 这些传统的工具进行工作;tidyquant 的作者意识到了这些痛点,于是他在新版本中加入了好多 Excel 的特性,如果你是 Excel 的重度患者,又想体验 R 强大的数据处理和可视化功能,那么本文再合适不过了!
Try to learn everything about something!
作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。生信宝典对代码进行了系统测试和解释。
亚组分析的森林图很常见,在各种高分SCI文章中经常见到,其中我最喜欢NEJM的格式,美观,信息量也多。
将factor的因子水平进行修改比较方便的包为forcats 测试数据集:forcats::gss_cat 数据集,该数据集是综合社会调查数据的一份抽样。
rlang v0.4.0引入了新的非标准计算操作符 {{。这大大方便了dplyr重编程。
purrr中有多个迭代函数,可以用于快速解决循环迭代的问题,purrr中常用的迭代函数有map、map2、walk、reduce等等。
tidyverse中的长款数据转换函数,类比于之前的reshape2包中的melt和dcast函数
汇总函数 summarise(),可以将数据框折叠成一行 ,多与group_by()结合使用
https://www.nature.com/articles/s41467-022-31833-z#data-availability
本章将教您如何使用ggplot2可视化您的数据。 R有几个用于制作图形的系统,但ggplot2是最优雅和最通用的系统之一。 ggplot2实现了图形语法,它是一个用于描述和构建图形的系统。如果您想在开始之前了解更多关于ggplot2理论基础的内容,我建议您阅读“The Layered Grammar of Graphics”,
readxl软件包可以很容易地从Excel文件中获取表格数据,并使用代码而不是鼠标点击来获取R。 它支持.xls格式和基于XML的.xlsx格式。 readxl易于在所有操作系统上安装和使用。 因此,它没有外部依赖,例如Java或Perl,其中一些R包读取Excel文件。
tidyverse函数高效,代码简洁,受过专业训练的一般都用这个,除非记不住,能记一点是一点吧。 love&peace
其实map 除了对向量有用,也可以作用于数据框或矩阵类型,相当于把其中的每一列作为一个单独的元素来看,有点像按列的apply:
dplyr 是 tidyverse 包的一部分,提供了许多操作数据框的工具,常用的有:
本期介绍的是 《Machine Learning with R, tidyverse, and mlr》 一书的第四章——逻辑回归(logistic regression)。逻辑回归是基于概率分类的有监督学习算法,它依赖于直线方程,产生的模型非常容易解释和交流。在其最简单的形式中,逻辑回归被用来预测二分类问题,但算法的变体也可以处理多个类。
❝本节来介绍如何使用ggplot2来给常见的气泡图添加一点新的元素,下面通过1个案例来进行展示; 加载R包 library(tidyverse) 数据清洗 df %>% read_csv('data.txt') %>% mutate(CL = 8 - CL, PR = 8 - PR) %>% filter(year %in% c(1995,2020)) %>% group_by(country) %>% mutate(gap_cl = CL - lag(CL),
因子在 R 中用于处理分类变量。从历史上看,因子远比字符串更容易处理。因此,R 基础包中的很多函数都自动将字符串转换为因子。
随着疫情的变化,急性传染病数据经常会随时间变化,我们通过对每天传染病的记录,就形成了时间序列数据,周期可以是天,周,月,年。目前我们经常会用到ARIMA来预测疾病在未来的变化趋势。
如今数据分析如火如荼,R与Python大行其道。你还在用Excel整理数据么,你还在用spss整理数据么。
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