行名A1,A2,A3,B1,B2,B3为样本名,列名是基因名。...原始数据中有6个样本,对照和实验组各三个。所以我们可以创建一个分组向量。
# 创建分组
group <- c(rep(1,3),rep(2,3))
?...数据处理
# 创建DGEList类型变量
y <- DGEList(counts=counts, group=group)
这一步相当于创建一列表。...注意group中的顺序和counts中行名要对应,也就是对照组和实验组要指定正确。这里A1,A2,A3为control,B1,B2,B3为case。
?...# 将行名粘贴为数据框的第一列
et <- cbind(rownames(et),et)
# 指定列名
colnames(et) <- c("gene_id", "log2FoldChange", "log2CPM