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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)

构建表达矩阵 scRNA-seq数据的许多分析以表达矩阵为起点。一般来讲,表达矩阵的每一行代表一个基因,每一列代表一个细胞(但是一些作者会做个转置)。每个条目代表特定基因在给定细胞中的表达水平。...测序数据可视化 (一) IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍...从39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)一文中可以看出,伪比对工具的准确性和稳定性也相对比较高。...这一高可变性可能会引入很强的偏差,需要在下游分析时考虑到。现在的分析通常根据细胞类型或生物通路把细胞/gene混合一起增加检测能力。...练习1 数据是三个不同来源的诱导多功能干细胞的UMI counts和read counts (有关此数据集的详细信息请参阅后续文章)。

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)

对于Smartseq2或其他双端全长转录本方案,数据通常已经拆分好了。...例如GEO或ArrayExpress之类的公共数据存储库会要求小规模或plate-based scRNASeq数据拆分好再上传,并且很多测序服务商提供的数据都是自动拆分好的。...如果使用的分析流程依赖于拆分好的数据但测序服务商提供的数据没有拆分时就需要自己拆分。因为不同的建库方案引入的barcode序列的长度和位置不同,通常都需要自己写脚本解决。...这些数据通常在比对之前先做拆分,从而可以并行比对,提高效率。 我们有公开可用 ()的 perl脚本,可以拆分任何plate-based的建库方案生成的数据,不管有没有UMI。...数据里多少来自真细胞?为了简化计算,写代码排除掉少于10个分子的条形码。

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    python数据分析——大数据计算

    例如,在医疗领域,通过大数据分析计算技术,我们可以实现对患者病情的精准诊断和个性化治疗;在金融领域,通过大数据分析计算技术,我们可以提高风险防控的精准度和效率;在教育领域,通过大数据分析计算技术...大数据说的是一种移动互联网和物联网背景下的应用场景,各种应用产生的巨量数据,需要处理和分析,挖掘有价值的信息;计算说的是一种技术解决方案,就是利用这种技术可以解决计算、存储、数据库等一系列IT基础设施的按需构建的需求...简单来说,配备了阿里,就是阿里的技术团队在维护服务器的安全计算是分布式计算的一个分支,指的是通过网络“”将巨大的数据计算处理程序分解成无数个小程序,然后,通过多部服务器组成的系统进行处理和分析这些小程序得到结果并返回给用户...总结 大数据计算之间的关系在于,计算为大数据提供了处理、存储和分析的基础设施和技术支持。...大数据需要海量存储和高速处理的能力,计算提供了无限制的存储和计算能力,同时支持弹性和可扩展性,使得用户能够在任何时候、任何地点访问和处理大数据。因此,计算成为了大数据处理和分析的重要技术手段之一。

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    COVID-19数据分析实战:WordCloud 词分析

    前言 上一篇文章(链接)我们对COVID19_line_list数据集进行了清洗以及初步分析。本文中我们将分析如何用词来展示文本信息的概要。 比如我们从词百度百科截取文字,制作词。...简单来说,词就是重要单词的可视化,如下图。 ? line list 数据集中有两列很重要的文本信息,symptoms (症状) 以及summary(摘要)。...wordcloud 分析的文本为str 格式,因此我们需要将dataframe 每一行的数据组合成一个str 格式。...我们先分析symptom 列,后续会处理summary列的信息。 快速做经典词 借用经典的案例代码,我们先用默认的参数制作词。...彩色图像词 很明显,summary 列的信息量要远远大于symptom,下面我们可以分析该列数据。这次我们选择一幅彩色图像,我把human换成robot。几乎同样的代码,再次运行。 ?

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    分析:大数据时代能否玩转物流?

    随着大数据时代的到来,加上我国物流成本一直居高不下,物流被寄予厚望。物流虽然极具发展前景,但是要全面实现它,需要巨大的资金和人力资源作为支撑,玩转物流仍需时日。   ...为了不让消费者支付越来越高的消费成本,传统物流业开始借助大数据谋求转型之路,各种各样的物流信息平台也如春笋般破土而出。大数据时代下,物流玩不玩得转?我们共同探个究竟。  ...物流烧钱,多数企业心有余而力不足   不得不承认,物流确实是个好东西,其发展前景也不可限量。每一个物流企业都想从传统物流或是别的运营模式转变为由大数据、信息化驾驭的物流。...能否玩转,还看今朝   在不久的将来,在大数据的助力下物流必定遍地开花。虽然说不能使每个物流企业都建立自己的物流平台,但是有实力的大型企业搭建好平台以后,可以为小微企业提供服务。...见中国电子商务研究中心:分析:大数据时代能否玩转物流?

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    Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(八)- Scater包输入导入和存储

    虽然前面做了原始数据质控和测序数据质控移除了一部分从reads数层面就不合格的细胞,还需要进一步根据表达矩阵移除其它类型低质量细胞。如果未能识别并移除低质量细胞会混淆下游分析中的有意义的生物信息。...因此,执行质控时,我们是通过数据集内部比较找到异常细胞,而不是依赖于其它独立的质量标准。因此比较不同的建库方法获得的不同数据集时需要格外注意。...Tung数据集 我们使用芝加哥大学Yoav Gilad实验室的3个不同来源的诱导多能性干细胞 (iPSC)的数据集 (http://jdblischak.github.io/singleCellSeq/...细胞分选采用Fluidigm C1微流控台,同时使用UMIs和ERCC spike in进行质控为了保证可重复性,数据是2016年3月15生成的原始数据的拷贝,存储于tung文件夹下。...通过使用SingleCellExperiment (SCE) 和scater包标准化分析过程。

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab six

    MIT 6.830数据库系统 -- lab six 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 ---- 引言 在本实验中,我们将要实现基于日志的中止回滚和崩溃恢复。源码中提供了定义日志格式的代码,并在事务期间的适当时间将记录附加到日志文件中。...要实现的是simpledb的日志系统,以支持回滚和崩溃恢复;在lab4事务中,我们并没有考虑事务执行过程中,如果机器故障或者停电了数据丢失的问题,bufferpool采用的是no-steal/force...byte[] oldData; } 数据页一开始的旧数据是空的,那什么时候会对旧数据进行更新呢?...checkpoint后commit了,处理情况如下: 如果活跃事务一在checkpoint后没有commit记录或者存在abort记录,则需要执行回滚操作 ---- 测试结果 ---- 疑问点分析

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab four

    MIT 6.830数据库系统 -- lab four 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。...---- 事务 事务是一组以原子方式执行的数据库操作(例如插入、删除和读取),也就是说,要么所有的动作都完成了,要么一个动作都没有完成,而数据库的外部观察者并不清楚这些动作不是作为单个不可分割动作的一部分完成的...两阶段锁协议的主要内容如下: 在对任何数据进行读、写操作之前,事务首先要获得对该数据的封锁。在对任何数据进行读操作之前要申请获得S锁,在进行写操作之前要申请获得X锁。...tid, boolean commit) { // some code goes here // not necessary for lab1|lab2

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab two

    MIT 6.830数据库系统 -- lab two 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 Lab Two lab2必须在lab1提交的代码基础上进行开发,否则无法完成相应的练习。此外,实验还提供了源码中不存在的额外测试文件。...,主要负责维护Page数据组织格式和数据读写操作,其内部属性如下所示: public class HeapPage implements Page { final HeapPageId pid;...fetchNext方法这里就是Insert装饰器对象需要实现的方法,其内部调用被装饰器对象的next方法获取所有数据,然后执行insert操作,同时计算插入数据条数,最终返回的是插入的数据条数。...data.txt 2 "int,int" 接下来创建数据库目录文件catalog.txt: data (f1 int, f2 int) 该文件会告诉SimpleDB数据库中包含一个表:data,其结构为两个

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab three

    MIT 6.830数据库系统 -- lab 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。...本节理论基础可参考: CMU 15-445 – Query Optimization ---- 前言 我们应该在lab2的基础上进行开发,完成lab3的练习 下面是本实验的大纲: 实现TableStats...+ ntups(t1) x ntups(t2) //CPU cost ntups(t1)是表t1的元组数量 ---- 可选择性 可选择性如何理解: 可选择性指的是当前谓词匹配能够过滤出多少符合条件的数据或者过滤出的这批数据占总数据量比例是多少...* * This class is not needed in implementing lab1 and lab2. */ public class TableStats {

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    课堂Excel课程数据可视化分析

    今天这一篇是接着上一篇课堂Excel课程板块爬虫数据进行多角度的可视化分析,上次的爬虫一共爬取了425条课程信息,一共提取了9个字段。...课程来源分析 以下是课堂Excel课程模块的高频课程作者统计: ? 排在前五位的老师是刘万祥老师、杨文星老师、Excel报表顾问、肖邦主、远目教育。...课程内容分析 关于课程内容方面,我的原始数据中仅有课程名称和课程描述涉及到课程内容,暂时想不到很好地内容分析方法,课程描述的文本非常杂乱,使用文本分词暂时个人还处理不好(哪位文本分析的大神感兴趣可以来挑战下...课程口碑分析 从课程口碑分析中,网易课堂课程评价实行的5分制,区分度并不是很高。 ?...以上便是本次课堂爬虫数据分析的全部,由于对在线教育行业了解并不是十分深入,特别是指标构建,分析角度、可视化逻辑上有诸多不成熟之处,还望各位数据分析行业前辈高人多多指点。

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    监控和Grafana Lab 正式合作,提升可视化效率

    用户可通过此插件,在简单易用的平台上快速监控与整合指标和数据。 腾讯平台将整合 Grafana 系统,让用户可通过腾讯 API Key,自定义仪表板访问与监控数据,并可安全地共享访问权限。...我们期待发掘更多与腾讯合作的机会,为双方客户带来高效能的分析和监控体验。”...腾讯监控 为用户提供服务器、数据库等多个产品的负载和性能监控指标,用户可以使用监控控制台、监控 API 等方式获取相关监控数据。...腾讯监控应用插件 Tencent Cloud Monitor App,是一款适配开源软件 Grafana 的应用插件,通过调用 腾讯监控 API 3.0 的方式获取监控数据,并对数据进行自定义 Dashboard...,监控为用户提供了服务器、数据库 MySQL、负载均衡等具有代表性的产品的 Dashboard 模板,更加开箱即用。

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    Python数据分析之定制化网易音乐歌单数据情况数据分析

    最近朋友圈刷疯了的几件事: 圣诞节骗我艾特微信官方戴红帽 老的跟树皮似的骗我晒18岁皂片 明明开挂却骗我自己玩的跳一跳 网易听歌报告告诉我最爱tfboy 支付宝关键词鄙视我太穷丢它脸 个人特别喜欢听网易音乐的推荐歌单...(个人比较懒),但一个高播放量的歌单里的歌曲,不一定都喜欢,所以我爬取了9万多首歌曲,定制化了自己的网易音乐歌单, 数据情况 本文爬取了部分歌单,及歌单中的歌曲,如图所示。...数据分析 歌单类别 ? 总共爬取了673个歌单,由于爬虫中断了,并没有爬取所有的类别,但爬取的歌单类别中,分布还是比较均匀的。...部分数据

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    MIT 6.830数据库系统 -- lab five

    MIT 6.830数据库系统 -- lab five 项目拉取 原项目使用ant进行项目构建,我已经更改为Maven构建,大家直接拉取我改好后的项目即可: https://gitee.com/DaHuYuXiXi...各个lab的实现,会放在lab/分支下。 ---- 引言 在本实验中,我们将会实现B+树索引用于高效查询和范围扫描。...叶子节点可以包括数据记录或者指向其他数据库文件的指针。为了简单起见,我们实现的B+树的叶子节点只包括数据记录。...B+树内部节点是不保存数据的,只作索引作用,它的叶子节点才保存数据。...---- 小结 本节详细代码可以参考仓库lab five分支,相关类核心源码注释都已给出,大部分是笔者个人拙见,难免有错,希望大家带着辩证的视角去看待。

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    增强金蝶星空的数据分析能力,实现BI 分析功能

    https://visualstudio.microsoft.com/zh-hans/vs/ 【数据库】 Microsoft SQL Server(2014及更高版本)。...2.金蝶星空安装 官网下载金蝶星空企业版安装包,解压后双击安装。 安装教程可参考安装包中的《金蝶星空 产品安装指南.docx》。...登录管理中心,创建数据中心。 管理中心默认账号:administrator,密码:888888 正式开发,要创建全新的账套,数据中心类别必须选择【标准业务库】。 培训学习,可使用蓝海演示账套。...在采购订单的扩展上,注册单据插件,注册完成后,保存元数据。 登录业务站点,验证插件效果。...拓展阅读 如何使用自助式商业智能 (BI) 避免组织中的数据孤岛 BI系统打包Docker镜像及部署的技术难度和实现 数据可视化分析之新技能——魔数图

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    计算是提取大数据的前提 助力高效分析数据

    在海量数据的前提下,如果提取、处理和利用数据的成本超过了数据价值本身,那么有价值相当于没价值。来自公有、私有以及混合之上的强大的计算能力,对于降低数据提取过程中的成本不可或缺。...计算可以提供按需扩展的计算和存储资源,可用来过滤掉无用数据,其中公有是处理防火墙外部网络数据的最佳选择。 再次,计算可高效分析数据。...数据分析阶段,可引入公有云和混合技术,此外,类似Hadoop的分布式处理软件平台可用于数据集中处理阶段。...当完成数据分析后,提供分析的原始数据不需要一直保留,可以使用私有分析处理结果,即可用信息导入公司内部。 最后,计算助力企业管理虚拟化。...我国在互联网服务方面具有领先优势,目前已成为计算技术实力的世界领先国家,越来越多的企业认识到,与计算的结合将使大数据分析变得更简单,未来几年,如能在大数据计算结合领域进行深入探索,将使我们在全球市场更具竞争力

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    用户语音的情感分析 - Rosbank和AI初创公司Neurodata Lab

    Neurodata Lab是一间实时情绪分析和消费者行为分析(real-time emotion analytics and analysis of consumer behavior)的AI初创公司。...通过客户言语自动探究客户满意度 Neurodata Lab通过分析特定的参数,如停顿,声高,总体交谈时间等,分析和计算用户满意指数(Customer Satisfaction Index)。...银行经理可以收到用户情绪识别统计数据,以及用户满意度指数(Customer Satisfaction Index)的动态报告(dynamics),以及服务效率的比较性指标(comparative indicator...Nuerodata Lab声明说,Neurodata Lab的技术可以广泛应用于银行,保险和零售领域 (banking, insurance and retail),通过可靠的实时分析,快速的管理用户体验和服务质量...语音助理技术未来将支持情绪智能 2018年19月份, Amazon向美国专利和商标局( US Patent and Trademark Office)提交(file patent)了通过语音助理数据分析用户情绪的专利

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