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站长小视频:怎样下载TCGA转录组数据?分享~关注公众号~回复:TCGA,可获得视频中代码

教程将提供: 1、所有与教程有关的R的所有脚本、教程所用的教学数据。 2、赠送网易云课程等价值课程。 3、提供免费共享云服务器工具镜像,并享受VIP级的答疑服务。 课程目录: 1、Linux命令与服务器将不是学习生信的障碍——如何建立适合转录组分析的便宜云服务器。 2、如何高速下载SRA数据(RNA-seq原始数据)。 3、这些数据能用吗?(数据的质量与链特异性检测)。 4、STAR分析转录组的流程。 5、相关Linux批量处理数据命令介绍。 6、DEseq2统计分析差异基因。 7、测序数据怎样进行GSEA分析。 8、热图与火山图,GO与KEGG的可视化。

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    【免费】站长线下课:用STAR去Mapping~~~~

    结合小站之前的教程这一步应该插在STAR Mapping之后从零到壹:10元~Mapping神器STAR的安装及用随便选一个样本,在样本文件夹里找到bam文件,然后用samtools index建立baibam与bai要在一个目录下,载入到IGV软件中,就是视频那个样子啦。位置信息是chr12:123,406,542-123,416,558首先看是不是链特异性,右键选color alignments by first-of-pair strand如视频那样,红蓝分布,就是链特异性再看是什么样的链特异性在链特异性那个样本右键选color alignments by read strand鼠标放在红或者蓝的read上,看信息。显示first of pair那个read的箭头方向与基因的方向相反,这就提示是dUTP建库的方法。知道这些有啥用呢?在STAR运行结束后的ReadsPerGene.out.tab文件中非链特异性的要选第二列那个数而dUTP链特异性建库要选第四列那个数所以批量处理counts数教程中"站长,Mapping之后counts怎么合并成一个表?"df.use <- data.frame(v1 = df.read 这句代码中V4就是第四列,选择这个是针对dUTP链特异性建库测序的,如果是非链特异性建库图中那个位置应该改成V2就可以啦~~

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