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序列比对(16)Baum-Welch算法估算HMM参数

Baum-Welch算法EM算法的一个特例,用来估算HMM模型中的概率参数。其具体步骤如下: ? 图片改编自《生物序列分析》 本文给出了Baum-Welch算法的C代码,还以投骰子为例,估算出了转移概率以及发射概率。 首先当若干条序列总长度为300时: ? ? 然后当若干条序列总长度为30000时: ? ? 可以看出总长度为30000时已经很接近真实值了。 但,Baum-Welch算法的结果时一个局部最优值,很依赖初始值的设定。所以,当初始值不同时,也有可能会出现这种结果: ? ? 本文代码中的初始值随机值。 在计算期望次数时,使用了伪计数。 代码中使用的公式及其推导过程 ? ? ? ? ? ?

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RPC? RPC?

写在前面: 技术,不要那复杂 RPC 以下摘自百度百科 远程过程调用协议 RPC(Remote Procedure Call)—远程过程调用,它一种通过网络从远程计算机程序上请求服务 现在使用最普遍的模式和执行开放式软件基础的分布式计算环境(DCE)。 术语可能有复杂,那我们要怎去理解RPC呢? ,更不因为高手们故弄玄虚,主要它能带来某些明显的好处,你对这些东西掌握的越熟练,你会越喜欢它。 举个栗子 将复杂的事情弄得粗浅易懂,说着简单,做着复杂.可以看看复杂度守恒定律 远程调用简单说就发送一个请求给远程机器,远程机器返回一个结果回来的过程,为要这做,单台服务器的性能远远不能满足现在互联网这个体量的用户的需求 但假如不这做,点餐员直接做这些事情(又得点餐,又得炸薯条,炸鸡腿等等),两相比较,你就知道远程调用有好处了 简单来说就无法在一个进程内,甚至一个计算机内通过本地调用的方式完成的需求,比如比如不同的系统间的通讯

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    Hadoop?HDFS?

    Hadoop?HDFS?马 克-to-win @ 马克java社区:HadoopApache基金会开发的一个分布式系统基础架构。比如前面我们接触的Spring就一个开发应用框架。 Hadoop最核心的设计就:HDFS和MapReduce。HDFS为海量的数据提供了存储,而 MapReduce则为海量的数据提供了计算。从以下的包名就可以看出。

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    基本概念RNA?cDNA?内参? real time PCR

    1、基本概念RNA?cDNA?内参? real time PCR ? 内参基因所谓的管家基因,无论样本受到了样的处理,都默认这个管家基因会稳定表达,所以如果我们要研究的这个基因(假设BCL-2)和管家基因(内参)都少了,但它们两个之间的比值不变,那我们研究的这个 无论用牌子的试剂,一个不变的核心问题就只要含有cDNA的这个混合液精确的,结果就可以保证准确。意思呢? 疑问和解答 1.RNA,DNA OD260/280OD260/230代表? 这种情况实际上也不用有多求真的精神哈,做实验,有很多未知的东西,百分之一概率的失误的就不要花精力在这个问题的探讨上了,毕竟大局为重。

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    类?对象?

    类?对象? 类:就具有相同属性和功能的一类事物 对象:就类的具体表现形式 具体一些:先解释解释车? 说第二个优点之前,先看看面向对象。 面向对象的程序设计的核心对象(上帝式思维),要理解对象为何物,必须把自己当成上帝,上帝眼里世间存在的万物皆为对象,不存在的也可以创造出来。 类? 对象? 类:就具有相同属性和功能的一类事物 对象:就类的具体表现形式 具体一些:先解释解释车? 有轱辘, 有方向盘, 有发动机, 会跑的车. 好. 在解释一个. 人. 有名字, 年龄, 爱好, 会唱歌跳舞思考的人.那广义上车,人就类:但具体的我的车,你这个人这一个对象。 猫,一类,你们家养的 大橘。 狗,一类,隔壁家养的那只二哈就对象。 你面向对象世界中的上帝. 你想让车干嘛就干嘛. 你想让人干嘛人就能干嘛。

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    成熟?世故?

    人在外,电脑有所不能用,今天就写点随笔吧“成熟?世故?” 生活或者职场中,都希望自己越来越成熟,但成熟,有没有一套方法论,来时刻提醒自己,约束自己的行为和思想。 尝试找出成熟的定义,但似乎总不确切,那我们从另一面看下晚熟? 在我看来康辉的一段话,很好地诠释了这个问题,成熟和世故有很大区别的,最大的区别就在于,成熟无论经历何等风雨,依然会用一种纯净的眼光看待这个世界,只不过,我会比年轻时看待世界的角度更多,看得更深广。 这里对成熟有了更高级的解释,便站在更多角度,更广深度去思考后的选择。也许同样看山,虽然得出的答案都山,但底层的思维逻辑和深度却不相同。 好了,我到站了,先写到这。 你对成熟和世故怎看,我们留言见!

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    DBMS,数据库?

    马克-to-win:DBMS (database management system---数据库管理系统)像mysql,oracle,sql server之类,首先没神秘的,都只某个公司编的一个软件而已 ,比如mysqlMySQL AB公司编的,而sql server微软编的。 对于mysql来说,你拿到软件之后----比如我的mysql5.0,就一个setup.exe文件,双击一下,就可以安装 了,非常的简单。

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    通俗易懂,.NET?.NET Framework?.NET Core?

    .NET?.NET Framework? 跨语言和跨平台 跨语言互操作,CLS CLS异常 CTS? 类库? 基础类库BCL? 框架类库FCL? 基元类型? System.Object的意义 计算机如何运行程序的? CPU? 高级编程语言? 托管代码,托管语言,托管模块? 非托管的异常 CLR,.NET虚拟机? CLR宿主进程,运行时主机? 类库? 在CTS中有一条就要求基元数据类型的类库。我们先搞清类库?

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    通俗易懂,.NET?.NET Framework?.NET Core?

    .NET?.NET Framework? 如果理解了CLS的话,那你将很轻松理解CTS。 那CTS呢? 类库? 在CTS中有一条就要求基元数据类型的类库。我们先搞清类库? 计算机如何运行程序的? 接下来我要说.NET的跨平台,并解释为能够跨语言。不过要想知道跨平台,首先你得知道一个程序如何在本机上运行的。

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    架构,架构师?

    作者|王晓波 编辑|韩婷 架构,架构师?这似乎聊架构话题时永恒的问题。 从内心讲我真的不想回答架构具体需要做,架构师应该具体负责。 那,该如何回答“架构,架构师”这个问题呢?这或许需要先搞清楚另外一个问题——一名程序员如何走上架构师之路的? 然后运维工程师来询问“该系统将跑在样的环境之上?”“我们应该提供样的服务器?”“服务器上我们会做哪些配置和安装哪些基础软件?”“我们需要提供一个样的网络环境?” 当然你可能不这单方面领域里面最深入的人,但你需要知道它们做的(不仅仅皮毛,要深入原理),并且要知道它们组合起来样的东西。技术面也足够宽了之后,就会成为完美架构师呢? 这时的你不时很困惑?感觉这个架构的世界好长啊,怎像保姆一样都要管。但仔细想想这应该的,因为一个系统初次开发并交付只它生命周期中的一小部分而已。

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    DC,兼容性DC

    DC全称为Device Content,翻译过来“设备描述表”或者“设备上下文”。显示图片时都会用到,为呢? 首先,没有一句C语言可以帮助我们在屏幕上显示图像之类的,我们要想显示图像,最终调用显卡的驱动程序操作硬件的。 DC在窗口上画图,而兼容DC在“兼容位图”上画图; 根据源设备DC创建一个兼容DC,并在兼容DC上把绘图操作全部绘制完,然后再一次性拷贝到源设备DC上,避免屏幕刷新闪烁。 原理就用兼容DC在兼容位图上将绘图操作全部绘制完,然后再一次性拷贝到源DC上。 创建兼容DC时需要指定跟哪个DC兼容。

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    Spring杂谈 | ObjectFactory?ObjectProvider?

    跟FactoryBean的区别及联系 联系 二者在功能设计上没有联系的,他们最大的共同点就都采用了工厂模式,通过工厂模式来返回一个对象 区别 FactoryBean在BeanFacotry的实现中有着特殊的处理 > objectFactory); 这个方法的目的就从对于的域中获取到指定名称的对象。为要传入一个objectFactory呢? > dependencyType, @Nullable Object autowiredValue); 粗看起来,好像这个方法跟ObjectFactory没有关联,但我们留意这个方法上面的JavaDoc bean but found 2: ” 那我们有办法解决它呢? 呢?

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    架构,架构师?

    架构,架构师?这似乎聊架构话题时永恒的问题。 从内心讲我真的不想回答架构具体需要做,架构师应该具体负责。 那,该如何回答“架构,架构师”这个问题呢?这或许需要先搞清楚另外一个问题——一名程序员如何走上架构师之路的? 然后运维工程师来询问“该系统将跑在样的环境之上?”“我们应该提供样的服务器?”“服务器上我们会做哪些配置和安装哪些基础软件?”“我们需要提供一个样的网络环境?” 当然你可能不这单方面领域里面最深入的人,但你需要知道它们做的(不仅仅皮毛,要深入原理),并且要知道它们组合起来样的东西。技术面也足够宽了之后,就会成为完美架构师呢? 这时的你不时很困惑?感觉这个架构的世界好长啊,怎像保姆一样都要管。但仔细想想这应该的,因为一个系统初次开发并交付只它生命周期中的一小部分而已。

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    Vue.use的?原理

    Vue.use()用来使用插件的。 方法,如果插件一个函数,它会被作为install方法,install方法调用,会将Vue作为参数传入 Vue.use()需要在 调用 new Vue()之前被调用 ##### 所以,Vue.use的参数必须一个 Object对象或者function函数,如果对象的话,必须要提供install方法,之后会将Vue作为参数传入 也就说: Vue.use的参数为函数时,这个函数的参数 Vue对象 Vue.use /util/index' // Vue.use 源码 export function initUse (Vue: GlobalAPI) { // 首先先判断插件plugin对象或者函数: while (i--) { ret[i] = list[i + start] } return ret } 总结 Vue.use()源码 首先判断插件 plugin 对象或者函数

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    CGI? FastCGI?php-fpm,FastCGI,Nginx 之间关系?

    假设这里WEB服务器Nginx,应用程序 PHP,而 php-fpm 管理 FastCGI 的,这也就 php-fpm,FastCGI,和 Nginx 之间的关系。 而 php-fpm 实现了 FastCGI 协议, FastCGI 的进程管理器,支持平滑重启,可以启动的时候预先生成多个进程。

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