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从零开始异世界生信学习 R语言部分 04 文件读写与认知

读取ex1.txt ex1 <- read.table("ex1.txt") #列名不能正确表示,并且内容中数值变为了字符串 ex1 <- read.table("ex1.txt",header =...T) #通常读取txt格式文件,header参数表示将文件第一行作为列名,默认为F 图片 图片 读取csv文件 #2.读取ex2.csv ex2 <- read.csv("ex2.csv") 图片...= read.csv("rod.csv") 图片 图片 读取数据不规则(部分行列空白文件) #3.读取soft.txt soft <- read.table("soft.txt") #表格不规则,有部分是空白...("soft.txt",header = T,sep = "\t") #调整数据分隔符 soft2_2 <- read.delim("soft.txt",header = T) #可以使用read.delim...("soft.txt",data.table = F) #读取速度更快,参数较少,可以直接读取问题文件 # rio包,包括import以及export函数 library(rio) #不能读取问题文件

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生信技能树 Day5 文件读写

用project管理工作目录报错:文件不在工作目录下 no such file or directory/拼写错误(tab补齐或复制)显示文件后缀2.文件读取# read.系列函数# read.table...() 读取txt格式# read.delim() 读取txt格式,比table少报错# read.csv() 读取csv格式R语言不能直接处理文件,要先转换为R语言对象行名列名是数据框属性,可以设置,...不是数据#1.读取ex1.txtex1 <- read.table("ex1.txt") # 列名变成了表格正式内容,数值列因列名加入变成了字符ex1 <- read.table("ex1.txt"...其他读取/导出文件R包 import最推荐#用data.table来读取library(data.table)ex1 = fread("ex1.txt")class(ex1)## [1] "data.table...注意读取之后是数据框还是矩阵,取完列里面是数值还是字符,处理完是什么类型等等R语言能够读取多种文件格式 引用自生信技能树

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Day5-橙子

数据框确定工作目录getwd()#显示当前工作路径setwd()#设置新工作路径读取本地数据read.table(file = ''huahua.txt'',sep = "\t",header = T...)a<-read.table(file = ''huahua.txt'',sep = "\t",header = T)sep分隔符header第一行是否为表头推荐使用read.table函数读入txt文件..."yu.txt" 中,以逗号作为分隔符,且不对数据进行引用(quote)。...sep = ",": 这表示使用逗号作为数据分隔符。这意味着在写入文件时,不同数据值将用逗号进行分隔。quote = F: 这表示在写入文件时不对数据进行引用(quote)。...当你使用save()将a保存到文件时,R会将整个对象a以及其结构和数据保存到文件中,无论a是数据框、矩阵、列表或任何其他受支持数据类型。

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R语言基础教程——第8章:文件输入与输出

但其不能读入混合类型数据,也就是在scan()读入必须同为字符或者同为数值; 3) 默认情况下用scan读入数据生成向量类型(这也就是为什么读入数据必须是同为字符或者同为数字)。...24 34 读写文件 1 从文件读取数据库获矩阵 read.table()函数是R最基本函数之一,主要用来读取矩形表格数据。...read.table()函数可以将1个或多个空格、tab制表符、换行符或回车符作为分隔符。 (4)quote 用于对有特殊字符字符串划定接线字符串,默认值是TRUE(")或单引号。...(7)row.names 保存行名向量。可以使用此参数以向量形式给出每行实际行名。或者要读取表中包含行名称列序号或列名字符串。...如果这种转义符并不是包含在字符串中,该函数可能解释为字段分隔符。 (20)flush 逻辑值。默认值为FALSE。当该参数值设置为TRUE时,则该函数读取完指定列数后将转到下一行。

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十、文件读写

1.文件读取 read.csv() ##通常用于读取csv格式 read.table() ##通常用于读取txt格式 补充知识点 (1)读取工作目录下文件夹中数据 read.csv...输出文件export surv=read.table("import/xxx.txt") save(x,file="Rdata/xxx.Rdata") (2)在不同工作目录下创建不同文件夹,保存不同步骤需要文件...,怎么实现不同文件夹之间衔接 load("../1_data_pre/xxx,Rdata") 图片 4.文件读写部分代码解读 1).读取ex1.txt ex1 <- read.table("ex1.txt...rod = read.csv("rod.csv") ###去掉row.names = 1,处理原来数据框 3).读取soft.txt soft <- read.table("soft.txt")...soft <- read.table("soft.txt",header = T,fill = T) #其实不对,读取数据有一部分列是错误 ##read.table 这个函数中有个 sep=""

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R学习笔记(4): 使用外部数据

——列表允许包含不同类型元素,甚至可以把对象作为元素;数据框允许每列使用不同类型元素。...默认使用#作为注释符号,如果文件中没有注释,指定comment.char = "" 会比较安全 (也可能让速度比较快) 为了使用方便,read.table()函数还提供了一些变体,这些变体为read.table...: x 要写入对象名称 file 文件名(缺省时对象直接被“写”在屏幕上) append 是否为增量写入 quote 一个逻辑型或者数值型向量:如果为TRUE,则字符型变量和因子写在双引 号""中;...#需要大概7秒 read.table()调用了scan()读取文件,然后对结果进行处理。...这些连接不需要打开就能直接使用,而且不能关闭。 字符向量 R中甚至允许以一个字符向量作为输入或输出。使用textConnection()函数创建到字符向量连接。

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R语言 数据框、矩阵、列表创建、修改、导出

数据框数据框创建数据框来源主要包括用代码新建(data.frame),由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作),读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...tsv改变文件名而来,此时用csv打开会报错,该知识点用于防止部分代码中错误应用csv套用tsv等#文件读写部分(文件位于R_02Rproject中)#1.读取ex1.txt txtread.table...读,变量名不需要有"",文件名是真实存在文件,要有""#直接读取如果失败,需要指定参数#ex1 <- read.table("ex1.txt") #读入该文件后会发现原文件被认为没有列名,列名被当作第一行...,字符型与数值型在一起会将所有数值型改为字符型以满足向量同一类型ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T);ex1 #header=F为默认,如果文件第一行就是列名...")#如果导入一个有不同工作簿xlsx,可以用import_list,此时不同工作簿作为list里不同元素#import高度依赖后缀读写,不能有错export(a,file="b.xlsx") #

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生信星球学习小组笔记 Day 5——LIU

(不一定是正确本人粗显理解)新知:标量:一个元素组成变量;向量:多个元素组成变量非常形象一张图↓:说到变量,联想到中学时代所学习函数中X,同样,R语言中也是对某个“符合”赋值。...:不知道函数用法和作用可以使用?...二、从一串向量取出需要值通过上面的结果,我们得到了有5个数值向量。...*目前有数据文件:huahua.txt读取文件a <- read.table('huahua.txt', sep = '\t', header = T) #通过read.table()读取huahua.txt...",",quote=F)工作目录中出现yu.txt文件变量保存和重新加载重点,可以节约空间和时间,新知,此处引用老师原文#这次没有处理完数据下次想接着用怎么办?

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Learn R 函数和R包

> jimmy(3) > jimmy(4) 练习4-1 # 写一个函数,参数是一个数值型向量,输出结果是该向量平均值加2倍标准差,并写出用户使用该函数代码 。...分隔符 常见分隔符:逗号、空格、制表符(\t) 将表格文件读取到R语言中 read.table() #读取txt格式 read.csv()#读取csv格式 文件导出 不要覆盖原文件 代码可重复 数据可重现...("ex1.txt") > ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T) #文件第一行作为列名 图片 #2.读取ex2.csv > ex2 <- read.csv(...,也就是第一列不能有重复值------ 图片 3.读取soft.txt >soft <- read.table("soft.txt") #代码报错 因为数据不方正 >soft <- read.table...read.table()智能版 >a=data.table::fread("soft.txt",data.table = F)#读取很智能,不会导致窜列 #### 4.rio包 可以读取任何形式,但有问题文件仍有问题

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R数据读取(数据文件解析)

1.基本知识 1.1几个重要文件数据读取函数 1.1.1函数read.table() read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = "\"'",...为了读取这样文件,必须设置参数fill = TRUE strip.white = FALSE如果设置了分隔符,字符扩展起始和收尾处空白会作为分段部分看待。...但这个参数只有在和fill = TRUE共同使用时才有效。这时,可能是用空白行表明规则数据中缺损样本。 comment.char =“#”默认情况下,read.table用#作为注释标识字符。...但其不能读入混合类型数据,也就是在scan()读入必须同为字符或者同为数值 默认情况下用扫描读入数据生成向量类型(这也就是为什么读入数据必须是同为字符或同为数字)。...方式1:使用read.fwf函数:该方法较慢(相对于read.table,但是可以处理复杂数据) 方法2:使用read.table速度比方方1快,但是需要读入原始数据格式有一定要求 update.packages

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R语言入门之数据导入和导出

第一部分 导入数据(Importing Data) 在我们平时研究工作中,经常使用是逗号分隔文件(.csv文件)、制表符分隔文件(.tsv文件)和空格分隔文件(.txt文件)。...header=TRUE, sep="\t", row.names="id") (3)读取普通txt文件 #因为read.table()这个函数sep默认值是空格,所以读取txt文件一般不需要设置...sep数值 mydata <- read.table("c:/mydata.txt", header=TRUE, row.names="id") 另外如果想读取csv文件,也可以使用read.csv...直接高效读取以.gz结尾压缩文件 一般在R中可以使用gzfile()方式读取压缩文件,但如果使用data.table包里fread()函数则可以大大提高工作效率。...导出数据为txt文件 write.table(mydata, "c:/mydata.txt") Tips: (1)使用?function()形式查阅函数帮助信息,比如?

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Day4-5 R语言代码

一、读取文件 1、读取文件小tips: (1)read.table()和read.csv()两者之间没有不可逾越鸿沟,只是方便读取某一类文件类型;报错就需要添加对应参数。...(2)在数据框类型数据行取子集时、导入TXT文件时,注意一下数值型数据行/中,有没有藏着字符型数据。马虎了就会影响后续数据处理。...2、读取各种类型文件 (1)TXT文件,建议使用read.delim()函数,因为它一些默认参数比read.table()适用范围更广; (2)csv文件 1)“check.names = F”...可以让R不修改行列名字,PS:R语言中行列名字中不能有特殊字符; 2)row.names = 1”这个参数意思时不能把第一列作为行名;PS:R语言中行名不能重复,如果将有重复A列设为行名,需要先不将...3)一定要要经常查看自己数据是否读取正确; (3)xlsx文件,建议使用rio包里面的函数 library(rio) #读取 ex1 = import("ex1.txt") #读取多工作簿excel

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巧用R语言实现各种常用数据输入与输出

R语言支持读取众多格式数据文件,excel文件,csv文件txt文件和数据库(MYSQL数据库)等;其中,excel和csv是我们最常遇到数据文件格式。...目录 0 设置工作目录【很重要】 1 read.table() #读取带分隔符文本/数据文件 2 read.csv() #读取.csv格式数据,read.table一种特定应用 3 excel...方法二:通过R-gui菜单栏设置(文件-改变工作目录) ? 1 read.table() #读取带分隔符文本文件 read.table()函数是R最基本函数之一,读取带分隔符文本/表格文件。...所以写成“C:\\myfile\\myfile.txt”或者“C:/myfile/myfile.txt”即可。 ②使用file.choose(),弹出对话框,自动选择文件位置。...例如:read.table(file.choose(),...)。 (2)header:一个表示文件是否在第一行包含了变量逻辑型变量。

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【数据分析 R语言实战】学习笔记 第二章 数据读取与保存

: read.csv()用于读取逗号分隔文件,sep默认值为"," read.delim()针对使用其他分隔符数据(并月不使用行号),sep默认值为"\t" 使用read.table或read.csv...) #显示对象标签 [1] "city" "price" "salary" > dim(data)#显示对象维数 NULL 要显示列表中变量,需要使用符号$,但是当数据文件中有很多变量时...cat()可以连接多个字符串,也可以连接字符串和数值向量等不同类型对象。....txt文件,因为一般文本文档可以被各种软件读取,具有很强普适性。...函数write仅可以写出一个矩阵或向量特定列(和对一个矩阵进行转置)。 函数write.table()则更为便利,它可把一个数据框或列表等对象包含行列标签方式写出。

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2023.4生信马拉松day5-文件读写

③ sublime打开(适用于大文件) ④ R语言打开 #1.读取ex1.txt ex1 <- read.table("ex1.txt") 注:文件读取是R语言里数据框来源之一;表格文件读到R语言之后得到一个数据框...一般用read.table()读取txt文件,用read.csv()读取表格文件;非要交叉使用的话读取文件时需要限定好参数; 读取失败两种表现:报错/意外结果 -(1)报错:no such file...-(2)默认参数不适用于当前读取文件 直接读取失败就需要指定一些参数—— ① header参数指定 #1.读取ex1.txt ex1 <- read.table("ex1.txt") #把列名读到了第一行而没有读成列名...-(3)错误识别——意外结果 #3.读取soft.txt soft <- read.table("soft.txt") #会报错如下图所示 图片 soft <- read.table("soft.txt.../隔壁文件夹/目标文件”) 练习5-1 # 1.读取complete_set.txt(已保存在工作目录) com.set <- read.table("complete_set.txt") com.set

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生信技能树七天学习小组 Day5笔记——数据结构

先放思维导图:R语言中数据类型包括数值型(numeric)、字符型(character+"")、逻辑型(logical)数据结构包括向量(vector)、矩阵(matrix)、数据框(data frame...其中以向量和数据框作为本章学习重点向量中只能包含一种类型数据数据框每一列又是一个向量,不同列之间数据类型可以相同也可以不同1 向量1.1 标量和向量标量:一个元素组成变量向量:多个元素组成变量...%in% c(1,2,5)] #x中元素是否存在于c中2 数据框2.1 读取本地数据read.csv()read.table()读取之后记得赋值!...找不到对象a!!!找不到对象啦!!!!...一种情况是a这个变量根本不存在,还有一种情况是a不在当前工作目录下最大可能是读取文件之后没有赋值给a检查右上方环境中是否有a这个变量,如果没有添加赋值步骤小总结:向量取子集符号是 ,数据框取子集特殊符号是

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R语言系列第二期:②R编程、函数、数据输入等功能

read.table()读取结果是一个数据框,所得数据每一行包含来自一个对象(类似SAS里观测)所有数据,以特殊顺序,用空格或其他分隔符分开。...随后我们在R中输入这个文本: > thuesen.new<-read.table(“F:/thuesen.txt”,header=T) #Tips:read.table()函数文件逻辑地址必须用引号,...当读取因子变量时,最简单办法是使用文本形式对它们进行编码。read.table()函数自动检测一个向量是字符向量还是数值向量,前者会转换成一个因子。...read.table()读取,除了文件名字之外不需要其他参数。...> secr<-read.table(“F:/secretin.txt”,header=T) > head(secr) #Tips:像这样读取因子或许很方便,但是也有缺陷,各个水平顺序是按字母排序

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R3数据结构和文件读取

,只是约定俗称,如果一个文件后缀是csv,但是制表符分隔,也没有问题#1.读取ex1.txt(含列名)ex1 <- read.table("ex1.txt")#此时第一行是列名,txt默认header=...4列825行以下空,第五列825以下有数据soft <- read.table("soft.txt") #第五列825以上无数值,此时报错## Error in scan(file = file, what...它可以接受任何单个字符或字符串作为参数,用于将文本数据内容分割成列。常见分隔符包括逗号(,),制表符(\t),分号(;)等。例如,当读取以逗号分隔CSV文件时,应该将sep参数设置为逗号(,)。...当sep = "\t"时,read.table使用制表符作为分隔符来读取文本文件数据。#4.soft 行数列数是多少?...=read.table("import/xxx.txt") #import文件夹里读取数据## Error in file(file, "rt"): cannot open the connectionsave

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