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    4️⃣ 核酸序列特征分析(8):重复序列的查找

    [序列比对和序列特征分析总目录](https://www.jianshu.com/p/878f2b2495ae 基因组序列主要构成成分是基因序列,重复序列和基因间序列。...基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释 结构注释的核心是基因识别,为了提高基因识别效率需要首先寻找并标记去除 重复的和低复杂性的序列。 什么是重复序列?...重复序列(repetitive sequence)是在基因组中不同位置出现的相同或对称性序列片段,一般不编码多肽。组织形式有两种:串联重复序列和分散重复序列。...常用数据库 GIRI的RepBase:常用的真核生物DNA重复序列数据库 RepeatMasker:常用的重复序列分析工具 ALU数据库:人和灵长类Alu重复片段 LINE-1数据库...: STR数据库:短的串联重复序列数据库,不再提供服务 ---- 1 RepeatMasker工具 这个工具有webserver版本和命令行版本 Using and Understanding

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    STL中有序序列的查找算法

    1.binary_search() 二分查找一般比顺序搜索要快,但要求序列中的元素是有序的。 参数定义:binary_search() 实现了一个二分查找算法。...它会在前两个参数指定范围内搜索等同于第三个参数的元素。这个序列中的元素必须被排成升序序列或者至少相对于所查找元素是有序的。...注意:binary_search() 能告诉我们元素是否在这个序列中,但当它在序列中时,却不能告诉我们它的位置。...另一个版本的 binary_search() 接受一个额外的参数,它是一个用于查找元素的函数对象;显然,它必须和用于对被查找序列进行排序的比较操作有相同的效果。...4.equal_range() 找出有序序列中所有和给定元素相等的元素。 参数定义:前两个参数是指定序列的两个正向迭代器,第三个参数是要查找的元素。

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    从Git仓库中恢复已删除的分支、文件或丢失的commit

    在使用Git的过程中,有时可能会有一些误操作 比如:执行checkout -f 或 reset -hard 或 branch -d删除一个分支 结果造成本地(远程)的分支或某些...commit丢失 可以通过reflog来进行恢复,前提是丢失的分支或commit信息没有被git gc清除 一般情况下,gc对那些无用的object会保留很长时间后才清除的...reflog是git提供的一个内部工具,用于记录对git仓库进行的各种操作 可以使用git reflog show或git log -g命令来看到所有的操作日志 恢复的过程很简单...通过git branch recover_branch[新分支] commit_id 来建立一个新的分支 这样,我们就把丢失的东西给恢复到了recover_branch分支上了。...Q:怎样找回历史版本中删除的文件?

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    从 Django 模型中根据类查找外键

    在 Django 中,如果你有一个模型类,并希望找出哪些其他模型定义了指向该模型的外键,可以使用 Django 的元选项 (Meta) 和 ForeignKey 的反向关系属性。...例如,我们可能有一个 Author 模型和一个 Book 模型,其中 Book 模型的外键指向 Author 模型。在不同的模型中,外键的名称可能不同。...例如,在 Book 模型中,外键可能叫做 author_id, 而在 Article 模型中,外键可能叫做 author.我们希望有一个方法可以根据外键的类来检索外键对象,无论外键的名称是什么。...我们还可以在模型类中定义一个 get_foreign_key_to() 方法,该方法返回指向给定类的外键字段。...该方法返回了指向 Author 模型的外键字段,并将其存储在 author_foreign_key 变量中。问题背景Foo 有很多可以从 Django 模型引用的外键,但我希望使用通用方法来获取对象。

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    LInux中的查找

    grep 命令用于查找文件里符合条件的字符串的一列。若不指定任何文件名称,或是所给予的文件名为 -,则 grep 指令会从标准输入设备读取数据。...参考文章 二、find 2.1 基本用法 用于在文件树中(目录结构下)查找文件,并作出相应的处理 。 命令参数 pathname: find命令所查找的目录路径。...-exec 参数后面跟的是command命令,它的终止是以;为结束标志的,考虑到各个系统中分号会有不同的意义,前面加反斜杠\。 示例 在目录中查找更改时间在n日以前的文件并删除它们 find ....-perm -7 -print | xargs chmod o-w 三、awk awk工作流程是这样的:读入有’\n’换行符分割的一条记录,然后将记录按指定的域分隔符划分域,填充域,0则表示所有域,1表示第一个域...NF 表示的是浏览记录的域的个数,NF 表示的最后一个Field(列),即输出最后一个字段的内容默认域分隔符是"空白键" 或 “[tab]键”。

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    RepeatMasker:查找基因组上的重复序列

    RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列,默认情况下,会将重复序列原有的碱基用N代替,从而达到标记重复序列的目的。...除此之外,也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式,来标记重复序列。 该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对,从而识别输入序列中的重复序列。...在Sequence中输入或者上传FASTA格式的DNA序列;Search Engine选择比对软件,Speed/Sensitivity选择运行模式,不同模式的主要区别在于运行速度与敏感度的差异,DNA.../configure 需要注意的是,至少需要安装上述四种比对软件中的任意一种。...运行完成后,会生成多个文件,后缀为masked的文件为标记重复序列后的文件,后缀为.out的文件保存了重复序列区间信息。

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    go从已知列表中查找字符串

    01 May 2016 go从已知列表中查找字符串 最近在开发中遇到一个需求,需要查找某个给定的字符串是否属于有效字符串。...例如以下字符串都是有效字符串: "key1" "key2" "key3" "key4" "key5" "key6" 若查找的字符串是key1,存在key1,所以key1是有效字符串,若查找的字符串是key0...,但是该方式查找效率最高,时间复杂度为常数O(1),所以一般推荐使用; 方式二由于需要遍历所有字符串,时间复杂度是O(N),N是切片的长度,随着长度增大,查找时间越长,但是相比方式四,代码少了很多,谨记代码越少出错概率越小...,要想软件没有bug,唯一的方法就是不写代码; 方式三通过使用go标准库sort,将切片先排序后,使用二分法查找目标字符串,算法复杂读相对方式二和方式四较好,为O(logN),N为切片长度,可读性较好,...若查找的字符串是key1,则时间复杂度O(1),但是若查找的字符串是最后一个字符串时,时间复杂度和方式二一样,都是O(N),N表示字符串个数,但是该方式没有没有使用任何数据结构,如果对内存开销要求高,可以推荐使用

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    JavaScript中的变量查找

    众所周知,JavaScript变量是按照作用域链来进行查找的(作用域和作用域链相关知识可参看我的另一篇文章,《基于JavaScript作用域链的性能调优》), 那么,对于一个简单的赋值操作,等号左右两边变量的查找方式一样吗...LHS(left-hand-side左查找)和RHS(right-hand-side右查找) 概念如下: LHS查询:试图找到变量容器本身,从而可以对其进行赋值 RHS查询:查找某个变量的值 对于一个赋值语句...var a = b;,等号左侧进行LHS查询,等号右侧进行RHS查询;如果是一个普通的打印语句console.log(a),那么,查找变量a属于RHS查询。...两者的相同之处:都遵循作用域链查找。 2....参考文章首部的例子: b = 4; console.log(b); // 4 delete b; console.log(window.b); // undefined 程序中并没有声明变量b,但是由于

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    查找DLL中的函数

    1.引言 自己在工作中,发现在一个项目是生成dll的,其中包含很多个头文件和cpp,但是其中一个头文件Test.h里面有一行代码是 bool DLL_EXPORT MyFunction(int a);...但是却没有Test.cpp来实现这个函数的定义 那就奇怪了,有了函数声明,但没有定义 2.我的思路 我的第一个思路是既然头文件是Test.h,那按照自己之前生成dll的方式,它生成的dll文件也一定叫Test.dll...,那应该名字也一样,现在看来,之前查的头蒙了,怎么能自己包含自己生成的dll呢,笑掉大牙 那我想有没有一个文件可以查我这个项目Test生成的Test.dll里面包含的函数呢,因为既然我的MyFunction...,所以只有个印象,但没有记住 3.Dependencies 把Test.dll加载进去,点击左侧Test.dll,右边是上下两幅,上面是自己导入的,下面是给别人用的 从网上找个图代替下: 我在上面按Ctrl...+F,搜MyFunction果然搜到了,并且发现它在bbb.dll中,这时我再去Test项目中看附加库依赖文件,发现确实有bbb.dll 至此问题解决

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    如何查找一个域名的子域名记录

    起因是在Cloudflare和DNSPod添加域名时系统会扫描待添加域名的子域解析记录,感觉很神奇。方法一:穷举/使用字典通过穷举N位数的子域,例如从000到zzz,找到部分子域。...不管是穷举还是跑字典,都需要一条条的向DNS服务器请求来获得解析情况。...方法二:通过查询HTTPS/SSL的证书数据证书授权机构有一个叫证书透明度(Certificate Transparency)的项目,会把每个SSL/TLS证书发布到公共日志中。...我在腾讯云免费申请的TrustAsiaSSL证书通过上面那个crt.sh网站都能查到,但是其他证书机构/付费证书能不能查到就不清楚了。...其他方法上面只列举了两个最方便使用的方法,除此之外还有很多别的方法,例如DNS区域传送、DNS缓存探测(DNS Cache Snooping)、DNS聚合器(DNS aggregators),但比较麻烦不方便使用就不列出了

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