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Patterns | 使用天然配对数据改进抗体语言模型

由于BALM-paired和BALM-shuffled输出嵌入包括重和轻,所以提取了只包含单一(重或轻嵌入子集,然后在长度维度上进行平均。...BALM-paired、BALM-shuffled和BALM-unpaired嵌入,主要按突变分组,次要按V基因分组(图2A-2F)。...然而,这些模型嵌入表现出相当不同(图2G-2L)。尽管BALM-unpaired变异轻序列形成了较为明确V基因,未变异轻嵌入基本上是随机分散(图2K和2L)。...相比之下,BALM-paired产生嵌入与重相似,主要按突变分组,次要按V基因分组(图2G和2H)。...鉴于这种轻改进只出现在BALM-paired,而不是BALM-shuffled,这表明BALM-paired正在学习只存在于自然配对序列交叉特征,这些特征优先改善了轻嵌入。

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Nat Commun|使用AlphaFold2改进对蛋白质-蛋白质相互作用预测

不幸是,没有一种计算方法能够产生准确蛋白质复合物结构。AlphaFold2在模拟蛋白质结构方面显示出前所未有的准确度。在这里,我们将AlphaFold2应用于预测异源二体蛋白复合物。...最近,在CASP14实验,AlphaFold2 (AF2) 在蛋白结构预测达到了前所未有的性能水平。...在这个管道,使用trRosetta距离和角度约束,预测了异质二体蛋白复合物两条之间相互作用及其结构。这项研究表明,一个专注于内结构特征提取管道也可以成功地扩展到间特征提取。...一个有趣不成功对接是PDB ID 6TMM (补充图4) 复合物获得建模,已知它们形成一个异源四体。在这个结构,每个A与它伙伴B在两个不同部位接触。...有趣是,在AF2没有实施额外约束条件来拉动两个接触,这意味着相互作用 (以及随后界面大小) 完全由预测器提取间信号量决定。

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batch effect究竟是什么?

在该文章中提到,在基因表达差异分析,batch effect对实验结论影响非常大,如果不做处理,往往导致错误实验结论 In gene expression studies, the greatest...但是当查看个别基因分布时,可以看到在不同处理日期间,分布依然是有差异,如图c所示;而且如图d所示,结果也显示,不同处理日期基因分布明显成了两个cluster。...实验未记录下来batch effect 第一batch effect也叫做known batch effect, 就是我们实验过程主动记录下来一些实验条件,比如采样时间,dan提取日期等,因为是我们已经记录下来变量...#### 2. batch effect识别 对于已知实验条件 , 我们可以通过以下两种可视化方式来帮助我们判断是否为batch effect 1. 样本图 2....减小batch effect影响方法 可以以下两个角度来考虑 1.从实验设计角度,好实验实验是根本,源头上避免了大多数batch effect产生,基本思路是配对采样设计,对于可能影响结果实验条件

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机器学习 |使用Tensorflow和支持向量机创建图像分类引擎

为了正确地匹配对拉链拉头和拉拔器,我们需要进行两步操作:其一,提取对象特征。...因此,我们使用TensorFlow作为工具,用其预先训练深度CNN(即Inception)每个输入图像中提取特征。...用于图像分类CNN具有两个主要部分: 1)卷积层; 2)一些神经网络全连接层。 卷积层用于特征学习。学习到特征将被输入全连接层以进行分类。...换句话说,我们希望看到数据集中功能根据其类型进行自我。 很难看到这种发生在2048-d特征数据集上。 但是,我们可以对瓶颈特征进行降维,并将其转换为易于可视化二维特征。...我们数据集中提取了瓶颈特征,并对可视化进行了降维,结果显示样本根据其类别进行了很好。 3.关于瓶颈特征SVM分类器训练具有完美的结果,并且分类器似乎对看不见样本起作用。

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节律失调:Theta-Gamma耦合精度改变损害老年人联想记忆

类似地,非节律性1s分段BOSC未表征非节律性时间段中提取。为了保证节律性分段和非节律性分段数量相等以便后续分析,我们每个通道和试次非节律性分段总样本随机选择与节律性分段一样多分段数。...基线数据在试次和时间上取平均值,通过计算任何给定通道-频段-时间点样本t统计来量化功率增加。为了检验统计显著性,使用非参数基于置换检验方法,测试相对于组水平上零分布t值分布。...最初,对每个通道-频段-时间点,基于变量、尾独立样本t检验形成。每个数据点阈限设置为p=0.01,空间约束被设置为两个相邻通道最小值。...最终p值(即,蒙特卡罗显著性概率)是超过水平统计随机分区比例。阈限设置为p值低于0.05,即,尾显著性阈限。...本研究分析确定通道频率(图3d)用于定义gamma频段范围和感兴趣频率,以供进一步分析。最后,我们考察了不同年龄组之间以及在随后单纯项目记忆和配对记忆之间gamma功率增加是否存在差异。

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如何使用LangChain和OpenAI总结大型文档

text[0:200]s 预处理 让我们文本删除不必要内容,例如不可打印字符、多余空格等。...因此,为了降低成本,我们将实施 K 均值以从书中提取重要块。 注意:使用 K 均值决定受到数据专家 Greg Kamradt 教程 启发。...现在,我们将文档向量转换为与 Faiss 兼容格式,使用 K 均值将它们到 50 个组,然后创建 Faiss 索引以在文档之间进行高效相似性搜索。...注意:选择 K 均值原因是每个都会有类似的内容或类似的上下文,因为该所有文档都有相关嵌入,并且我们会选择最接近核心文档。...我们学习了预处理文本步骤,并实施了一种结合语义块和 K 均值策略,以有效管理模型上下文限制。 通过使用高效,我们有效地提取了关键段落,减少了直接处理海量文本开销。

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机器学习 |使用Tensorflow和支持向量机创建图像分类引擎

为了正确地匹配对拉链拉头和拉拔器,我们需要进行两步操作:其一,提取对象特征。...因此,我们使用TensorFlow作为工具,用其预先训练深度CNN(即Inception)每个输入图像中提取特征。 ?...用于图像分类CNN具有两个主要部分: 1)卷积层; 2)一些神经网络全连接层。 卷积层用于特征学习。学习到特征将被输入全连接层以进行分类。...换句话说,我们希望看到数据集中功能根据其类型进行自我。 很难看到这种发生在2048-d特征数据集上。 但是,我们可以对瓶颈特征进行降维,并将其转换为易于可视化二维特征。...我们数据集中提取了瓶颈特征,并对可视化进行了降维,结果显示样本根据其类别进行了很好。 3.关于瓶颈特征SVM分类器训练具有完美的结果,并且分类器似乎对看不见样本起作用。

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动态城市环境杆状物提取建图与长期定位

本文则提出了一种基于语义纯激光雷达长期定位算法。首先,使用卷积神经网络(CNN)来推断激光雷达点云语义。结合点云分割,提取场景长期静态目标杆状物,并将其配准到语义地图中。...因此,提出了一种基于语义方法,用于城市动态环境长期再定位,该方法依赖于移动LiDAR数据中提取杆状物路标。...综上所述,本文主要贡献有三个方面: 为了解决这一长期挑战,提出了一种原始三维激光雷达点提取杆状物体语义簇并创建鲁棒语义点云地图方法 提出了一种基于几何一致性语义关联算法,用于无人机在长期场景重新定位基于鲁棒语义再定位模块...设ci=(Cli;Cgi)表示语义簇配对点云语义簇关联算法获得语义簇匹配对是粗略对应。因此,将使用几何一致性方法来消除假阳性匹配对,并最终保持良好对应关系。...(b) 在时间窗口内沿x-y-z轴位置误差 总结 为了在城市环境实现高精度重定位和实时定位,提出了一种基于点云语义重定位方法,为了解决这一长期定位挑战,通过从原始三维激光雷达点中提取杆状物体

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比对质量评估之 QualiMap

可以帮助过滤掉较短同源多体区域,因为它们可能对插入缺失检测不太敏感,或者可能产生较多假阳性结果。 -ip:激活重叠配对读段检测。...or non-strand-specific;默认是 non-strand-specific -sd:激活此选项以分析跳过重复比对。...也就是说,读段可能来自模板任一,因此无法确定其确切方向。 正向特异性(forward-stranded): 在这种协议,测序读段保留了与其来源模板相同方向信息。...默认情况下,可以系统 $PATH 环境变量中找到 clustering——表观遗传特征 qualimap clustering -sample clustering/hmeDIP.bam -...要求输入一个用逗号分隔大小列表。它涉及到数据分析方法一个关键参数,用户可以通过逗号将多个数值分开,指定他们希望数据被划分成不同组数量。

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Harris角点提取后怎么匹配?

对于角点匹配算法研究本文主要采用Harris算法提取图像角点,通过相似测度得到粗匹配点集,然后简单分析了两种提纯匹配点简单法和视差梯度约束法。 1....将S相关系数小于等于0.9配对去掉,得到新匹配点集S’。...2.2 方法是一种无监督学习过程,它可以以自适应方式处理样本,探寻数据内部一些结构与规律,完成有效前期处理,为进一步分类打好基础。...使用法预筛选匹配点主要思路为:把尺寸同样大两幅待匹配图像置于同一坐标系,且重叠在一起,把两幅图像匹配角点用直线连接(向量),那么对于正确匹配角点直线,它们斜率相同或者近似。...运用简单方法,在计算时以某斜率值为中心,找到一个包含此斜率值最多邻域。

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【算法研究】网页信息提取 文献总结&&差异&&对比

它提供了一种表达语言用于 HTML 页面中提取 DOM 树状结构,提取数据之后映射到 XML 或者 Java 对象,同时提供了一些可视化工具,使得包装过程更快更容易。...通过算法 Canopy 把有监督训练变成无监督训练,用于识别训练集中内容结构相似的页面(目标是聚合来自同一网站页面划分为同一集合) 缺点在于有些噪声块也可以为动态内容,无法对页面进行识别...本文主要贡献是 (i)为例页面提出了一种新颖数据对齐技术 (ii)应用 LIS 来处理不一致地标,即多阶模板 (iii)例页面中提取完整模式并在现实世界网站几个领域三个基准数据集上比较分而治之对齐...数据提取过程 首先通过 PFs 特征,调整阈值来框定数据区域 过滤噪声块 判断噪声块位置是否向左靠齐 数据视觉块 块重组 数据块对齐 基于视觉数据记录包装器 (f,l,d) 本质上就是一组数据记录粒度模板...七、基于词库进行信息提取 大致过程就是通过词向量归纳相类似的词,比如电影领域词库,然后对 DOM 节点进行配对,猜测是否为目标节点。

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TensorFlow 2 和 Keras 高级深度学习:11~13

我们还将研究线性分配问题,作为为每个指定标签工具。 5. Keras 无监督实现 Keras 中用于无监督网络模型实现在“列表 13.5.1”显示。 仅显示初始化。...这将使我们能够在配对数据中计算损失函数。 “列表 13.5.1”:iic-13.5.1.py。...在测试数据集上运行预测后,线性分配问题为每个分配标签,本质上将转换为分类。 我们计算了分类精度,如“表 13.6.1”所示。 IIC 准确率高于论文中报告 99.3%。...通过最大化 MI,我们对编码潜在向量进行。 与 MINE 不同之处在于,编码后潜在向量是连续,而不是 IIC 中使用热向量格式。...由于输出不是热向量格式,因此我们将使用线性分类器。 线性分类器是没有诸如ReLU之类非线性激活层 MLP。 如果输出不是热点向量格式,则使用线性分类器替代线性分配算法。

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【翻译】经典推荐算法论文

向顾客空间应用降维技术,能有效地把相似顾客组合为群组,正如我们现在所说,这样也会降低推荐质量。 模型 为了寻找与当前用户相似的顾客,模型对顾客基础进行细分,并把这个任务当作分类问题。...典型地说,顾客细分建立,会采用一种或无监督学习算法,尽管某些应用也用了手工决定的人群细分。利用一种相似性度量标准,算法把最相似的顾客,分组聚合起来,形成或细分人群。...由于对大型数据集进行最理想不切合实际,大多数应用都采用了各种形式贪婪算法生成。...较之协同过滤,模型有更好在线可扩展性和性能,因为它们把当前用户与可控数量细分人群进行对比,而不是整个顾客基数。复杂和昂贵计算会离线运行。然而,推荐质量却是低。...如图2所示,即我们购物车推荐,以其购物车商品为基础,向顾客给出产品建议。这一特性与超市结账台路线上冲动购买商品很类似,但我们冲动购买商品定向到每位顾客。 ?

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14个Seaborn数据可视化图

调查数据并从中提取信息和趋势工具。 ? 绿色代表新开始和成长,也意味着更新和丰富。 数据可视化在数据挖掘起着非常重要作用。各种数据科学家花费了他们时间通过可视化来探索数据。...图4:泰坦尼克号数据集配对图 d.Rug图 它画了一条线,而不是像在直方图中那样二维分布图。 这是变量分析一个例子。...图14:泰坦尼克号数据缺失值热图。 b.图 如果我们有一个矩阵数据,并想要根据其相似性对一些特征进行分组,映射可以帮助我们。先看一下热图(图13),然后再看一下图(图15)。...图15:泰坦尼克号数据关联矩阵图 x-label和y-label是一样,但是它们协调方式不同。这是因为它们是根据它们相似性分组。 顶部和左侧类似流程图结构描述了它们相似程度。...图使用层次来形成不同集群。 网格 网格图为我们提供了对可视化更多控制,并通过一行代码绘制各种各样图形。

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图神经网络(01)-图与图学习(上)

i 到 j 路径(path)是指 i 到达 j 序列。该路径长度(length)等于所经过数量。...我们也将搜索算法包含在这一。这可用于确定最快路由或流量路由。 Centrality(中心性):确定网络节点重要性。这可用于识别社交网络中有影响力的人或识别网络潜在攻击目标。...分层 在分层(hierarchical clustering),我们构建层次结构。我们用树状图形式表示。 ? image 其思想是以不同规模分析社群结构。...我们每个节点一个开始,然后合并两个「最近」节点。 但我们如何衡量是否相近呢?我们使用相似度距离。令 d(i,j) 为 i 和 j 之间最短路径长度。 ?...在应用分层之前,我们需要定义每个节点之间距离矩阵。

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基于三大图谱网络和HIST模型A股策略研究

相比传统直接公司主营产品等概念,图谱网络集群概念表现更优,集群属性确实包含了有价值增量信息。 同时用三种集群为预定义概念做策略回测。...前言 在之前文章,我们分别构建了产业关系网络、供应关系网络和新闻共现关系网络,都做了图,并分析了各类关系下和集群内外股票间收益率相关性,最终也都得出了“关联股票比非关联股票表现出更强相关性,...供应关系网络构建步骤: 1、ChinaScope现有的供应中间表即为供应关系网络,但原始表存在人物节点、“配对公司互为对方供应商和客户”双向边、“ 供应商和客户都为公司本身 ”自环等情况,...HIST 模型一大特色是概念中提取共有信息时会考虑概念不完备性和动态可变性,将预定义概念(如行业,主营业务,业务范围和其他概念)输入到 HIST 模型,模型还会进一步动态学习预定义概念未包含隐含概念...收益预测值选股和策略表现看,相比公司主营产品或行业分类等传统概念,图谱网络得到集群属性确实包含了有价值增量信息。

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人类胸腺发育细胞图谱揭示了T细胞组库形成

缺少定义该 marker 基因 移除甲状腺来源污染细胞:Epi_PAX8(PAX8, HHEX, TG, NKX2.1)和 Epi_GCM2(PTH, GCM2, GATA3, CHGA)...out),保留仅包含生物学信息残差 再次利用 scanpy.api.pp.bbknn 整合数据,用于下游细化、可视化和轨迹推断 和细胞亚群注释: 根据已知 marker 基因和差异表达基因...regression model),用以预测因转录相似性而被软件到一起混合细胞亚群 对粗略注释细胞分群(如上皮细胞、阳性 T 细胞等),将其提取出来重复 HVGs 选择、降维和流程,以获取更精细细胞亚群...降维等。...VDJ 重排基因(RAG1, RAG2)增殖晚期开始增加,于静息态达到高峰,提示了 T 细胞分化增殖和重排关系 通过整合 TCR 数据,作者发现,在增殖晚期 DN 检测到重排 TCRβ ,与重排事件和

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