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Trimmomatic 数据过滤

Trimmomatic 是一个很常用的 Illumina 平台数据过滤工具。支持 SE 和 PE 测序数据。...:1:TRUE LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 -threads 8 MINLEN:50 done 处理步骤及主要参数: Trimmomatic 过滤数据的步骤与命令行中过滤参数的顺序有关...SLIDINGWINDOW: reads 的 5’ 端开始,进行滑窗质量过滤,切掉碱基质量平均值低于阈值的滑窗。...MAXINFO: 一个自动调整的过滤选项,在保证 reads 长度的情况下尽量降低测序错误率,最大化 reads 的使用价值。 LEADING: reads 的开头切除质量值低于阈值的碱基。...TRAILING: reads 的末尾开始切除质量值低于阈值的碱基。 CROP: reads 的末尾切掉部分碱基使得 reads 达到指定长度。

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Shiro 进阶之数据库读取过滤器链

我们之前使用过滤器链都是在 XML 中手动添加和维护的,本章我们来介绍下如何数据库读取这些过滤器配置,这样做的好处是便于维护,且可以通过程序来添加过滤器配置,因为我们只需要添加一条记录到数据库即可。...filterChainDefinitionMap) { this.filterChainDefinitionMap = filterChainDefinitionMap; } 这样我们就可以创建一个类,他数据库读取权限数据组成一个...buildFilterChainDefinitionMap() { LinkedHashMap map = new LinkedHashMap(); // 这里根据自己使用的数据库查询...return map; } } 使用 LinkedHashMap 的原因是为了保证插入顺序有序,具体连接数据库和查询代码这里就不在演示了,自行根据项目使用的 ORM 框架来实现。...-- shiro 过滤器, 要与 web.xml 中的 Filter Name 相同--> <bean id="shiroFilter" class="org.apache.shiro.spring.web.ShiroFilterFactoryBean

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illumina数据质控过滤

背景 我们拿到测序的原始数据后,其实并不是所有的都是能用的数据,我们需要先做质控与过滤。首先认识下碱基的指标Q20(百分之一出错率),质量值>=Q20:好碱基,质量值<Q20:坏碱基。...fastqc -f fastq -o illumina_qc/ illumina_1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz 碱基质量分布图 碱基含量分布图 二、数据过滤...学习目标: 1、知道为何要进行数据过滤; 2、掌握数据过滤的内容; 3、掌握数据过滤软件 fastp 以及 SOAPnuke 的使用; 4、了解其他过数据滤软件...; 利用 fastp 进行数据过滤 fastp 数据过滤 fastp -i illumina_1.fastq.gz -I illumina_2.fastq.gz -o clean.1.fq.gz -O...1、不要求100%精确,原则是不影响后续分析 2、可以根据最终结果,重新过滤数据 三、过滤完质控 过滤完质控 mkdir illumina_clean fastqc -f fastq

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深入并行:数据倾斜到布隆过滤深度理解Oracle的并行

上一篇请阅读:深入并行:生产者到消费者模型深度理解Oracle的并行 数据倾斜对不同分发方式的影响 数据倾斜是指某一列上的大部分数据都是少数热门的值(Popular Value)。...大部分时候 AAS=2, 只有实例 2 的 p001 进程不断的 4 个生产者接收数据并进行 hash join.... V$PQ_TQSTAT 视图我们可以确认, 对 hash join 右边分发时, 通过 table queue 1, 作为消费者的 实例 2 的 P001, 接收了两亿七千多万的数据....Hash join 和布隆过滤 布隆过滤在并行执行计划中的使用非常普遍, 我将在本章节解释这一数据结构及其作用. 11.2版本开始, 串行执行的 sql 也可以使用布隆过滤。...Table queue 0 的数据分发结束之后, 实例 1 p008 把 31GB 数据临时空间读出, 通过 table queue 1 分发给 16 个蓝色的 PX 进程进行统计信息收集和插入操作.

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入门干货:《权力的游戏》战斗场景中搞懂数据抽样和过滤

导读: 直观来看,处理大数据的一个方法就是减少要处理的数据量,从而使处理的数据量能够达到当前的处理能力能够处理的程度。可以使用的方法主要包括抽样和过滤。...两者的区别是,抽样主要依赖随机化技术,数据中随机选出一部分样本,而过滤依据限制条件仅选择符合要求的数据参与下一步骤的计算。 ?...在大数据处理过程中,数据过滤可以采用数据库的基本操作来实现,将过滤条件转换为选择操作来实现。例如,在SQL语言中,我们可以使用select from where语句很容易的实现过滤。...▲选择相应组件 先对数据进行过滤,然后进行抽样,最终节点设计如下: ? ▲程序流图 过滤参数中,映射规则全选,过滤条件设置为:attacker_outcome = 'win',参数设置如下: ?...在运行成功节点上点击右键,选择查看数据,能够查看运行结果数据: ? ▲程序流程 过滤结果如下: ? ▲过滤结果 抽样结果分别如下: 加权抽样如图: ? ▲加权抽样结果 分层抽样如图: ?

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python过滤 Kubernetes api数据

default/endpoints services api地址 http://ip地址:端口/api/v1/namespaces/default/services 下面主要展示 endpoints api的部分数据...                        "protocol": "TCP"                     }                 ]             }         ]     }, ] } 需要提取以下数据...二、数据结构 上面的api需要提取6个字段信息,最终的数据结构如下: {     "voucher-center-master":[         {             "ip":"192.169.167.105...python3 # coding: utf-8 import sys import json import socket import ipaddress import requests """ 要求的数据格式...那么有了这些数据,就可以做端口的健康检测了!

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1.状态数据过滤隔离

在Fabric中,一般来说我们有四种隔离方法,软到硬分别是: 1.状态数据过滤隔离 我们知道状态数据都存储在一个KV数据库,而我们可以通过构建特定的前缀实现数据存入和数据查询时的过滤。...优缺点: 这样做可以实现一种逻辑上的数据隔离,实际上所有租户的链上数据都存在同一个区块链中,只是根据调解过滤而已,具有数据泄露的风险,还有因为某租户高频交易导致整个区块链交易大量堆积,排队等待打包的情况...而且以后想单独把某个租户的所有数据独立出来基本上是不现实的。 2.通道隔离 我们为每个租户都创建一个对应的通道,由于通道与通道之间是数据隔离的,所以可以实现租户之间的数据隔离。...优缺点: 这样做最大的好处是实现了真正意义上的租户之间的物理隔离,不同租户使用不同的服务器,但是部署非常麻烦,加入网络、建立通道、部署合约、创建网关等等都需要新做一遍。...4.链隔离 这是终极隔离方案了,每来一个租户,我们就创建一条全新的链,也就是说机器到所有节点都是独立存在的,每个租户之间没有任何关系,如果真有关系可能就是在同一个BaaS平台上被管理吧。

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过滤数据,让世界更美好!

目录 前言 GROUP BY 的基本用法 HAVING 的基本用法 前言 《如何精准获取你想要的数据?——过滤大法好!》...一文,同大家分享了过滤查询的基础语句,WHERE 过滤查询及 LIKE 模糊查询,但是这些数据查询之后可以直接用吗?有的能,有的不能。...基本统计汇总函数含义 MAX() 统计最大值 MIN() 统计最小值 COUNT() 计数,如果需要对计算列进行去重,则 COUNT ( DISTINCT 列名) AVG() 计算平均数 SUM() 汇总数据...FROM db. tbl_name GROUP BY 列名 HAVING SUM(列名 2 ) 限制条件; #例子:统计各个顾客的购买金额超过 40 的数据信息...HAVING 小结: WHERE 是在数据分组前前对记录进行筛选,HAVING 是在数据分组结束后的结果里进行条件筛选 HAVING 后面可以跟聚合函数 写在后面:其实,今天分享的两篇学习日记,有很多没有细化的部分

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Genesis框架入门到精通(6):过滤

与关于动作的子系列一样,第一篇旨在解释实际的过滤器函数,因为过滤器函数本身与动作函数并没有明显的不同,本文会将大幅引用什么是动作?里的内容 。 废话完了,让我们开始吧。 什么是过滤器?...过滤器只能用来修改已被执行了过滤器的内容。 执行过滤器 许多人常犯的错误是认为可以任何函数都可以被过滤。这是因为常常会有一个与“过滤器的名称”匹配的函数。...在Genesis框架和WordPress中有大量的过滤器。Genesis也使用了一些WordPress过滤器,所以我们来谈谈怎么使用过滤器。...首先,要有一条用来添加或删除过滤器的指令,然后要指定一个过滤器的名称。接下来是回调函数,也就是要被修改值的函数,后面是相对于其他过滤器的优先级,是运行过滤器的顺序,以及能接受的参数的数量。...这是过滤器和动作函数之间非常重要的区别。过滤器必须要有一个最终值返回出来,而不是打印出来。有些开发者在编写时将用过滤器把内容修改了并把修改过内容打印出来而不是返回出来,这一次次的让我感到恼火。

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「R」数据操作(五):dplyr 介绍与数据过滤

在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集(2013)。...,select() 根据已知的变量创建新的变量,mutate() 将许多值塌缩为单个描述性汇总,summarize() 这些函数都可以通过group_by()衔接起来,该函数改变上述每个函数的作用域,操作整个数据集到按组与组操作...使用filter()过滤行 filter()允许我们根据观测值来对数据集取子集。第一个参数是数据框的名字,第二和随后的参数是用于过滤数据框的表达式。...chr>, air_time , distance , hour , minute ## # , time_hour 这一行代码dplyr执行了过滤操作并返回了一个新的数据框..., air_time , distance , hour , minute ## # , time_hour 比较 想要有效地过滤

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SpringSecurity入门到实战之Filter过滤器回顾

SpringSecurity入门到实战之Filter过滤器回顾 如果没有SpringSecurity这个框架,我们应该通过什么去实现客户端向服务端发送请求时,先检查用户是否登录,登录了才能访问.否则重定向到登录页面...Spring Security 对 Servlet 的支持是基于 Servlet Filter 的,所以先看一下过滤器的一般作用是很有帮助的。...以上是过滤链的使用,当所有的filter都走完后最终会发送请求到达Servlet 过滤器 Filter: 1.必须实现 Filter 接口 2.过滤器在访问 Web 资源可以对请求进行拦截,并对请求进行预处理和后处理操作...3.如,强制登录过滤器,访问 web 资源时先对请求进行登录检查,已登录可以往后访问,未登录重定向回登录页。...过滤器链 FilterChain: 1.在对一个 web 资源进行拦截处理时的多个 Filter 和 web 资源组成一个 FilterChain 过滤器链。

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筛选老师-过滤器模式:解耦逻辑,实现灵活的数据过滤

大家看名字就应该清楚 过滤器模式就是用来过滤数据的,与策略模式不同,过滤器模式属于结构型模式,这种模式允许开发人员使用不同的标准来过滤一组对象,通过运算逻辑以解耦的方式将它们连接起来。...过滤器模式可结合多个标准来获得单一标准。简单点说就是用不同的规则来过滤数据。在过滤器模式中。...主要有三种角色抽象过滤器undefined 抽象过滤器即定义了各个规则下过滤的原则 具体过滤器具体过滤器则针对每一种情况对其进行过滤过滤对象过滤对象即是过滤的主体内容上面这张图就表示了这种关系在接口中定义了一个过滤的方法...在TeacherContext中可以有这样一些属性待筛选的老师集合是否满足条件筛选所需的其余条件这样在每个实现中只需要执行过滤,返回数据就可以。...,时间过滤,年龄过滤,这样,代码的可维护性就会上一个档次注意点首先 在定义具体过滤器时应对使用尽可能低的粒度。

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