ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库，因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。...R 语言的一个缺点是每个机器学习算法都有一个相应的软件包，这大大提升了用户的学习成本。...pandas 吸取了 R 语言中数据清洗功能的优点并将其引入到 Python 中。...Python 中拥有正则表达式库re,和一个内置的字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo ? 对于许多用户来说，RStudio 是 R 语言中一款非常友好的编辑器。...在 R 语言中，我们可以利用 knitr 来创建可重复的可视化分析报告，RStudio 中很早就包含了这个功能。在 Python 中，最相近的软件库是 Jupyter。
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...一个很好的例子是ggdendro[3]，它创建系统树图但同时计算出数据以方便用户干自己想要做的事情。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...加载R包 library(tidyverse) library(lubridate) library(scico) library(ggforce) 导入数据 df <- read_csv("data.csv...gas_day_started_on)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的...2,8,2), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的...month.abb[1:12]) + scale_y_continuous(breaks=c(seq(0,8,2))) + coord_polar() + # 使用极坐标系 # 使用cowplot包中的
influence of host genetics on the rumen microbiota drive body weight variance in male Hu sheep lambs 复现论文中的fig2...没有找到论文中提供的数据，我们自己来构造数据，如何利用otu表格把数据整理成作图需要用的格式，这个今天的推文不做介绍，今天的推文只介绍已经有了作图需要用到的数据后如何作图。...首先是最外圈的数据 最外圈文字的数据 第二圈数据 第三圈的数据 与第二圈的数据格式一致 第四圈的数据 第五圈的数据 利用第三圈的数据生成 最里层连线的数据 完整的代码 library(circlize...20240610/data07.xlsx") data07 brk<-seq(0,30,2) brk circos.par(start.degree =86,clock.wise = T) ## 热图的圈参考链接...AI来拼图了 今天推文的示例数据和代码可以给推文打赏20元获取
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...源码方式安装 如果想要在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中安装 DiffBind==3.4.0，可以直接通过源码包的方式安装： > packageurl 的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。
韦恩图（venn）又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系。当然也可以进行集合运算。一般用于展示2-5个集合之间的交并集关系。...Venny http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html 这款比较漂亮，操作也很简单，但是不能根据列表大小调整生成的圆圈大小。 3....=========华丽的分割线============ 对于掌控性要求比较高的同学，可以试着自己写R代码来绘制韦恩图。...今天我们就来重现下面这篇学术论文里面的韦恩图 Fig3为韦恩图 下面我们用R里面的VennDiagram包来重现这个图 我们这里就不用原文作者的数据了，而是随机产生了4个gene list，这四个...R的UpSetR包来画Upset plot，如下
我整理了一下，大概有io包、bufio包、ioutil、os、net等。 其次，要知道这些io包的各自的定位。...我整理了一张图供大家参考： 我们大致讲解下上图： io：基础的IO库，提供了Reader和Writer接口。...其中的os包、net包、string包、bytes包以及bufio包都实现了io中的Reader或Writer接口。 os：提供了访问底层操作系统资源的能力，如文件读写、进程控制等。...ioutil：提供了一些方便的文件读写函数，如ReadFile和WriteFile。 我们以iotuil包为例，看下ReadDir函数的实现。...ReadDir函数的功能就是从一个目录中读取所有的文件列表。这个操作其实包含两步：打开文件、读取目录下的文件。ReadDir函数就把这两步做了封装，供客户端调用，是不是就更方便了。
一、通过install.packages安装 步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装 不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。 我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。
温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。...1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。
最近探索出来一个在Python中创建热力图非常高效的方法，使用folium包来创建热力图，实际效果非常赞，过程简单，代码量少。...folium包基于leaflet在线地图库封装，在R语言中leaflet的接口已经非常完善，如果你对R语言中的leaflet包api接口感兴趣，可以参考这几篇文章。...leaflet地图： 动态地理信息可视化——leaflet在线地图简介 动态地理信息可视化——散点地图系列 动态地理信息可视化——leaflet构造路径图 动态地理信息可视化——leaflet填充地图...来了，从此动态地图又多了一些乐趣~~~ folium包支持多种类型的空间可视化形式，今天这一篇仅就其中的热力密度图进行分享。...以上数据是虚构的，整体效果也没有任何意义，接下来尝试着对全球城市发展报告中中国各个城市的gdp数据进行热力图展示。
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。...sourmashconsumr/articles/sourmashconsumr.html https://grunwaldlab.github.io/metacoder_documentation/ ❞ 载入所需包..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...metacoder后的结果，其对代码做了简化；下面来通过一个案例来介绍「metacoder」包 ❞ 载入metacoder包 library(metacoder) 解析分类数据 obj <- parse_tax_data...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图
本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名） 体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...， 在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算； 然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）
深度解析NLP在文本生成中的应用：从原理到实践自然语言处理（NLP）领域中，文本生成是一项引人注目的任务，它涉及到使用计算机来生成具有自然语言风格和语法的文本。...文本生成的原理文本生成任务可以分为两个主要方向：有监督学习和无监督学习。在有监督学习中，模型通过训练数据来学习文本的分布和语言模式，以生成新的文本。...这些模型在训练过程中通过最大化生成文本的概率，从而学习到文本的语法和语义信息。2. 无监督学习无监督学习中，生成模型通常基于变分自编码器（VAE）或生成对抗网络（GAN）等。...无监督学习方法无监督学习中，可以使用生成对抗网络（GAN）进行文本生成。GAN的生成器部分负责生成文本，而鉴别器部分负责判别生成的文本是否真实。...从基础的有监督学习到无监督学习，使用现代NLP技术可以构建出强大的文本生成系统。通过深入研究NLP的原理和实践文本生成的代码，我们可以更好地理解并应用这一领域的知识，为未来的文本生成技术做出贡献。
欢迎关注R语言数据分析指南 加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(magrittr) library(WGCNA) library(linkET...# 转置 datExpr0 <- t(gene_exp) # 缺失数据及无波动数据过滤 gsg 的缺失数据比例阈值...datExpr <- datExpr0[gsg$goodSamples, gsg$goodGenes] WGCNA绘制模块热图 MEs2 % dplyr::select(1:20)...zlim = c(-1,1), main = paste("Module-trait relationships")) 绘制模块热图...2)) + scale_colour_manual(values = color_pal(3)) + guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r"
需求 使用snpEff软件对vcf格式文件进行注释后会生成一个snpEff_summary.html;这个文件是对vcf格式文件中的内容进行的统计，结果会以表格和图片的形式在html文件里展示。...我现在想把html中的数据提取出来，自己来做图。...14517732/how-to-get-table-data-from-html-table-in-xml How to get table data from html table in xml 使用R语言的...XML包 使用到的R语言代码 library(XML) doc<-htmlParse("snpEff_summary.html") total_table<-getNodeSet(doc,"//table...") # 以上代码是固定的写法 # 下面的代码想获得第几个表格，中括号中的数字就改成几 df3<-readHTMLTable(total_table[[3]]) df3 class(df3) 结果以数据框的形式存储
本文主要讲解了从第一代微服务架构，到以springcloud为代表的第二代微服务架构，再到k8s为代表的容器技术服务架构的演进过程。 1、ICE分布式基础架构平台 ?...服务编排：服务编排主要有icegrid采用xml的方式进行定义服务部署拓扑，通过命令行工具一键发布； 服务管理：icegrid中的服务运行在icebox容器中，由容器管理服务的整个生命周期，包括启动，停止...pod中的运行时容器类似于icebox； Kubernetes node中的Service类似于icebox中的Service； Kubernetes中的API Server相当于ICE中Registry...； Kubernetes中的命令行和界面工具类似于ICE命令行和IcegridAdmin界面。...提前祝大家2020年： 雾霾都散去 好事都到来 逝者不可追 来者犹可期 推荐阅读： Kubernetes排障指南 从零搭建Kubernetes下的nignx和tomcat Kubernetes中如何使用
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