通常 dplyr 和 R 更适合对列进行操作,而对行操作则显得更麻烦。这篇文章,我们将学习围绕rowwise() 创建的 row-wise 数据框的 dplyr 操作方法。
因子在 R 中用于处理分类变量。从历史上看,因子远比字符串更容易处理。因此,R 基础包中的很多函数都自动将字符串转换为因子。
使用rbind(),操作同cbind() 加和 colSums() 或 rowSums()
tibble 是一种简单数据框,它对传统数据框的功能进行了一些修改,其所提供的简单数据框更易于在 tidyverse 中使用。
除了函数,减少重复代码的另一种工具是迭代,它的作用在于可以对多个输入执行同一种处理,比如对多个列或多个数据集进行同样的操作。
tibble是一种简单数据框,它对data.frame的功能进行了一些修改,更易于使用。本文将介绍tidyverse的核心R包之一——tibble包
tibble 是一种简单数据框,相对于传统的data.frame做出了一些修改。tibble 包是tidyverse 的核心 R 包,其所提供的简单数据框更易于 在 tidyverse 中使用。
是用于清洗数据的工具,如dplyr一样,其中每一列都是变量,每一行都是观察值,并且每个单元格都包含一个值。 “ tidyr”包含用于更改数据集的形状(旋转)和层次结构(嵌套和“取消嵌套”),将深度嵌套的列表转换为矩形数据框(“矩形”)以及从字符串列中提取值的工具。它还包括用于处理缺失值(隐式和显式)的工具。
str_detect:用来匹配字符中的字母,返回布尔值 str_count():匹配字符,返回匹配的个数
在R中更易于处理的数据形式是data.frame,list并不是太好处理,常用操作就是对它进行循环迭代。
假设数据以 tibble 格式保存。数据集如果用于统计与绘图,需要满足一定的格式要求,(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data),基本要求是每行一个观测,每列一个变量,每个单元格恰好有一个数据值。这些变量应该是真正的属性,而不是同一属性在不同年、月等时间的值分别放到单独的列。
将你的数据整理好是一个可敬的、某些情况下是至关重要的技能,所以作者使用了数据木匠这个词。这是本书最重要的一章,将涉及以下内容:
发现自己的R语言的基础还是相对弱很多的,通过对前面的肺癌单细胞文章代码的学习,也在巩固自己的R基础。今天是需要对昨天test的icitools的R包进行自己的数据分析。
purrr中有多个迭代函数,可以用于快速解决循环迭代的问题,purrr中常用的迭代函数有map、map2、walk、reduce等等。
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法,包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats。出版有《R for Data Science》(中文版《R数据科学》),这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。
使用机器学习和过股票价格来预测下一个时期的价格或方向并不是什么新鲜事,它也不会产生任何有意义的预测。在这篇文章中我们将一系列资产的时间序列数据分解成一个简单的分类问题,看看机器学习模型能否更好地预测下一个周期方向。目标和策略是每天投资一项资产。其资产将是机器学习模型最有信心在下一个上升Ť+1期间股价上涨的资产。换句话说,我们对机器学习模型给出最大预测概率的资产进行投资,即给定资产明天将升值。也就是说,如果模型预测在第t天,GOOG的资产将以0.78的预测概率高于之前的收盘价,并且还预测AMZN将以0.53的概率上升,那么我们今天将投资于GOOG。我们每天只投资一项资产,该模型可以扩展到卖空、多资产购买和多周期等。
很多人推荐《R语言实战》这本书来入门R,当然,这本书非常不错,我也是通过这本书开始接触的R。这种入门的学习路径属于base R first,学习的流程基本是先了解变量的类型、数据的结构,再深入点就会学到循环与自定义函数。有些类似于先认识编程,再按照数据处理、可视化、统计分析等应用方向开始下一个学习的旅程。
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
其实map 除了对向量有用,也可以作用于数据框或矩阵类型,相当于把其中的每一列作为一个单独的元素来看,有点像按列的apply:
一般来讲,我们想要使用TCGA数据,大概有三种方法,一是直接从GDC官网或官方下载工具gdc-client下载文件后自行处理,二是使用数据库如UCSC Xena或Firehouse,三是使用TCGAbiolinks R包自动下载并处理。
除此之外,还有两种不常见的:参见:https://www.cnblogs.com/mfrank/p/14051513.html
本篇描述了如何计算R中的数据框并将其添加到数据框中。一般使用dplyr R包中以下R函数:
dplyr中的across函数取代了之前的xx_if/xx_at/xx_all,用法更加灵活,初学时觉得不如xx_if/xx_at/xx_all简单易懂,用习惯后真是利器!
可以看到如往常一样,中文字符也是以方块的形式展示,但是如果我们点击Export将其导出为pdf格式可以看到中文字符正常显示了,如下图所示。
如果R的版本够的话,需要预装knitr,rmarkdown,同时你点击R notebook就会直接帮你加载。
核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats,它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。
没有特别系统的学习 tidy evaluation 这方面的高级操作,最近有空准备补一补,学习下这方面的知识。
如今数据分析如火如荼,R与Python大行其道。你还在用Excel整理数据么,你还在用spss整理数据么。
最近知乎热议:R和Python谁更优雅的问题,或者谁更适合数据分析的问题,各种讨论,非常值得一看:
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集(2013)。
是不是总觉得会开发 R 包的都是大佬呢?其实你也可以,今天我们就为你揭开 R 包开发的神秘面纱!开发本文介绍的这个 R 包仅仅一些一些 R 语言的基础!
这么久以来,这是我最喜欢的一个R脚本,解决了我一直以来函数编写的问题,以前都是使用eval(parse(text=“代码字符串”))来实现自定义函数的传递功能,另外R for data science,这本书贵不贵?,想买一本看看。
单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵
dplyr包在数据变换方面非常的好用,它有很多易用性的体现:比如书写数据内的变量名时不需要引号包裹,也不需要绝对引用,而这在多数baseR函数中都不是这样的,比如:
数据框的本质是一个由向量构成的列表,由于列长度相同,所以可以当做矩阵进行访问和操作。比如选择满足特定条件的行,使用[]符号,第一个参数提供一个逻辑向量,第二个参数留空。
参见:https://mp.weixin.qq.com/s/VOE3wV4-p_u72pH6Is0gsQ
本示例数据集很小,实际中数据量很大,可以根据使用filter()函数筛选出后续需要的“行”子集。
以map开头的一系列函数接受向量为输入,对向量的每个元素进行函数运算,再返回一个新的向量,这个新的向量的长度和原来的一样长,向量元素的名称也是一样的;输出向量的类型由map函数的后缀来表明:
原文地址:https://suzan.rbind.io/2018/02/dplyr-tutorial-3/ 作者:Suzan Baert 这是系列dplyr系列教程中的第三篇博客文章。 在这篇文章中,我们将介绍如何挑选您的数据。 除了filter的基础知识外,它还介绍了一些更好的方法,用near()和between()挑选数字列,或用正则表达式过滤字符串列。
使用R读取txt文件直接使用read.table()方法进行读取即可,不需要加载额外的包。
可以看到我们将Y轴文本移至了右边,因此标签也需要定义到右边axis.title.y.right
大家好,本文为R语言数据处理120题系列完整版本。作者精心挑选120道数据处理中相关操作以习题形式发布,一共涵盖了数据处理、计算、可视化等常用操作,并对部分题目给出了多种解法与注解。动手敲一遍代码一定会让你有所收获!
本文档通过一些探索性数据分析来制定河流的评级曲线和流量预测。目的是利用 (1) 在底部安装单元的定期部署期间测量的瞬时流量和 (2) 来自长期部署在河流中的水位数据记录器的瞬时深度测量,以创建和更新评级曲线。额定曲线将用于计算 HOBO 压力传感器部署期间(大约 1 年)的流量。所得数据将用于创建和验证河流 10-15 年期间的回归和 DAR 流量估计。
-(3)注意:之前提到过,矩阵的某一列不能单独转换数据类型,需要把矩阵转换成数据框再转换某列的数据类型;或者把这列单独提取出来再转换其数据类型;
上次推文,我们通过数字和字符进行了简单的行筛选,今天我们继续来探讨 filter()的进阶用法
同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用,但是通过拷贝和粘贴的方式进行的话既枯燥就容易产生错误。
原博客简介:Predictive Hacks是与数据科学相关的在线资源中心。该博客是由一群数据科学家运营,专注于讲解在各种领域如何运用大数据技术(从机器学习和人工智能到业务领域)。
报错信息表明rcorr函数在尝试计算Spearman相关性时遇到了问题,原因是数据中的某些变量(列)的观测值数量不足以进行相关性分析。具体来说rcorr 函数要求每个变量至少有5个观测值来计算相关性。
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