大家应该在很多文章中看到类似箱线图或者小提琴形状的散点图。有时候的确给文章增彩不少，这种图就是抖动散点图。...今天我们给大家介绍一个绘制抖动散点图的R包ggbeeswarm，但是呢，如果真正多样化绘制还需要ggplot2的协助。...那么也就是我们需要两个包来完成我们抖动散点图的绘制：ggbeeswarm和ggplo2。具体安装我们不再赘述，ggplot2的使用可以参考我们前面的《R语言绘图之ggplot2》。...library(ggplot2) library(ggbeeswarm) set.seed(12345) n<-100 dat<-rnorm(n*2) 接下来我们绘制简单的抖动散点图： labs散点图不是所有的都会绘制出来很好看，这就需要我们自己去实践，下面是对不同个数样本的数据的绘制，到时候可以根据自己的数据选择是否适合，毕竟美观才是我们的目的。
散点图 散点图在生物信息分析中是应用比较广的一个图，常见的差异基因火山图、功能富集分析泡泡图、相关性分析散点图、抖动图、PCA样品分类图(后续推出)等。凡是想展示分布状态的都可以用散点图。...横纵轴都为数字的散点图解析 绘制散点图的输入一般都是规规矩矩的矩阵，可以让不同的列分别代表X轴、Y轴、点的大小、颜色、形状、名称等。...盗取火山图绘制一文中的图来显示个真正的火山图吧。这样一步步绘制很麻烦，去看一步法吧。 ?...横纵轴都为字符串的散点图展示 输入数据格式如下 这个数据是前面讲到的FASTQC结果总结中的直观的查看所有样品测序碱基质量和GC含量的散点图的示例数据。...一网打进散点图绘制 假如有一个输入数据如下所示(存储于文件scatterplot.xls中) Samp Gene1 Gene2 Color Size GC_quality
如果我们将气泡图的三维数据绘制到三维坐标系[1]中，通常称其为三维散点图，即用在三维X-Y-Z图上针对一个或多个数据序列绘出三个度量的一种图表。...有关散点图前几部分系列可见（可跳转）： 趋势显示的二维散点图 分布显示的二维散点图 气泡图 R 中scatterplot3d包的scatterplot3d()函数、rgl包的plot3d()[2]函数、...plot3D包的scatter3D()函数等都可以绘制三维散点图。...绘制箱子型box = TRUE;旋转角度为theta = 60, phi = 20;透视转换强度的值为3d=3;按照2D图绘制正常刻度ticktype = "detailed";散点图的颜色设置bg="...加入第四个变量 上图可以看出三者之间的关系，但是如果要加入第四个变量（Petal.Width）该怎么绘制到三维散点图中？ 方法一:可以将变量Petal.Width映射到数据点颜色中。
散点图用于描述两个连续性变量间的关系，三个变量之间的关系可以通过3D图形或气泡来展示，多个变量之间的两两关系可以通过散点图矩阵来展示。 1....高密度散点图 2.1 smoothScatter()函数 基础包中的smoothScatter()函数，可以利用核密度估计生成用颜色密度来表示点密度的散点图。...例如，使用hexbin()来绘制高密度散点图，六边形的颜色深度表示散点的密度。...三维散点图 三维散点图用于对三个变量之间的交互关系进行可视化，scatterplot3d包中的函数scatterplot3d()，可以用于绘制三维散点图： scatterplot3d(x, y=NULL...基础包中的symbols()函数用于绘制气泡图： symbols(x, y = NULL, circles=radius, squares, rectangles, stars, inches = TRUE
R语言绘制基因表达基因的“对称散点图 转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。...提到散点图，常见的还有另一种展示差异表达基因的样式：横纵坐标轴可分别代表两组基因表达均值，这种风格可以更方便直观对比基因在两组中的差异状态。...接下来通过该示例文件，展示使用R语言绘制差异基因表达“对称散点图”过程。 2 数据预处理 首先对数据做一些预处理。...第一种类型是将基因按上调、下调或不显著类型着色，便于从图中辨认差异基因。我们使用ggplot2的方法绘制差异基因散点图。...图中的虚线代表了|log2FC|=1时的阈值线。 在该图中，我们可以很轻松地观察差异基因整体分布状态和数量比较的信息。 4 绘制差异基因散点图，颜色表示p值 上图中没有将p值信息展示出。
引言 本期推文，我们使用 R-ggplot2 绘制学术拟合散点图，关注公众号并后台回复"资源分享"即可获取包括本篇教程的数据及其他绘图教程的Python代码和对应数据 ? ? 。 02....R-ggplot2 绘制 （1）默认格式 我们首先使用ggplot2 的基本设置对数据进行散点绘制，这里散点形状 shape=15 为黑色方块。...（3）添加R2、误差线、误差统计等统计指标 这里就体现出R-ggplot2 绘制图表的灵活之处了，我们使用 ggpubr 包中的stat_cor()和stat_regline_equation() 直接绘制...（4）样式更改 还是和 Python-matplotlib 绘制一样Python-matplotlib学术散点图绘制 ，我们通过定制化修改进行散点图样式的更改，具体代码如下： library(ggpubr...到这里，一幅符合学术出版的相关性散点图就绘制完成了，我想需要绘制的图表元素应该都体现出来了 ? ? 03. 总结 R-ggplot2 绘制相关性学术散点图还是很方便的(毕竟有好多优秀的第三方包
本期开始陆续推出基础图表的绘制推文教程，也算是自己的一个基础知识积累和巩固，希望和大家一同学习进步。...这期的推文是关于散点图的绘制，主要知识点如下： R-ggplot2 散点图绘制 ggplot2 散点图美化 （毕竟好看的图表设计会使人眼前一亮，当然也会增加自己的学习兴趣） R-ggplot2 散点图绘制...数据预览 ggplot2 对于绘制目前所见的图表都是有对应的绘图函数可以绘制，后面我们陆续介绍。...ggplot2 散点图美化 hrbrthemes 主题美化包 hrbrthemes 包作为一个优秀的ggplot2第三方包，其强大的绘图主题设置(字体、背景、网格等绘图属性)功能可以帮你节省宝贵的时间，...，这部分掌握了，网上的那种优秀且常见的图例就可以绘制出来了。
可先阅读文章：R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数 1.利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数的基本格式如下： plot(x,y,...) plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标...；函数中的...为附加的参数。...3.其他散点图函数 除了上面的包和函数可以绘制散点图外，还有一些包也可以绘制复杂性的散点图。比如说car包中的scatterplot()函数和lattice包的xyplot()函数。...car包中的scatterplot()函数增强了散点图的许多功能，它可以很方便地绘制散点图，并能添加拟合曲线、边界箱线图和置信椭圆，还可以按子集绘图和交互式地识别点。...# 包含x、y或两者都有的列表；指定散点图中点的水平和垂直坐标的抖动因子； cex # 设置绘图字符的大小，默认为1； # 其他参数为cex.axis、cex.lab、cex.main和cex.sub
ECharts中dataZoom组件及散点图的绘制 dataZoom 组件是对 数轴（axis） 进行『数据窗口缩放』『数据窗口平移』操作。...dataZoom 组件现在支持几种子组件： 内置型数据区域缩放组件（dataZoomInside）：内置于坐标系中。...入口和配置项均在 toolbox中。 在代码中加入dataZoom组件 中第三列的数据) return val[2] * 40; //用回调函数控制点的大小(请查看官方文档)...}, data: [//data中第三个参数控制点的大小 ["14.616","7.241","0.896"],
前两期分别介绍了R-ggplot2 基础散点图R-ggplot2 基础图表绘制-散点图和 Python-seaborn基础散点图Python-seaborn 基础图表绘制-散点图 的绘制方法，较为系统的介绍了绘图的基础语法...本期的推文就使用R-ggplot2进行一个较为经典的图表仿制，也是自己一直想制作的图表。...主要涉及的知识点如下： geom_smooth()绘制拟合线 ggrepel::geom_text_repel()绘制不重叠文本 ggplot2 + ggrepel 图表再现 这期的推文绘图示例我们使用的是经济学人经典的一张图表...接下来我们就使用ggplot2 + ggrepel 包进行再现，首先，我们预览下本期数据(数据都已经进过处理，也就是简单的数据替换和选择，Python的pandas包和 R的dplyr等包都可以进行处理...，但还是存在部分细节之处没有很好的仿制，这里我么只学习绘图技巧啊) 总结 本期推文我们进行了散点示例图的绘制，主要目的还是进行图表技巧的练习，希望可以给大家提供些绘图灵感。
加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) 导入数据 df <- read_tsv("data.txt") 数据可视化 df %>% ggplot(aes(case_control...函数 aes() 指定数据帧中哪些列应用于图表美学。...❞ geom_jitter(aes(fill=case_control,color=case_control), pch=21, width=0.1, size=2) ❝向图表添加了一个抖动散点图。...fill 和 color 美学设置为 case_control，这意味着点的填充和颜色将基于该列的值。参数 pch 指定点的形状，width 指定点的宽度，size 指定点的大小。...❞ 自定义函数绘图 ❝上方给出了该图像绘制的代码及解释，那么我们也可以将其写成一个函数使其居然通用性，下面针对会员朋友小编将介绍如何定义函数绘制此图，代码见会员群文档。 ❞
x、y、z和w，代码y~.可展开为y~x+z+w -减号，表示从等式中移除某个变量，eg：y~(x+z+w)^2-x:w可展开为y~x+z+w+x:z+z:w-1删除截距项，eg：表示y~x-1拟合y...在x上的回归，并强制直线通过原点I（）从算术的角度来解释括号中的元素。...综合上述，对一个拟合的检验有三种统计量衡量，分别为t,F,和R方，在R中如下图所示： eg： fit<-lm(weight~height,data=women) summary(fit) > summary...residuals(fit)#拟合模型的残差值 绘制带回归线的散点图 fit<-lm(weight~height,data=women) summary(fit) myintercept<-fit...)+ geom_point(size=5,color="red")+ geom_abline(slope=myslope,intercept=myintercept) image.png 绘制带残差显得散点图
本期推文就介绍一篇关于使用ggplot2 绘制带有颜色映射的相关性散点图，本期涉及的知识点如下： stat_bin_2d()绘制密度颜色映射 geom_smooth() 绘制拟合线 颜色映射相关性散点图绘制...这里大部分和推文R-ggplot2 学术散点图绘制 中的绘图技巧一样，下面我直接给出代码,如下： #绘图 + 颜色 library(tidyverse) library(RColorBrewer) library...最终，得到的可视化结果如下： ? 这里提一下，由于绘制的数据较少，可能导致绘制的结果不太美观，当然，在数据足够多的情况下，你也可以绘制出如下的相关性散点图： ?...（图中colorbar的位置、字体都是可以自由设置的啊） 总结 使用R-ggplot2绘制学术图表确实可以避免Python-matplotlib需要自定义设置问题，提高绘图效率。...大家在绘制图表时，可以根据而自己喜好自由选取喜欢的绘图工具啊。
本文介绍基于Python语言的matplotlib模块，对Excel表格文件中的指定数据，加以密度散点图绘制的方法。 首先，明确一下本文的需求。 ...其中，对于名称为26的这1列（左侧紫色框内数据），我们希望提取其数值等于1的所有行，并对这些行中的NIR_predict列与NIR_true列（右侧紫色框内数据）的数值加以密度散点图的绘制。 ...随后，使用pd.read_csv()从.csv格式文件中读取数据，并存储在名为data的DataFrame中。...通过筛选条件data["26"] == 1从DataFrame中获取符合指定条件的数据，并分别存储在x和y中。 ...可以看到，我们已经绘制得到了指定数据之间的密度散点图。
之前的推文介绍过ggplot2绘图添加椭圆分组边界和圆形分组边界，借助的函数分别是 stat_ellipse() ggforce包里的geom_circle()函数 今天查找桑基图的资料的时候发现了一份介绍...ggforce这个包的使用方法的文章 https://rviews.rstudio.com/2019/09/19/intro-to-ggforce/ ，发现发现添加分组边界还有其他的实现方法，今天的推文记录一下...示例数据就直接使用R语言内置的鸢尾花数据集 首先是矩形的分组边界 使用的是 geom_mark_rect() 函数 df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) library...image.png 添加圆形的分组边界 使用到的是geom_mark_circle()函数 df<-iris colnames(df)<-paste0("V",1:5) library(ggplot2)...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本
方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。...那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。 本次绘图工具：RStudio。 RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...ggpointdensity是这次绘制密度散点图的包。...知乎的这篇文章：https://zhuanlan.zhihu.com/p/109468400，详细介绍了R和Rstudio的安装，大家可以参考一下。 接下来打开RStudio来完成这幅图的绘制。
加载R包 library(tidyverse) library(ggtext) 导入数据 df <- readr::read_csv('data.csv') 构建标签数据 labs Season 3")) 数据可视化 ggplot(df, aes(x = Episode_order)) + # 为y轴的值添加文本注释...(y = F_count_total, fill = as.factor(Season)), alpha = 0.8, show.legend = FALSE) + # 添加柱状图，表示RK的计数...8) + # 手动设置填充颜色 scale_fill_manual(values = c("#788FCE","#E6956F","#A88AD2")) + # 设置y轴的范围和间隔
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%
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