它既是一个 R 包，也是一个 Shiny 应用。我们以 Shiny 应用为主，这样可以将分析功能提供给无任何编程经验的用户。...在线使用 我们借助Hiplot平台发布了Shiny插件，大家无需安装，打开浏览器，输入https://shiny.hiplot.com.cn/ucsc-xena-shiny/即可使用。...安装和使用 我们可以通过非常多的方式下载和安装到本地或者自己的服务器上，这样个人或者研究组都能够本地部署Shiny用起来，也可以通过包提供的函数接口进行编程使用。 方式1：使用docker。...conda install -c conda-forge r-ucscxenashiny 方式3：从CRAN/GitHub/Gitee上下载安装。...大部分下载和分析数据的功能都可以在R里面通过函数调用 ? 不会使用，还有视频：https://space.bilibili.com/11553374/channel/detail?
它既是一个 R 包，也是一个 Shiny 应用。我们以 Shiny 应用为主，这样可以将分析功能提供给无任何编程经验的用户。...在线使用 我们借助Hiplot平台发布了Shiny插件，大家无需安装，打开浏览器，输入https://shiny.hiplot.com.cn/ucsc-xena-shiny/即可使用。...安装和使用 我们可以通过非常多的方式下载和安装到本地或者自己的服务器上，这样个人或者研究组都能够本地部署Shiny用起来，也可以通过包提供的函数接口进行编程使用。 方式1：使用docker。...conda install -c conda-forge r-ucscxenashiny 方式3：从CRAN/GitHub/Gitee上下载安装。...诸多泛癌分析功能模块 下面是一些截图： 大部分下载和分析数据的功能都可以在R里面通过函数调用 不会使用，还有视频：https://space.bilibili.com/11553374
一、简介 shiny是R中专门用于开发轻量级web应用的框架，在本地写一个shiny应用并调用非常方便，但如果你希望你的shiny应用能够以远程的方式提供给更多人来使用，就需要将写好的shiny应用部署到服务器上...但更为自由，且从0开始自己动手的过程又何尝不是一种极大的乐趣呢，本文就将针对在ubuntu 16.04服务器上部署shiny server的流程进行详细的说明； 二、环境配置 2.1 服务器配置说明 ...wq完成写入并退出过程： ? ...其实可以在服务器中输入wget 下载链接 来下载对应的文件，但是无奈这样下速度太慢，于是我在本地电脑用了之后以很快的速度下载了Rstudio的geb文件，然后用pscp上传到我们的服务器上的指定目录下：...接下来安装shiny server，同样的在本地从官网下载对应的geb安装包，然后用pscp上传到指定目录下： ?
R海拾遗-shiny4 概述 shiny基础终章，shiny反应表达式学习 代码 在工作目录中创建一个名为stockVis的新文件夹 下载以下文件放在stockVis中 app.R：https://shiny.rstudio.com...解析app.r包 # 导入包 library(shiny) # 导入需要计算的函数 library(quantmod) # 导入计算通货膨胀的函数 ---- source("helpers.R")...Information will be collected from Yahoo finance."), # 输入文本 textInput("symb", "Symbol",..."yahoo", from = input$dates[1], to = input$dates[2], auto.assign = FALSE) }) 反应表达式可以缓存值，并知道值何时已经过时...第一次运行反应表达式时，该表达式将其结果保存在计算机的内存中。
利用switch函数，可以输入以下代码： data <-read.csv( switch(animal, "dog" ="dogdata.csv", "cat" ="catdata.csv...", "rabbit" ="rabbitdata.csv")) 当需要根据一个或多个输入菜单选择在Shiny应用程序中加载不同的数据集甚至环境文件时，这个技巧非常有用。...R Shiny中的req函数和validate函数 R Shiny常常让人崩溃，特别是在弹出一般性错误提醒而程序员又一头雾水的时候。...随着Shiny的发展，越来越多的验证函数和测试函数加入了Shiny，帮助程序员更好地诊断和提醒错误。 当操作环境中没有其他变量时，req（）函数可以悄无声息地阻止一个操作的发生，并且不弹出错误提醒。...具体来说，需要在R Markdown文件的YAML标头中设置参数，并给每个参数赋值。
app的结构 一个shiny app分三个部分 一个用户界面对象 用户界面(ui)对象控制app的输出和外观 一个server函数 server 函数包含让计算机构建app的指令 调用shinyApp...函数 最后，shinyApp 函数根据上面的那对ui和server创建一个shinyApp 项目 library(shiny) # 一个用户界面对象 ui <- fluidPage() # 一个服务函数...runApp和其他R中的许多函数(read.csv, read.table)一样，第一个参数的是从工作目录到app的目录的文件路径，以上代码假设my_app文件夹包含在你的工作路径，因此，只需要输入文件夹的名字...改改代码练习一下 在工作目录创建一个新的文件夹App-1，用上面的代码创建一个app.R,看起来像这样 # 输入命令启动一下看看 runApp("App-1") 终止app并尝试做如下更改 1.把标题从...2.设置滑块的最小值为5 3.把直方图的边框颜色从白色改成黄色 改好了看看能否出现下面的结果吧，我成功了哦 默认情况下，app以"normal"模式展示，就像上图一样。
在仪表盘中添加 Shiny，可以利用viewers更改参数，并显示实时结果。...或者当仪表盘的数据发生变化时，让仪表盘进行实时更新(请参阅 shiny 包中的 reactiveFileReader() 和 reactivePoll() 函数)。...需要注意的是，交互式文档需要部署到 Shiny 的服务器上，以便广泛共享(而静态 R Markdown 文档是可以附加到电子邮件或从任何标准 web 服务器提供的独立 web 页面)。...在仪表盘第一列添加 {.sidebar} 属性，使其成为 Shiny 控件输入的控制台（注：这一步不是必须的，但这是基于 Shiny 仪表盘的经典布局）。 根据需求，添加 Shiny 的输入和输出。...其中，仪表盘的第一列包含了 {.sidebar} 属性和两个 Shiny 的输入控件；第二列包含了绘制图表的 Shiny 代码。
在我们知道如何创建一系列输入和输出控件之后，我们需要学会如何在一个页面中对它们进行排列，以达到比较好的展示效果。这正是布局函数的工作，布局函数提供了一个应用高层次的可视化结构。...页面函数 最重要的布局函数是上面已经展示过的 fluidPage()，我们使用它将多个输入和输出控件组合形成一个 Shiny 应用。如果我们仅使用 fluidPage() 会是怎样的？ ?...理论上讲，fluidPage() 包含了我们创建 Shiny 应用布局的一切，我们可以将之前学习过的各种输入输出控件扔进去。当然，想真正创建一个好的应用是远远不够，我们需要学习更多的布局函数。...读者可以通过 https://shiny.rstudio.com/gallery/shiny-theme-selector.html 查看更多的 Shiny 主题并查看效果。...所有的输入、输出、布局函数都返回 HTML，如果我们从 R 的控制台运行下面的代码就会看到返回的 HTML 内容。
widgets widgets 是可交互网页元素，让用户用它们控制app Shiny 小部件widgets 从用户手里收集值，当用户改变小工具的时候，值也会变 控制小部件 如图有各种小部件，shiny有一系列的小部件...，每个都可以用直白命名的R函数创建，例如函数actionButton 用来创建 动作按钮 （Action Button），函数 sliderInput 创建 一个 滑块 （slider bar） 下表是常见的小部件...或 mainPanel 函数中 每个widget 函数都要几个参数，每个widget的前两个参数一定是： widget的名字name：用户不会看到这个名字，但是可以用它获取widget的值，应该用字符串...当然此篇只要了解他们的作用就行了，不必了解这种复杂的布局方案 练习 尝试写个如图所示的界面（答案很长放在后面，但是一定一定要先自己做一遍哦） 小节回顾 shiny提供一个函数家族来创建这些小工具 每个小工具的函数都需要...app中 访问这个网站，图库中展示了每个小部件，并演示了每个小部件的值根据你的输入而变化 选择一个小工具，并点击See Code。
前情：「R」Shiny：响应式编程（一）server 函数 一个网页应用仅有输入控件或输出控件无疑是枯燥的。Shiny 真正的魔法在于它同时包含两者。...这种编程方式用于我们的分析脚本中：我们执行命令读入数据、进行转换、可视化并保存结果。 声明式编程 - 我们表达高层次的目标或描述限制，然后依赖其他人决定如何以及何时将它们转换为行动。...读者能否发现下面 server 函数的问题呢？...然而这在 Shiny 中是没有用的，因为 Shiny 按需运行。 为了理解执行的顺序，你需要观察 响应图，它描述了输入和输出是如何连接到一起的。上面示例的响应图非常简单。 ?...执行顺序 前面我们已经提到 Shiny 服务代码是按需运行的，也就是说 server 函数中的代码顺序不会影响结果。
Shiny reactive的用法与案例展示 在Shiny中，reactive()是一个函数，用于创建一个响应式变量（reactive variable）。...当Shiny应用程序的输入参数或状态改变时，这个响应式变量会被重新计算，并返回一个计算结果。换句话说，reactive()用于定义响应式表达式，当输入参数或状态改变时，它会自动重新计算Shiny。...什么时候会用到 reactive 以下是一个简单的 Shiny 应用程序，演示了如何使用 reactive() 函数。该应用程序根据用户输入的两个数字，计算它们的和并显示结果。...reactiveVal() 函数与 reactive() 函数类似，都是用于创建响应式变量。但是，reactiveVal() 的作用对象是值而不是表达式Shiny bookdown。...reactiveValues() 函数可以用于创建包含多个响应式变量的对象，因此可以在 Shiny 应用程序中方便地管理多个响应式变量。
在本系列「R语言从入门到精通」前面的所有章节中，科研猫带领大家熟悉了R语言中的数据分析和绘图技巧。相信这些已经足够让大家在平时的学习工作中游刃有余吧。...大家需要拿到后台代码才能在本地运行本例，没有安装shiny包的同学需要先安装并载入shiny包 代码文件保存在文件夹kmeans下的app.R中，在R中运行（*此时R中的路径应在app.R的上一级，即和文件夹...上例，大家也可以通过函数runExample()来观察shiny包中内置的范例。如： > runExample(“01_hello”) shiny包中内置了11个示例，大家可以通过后台代码一一查看。...()（函数sidebarLayout()的参数position可以调整侧边栏的位置（如position=“right”时，侧边栏会出现在页面的右边））和控制主要内容的函数mainPanel()，侧边栏一般都是用于图形中的参数调整或输入...细心的同学可能会发现，两个例子中的server function结构不太一样，这是因为函数renderPlot()中的代码在每次用户改变输入参数时都会运行一次，而函数reactive()则只有在被检查的参数改变时才运行
接着我们将回顾最简单的响应式（将输入直接连接到输出），然后讨论响应式表达式如何让我们减少重复的工作。最后，我们将回顾 Shiny 初级使用者遇到的一些常见问题。...library(shiny) server 函数 学习过之前文章的读者应该已经知道，Shiny 的核心结构如下： library(shiny) ui <- fluidPage( # 前端界面 )...为了达到这样的目的，Shiny 每次启动一个新的会话，都会调用一次 server() 函数。就像其他任何 R 函数一样，每当 server 函数被调用时，它都会创建一个新的独立局部环境。...input 参数 input 参数它是一个列表结构的对象，它包含了从浏览器发来的所有输入数据，根据数据的 input ID 进行命名。...我们必须通过像 renderText() 或 reactive() 这样的函数创建的响应式语境中才能从一个输入控件中读入数据。
openxlsx：读取Microsoft Excel电子表格数据 googlesheets：读取google电子表格数据 haven：读取SAS，SPSS和Stata统计软件格式的数据 httr：从网站开放的...数据可视化 以下R包用于数据可视化： ggplot2及其扩展：ggplot2包提供了一个强大的绘图系统，并实现了以下扩展 ggthemes：提供扩展的图形风格主题 ggmap：提供Google Maps...car：提供了大量的增强版的拟合和评价回归模型的函数。...Shiny Server Open Source：为Shiny应用程序提供开源免费的服务器 Shiny Server Pro：为企业级用户提供一个Shiny应用程序服务器 rsconnect：用于将...C++的线性代数库）的接口 ---- 02 实验数据 以下R包给出了案例实战过程中可用的训练数据集： babynames：包含由美国社会保障局提供的三个数据集 neiss：2009-2014年期间提供给美国急诊室的所有事故报告样本数据
电子表格数据 openxlsx：读取Microsoft Excel电子表格数据 googlesheets：读取google电子表格数据 haven：读取SAS，SPSS和Stata统计软件格式的数据 httr：从网站开放的...数据可视化 以下R包用于数据可视化： ggplot2及其扩展：ggplot2包提供了一个强大的绘图系统，并实现了以下扩展 ggthemes：提供扩展的图形风格主题 ggmap：提供Google Maps...car：提供了大量的增强版的拟合和评价回归模型的函数。...Shiny Server Open Source：为Shiny应用程序提供开源免费的服务器 Shiny Server Pro：为企业级用户提供一个Shiny应用程序服务器 rsconnect：用于将...Library（一种C++的线性代数库）的接口 实验数据 以下R包给出了案例实战过程中可用的训练数据集： babynames：包含由美国社会保障局提供的三个数据集 neiss：2009-2014年期间提供给美国急诊室的所有事故报告样本数据
上表中最后4个输入项函数可以归为一类：控制型输入项，控制操作是否生效。...fileInput输入项 fileInput函数主要用于从本地上传数据。...downloadLink与downloadButton输入项 用于下载数据，两个输入项函数可以等价替换，downloadLink输入项函数显示的是一个下载链接，downloadButton输入项函数显示的是一个下载按钮...总结 本部分简单介绍常用的几个侧边栏的输入项函数。当你做交互式界面的时候，需要用到几个输入项函数时，累加一起使用即可。...重点注意输入项函数写在ui中dashboardSidebar函数中，有输入项函数就有输出项函数与之对应，输出项函数成对出现（*Output函数和render*函数），*Output函数 写在ui中的dashboardBody
输入是一个富集的 GO terms向量，以及分数向量。如果未提供分数，则 rrvgo 将 GO terms（集合）大小作为分数。 第一步是得到terms之间的相似度矩阵。...rrvgo 为此提供了 reduceSimMatrix 函数。...树状图可以帮助解释汇总结果并比较不同的 GO terms集。 treemapPlot(reducedTerms) 词云 词云是再现文本的可视化，强调在文本中频繁出现的词。...shiny app，可以从R中调用 Shiny_rrvgo() 函数来访问该应用程序。...rrvgo::shiny_rrvgo() 小编总结 rrvgo的使用整体来说是非常简单的，只要我们输入GO terms矩阵，就可以一步步得到结果，将原本繁多的富集结果进行精简，得到其中更重要的功能
＃这意味着您可以从“scream”中调用“shout”： print(scream()) # 输出: 'Yes!'...else: return whisper ＃获取函数并将其分配给变量: "talk" talk = getTalk() ＃您可以看到“talk”是一个函数对象： print...如果可以return一个函数，则可以将其中一个作为参数传递： def doSomethingBefore(func): print("I do something before then I...＃只需将其传递给装饰器，它将动态地包装在 ＃您想要的任何代码中，并为您返回准备使用的新功能： a_stand_alone_function_decorated = my_shiny_new_decorator...这很简单，只需a_stand_alone_function用以下方法返回的函数覆盖my_shiny_new_decorator： a_stand_alone_function = my_shiny_new_decorator
与输入控件一样，输出控件的第 1 个参数也是一个唯一的 ID：如果你的 UI 有一个输入控件的 ID 是 "plot"，那么你可以在后端中使用 output$plot 访问它。...前端中每一个输出控件函数对与后端的一个 render 函数对应。Shiny 中有 3 类输出控件，对应你报告中经常会使用到的文本、表格和图形。...下面将向读者介绍前端输出控件的基础，以及与之相连的 render 函数。 首先载入 Shiny。...为了帮助读者理解它们的区别，我们看下下面这个函数。该函数打印 a 和 b，并返回 "c"。R 中一个函数能够打印很多的东西，但只能返回单个值。...如果指定 click = "plot_click"，Shiny 会创建一个响应的输入 input$plot_click，利用它我们可以让图形产生交互性。
即使您拥有GitHub帐户，gist也是共享Shiny项目的一种简单快捷的方法。 操作方法： 将您的app.R文件复制并粘贴到gist网页。...您可以使用同一台Shiny Server在多个网页上托管多个Shiny应用程序，并且可以从防火墙后面部署这些应用程序。...使用RStudio Connect，您可以通过按一下按钮从RStudio IDE中进行发布，并计划执行报告和灵活的安全策略。...回顾 shiny的应用程序易于共享。您可以将应用程序共享为几个R脚本，也可以将其共享为具有自己的URL的功能完善的Web应用程序。每种方法都有其自身的优点。...任何人只要拥有R，Shiny和应用程序文件的副本，就可以启动您的应用程序。 runUrl，runGitHub和runGist使从Web链接共享和检索Shiny文件变得简单。
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