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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 treeggplot-remove-na-factor-level-in-legend ggtree(tree_1)+ geom_tree(aes(color=group...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python

4.3K40

R语言可视化—饼图

carcinoma patients with liver transplantation》中的配图，尽量复现，顺便以此夯实R语言基础操作。...首先我们从基础的极坐标绘图开始，极坐标绘图一般是先画柱形图，再转化为极坐标，如下图： library(ggplot2) # 创建示例数据 data1 <- data.frame( category...ggplot(data1, aes(x = "", y = value, fill = category))+ geom_bar(width = 1, stat = "identity") +...接下来再对这张图进行修饰即可，观察Fig.1A，知道应该做如隐藏x，y轴、移除多余的图形元素、将value值标注在对应的色块中并且居中排列、将图例放在图的下方按照两列排列并隐藏图例名称、图例外有黑边包边...ggplot(data1, aes(x = "", y = value, fill = category)) + geom_bar(width = 1, stat = "identity") +

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    56-R可视化-5-ggplot2基石三部曲之基础二

    开始前 主要为ggplot2 中的后四个部分的内容。 geometries 几何对象 不同的几何对象 image.png 几何对象的叠加 几何对象的本质，也就是画面上的不同图层。...先后顺序 但也正和图层的叠加一样，R中ggplot 的叠加也有先后顺序，后来的图层会覆盖在原来的图层上。...散点图 jitter 通过为本来重叠在同一位置的点添加随机的“抖动”，使重叠的点产生错位，也因此能够完全地显示在图像里。 柱状图 dodge 可以让组中的直方图并列显示。...") # 图例标签修改 p + labs(x = "New x label") # x轴标签 p + labs(title = "New plot title", subtitle = "A subtitle...点图覆盖在箱线图上。后设定的图层在更靠近顶层的位置。

    1.9K20

    如何更改ggplot2中堆积条形图中的堆积顺序

    博客地址：https://www.jianshu.com/u/619b87e54936 目录 R语言之可视化①误差棒 R语言之可视化②点图 R语言之可视化③点图续 R语言之可视化④点韦恩图upsetR...） R语言之可视化①⑦调色板 R语言之可视化①⑧子图组合patchwork包 R语言之可视化①⑨之ggplot2中的图例修改 R语言之可视化（20）之geom_label（）和geom_text（） R...包） R语言之可视化（26）ggplot2绘制饼图 R语言之可视化（27）通过R语言制作BBC风格的精美图片 R语言之可视化（28）蜜蜂图 R语言之可视化（29）如何更改ggplot2中堆积条形图中的堆积顺序...解决方案 堆叠在数据框的原始顺序中 ra.melt$quality <- factor(ra.melt$quality, levels = ra$quality) p ggplot(ra.melt...如果我们想颠倒堆叠顺序但同时保留图例的顺序，则使用参数* position_stack（reverse = TRUE）* p ggplot(ra.melt, aes(x = variable, y

    12.4K31

    这些条形图的用法您都知道吗？

    在R语言的ggplot2包中，读者可以借助于geom_bar函数轻松地绘制条形图。对于条形图大家对其的印象是什么呢？又见过哪些种类的条形图呢？在本篇文章我将带着各位网友说道说道有关条形图的哪些品种。...ggplot2的语法讲解 ---- 如果读者对R语言比较熟悉，一定听过或使用过ggplot2的绘图体系了。...，有两点需要说明，一方面，在ggplot2绘图过程中均采用图层思想，将多个图形进行叠加和设置；另一方面，图层思想是通过代码中的加号（+）表现出来的。...na.rm：bool类型的参数，在剔除绘图数据中的缺失值时，是否不返回警告信息，默认为FALSE； show.legend：bool类型的参数，是否显示条形图的图例信息，默认为NA，即表示显示图例；如果设置为...FALSE，则不显示任何图例；如果设置为TRUE，则显示图例； inherit.aes：bool类型的参数，绘图时是否延用ggplot函数中的数据和轴属性，默认为TRUE；根据作者的经验，如果ggplot

    5.6K10

    数据可视化的最佳解决方案：ggplot2

    本篇从R的角度介绍如何使用ggplot2包，首先给几个我觉得最值得推荐的理由： 采用“图层”叠加的设计方式，一方面可以增加不同的图之间的联系，另一方面也有利于学习和理解该package，photoshop...和对应的函数即可在R中找到函数说明文档和对应的实例 在R和Python中均可使用，降低两门语言之间互相过度的学习成本 基本概念 本文采用ggplot2的自带数据集diamonds。...一些栗子 通过实例和RCode从浅到深介绍ggplot2的语法。 1...., 点的颜色通过color列区分,alpha透明度,size点大小,shape形状(实心正方形),stroke点边框的宽度 geom_point(aes(x = carat, y = price,...更多例子 有经典的50个ggplot2绘图示例： http://r-statistics.co/Top50-Ggplot2-Visualizations-MasterList-R-Code.html

    2.7K30

    如何通过R语言制作BBC风格的精美图片

    在BBC数据团队开发了一个R包，以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形，并且使新手更容易到R创建图形。 例如： ? 加载所有所需的R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...请注意，对于折线图而言，折线的颜色或对于条形图而言是条形的颜色，并不是从bbc_style（）函数中直接获得的，而是需要在其他标准ggplot图表函数中明确设置 。...修改图例legend 移除legend 仅仅移除特定legend multiple_line + guides(colour=FALSE) 移除所有legend multiple_line + theme...添加到guide中来更改图例符号的默认外观，例如下面将增加图例符号的大小： + guides(fill = guide_legend(override.aes = list(size = 4)))) 在图例标签之间添加空格...默认的ggplot图例在各个图例项目之间几乎没有空格。

    13.1K10

    「R」数据可视化4 : 直方图条形图

    在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。...直方图例子 而条形图如下列例子统计了不同国家的样本数量。可以看到下图的柱子之间有间隔，体现出国家并非一个连续变量而是一个分类变量。 ? 条形图例子 直方图/条形图怎么画？...ggplot2提供了绘制直方图和条形图的功能，分别为geom_bar()和geom_histogram()。...从图上我们可以看到大部分的钻石都是1克拉以下，较少的钻石是2克拉以上。那用geom_bar()会怎么样呢？我们来看一看。...#加载包 library(ggplot2) #作图 ggplot(diamonds, aes(clarity)) + geom_bar() ? 从图中我们可以看到不同等级净度的钻石情况。

    2.8K20

    day4 呦呦鹿鸣——R for data science阅读笔记之ggplot（）

    R for data science1 data visualization原网址https://r4ds.hadley.nz/data-visualize#visualizing-relationshipsggplot2...，在aes()中定义使用geom_形状（）定义一个几何图形,表示数据的几何对象形状：bar-条形图；line-折线图；boxplot-箱线图；point-点对于有缺失值的数据，散点图内没有显示，但有报错...默认值为FALSE，即表示warning;更改为TRUE，即静默warning加一个变量将物种 species作为图例，用不同颜色和形状标识（兼顾色盲群体的需求）geom_point(aes(color...任一边缘落下 IQR 超过 1.5 倍的观测值的视觉点，即为异常值。一条线从框的两端延伸到分布中最远的非异常值点。...(penguins, aes(x = island, fill = species)) + geom_bar()第二个图是通过在几何中设置 position = "fill" 创建的相对频率图，对于比较岛屿之间的物种分布更有用

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    R语言可视化——ggplot的theme订制

    ggplot作图系统在R预言诸多可视化包中之所以如此的风靡，除了它拥有自己的图层理念之外，我觉得还要归功于它对于图表细节元素的灵活调整。...可是在R预言可视化这个领域内，以上图表绝对是一个烂大街的货色，怎么说呢，因为你不修改主题，它搭配的主题永远都是theme_gray ggplot(mydata,aes(Conpany,Sale,fill...=Year))+geom_bar(stat="identity")+theme_gray() ggplot(mydata,aes(Conpany,Sale,fill=Year))+geom_bar(stat...这里要强调一点，主题中是不包含颜色模板设定的，因为颜色的使用场景及类别比较复杂，会有专门的颜色标度进行设定，其实就是scale_colour_xxx()/scale_fill_xxx()进行设定（分别为点...至于图表中的颜色填充顺序和图例相反，这个问题只需追加一句代码即可： ggplot(mydata,aes(Conpany,Sale,fill=Year))+geom_bar(stat="identity"

    1.4K30

    24式R入门作图必学之barplot条形图（一）

    一、前言二、初阶图形2.1 基本条形图2.2 水平柱状图2.3 带图例的堆叠柱状图2.4 带图例的分组柱状图2.5 ggplot作图2.6 plotly作图三、进阶图形3.1 水平柱状图3.2 显著性柱状图...3.3 堆积百分比柱状图3.4 分组柱状图四、讨论一、前言柱状图又称条形图，在统计分析中的使用频率最高，也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。..."),fill = c("#1b98e0", "#353436"))图片2.5 ggplot作图#下载和加载包install.packages("ggplot2") library("ggplot2")...x = group, y = values)) + geom_bar(stat = "identity")图片2.6 plotly作图#下载和加载包install.packages("plotly...，可以绘制点图、线图、条形图、气泡图、桑基图、甘特图、树状图等。

    3.3K10

    R语言可视化——图表美化与套用主题（下）

    所以R社区的开发者就创造出了图表主题包这种半成品的图表模板，通过基础图表输出+套用订制主题来达到高效图表美化的目标。...坦白的说，这个图表足够精准、简洁、实用，无论是用在论文里还是用在报告中，都没有太大问题，至少是不算难看。...以上图表套用华尔街日报的主题模板和配色模板，看起来已经很完美了，但是图表中依然有很多不完美的地方，比如刻度线太短、单序列却添加了多余的图例、字体不太符合我们的审美。...以上过程在使用华尔街日报主题及配色包的同时，添加了我们需要的数据标签、删除了无效图例、同时加长了刻度线等图表元素。...如果你觉得柱形图的数据条间距太宽，也可以通过在在geom_bar()中利用width=0.65参数进行自定义修改。

    1.2K60

    课后笔记：ggplot2优雅的显示WB结果

    我们担心学员没那么快hold住R语言可视化高级技巧，所以介绍了两个小白神包： 新手绘图一站式R包ggstatsplot 新手绘图一站式R包之ggpubr 但是学生的表现实在是太超出我意料了，能超脱于现有的工具...「ggplot2中柱状图基本绘制函数常用geom_bar()」 参数介绍： 「data和mapping是ggplot的基本参数，数据和映射。」...关于映射的详细介绍-> 一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary...image.png 增加抖动的点图 ggplot(dat,aes(x=Group,y=Relative,fill=Group))+ geom_bar(stat="summary",fun=mean,width

    2.5K20

    R语言 基础作图

    ggplot2基础包中有一定的绘图函数，但为了满足作图的要求，可以优先考虑ggplot2*ggplot2中通过不同的geom函数生成图层，从前往后覆盖，因此需要考虑函数书写的顺序**ggplot2以+连接各个...5mm alpha = 0.5, # 透明度 50% shape = 8) # 点的形状#2.2 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性ggplot...分成不同的子图#双分面dat = irisdat$Group = sample(letters[1:5],150,replace = T) #group是新的列名，新增列名为group的列#sample函数从第一个实际参数中抽样生成长度等于第二个实际参数的向量...) + geom_bar(mapping = aes(x = cut,fill=clarity)) #堆叠式# 6.3 并列直方图ggplot(data = diamonds) + geom_bar...#合并图例（本处图例不同，不能合并，故列出可合并的代码）#patchwork <- patchwork & scale_fill_continuous(limits = c(0, 60))#patchwork

    1.4K00

    了解绘制条形图和折线图的细节

    ，每一个值都会对应一个条形 ggplot(diamonds,aes(x=carat))+geom_bar() #如果使用直方图，那么每一个条形表示了一定范围内的x ggplot(diamonds,aes...))+geom_col(width = 1)#宽点 #簇状条形图默认条形间距为0，如果要增加组内间距，可以将width设置小一点，并使position_dodge()取值大于width ggplot...+ theme_bw()+ theme( panel.grid.major.y = element_blank(), legend.position = c(1,0.55),#图例放置在绘图区中...=supp))+ geom_line() ##如果x变量是因子，那么必须同时告诉ggplot用来分组的变量 #在本例中，也可以把dose算作因子型向量（0.5，1，2） ggplot(tg,aes(...，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 把R的知识点路线图搞定，如下： 了解常量和变量概念 加减乘除等运算

    7.1K10
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