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NT_NR数据库提取子库

1 首先下载NCBI的taxonomy数据库 下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2 下载NCBI的TaxonKit软件,http://bioinf.shenwei.me...3 下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux系统也是直接解压,即可使用 4 (选择性步骤)NCBI taxonomy数据库下还有...库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #taxonomy数据库的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号...outfmt "%a %T" | csvtk grep -d ' ' -D ' ' -f 2 -P $id.taxid.txt \ | cut -d ' ' -f 1 \ $id.acc.txt 7 NT...这种NT库还原的nt.fa序列里面有很多重复的头文件,例如 所以使用的话,还需要写个perl把这些序列拆开,最终形成nt.anmail.fa.gz 8 如果直接想构建子库,那么没必要搞序列,直接运行

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NT_NR数据库提取子库

那么就有一个问题,如何选择去除污染的数据库呢? 思来想去,还是NT库入手,打算把NT库所有动物的序列或者所有小鼠的序列提取出来,做成一个子库,用来去除宿主污染。...百度了一下提取子库的方法,大多都是人云亦云,干脆还是自己整理整理。...下面是一些步骤 1 首先下载NCBI的taxonomy数据库 下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2下载NCBI的TaxonKit软件,http...库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #taxonomy数据库的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号...这种NT库还原的nt.fa序列里面有很多重复的头文件,例如 所以使用的话,还需要写个perl把这些序列拆开,最终形成nt.anmail.fa.gz 8 如果直接想构建子库,那么没必要搞序列,直接运行

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如何内存提取LastPass的账号密码

简介 首先必须要说,这并不是LastPass的exp或者漏洞,这仅仅是通过取证方法提取仍旧保留在内存数据的方法。...之前我阅读《内存取证的艺术》(The Art of Memory Forensics)时,其中有一章节就有讨论浏览器提取密码的方法。...方法 一开始还是挺简单的,寻找限制开始就变得很复杂了。...这些信息依旧在内存,当然如果你知道其中的值,相对来说要比无头苍蝇乱撞要科学一点点。此时此刻,我有足够的数据可以开始通过使用Volatility插件内存映像自动化提取这些凭证。...早在几年前,Brian Baskin就发布了一款Volatility插件,其使用yara规则用来搜索进程内存并从中提取数据的插件。

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ceph对象中提取RBD的指定文件

前言 之前有个想法,是不是有办法找到rbd的文件与对象的关系,想了很久但是一直觉得文件系统比较复杂,在fs 层的东西对ceph来说是透明的,并且对象大小是4M,而文件很小,可能在fs层进行了合并,应该很难找到对应关系...,最近看到小胖有提出这个问题,那么就再次尝试了,现在就是把这个实现方法记录下来 这个提取的作用个人觉得最大的好处就是一个rbd设备,在文件系统层被破坏以后,还能够rbd提取出文件,我们知道很多情况下设备的文件系统一旦破坏...,无法挂载,数据也就无法读取,而如果能从rbd中提取出文件,这就是保证了即使文件系统损坏的情况下,数据至少不丢失 本篇是基于xfs文件系统情况下的提取,其他文件系统有时间再看看,因为目前使用的比较多的就是...20471807s 10223616s primari 这个是个测试用的image,大小为10G分成两个5G的分区,现在我们在两个分区里面分别写入两个测试文件,然后经过计算后,后台的对象把文件读出...那么相对于磁盘的偏移量就变成了 (8224+1953..8231+1953) = (10177..10184) 这里说下,这个地方拿到偏移量后,直接通过对rbd设备进行dd读取也可以把这个文件读取出来,这个顺带讲下,本文主要是对象提取

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如何 Debian 系统的 DEB 包中提取文件?

有时候,您可能需要从 DEB 包中提取特定的文件,以便查看其内容、修改或进行其他操作。本文将详细介绍如何 Debian 系统的 DEB 包中提取文件,并提供相应的示例。...图片使用 dpkg 命令提取文件在 Debian 系统,可以使用 dpkg 命令来管理软件包。该命令提供了 -x 选项,可以用于 DEB 包中提取文件。...以下是几个示例:示例 1: 提取整个 DEB 包的内容dpkg -x package.deb /path/to/extract这条命令将提取 package.deb 的所有文件,并将其存放在 /path...示例 2: 提取 DEB 包的特定文件dpkg -x package.deb /path/to/extract/file.txt这条命令将提取 package.deb 名为 file.txt 的文件...提取文件后,您可以对其进行任何所需的操作,如查看、编辑、移动或复制。结论使用 dpkg 命令可以方便地 Debian 系统的 DEB 包中提取文件。

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文本文件读取博客数据并将其提取到文件

通常情况下我们可以使用 Python 的文件操作来实现这个任务。下面是一个简单的示例,演示了如何从一个文本文件读取博客数据,并将其提取到另一个文件。...假设你的博客数据文件(例如 blog_data.txt)的格式1、问题背景我们需要从包含博客列表的文本文件读取指定数量的博客(n)。然后提取博客数据并将其添加到文件。...它只能在直接给出链接时工作,例如:page = urllib2.urlopen("http://www.frugalrules.com")我们另一个脚本调用这个函数,用户在其中给出输入n。...with open('data.txt', 'a') as f: f.write(...)请注意,file是open的弃用形式(它在Python3被删除)。...,提取每个博客数据块的标题、作者、日期和正文内容,然后将这些数据写入到 extracted_blog_data.txt 文件

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JCIM|MIT团队:科学文献自动提取化学反应

现有的反应数据库通常由人类专家已发表的文献 (如专利和期刊) 手工摘录,既费时又费力。 在这项研究,我们专注于开发从化学文献中提取反应的自动化方法。...为了减少信息检索所需的时间和成本,以及促进反应数据的获取,商业上已经投入了大量的精力,非结构化文献构建结构化数据库,如Reaxys和SciFinder等。...这些数据库通常是由人类专家通过手工文献中提取来填充的,成本高、耗时长、专业知识密集,特别是在近年来科学化学出版物指数式增长的情况下。这一挑战促使人们开发非结构化文献数据中提取反应的自动方法。...在这项研究,我们专注于开发一种自动解析期刊文章的方法,并将反应提取到与Reaxys和SciFinder等先前数据库工作一致的架构。...最后,我们将我们的提取结果与人工构建的Reaxys数据库的反应记录进行了比较,并分析了我们方法的优势和局限性,这对未来的发展方向有所启示。

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使用命令行导出 SQL Server 数据层应用程序

我们可以使用 SSMS 导出 SQL Server 数据库的数据层应用程序。我在本地机器上使用这种方法已经有好几年了。...view=sql-server-2017 数据层应用程序 (DAC) 是一个逻辑数据库管理实体,用于定义与用户数据库关联的所有 SQL Server 对象,如表、视图和实例对象(包括登录名)。...DAC 是 SQL Server 数据库部署的一个自包含单元,它使数据层开发人员和数据库管理员能够将 SQL Server 对象打包到一个名为“DAC 包”(也称作 DACPAC)的可移植项目中。...微软提供了一个跨平台的命令行工具, 可以导入/导出DAC: sqlpackage.exe 它是用.NET写的,目前 Linux 和 macOS 的版本还在预览。...(short form /scs) /TargetFile: Specifies a target file (i.e., a .dacpac files) to be used as

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MySQL数据库ibd和rfm恢复(zabbix数据库

1、新建数据库 create database zabbix default charset utf8; 2、use zabbix; 3、设置表的默认字段模式,具体根据IBD文件的格式来设置,set...6、其他表类似 7、删除创建表后生成的ibd文件,alter table `users` discard tablespace; (其他表类似) 8、把要恢复的旧的ibd文件复制到当前zabbix的数据库目录...users.ibd /zabbix/users.ibd;  (其他表类似) 9、修改所有者,chown mysql:mysql /zabbix/users.ibd; (其他表类似) 10、恢复ibd数据到表,...alter table `users` import tablespace; (其他表类似) 11、zabbix更改数据库的名字后要修改两个地方,zabbxi_server.conf 和 zabbix.conf.php...PS:创建新数据库和表时,数据库引擎INNODB,库和表的编码格式CHARASET,FORMAT格式都要和原来的一致。

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pythonstr中提取元素到list以及将list转换为str

在Python时常需要从字符串类型str中提取元素到一个数组list,例如str是一个逗号隔开的姓名名单,需要将每个名字提取到一个元素为str型的list。...如姓名列表str = 'Alice, Bob, John',需要将其提取为name_list = ['Alice', 'Bob', 'John']。...而反过来有时需要将一个list的字符元素按照指定的分隔符拼接成一个完整的字符串。好在pythonstr类型本身自带了两种方法(method)提供了相应的功能。...str转为list 使用split方法 基本使用 = .split() : 需要进行分隔提取的字符串 :提取元素时依据的分隔符...os.path也有两个同名的方法join()和split(),使用和str基本类似,其主要区别是str同名方法的所有的list类型参数在这里均变成变成了tuple类型

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