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    Zarr真的能替代NetCDF4和HDF5吗

    但随着数据量的增加以及云计算的发展,这些文件系统已经无法满足需求,针对云计算优化的文件系统应运而生。 Zarr 是一种存储分块、压缩的N维数组格式。...由于 Zarr 格式比 NetCDF4/HDF5 格式具有更快的处理速度,已经在云平台得到较为广泛的应用。近几年在国外地球科学领域也得到了广泛关注。...在对数据压缩时,Zarr 格式比 NetCDF 格式的写入速度快了差不多 6 倍,从 184 秒降为 31 秒。数据的存储效率提升非常明显,而且存储空间也有所降低。...Zarr主要具有以下特点: 使用任意 Numpy 数据类型创建 N维数组 沿任意维度对数组分块 使用任意 NumCodecs 规则压缩或过滤分块数组 在内存、磁盘、Zip文件、S3等存储数组 多线程/进程并行读取数组...在大量文件读写方面我已经逐渐转向 Zarr 了,后续可能也会更新一些这方面的推送,毕竟目前xarray在文件并行读写方面Zarr的支持比netCDF要好一些。

    2.3K30

    使用 python 处理 nc 数据

    为上面的 T2、PSFC 等等,可以得到如下信息: Driver: netCDF/Network Common Data Format Files: test.nc Size is 120, 130 Coordinate...2.1 netCDF4 此框架可以直接将 nc 读取成数组(详细信息参考https://github.com/Unidata/netcdf4-python)。...我们可以对此数组做各种操作,如求平均值、方差等等,又让我想起了大学里的那一堆枯燥但又让人很有兴趣的实验课程。...此处读的时候就有技巧了,要像采用 gdalinfo 读取 SUBDATASET 一样来直接读取此 SUBDATASET 数据,如下: with rio.open('NETCDF:name.nc:SUBDATASET_NAME...,res_arr 为计算结果数组,注意尺寸不要发生变化(width*height),out_meta 为目标文件的元数据描述信息,可以直接将上面 src.meta 进行简单处理即可。

    3.5K50

    从xarray走向netCDF处理(一):数据结构及数据读取

    想如今气象数据netCDF(.nc)为盛,用者甚多,初学者见之仰天长啸,倘若再由Python经手,netCDF4-python,Iris,xarray,UV-CDAT选择众多,劳心伤神事小,逼出选择困难症事大...DataArray 一个带有标签的多维数组,它有如下几个重要的属性 values 获取数组的具体数值 dims 获取维度的名字,如('x', 'y', 'z') coords 获取一个类似于字典的结果,...数据结构图示 数据类型的使用 读取数据: xarray.open_dataset()读取Dataset类型数据,即能读取多个物理量。...提取物理量 从文件中读取数据ds = xarray.open_dataset() 假如数据中含有一个名为var的物理量可以通过ds.var或ds[var]来获取 实例 此处使用的是ERA-Interim..._2018.nc') # ds的类型为Dataset,里面包含u10,v10,t2m三个物理量,每个物理量都有经度、纬度、时间三个坐标系 >>>ds Dimensions

    25.1K1712

    气象编程 | Python和NCL处理netCDF文件的scale_factor和add_offset

    读取数据,发现数据集存在scale_factor和add_offset,但是我读取的数据应该是Unpacking data,也就是转换后的实际数据,不需要再处理,因为数据压缩是通过偏移和缩放之后将浮点数转化为整数...,为了验证正确性,我通过下列代码验证: from netCDF4 import Dataset filename = r'geopotential.nc' data = Dataset(filename...print(data['z'].set_auto_maskandscale(False)) # 设置缩放和掩膜数组关闭 print(data['z'][:]) # 关闭后打印数据,得出的数据全部为整数...,取决于你数据的范围,我这个数据集是16进制度 def compute_scale_and_offset(min, max, n): # stretch/compress data to the...as np print(compute_scale_and_offset(np.array(data['z'][:]).min(),np.array(data['z'][:]).max(),16)) #得到的结果和我读取的

    2.3K20

    从xarray走向netCDF处理(一):数据结构及数据读取

    以下文章来源于MeteoAI ,作者学前班大队长 想如今气象数据netCDF(.nc)为盛,用者甚多,初学者见之仰天长啸,倘若再由Python经手,netCDF4-python,Iris,xarray...DataArray 一个带有标签的多维数组,它有如下几个重要的属性 values 获取数组的具体数值 dims 获取维度的名字,如('x', 'y', 'z') coords 获取一个类似于字典的结果,...,比如变量的名字、单位等 数据结构图示 数据类型的使用 读取数据: xarray.open_dataset()读取Dataset类型数据,即能读取多个物理量。...提取物理量 从文件中读取数据ds = xarray.open_dataset() 假如数据中含有一个名为var的物理量可以通过ds.var或ds[var]来获取 实例 此处使用的是ERA-Interim..._2018.nc') # ds的类型为Dataset,里面包含u10,v10,t2m三个物理量,每个物理量都有经度、纬度、时间三个坐标系 >>>ds Dimensions

    3.2K112

    解析nc格式文件,GRB格式文件的依赖包edu.ucar.netcdfAll的api 学习

    1 为什么要学习这个依赖 现在有很多的格式的数据,比如气象专业的数据,一般是使用nc格式文件进行存储,我们拿到这个文件,在我们的项目代码里面,要进行解析,这个nc格式的文件是二进制流,所以需要使用专业的工具进行解析...3 Scientific Feature Types层识别特定类型的数据, 例如网格、径向和点数据,为每种数据添加专门的方法。...该值是字符串或数值的标量或一维数组,因此可能的数据类型为(String、byte、short、int、long、float、double)。...3.8 EnumTypedef EnumTypedef是字符串的枚举,由 enum 类型的变量使用。 3.9 数组 数组包含从磁盘或网络读取变量后的实际数据。...您可以通过调用read()或其变体从变量中获取数组。数组是矩形的(如 Fortran 数组)。每个 DataType 都有一个专门的 Array 类型。

    1.3K40

    java 代码生成nc 格式的文件,并且读取出nc格式里面的数据(已提供代码)

    就是数组长度,就是这个数组里面可以存放多少数据; 第二个图解释: 这个nc文件里面存放的使一个二维数组,里面有具体的值; 有多少个值,就是维度相乘 ,因为当前有两个维度X和Y; 通过第一个图可知X的值为...6,y的值为12 ,所以,这个nc文件 里面会存放 6*12=72 个数据;通过第二个图可知,一共72个 数据; X的值为6,代表x这个数组,里面可以存放6个数据,那么存放 哪6个数据,从第二个图可以看到...,存放的是[0,1,2,3,4,5]; y的值为12,代表y这个数组,里面可以存放12 个数据,存放哪 12 个数据,从第二个图可以看到,存放的是 [0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11...创建nc文件里面的变量 // 就是根据维度 创建变量 dataVariable 值为 int data(x=6, y=12);\n\r Variable...虽然netCDF支持//读取和写入数据的子集,但在本例中,我们在一个操作中写入所有//数据。

    2K20

    基于netcdf库的nc文件读写

    函数概览 NetCDF库的函数操作分为几个类别,以下以C语言API为例,Fortran的API类似,可能函数的参数有些区别。...文件读取 读取已知名称的netCDF数据 使用NetCDF库API从已有文件中去读已知变量名称的数据时,通常按照如下步骤: nc_open / 打开已有文件 / nc_inq_dimid...close netcdf dataset 读取未知名称的netCDF数据 与已知变量名称不同时,如果不知道变量等信息的名称,那么需要调用查询函数获取关于netCDF对象的信息,操作步骤如下: nf90_...,维度分为记录维度和非记录维度,非记录维度是固定大小的维度,而记录维度时不知道大小的维度,比如时间维,通常是不知道要写入多少个时刻数据的,而空间维度,通常是可以固定大小。...进行数字和字符转换时,要注意定义的字符串的长度和转换数字为字符后的长度是否一致,如果长度不一致可能会出错: “output statement overflows record” 关于NetCDF格式文件的处理

    4.5K22

    NumPy 基础知识 :6~10

    进行归一化处理(将其除以原始信号数组的长度A[0] / 10)时,我们得到的值与计算信号数组的平均值(a.mean())时的值相同。...为了让pyplot模块绘制新数组,我们需要将数组转换为实数。 绘制新数组后,我们可以看到轴刻度是其大小的两倍。 而且,我们几乎不会丢失任何细节或图像模糊。 已使用傅立叶变换对图像进行插值。...模块,并使用Dataset()函数读取了示例netCDF4文件。...文件中; 数据建立在三个维度中,分别是时间(time,大小为 10),纬度(lat,大小为 8)和经度(lon,大小为 6)。...完成netCDF4文件的创建后,最后一步是关闭文件连接: In [31]: output.close() 上面的代码向您展示了 Python netCDF4 API 的用法,以便读取和创建netCDF4

    2.4K10

    气象编程 | cdo配合shape文件提取CMIP6指定区域数据

    (path = '/mnt/e/test/output.nc') 代码非常简单,第一行是读取原始CMIP6的数据,第二行代码就完成了转换工作,是不是非常简单?...这里还需要注意一点的是,经过掩码之后,output.nc文件跟CMIP6.nc文件大小(基本上)还是一样大,至于原因,我想可能是这个操作只是根据shape文件,把shape文件之外的区域值全部设置为nan...,如果想让output.nc文件进一步降低文件大小,还需要进行cdo的selbox操作。...,北纬0-60度的范围内 从图中可以看出CMIP6.nc和output.nc文件大小是一样大,但是经过selbox操作之后,output2.nc文件就很小了。...其实只看图片效果,可能还想不明白,为什么output2的文件大小会减少的如此之多,但结合nc文件的lat和lon数据,就能想明白了,这里的数据已经不是全球180x360的数据了。 ----

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    读取HDF或者NetCDF格式的栅格数据

    HDF supports n-dimensional datasets and each element in the dataset may itself be a complex object....NetCDF是面向多维数组的数据集,一个NetCDF文件主要是Dimensions, Variables, Attributes, Data 四个部分组成的: Dimension主要是对维度的定义说明,...NetCDF有两个数据模型:经典模型(NetCDF3之前模型)和增强模型(NetCDF4) NetCDF最新版本是NetCDF4,NetCDF4的API接口建立在HDF5之上,和HDF5是兼容的....GDAL读取实例 下面的例子读取MODIS地标反射率(Surface Reflectance)数据中的第一波段,然后转为GeoTIFF进行存储....最后我们使用CreateCopy()方法将该子数据集存储为GeoTIFF格式的数据。 所以,总结一下,我们读取HDF或者NetCDF数据子集的时候,最主要的是取出想要处理的子数据集的完整路径。

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