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mSphere: OptiFit已有OTUs添加新测序数据方法

现有的基于参考数据库方法会产生一致OTU,但只考虑OTU每个序列与单个参考序列相似性,导致效果不如de novo方法。...这种方法考虑了所有对序列之间距离。而在常用贪婪聚类算法方法,聚类时只考虑每个序列与OTU具有代表性质心序列之间距离。因此,同一OTU序列对之间距离往往大于指定阈值,即为假阳性。...de novo聚类一个局限性是,当新序列添加到数据集时,会产生不同OTU分配结果,这使得很难使用de novo聚类来比较不同研究之间OTU。...基于参考数据库聚类试图克服de novo聚类方法局限性,它使用数据库具有代表性序列集,每个参考序列生成一个OTU。...然后对于每个序列,OptiClust通过选择导致更好MCC得分选项考虑序列是应该移动到一个不同OTU还是保持在当前OTU。MCC使用一个混淆矩阵所有值,范围-1到1。

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HashMap添加数据put方法:深入解析HashMapput方法——逐步揭秘数据添加过程

导语 在Java,HashMap是一种常用数据结构,用于存储键值对。...它put方法是最常用操作之一,本篇博客将深入探讨HashMapput方法,逐步分解每个步骤,以便更好地理解数据添加过程。 1....确定哈希桶位置 在HashMap,元素是通过哈希函数计算得到哈希码(hash code)来确定存储位置。put方法首先会根据键哈希码计算出存储桶(bucket)位置。 2....如果找到了相等键,将会更新对应值;如果没有找到相等键,就在链表或红黑树末尾添加一个新节点。 5....扩容会创建一个更大哈希表,并将原有的元素重新分配到新,以保持哈希表均匀性。

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【说站】pythonXML有哪些解析模块方法

pythonXML有哪些解析模块方法 1、xml.etree.ElementTree模块在树结构中格式化XML数据,这是分层数据最自然表示。 元素类型允许在内存存储分层数据结构。...ElementTree是一种包装元素结构,允许与XML相互转换类别。现在让我们尝试使用python模块来分析上述XML文件。 使用ElementTree模块分析文件方法有两种。...作为文件提供XML文档,parse()函数解析是作为字符串提供XML,即在三个引号。 2、parse()函数由文件格式XML分析。...若要执行此操作,请将XML作为字符串传递给三个引号。...'' myroot = ET.fromstring(data) #print(myroot) print(myroot.tag) 以上就是pythonXML解析模块方法,希望对大家有所帮助。

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linux批量添加文件前缀操作方法

需要在文件夹内所有txt文件文件名前面添加”gt_”; 就是由原来文件“xxx.txt”变成“gt_xxx.txt”: 网上搜来脚本如下: for i in `ls`; do mv -f $i '...echo "gt_"$i`; done 1、首先, linux命令行切换到你需要修改文件名目录之下: cd 目的目录 2、在该目录下新建sh文件: touch xxx.sh 3、打开xxx.sh文件:...vim xxx.sh 3、将刚刚脚本内容复制到该sh文件上,保存退出 编辑sh文件:Shift+I 黏贴之后保存退出:Ctrl+Alt +D 退出编辑状态,然后输入:wq!...done 总结 以上所述是小编给大家介绍linux批量添加文件前缀操作方法,希望对大家有所帮助,如果大家有任何疑问请给我留言,小编会及时回复大家。...在此也非常感谢大家对ZaLou.Cn网站支持! 如果你觉得本文对你有帮助,欢迎转载,烦请注明出处,谢谢!

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慢查询日志 Lock_time 哪里来?

经常关注慢查询日志读者,和 Lock_time 应该算是老相识了,大家对这位老相识了解有多少呢? 研究 Lock_time 之前,我对它了解,仅限于它表示锁等待时间。...代码注释和官方文档对 innodb_table_locks 介绍来看,执行存储过程和触发器时,InnoDB 也可能会加表级别的共享锁、排他锁,我们就不展开介绍了。...对 InnoDB 来说,调用是 ha_innobase::external_lock(),这个方法代码比较多,算是个大杂烩,可以分为三类: 加表级别的共享锁、排他锁。...if (thd->start_utime) 分支,lock_utime = thd->get_lock_usec(),当前线程对象(thd)获取之前累加表锁、行锁等待时间。...>get_examined_row_count()) == (uint)-1) goto err; /* purecov: inspected */ } ... } 经常看慢查询日志读者

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在 Linux 实时监控日志文件命令方法

当你在你 Linux 桌面、服务器或任何应用遇到问题时,你会首先查看各自日志文件。日志文件通常是来自应用文本和信息流,上面有一个时间戳。它可以帮助你缩小具体实例,并帮助你找到任何问题原因。...它也可以帮助网络上获得援助。 一般来说,所有的日志文件都位于 /var/log 。这个目录包含以 .log 为扩展名特定应用、服务日志文件,它还包含单独其他目录,这些目录包含其日志文件。...log files in var-log 所以说,如果你想监控一堆日志文件或特定日志文件。这里有一些你可以做到方法。...实时监控 Linux 日志文件 使用 tail 命令 使用 tail 命令是实时跟踪日志文件最基本方法。特别是,如果你所在服务器只有一个终端,没有 GUI。这是很有帮助。...一旦安装,你可以简单地用管理员权限终端运行 lnav,它将默认显示 /var/log 所有日志并开始实时监控。

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Laravel 6.2 添加了可调用容器对象方法

} } 在测试套件添加了一个新便捷 partialMock() 方法: // 之前 $this- instance(Abstract::class, Mockery::mock(Abstract...当然你也可以在 GitHub v6 changelog上查看Laravel 6.0完整发行说明: v6.2.0 新增 在 Container::call() 添加了对可调用对象支持` (#30156...) 为 postgreSQL 添加 multipolygonz 类型 (#30173) 在 auth 中间件添加 “unauthenticated” 方法 (#30177) 添加 partialMock...将限制应用集合移到了数据库 (#30148) 允许在嵌套查询中使用作用域 (#30127) 添加数组到sqlitejson转换 (#30133) 使用policies()方法代替属性策略 (#30189...6.2 添加了可调用容器对象,希望对大家有所帮助,如果大家有任何疑问请给我留言,小编会及时回复大家

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Centos7添加、删除Swap交换分区方法

方法不局限于Centos 7,Linux系统均可使用。 操作用户:root。...1.添加swap交换分区空间 使用dd命令创建swap交换分区文件/dev/mapper/centos-swap,大小为2G: $ dd if=/dev/zero of=/dev/mapper/centos-swap.../dev/mapper/centos-swap 激活swap分区: $ swapon /dev/mapper/centos-swap 设为开机自动启用: $ vim /etc/fstab 在该文件底部添加如下内容...删除swap分区文件: $ rm /dev/mapper/centos-swap 删除或注释在/etc/fstab文件以下开机自动挂载内容: /dev/mapper/centos-swap swap...此方法不限于centos,linux均适用 以下命令均需在root帐号下操作 1.先用free -m查看一下swap大小 ? 2. 使用dd命令创建/home/swap这么一个分区文件。

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.net 温故知新:【8】.NET 配置xml转向json

一、配置概述 在.net framework平台中我们常见也是最熟悉就是.config文件作为配置,控制台桌面程序是App.config,Web就是web.config,里面的配置格式为xml格式。...在xml里面有系统生成配置项,也有我们自己添加一些配置,最常用就是appSettings节点,用来配置数据库连接和参数。...配置提供程序使用各种配置源键值对读取配置数据,这些配置程序稍后我们会看到,读取配置源可以是如下这些: 设置文件,appsettings.json 环境变量 Azure Key Vault Azure...使用json提供程序读取json配置 new一个ConfigurationBuilder,添加json配置,AddJsonFile是在包IConfigurationBuilder扩展方法,其它配置提供程序也是用这种扩展方法实现...方法里面是一个委托方法,该委托作用就是将配置信息绑定到Config类型参数e上。

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