R中的命令行界面（后台）在哪? 就在大家经常忽略的地方：写着terminal！ 问题来源 昨天我们发现需要更新BioManager至3.18的话，就需要更新600多个r包。R包安装失败怎么办？...代码实现 第一步 创建一个R脚本（比如命名为install_bioconductor.R），并包含以下内容： #如果指定想要的r包安装路径#####安装archr包##别处复制.libPaths(c(...usr/local/lib/R/site-library", "/usr/local/lib/R/library", "/refdir/Rlib/")).libPaths...Rscript是一个允许你从命令行运行R代码的工具，通常与R软件一起安装。...2>&1: 这个部分是将标准错误输出重定向到标准输出，也就是将命令的错误信息也输出到文件中。&: 这个符号是将整个命令放入后台运行，以便你可以在终端中继续输入其他命令，而不用等待该命令执行完毕。
好久以前（六年前吧），我录制了一个简单的r语言和rstudio软件安装视频，顺手让大家安装一些包试试看，代码如下所： rm(list = ls()) options()$repos options(...这个时候你需要单独的安装它缺失的依赖包即可，比如如果你的报错告诉你你缺 GO.db，它是一个R包，你只需要装它，仿写你运行的脚本里面BiocManager开头的代码，把引号里面的词换成GO.db就行。...R 包的安装位置函数.libPaths 在R中，.libPaths() 函数用于获取或设置 R 包的安装路径。...可以通过在启动脚本或命令行中设置 .libPaths() 来在不同的会话中使用不同的包安装路径。...例如，在Linux运行环境里面的命令行中启动 R 时加上 ： R --vanilla -e ".libPaths('/path/to/specific/library')" 查看系统默认的包安装路径：
环境下特定的R版本 首先，安装jupyter conda install jupyter 打开这个环境下的R,并安装IRkernel install.packages('IRkernel') 然后在R的命令行里激活...还可以通过jupyter代码框中运行.libPaths()查看是否是想要的R环境。....libPaths() Jupyter 还可以让你在同一个代码框，同时写python代码和R代码的方法——rpy2详情参考：在python中使用R—rpy2包学习 欢迎关注生信编程日常~
这样就可以使用 conda 命令安装和管理R 包了。bioconda 安装的 R 包，安装路径在下面目录下。...查看帮助文档，可以使用 help()函数，一般的 R 函数都会自带案例代码，可以直接使用 example()函数运行这些代码。此外，一些 R 包还提供一种 vignette 格式的文档。...heatmap #查看包帮助文档 help(package="ggplot2" ) #运行函数案例代码 example("heatmap") #查看 vignettes 格式文档 browseVignettes...> .libPaths() [1] "/home/xiehs/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.1" [2] "/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1.../library" > .libPaths(c(.libPaths(),"/ifs1/Software/miniconda3/lib/R/library")) > .libPaths() [1] "/
message(paste0("Welcome at ", date())) # 配置install 命令使用的线程 n <- parallel::detectCores() options...R 提供了代码可以获取这几个目录： # 当前工作目录 getwd() # 用户家目录 ~ # 可以直接使用相对路径获取 path.expand("~") # 也可以获得全路径 # R 安装目录 R.home...dir.exists(.CUSTOM_LIB)){ dir.create(.CUSTOM_LIB) } .libPaths(c(.CUSTOM_LIB, .libPaths())) message...("Using library: ", .libPaths()[1]) if(dirname(tempdir()) !
由于GSVA在1.34版本更新了ssGSEA的运行方法，导致很多旧代码都无法运行报错。该不会xCell没有因此更新所以会报错吧？ 我赶紧去github上查看了xCell的作者的原始代码。哎？...这不是写得很清楚嘛，根据GSVA的不同版本执行不同命令，作者还是蛮人间清醒的。我的心放回去了一大半，还好还好了，那xCell应该是没有问题的。...在这个R包的原代码里是怎么运行GSVA的？另外就是平时可以多关注一下类似GSVA这样重要的R包有什么更新点，会造成什么后果。...也正因如此，我一看到xCell也是无法运行ssGSEA之后才会很快冷静下来去翻xCell的原代码。 注意R包的版本。...这次机缘巧合就让我发现了如果.libPaths涉及到的多个路径都有同一个名称的R包时，调用顺序就可能成为一个小隐患，导致我走了一大圈弯路。
Server的配置参考《在Ubuntu下安装单细胞3大R包》—— 生信技能树 R4.0的安装借助于conda，并创建R4的环境安装4.0的R包，参考《遇到不省心的Rstudio Server安装R包总是失败怎么办...生信技能树 2.1 R3.6的安装 scR2021@iZ0jlac7d4cxlrxfyzxkgoZ:~$ cat /etc/issue Ubuntu 18.04.5 LTS \n \l # 使用VIM添加下面代码到...查看RStudio Server的一些常用命令 sudo rstudio-server verify-installation #查看安装是否正常 sudo rstudio-server start...3.2 Rstudio Server的切换配置 查看RStudio Server的一些常用命令 ： （我是又复制了一遍到这里，因为后面切换版本要时不时用到shell里面的操作，而不是仅仅在网页版干瞪眼）...中安装经常报错，很伤脑细胞，还打击学习生信的积极性，经常让人累觉不爱，所幸现在conda越来越万能，所以遇到不省心的R包可以尝试conda安装： 参考《遇到不省心的Rstudio Server安装R包总是失败怎么办
更新 R 和 Rstudio 1.输入命令更新 R 在 Rstudio/R 中更新 R，输入以下命令： install.packages('installr') library(installr) updateR...() 在 R 中运行时： 1.首先打开 R,选择镜像（China 随便选一个就可） 2.运行三行代码 会显示如下界面，如果已经有了新版本，点击确定 不看新闻点击否 再次确认是否安装最新版本的 R，点击确定...版本 Tools--->Global Options 点击 change 更换 R 版本 换完版本不要忘了点击两个 OK， 然后再重启一便RStudio即可，这样就是完全更新完了 升级 R 包 1.输入命令更新...R 包 跑代码的时候可能会遇到 R 包版本不匹配或者附加包不匹配的情况，所以需要更新完 R 版本的同时需要升级我们的 R 包 输入命令直接升级所有 R 包（CRAN、Bioconductor、GitHub....libPaths() 就可以找到 R 包的位置，此处输出的第一个路径为 R 包安装的位置 .libPaths() [1] "C:/Users/B/AppData/Local/R/win-library
github最新版本的R包安装有问题：1.安装旧版本，需要github软件2.从别的已安装该包的电脑上偷一个：使用 .libPaths() 命令找到与包同名的文件夹，编译好的R包，压缩打包；发给自己复制到自己...R包安装的文件夹，并解压本地安装文件读写直接读取失败，需要指定一些 参数CSV文件读取：read.csv()分隔符：逗号txt文件读取：read.table()将数据库文件导出成表格文件write.csv
我们本来是不打算修改代码，推荐大家继续使用V4的，但是发现Seurat_v5与Seurat_v4对象差别和数据处理步骤差别并不大，就打算更新一下Seurat_v5版本的代码。...基于我之前已经用V4写过60多篇笔记推文了，也方便大家以后可以继续使用这个代码，所以在此介绍如何安装V5和如何将Seurat_v4对象转换为Seurat_v5对象。...Seurat的V5版本 使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 首先是安装 Seurat_v5包 #查看R包的路径 .libPaths...remotes::install_github("satijalab/seurat-wrappers", quiet = TRUE) #如果用户遇到任何与 Matrix 软件包相关的错误，请使用下面的命令重新安装...### #使用的时候加载下v5路径就好啦 .libPaths(c( '/home/data/t140333/seurat_v5/', "/home/data/t140333/R/x86_64-
Msigdb如何查找特定基因集合 使用代码获取Msigdb数据库的所有通路信息 R包安装失败怎么办？...collection=CP 方法三：使用代码获取想要的基因集合 .libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2",...local/lib/R/site-library", "/refdir/Rlib/", "/usr/local/lib/R/library")) #request 2 .libPaths...category = "C2") #Mus musculus Homo sapiens all_gene_sets_hs table(all_gene_sets_hs$gs_subcat) 方法四：代码查找想要的通路
会话结束后，变量设置会丢失，下次启动 R 会话时需要重新执行该命令。这种方式允许在每个 R 会话中灵活地调整变量设置，非常适用于临时或特定需求的调整。....Rprofile’文件 file.edit("~/.Rprofile") ##编辑后保存文件 ## 重启生效 Rstudio端修改 途径二：在shell端 在shell端修改需要自己掌握了解vim命令的用户...Rprofile'文件 vim ~/.Rprofile ##删除公共库目录 ##保存退出 shell端 修改后的库目录 修改后查看 临时修改 如果你要临时修改，你只需要在你的Rstudio会话中执行下列代码...： .libPaths(c('~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4', '/usr/local/lib/R/library')) 这样的设置，...如果你要安装R包 由于我们常用的R包库CRAN和Bioconductor均是国外网站，直接下载通常下载速度慢，也容易失败。所以第一步，我们就是要设置对应的镜像网站。
这个问题虽然是warning，但紧接着library就会报错，也就是安装失败,因此需要解决。...原因1：包名写错 原因2：安装命令使用错误，企图用install.packages安装bioconductor 的包 原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符（极少） 例如matrix：R语言4.3...如果选n，紧接着library(limma)会发现报错，就是安装失败了，只能再次运行上面的安装代码BiocManager::install("limma")，再次提问时选a。...包的版本旧了 关键词是is already loaded或者是is not exported by library(EBImage) Error in loadNamespace(i,c(ib.1oc，.libPaths...解决办法是管理员方式重新打开Rstudio,重新运行代码 或者是设置R语言和Rstudio的权限，略复杂，要看视频了 https://www.bilibili.com/video/BV1J44y1R7ci
/zhuanlan.zhihu.com/p/121003243，但是我没能在自己电脑上实现，因为electricShine这个东西是一个写死的包，写死既被动，在调用npm的时候总会有小小的问题导致全盘失败...0 准备工作 熟悉R及Rstudio 熟悉命令行操作 了解Shiny App及其基本结构 确定了解我们的目的 新建一个工作目录C:\myShinyApp 1 下载安装R-portable 链接：https...()[length(.libPaths())], # 保证装到R-Portable的lib里 dependencies = T) # 保证同时安装依赖 再次运行这一条，...()[length(.libPaths())], repos = NULL, # 这个参数一定要的 dependencies = T ) # 尝试用包直接运行app shinyapptest:...contributors, removed 10 packages and updated 8 packages in 4.188s 5 使用electron-quick-start模板 如果方便在命令行用
值得注意的是， 使用了 bool 以防交易失败。...（3）命令行工具 EOS.IO 提供了一系列工具，需要基本的命令行知识来操作它们。...; 失败则回滚所做的变化(也有可能打印“Init World!”后失败)。...部署和升级智能合约 如上所述，将合约部署到区块链上可以通过set contract命令简单地完成。并且如果有权限的话，set contract命令还可更新现有合约。...打印时，C++ API 通过重写print( )方法封装了一些上面的C API，使用户 不需要关心需要调用哪个打印函数。
输入以下代码即可获得 R 包安装的路径（如果你有多个路径，说明你的 R 包安装在多个位置）。 .libPaths() 1Windows 在 Windows 上很好操作，通常是 ......打开终端，输入 "cd" 命令，后跟路径，然后按回车键即可。...批量运行多个R脚本并打印运行状态 基于xargs命令的多行命令并行管理
在R中，你可以使用.libPaths()函数来查看R包的安装路径。这个函数会返回一个字符串向量，其中包含了所有R包的安装路径。...例如，如果你想要查看ggplot2包的安装路径，你可以运行以下命令： find.package("ggplot2") 这个命令会返回ggplot2包的完整路径。...管理包：使用.libPaths()函数可以查看或设置R包的安装路径。你可以使用install.packages()函数的lib参数来控制包的安装位置。...执行系统命令：system()和system2()函数可以在R中执行系统命令。...例如，你可以使用.C()函数来调用C代码，或者使用Rcpp包来更方便地在R和C++之间进行交互。
而且可以安装任意版本的指定的r包，如下所示 .libPaths() dir.create('~/R_personal_package') #.libPaths(c('~/R_personal_package...', .libPaths())) .libPaths() d='~/R_personal_package/Matrix_1.6-1' dir.create(d) install.packages(...【R报错】老师请问下，这些命令全都报错了如何解决呀？...，然后再运行你的代码即可。...【Linux软件安装】Linux里运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令后出现报错 你之前安装过，但是可能安装到一半，你可以尝试删除miniconda3 文件夹
一、原理简述 包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上存储包的目录称为库（library）。...函数.libPaths()能够显示库所在的位置，函数library()则可以显示库中有哪些包。 ?...命令search()可以告诉你哪些包已加载并可使用。 二、使用步骤 1、包安装 有许多R函数可以用来管理包。第一次安装一个包，使用命令install.packages()即可。...要在R会话中使用它，还需要使用library()命令载入这个包。例如，要使用ggplot2包，执行命令library(ggplot2)即可。当然，在载入一个包之前必须已经安装了这个包。...包中往往提供了演示性的小型数据集和示例代码，能够让我们尝试这些新功能。帮助系统包含了每个函数的一个描述，每个数据集的信息也被包括其中。
【R包安装】能指导一下为什么qlcMatrix安装失败么 报错提示缺依赖包。 【实战】我这用的是鼠的物种，该怎么修改内容啊 加载一下老鼠的注释包，然后改一下括号里面的orgdb。...如果你的代码提示框一直有个加号，说明你前面的代码没有运行完，一个代码，如果你不配对的括号或者配对的引号，它会无限制扩充到地球爆炸。因为他一直不配对，所以他认为你的代码一直没有输完，他也不会运行。...【Linux操作】为什么我这里用tr会报错呀，我代码就是按“命令 参数 文件”顺序来的呀，为什么会报错呢 tr这个命令接受的输入是标准输入，比较特殊，要用 tr 'a' 'A' libPaths()命令来查看R包的安装位置，如下，显示有两个位置，【1】还是我以前的R的二进制包存放的路径...你在其他盘新建一个文件夹，如E:/Rlibrary，路径不要有中文，然后设置.libPaths(c("E:/Rlibrary","原来的的[2]"))，然后把 [1] 里面的R包都拷贝到 E:/Rlibrary
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