首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

以pymol格式打印或输出所选残留物

pymol是一种用于分子可视化的开源软件,它可以用于展示和分析生物分子的三维结构。pymol格式是pymol软件特有的文件格式,用于保存和加载分子结构数据。

残留物是指蛋白质或其他生物分子中的特定氨基酸或核苷酸单元。在pymol中,可以通过以下步骤以pymol格式打印或输出所选残留物:

  1. 打开pymol软件,并加载所需的分子结构文件(通常是PDB文件)。
  2. 使用pymol的选择工具选择所需的残留物。可以根据残基的名称、编号或位置进行选择。
  3. 在pymol的命令行中输入以下命令以将所选残留物保存为pymol格式的文件:
  4. 在pymol的命令行中输入以下命令以将所选残留物保存为pymol格式的文件:
  5. 其中,文件名.pse是保存的文件名,selection是之前选择的残留物的名称。
  6. 保存后,可以在pymol中继续编辑和分析该文件,或者可以使用pymol的命令行或API进行进一步处理。

pymol的优势在于其强大的分子可视化功能和丰富的分析工具。它可以帮助科学家和研究人员更好地理解生物分子的结构和功能。pymol可以用于各种应用场景,包括药物设计、蛋白质工程、分子动力学模拟等。

腾讯云提供了一系列与云计算相关的产品和服务,但与pymol和分子可视化相关的产品并不常见。因此,暂时无法提供腾讯云相关产品和产品介绍链接地址。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

C:_debug_printf,基于vsnprintf vprintf实现带时间戳和源码信息(__FILE__,__FUNCTION__, __LINE__)的格式打印输出

如果到处都用printf("%s:%s:%d, %s\n",__FILE__,__FUNCTION__, __LINE__,"hello")写起来也太麻烦了;而且有的时候还需要向内存缓冲区打印输出。...为了少敲点代码,我基于vsnprintf 和 vprintf实现了带时间戳和源码信息(__FILE__,__FUNCTION__, __LINE__)的格式打印输出函数_debug_printf 完整代码及调用示例如下...__FILE__,__FUNCTION__, __LINE__)的格式打印输出 * Created on: 2021年10月31日 * Author: guyadong */ #include...include //************************************ // 带时间戳和源码信息(__FILE__,__FUNCTION__, __LINE__)的格式打印输出...输出参数 // @return int 调用 vsnprintf vprintf 的返回值 //********************************

1.5K20

使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http...因为这个高斯的输出文件内包含振动分析的信息,我们勾选 Has Vib. Info. ,然后点Load按钮。...因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息,又包含了振动模式的信息,我们勾选 Has PBC 和 Has Vib. Info.,然后点击Load载入。...下面这个二氧化碳分子为例,介绍其文件格式。 #之后的文字为注释,在实际情况下不存在。...对于分子体系来说,我们只需要准备相应的XYZ格式文件,直接载入即可。

1.7K20

不是原配也可以-对接非原生配体

重复上述步骤执行docking 获取nelfinavir.pdb:为教程提供的pdb文件(可从1OHR.pdb获得) 按照上述步骤对配体文件进行预处理获得pdbqt格式文件。...修改配置文件,执行Docking,输出日志如下,并用PyMOL可视化结果。 Detected 4 CPUs Reading input ... done....Docking第一张图表示AutoDock Vina输出结果的Best Mode与金标准的比对情况;第二张图表示AutoDock Vina输出结果的Second Best Mode与金标准的比对情况;白色化合物为...打开PyMOL并读入1hsg_prot.pdb,然后通过下述步骤启动并配置APBS, 依次点击菜单按钮: Plugin - APBS Tools - Main - Select Use PyMOL generated...可以简单的蛋白的中心为搜索空间的中心,蛋白各个维度坐标值的标准差、极差及其组合分别作为搜索空间的大小;在大范围搜索结束后,根据docking结果再重新选取Docking小分子的中心为搜索空间的中心,其各个维度坐标值的标准差

1.1K81

分子对接简明教程 (三)

重复上述步骤执行docking 获取nelfinavir.pdb:为教程提供的pdb文件(可从1OHR.pdb获得) 按照上述步骤对配体文件进行预处理获得pdbqt格式文件。...修改配置文件,执行Docking,输出日志如下,并用PyMOL可视化结果。 Detected 4 CPUs Reading input ... done....Docking第一张图表示AutoDock Vina输出结果的Best Mode与金标准的比对情况;第二张图表示AutoDock Vina输出结果的Second Best Mode与金标准的比对情况;白色化合物为...打开PyMOL并读入1hsg_prot.pdb,然后通过下述步骤启动并配置APBS, 依次点击菜单按钮: Plugin - APBS Tools - Main - Select Use PyMOL generated...可以简单的蛋白的中心为搜索空间的中心,蛋白各个维度坐标值的标准差、极差及其组合分别作为搜索空间的大小;在大范围搜索结束后,根据docking结果再重新选取Docking小分子的中心为搜索空间的中心,其各个维度坐标值的标准差

5.1K91

分子结构模拟工具UCSF Chimera的安装及基本操作

下载链接如下:https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html 下载完成后全部默认安装即可 基本操作 UCSF Chimera的基本操作与PyMOL大致相同...我们HBB蛋白为例,使用UCSF Chimera打开,默认结构为ribbon。 使用鼠标左键转动蛋白结构,按住鼠标右键可以进行放大和缩小,按住鼠标滑轮可以进行平移。...按照如下顺序点击,可查看蛋白序列 选择该蛋白的α螺旋区域,并调整该区域的颜色 设置背景颜色 显示/隐藏区域:通过调整蓝框中的两条黄线,显示隐藏蛋白质的一部分区域 蛋白质结构比对 我们...可以发现突变之后,其周围氨基酸残基(GLU270)与配体之间的氢键距离发生了改变 输出图片 按照如下操作,可将图片保存成png、jpg、tiff等格式 UCSF Chimera下载免费,安装简单,输出图片较为美观...与PyMOL相比操作较为复杂(如选择残基时需要同时操作键盘和鼠标),但UCSF Chimera做点突变时相比 PyMOL功能更强大,可以自动调整点突变后周围其他氨基酸结构的变化。

4.5K41

分子对接简明教程 (一)

显示与蛋白结合的小分子化合物和水分子 从蛋白结构的PDB文件(PDB文件格式解析见后面)PDB官网的信息(如下图所示)可以看到,1hsg结构中包含配体药物indinavir,其残基的名字为MK1。...PyMOL鼠标操作:按住左键移动旋转,按住右键移动放大,按住中键移动,观察结合位点所在的位置;滚动滚轮调节景深,化学结构会 溶解形式出现。 显示水分子。...准备受体蛋白 PDB文件(1hsg.pdb)中包含了蛋白、配体和水分子;首先提取出蛋白的坐标,即关键字ATOM和TER开头的行 (具体解释和例子见后面PDB格式解析)存储到文件1hsg_prot.pdb...这时氢原子会白色短线形式出现。 ? ?...indinavir的配体残基名字为MK1,HETATM开头的行表示非核心多聚体的成分 (heteroatoms)(具体见PDB文件格式解释)。 Linux系统下,运行grep "^HETATM.

13.5K157

分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

上方是工具标签,可以用于和其他序列进行比较,格式转换,存储等。工具标签下方是这条蛋白质序列的基本信息,蛋白质的名字,基因的名字,所属物种,以及状态。...PTM/Processing:提供蛋白质翻译后修饰翻译后加工的相关信息。...二级结构图形拓扑的形式呈现。三级结构列出了该蛋白质在蛋白质结构数据库 PDB 中涉及的数据库记录链接。这些结构经常只对应蛋白质的部分序列。...点击链接栏中的PDB,就可以直接进入该结构的PDB页面了,然后点击下载文件就可以直接下载PDB格式的蛋白结构文件。下载的PDB文件可以用pymol或者VMD观察结构。...比专业级的PyMOL(https://pymol.org/2/)。这个软件已经被世界上著名的生物医药软件公司“薛定谔公司(Schrödinger)”收购。

4.1K42

SAP最佳业务实践:FI–总账(156)-5显示、对账

4.6 S_ALR_87012289显示简要凭证日记帐 简要凭证日记帐表的形式为所选凭证显示凭证抬头和项目中最重要的数据。该清单可用作简要日记帐,并且与科目余额进行对帐(会计对帐)。...它可以在盖有官方公证印记的纸张上打印。该凭证日记帐包含凭证抬头和凭证项目中最重要的数据。 所选期间的凭证已过帐。...根据对输出控制的选择(例如不同级别的明细和合计),可以实现对行项目的连续编号实现对备选科目编号而不是凭证中指定编号的输出。有关详细信息,请参考程序文档 (Shift+F1)。...例如:如果安装了可选 building block,您能够为一个段一个利润中心创建总帐科目余额的清单。 所选期间的凭证已过帐。...输出类型 标准细分报表 X 标记此选项。 ? 2. 选择 执行 (F8)。 ? 选择的结果典型追溯报表的形式显示,其外观可以有所不同。

2.7K80

【C语言】double 关键字

,演出并非我们所选择的剧本 ⑨ double ⇿ 双精度浮点型 ⒈描述⇢双精度浮点类型的使用关键字是 double,它在内存中占用的是⑧个字节。...⒉作用⇢定义一个双精度类型变量,然后其赋值浮点型数字,最后通过输出语句将其显示打印输出在控制台上。 ⒊注意⇢double 类型在程序默认输出⑥位小数点,有效数字是6~7,格式符为 %lf 的。...float 类型; %lf 十进制形式输出 double 类型; %e 指数形式输出 float 类型,输出结果中的 e 小写; %E 指数形式输出 float 类型,输出结果中的 E 大写;...%le 指数形式输出 double 类型,输出结果中的 e 小写; %lE 指数形式输出 double 类型,输出结果中的 E 大写。...从理论的角度上来说它打印出来的值因该是全0的数字的,那么想要知道为什么是这个样子的我们就需要了解一个概念就是数据的存储。

55230

在Linux中如何查找最大的10个文件方法汇总

即空格、制表符和换行)来分割记录 du -h:可读格式计算磁盘空间使用情况的命令 sort:对文本文件进行排序的命令 -r:反转结果 -h:用可读格式打印输出 head:输出文件开头部分的命令 n -...du:计算文件占用的磁盘空间的命令 -S:不包含子目录的大小 -h:可读格式打印 {}:递归地查找目录,统计每个文件占用的磁盘空间 |:控制操作符,将一条命令的输出传递给下一个命令以供进一步处理 sort...:对文本文件进行按行排序的命令 -r:反转结果 -h:用可读格式打印输出 head:输出文件开头部分的命令 n -10:打印前 10 个文件 方法 3 这里介绍另一种在 Linux 系统中搜索最大的前...:将初始参数中出现的每个替换字符串都替换为从标准输入读取的名称 -s:仅显示每个参数的总和 -h:用可读格式打印输出 {}:递归地查找目录,统计每个文件占用的磁盘空间 方法 4 还有一种在 Linux...head:输出文件开头部分的命令 -10:打印前 10 个文件 column:将其输入格式化为多列的命令 -t:确定输入包含的列数并创建一个表 awk:模式扫描和处理语言 ‘{print 7,11}’

7.9K31

职称计算机模块intern,职称计算机考试模块试题.pdf

5、 请将当前文档打印 4 份,其他选项取默认值(不要等待打印结束)。 6、 请恢复 “格式”工具栏的默认状态,并使其对 Normal.dot 模板有效。...11、 请将剪贴板中的内容格式文本的形式粘贴到文中的光标处。 12、 将文档设置为键入时检查语法和随拼写检查语法。 13、 所选文本的样式在文档中有数十处,请将其批量替换为 “标题 4”样式。...18、 将所选文本的字体设置为 “华文中宋”。 19、 将所选英文全部转换为大写字母。 20、 请为所选文本添加拼音,要求居中对齐、字号为 12 磅。 21、 将文件的页面方向设置为横向。...26、 绘制所选表格的内部横线,横线样式取默认值。 27、 请将所选表格的单元格设置为自动换行。 28、在绘图画布中的图形右侧绘制一个圆角矩形标注,并在标注中输入文字:八 角星。...5、单击文件——打印——4 份。。 6、单击视图——工具栏—— 自定义——工具栏——格式——重新设置 7、单击 “?” (于右上角处)——版式选项 8、单击插入——页码——。。。——格式——。。。

1.7K30

excel常用操作大全

在EXCEL菜单中,单击文件-页面设置-工作表-打印标题;您可以通过按下折叠对话框的按钮并用鼠标划定范围,将标题设置在顶端左端。这样,Excel会自动将您指定的部分添加为每页的页眉。...此时,您的所有操作都针对所有工作表,无论是设置页眉和页脚还是打印工作表。6.在Excel2000制作的工资表中,只有第一个人有工资表的表头(如编号、姓名、岗位工资.),并希望工资单的形式输出它。...8.如何快速返回所选区域?按Ctr后退键。 9.如何快速定位格?...Ctrl+Shift *所选区域确定如下:根据所选单位格,数据单位格辐射的最大区域。 11.如何在不同的单位格?...要将格式化操作复制到数据的另一部分,请使用“格式化画笔”按钮。选择具有所需源格式的单元格,单击工具栏上的“格式画笔”按钮,鼠标变成画笔形状,然后单击要格式化的单元格复制格式

19.1K10

Windows系统快捷键汇总

显示 Windows “帮助” Windows+R:开启“运行” 对话框 Windows+U:开启 “公用程序管理器” Windows+L:锁定计算机(Windows XP新功能) Windows+P:打印...:windows 关机窗口 Ctr快捷键(文本编辑使用较多) Ctrl+S 保存 Ctrl+W 关闭程序 Ctrl+N 新建 Ctrl+O 打开 Ctrl+Z 撤销 Ctrl+F 查找 Ctrl+P 打印文档...M 移动窗口 Alt+空格+S 改变窗口大小 Alt+u+v word全屏视图 Alt+F 打开文件菜单 Alt+V 打开视图菜单 Alt+E 打开编辑菜单 Alt+I 打开插入菜单 Alt+O 打开格式菜单...SHIFT + 任何箭头键 在窗口桌面上选择多项,或者选中文档中的文本。 Ctrl + A 选中全部内容。 F3 同一浏览器中打开的窗口切换。 Alt + Enter 查看所选项目的属性。...Alt + Esc 项目打开的顺序循环切换。 Shift + F10 显示所选项的快捷菜单。 ALT + 菜单名中带下划线的字母 显示相应的菜单(ALT在写字板中)。

96320

PDF Plus for Mac(PDF处理工具)

PDF Plus 还提供其他功能,例如向 PDF 添加水印页码的能力,以及压缩大型PDF 文件减小其大小的能力。...PDF Plus Mac中文版功能介绍合并PDF文档添加/删除PDF文档更改PDF文档的合并顺序立即将所有PDF文档合并到一个PDF文件中批处理方式拆分PDF文档添加/删除PDF文档页面和/页面间隔分割...图片)缩放(根据需要更改所选图像的缩放比例)不透明度(使图像更不透明透明)旋转(一定角度旋转图像)质量(增加降低图像质量)位置(您可以在以下位置中选择:左下,右下,左上,右上和居中)X偏移(用于图像的精确水平定位...)Y偏移(用于图像的精确垂直位置)-选择要加水印的页面和/页面间隔-为加水印的PDF文件赋予有意义的名称-将水印的PDF文件保存在您选择的文件夹中批量模式将PDF文档转换为图像图像格式:JPG,JPEG...,JPE,JP2,JPX,PNG,TIFF,TIF,GIF,BMP更改JPG,JPEG,JPE,JP2和JPX格式的图像质量多页支持GIF和TIFF图像格式调整图像大小并更改其DPI和打印尺寸为图像命名将生成的图像保存在您选择的文件夹中批处理模式编辑

2K30

个人使用mac OS和win OS的差异

文件系统:macOS 的文件系统采用 HFS+ 格式并支持 APFS 格式,而 Windows 采用 NTFS 格式。两者文件系统格式和管理方式存在一些不同。...Command-O:打开所选项,打开一个对话框选择要打开的文件。 Command-P:打印当前文稿。 Command-S:存储当前文稿。 Command-T:打开新标签页。...Command-Y:使用“快速查看”预览所选文件。 Option-Command-Y:显示所选文件的快速查看幻灯片显示。 Command-1:图标方式显示“访达”窗口中的项目。...Command-B:粗体显示所选文本,或者打开关闭粗体显示功能。 Command-I:斜体显示所选文本,或者打开关闭斜体显示功能。 Command-K:添加网页链接。...Option-Command-T:显示隐藏 App 中的工具栏。 Option-Command-C:拷贝样式:将所选项的格式设置拷贝到剪贴板。

2.3K20

使用Logwatch查看系统日志

电子邮件Logwatch Digest Logwatch摘要可以纯文本HTML格式发送给本地用户外部电子邮件地址。 注意在外部本地发送邮件之前,请确保在Linode上安装了Sendmail。...如果选择使用其他MTA客户端,请更改mailerLogwatch配置文件中的/usr/sbin/sendmail行包含所选MTA的目录MTA的别名。...如果您希望HTML格式接收消息,请将Format值更改为html。 将MailTo地址更改为有效的电子邮件地址本地帐户用户。...此命令可附加许多选项更改默认输出满足您的需要: --detail:可以设置为低,中,高1到10之间的任何数值。定义报告的详细程度。 --logdir:包含您希望获取的日志文件的目录。...--output:您希望如何发送摘要:标准输出(stdout),邮件文件。 --format:纯文本HTML。 --mailto:将报告发送到的本地用户电子邮件地址。

6.8K30
领券