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再谈T细胞：起源、分化和分群

获得性免疫中的抗体或T淋巴细胞都是预先存在于机体中，就像国防部队一样，在敌人入侵之前，国防部队已经经过征兵选拔、训练和兵种划分等一系列有序、规范的培训。...此时产生的单克隆抗体已经完成抗体转换（IgG），具有更强大的亲和力。 当发生病毒感染或进行再次加强免疫发生时，机体内已经存在相应的单克隆抗体和记忆性B细胞。...在T细胞发育早期，敲除 Notch1基因后, 胸腺细胞呈现出B细胞谱系的表型，而Notch1基因存在时，胸腺细胞呈现为T细胞谱系的表型。上述研究说明，Notch信号通路是T细胞活下来的必要条件。...在胸腺皮质中，该类细胞与胸腺上皮细胞表达的抗原肽-MHC复合物以适当亲和力进行特异结合，则可继续分化为CD4+或CD8+单阳性（SP）细胞。...那么，如何在体内和体外检测CTL的功能呢？体内检测CTL功能的方法： 1）体内细胞毒性杀伤实验； 2）抗原肽-MHC分子四聚体技术； 3）ELISPOT； 4）LDH释放法。 ?

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生信程序 | 基因水平的单细胞轨迹对齐 | Nat.Methods |

，例如在时间、空间上或对扰动的响应中，从而得出伪时间轨迹。...目前比较轨迹的方法通常使用动态规划，但受限于存在明确匹配等假设条件。 在此，我们描述了一种名为 Genes2Genes 的贝叶斯信息论动态规划框架，用于对齐单细胞轨迹。...这表明精确的轨迹对齐可以定位与体内系统之间的差异，从而指导优化体外培养条件。...不匹配可能意味着未观测到的状态或差异表达（DE），表明在一个系统中通过了不同的细胞状态，或者在某种条件下某些基因的表达分布显著不同。...对齐分布可以揭示具有广泛相似对齐模式的基因簇及其平均对齐情况。 由于这种聚合结果取决于我们选择对齐的基因，我们建议选择尽可能具有信息量的基因（例如，谱系相关的驱动基因或调控子）。

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    单细胞测序—PBMC注释的细胞类型

    效应记忆 T 细胞（T_EM）则主要在外周组织中循环，不表达 CCR7 和 CD62L，但具有快速响应的能力。...记忆 CD8 T 细胞可以在体内长期存活，并在再次遇到相同病原体时快速响应。这三类 T 细胞在体内的免疫反应中发挥着互补且至关重要的作用，保障了人体的免疫防御功能。...，既能够在初次抗原暴露时提供防御，又能在后续的免疫反应中记忆和加速响应，确保体内免疫系统的精确性和有效性。...DCs 可以在体内的多个组织中找到，尤其是在皮肤、粘膜和淋巴结中。...NK细胞：NK细胞也是从骨髓中的造血干细胞分化而来，但其发育不依赖于胸腺，而是在骨髓、淋巴结、脾脏等组织中成熟。

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    人胸腺基质的单细胞转录谱揭示胸腺髓质中新的细胞异质性

    最近的证据表明，胸腺基质由功能上不同的亚群组成，但人类胸腺中这种细胞异质性的程度尚不清楚。文章使用单细胞转录组测序来全面分析跨生命多个阶段的人类胸腺基质。...通过酶消化胸腺组织获得基质细胞，然后使用磁珠或基于荧光激活细胞分选 (FACS) 的 CD45 阴性细胞纯化耗尽 CD45 阳性免疫细胞，从而导致EpCAM + CD45 -上皮细胞和 EpCAM -...以上分析表明，人类间充质、内皮细胞和周细胞可能通过提供对 TEC 发育至关重要的因子或通过调节造血祖细胞迁移的趋化因子和粘附分子的表达，在支持胸腺生成中发挥互补的作用。...、 SIX1）但缺乏 cTECs 或 mTECs 的功能基因 神经内分泌（BEX1、NEUROD1） 肌肉样肌样（MYOD1、DES） 髓鞘+上皮细胞（SOX10、MPZ） 在成人胸腺中检测到的 cTEC...或 mTEC hi非常少，表明存在不成熟 TECs 的积累，损害了旧组织中的功能性 TECs。

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    综述：变温动物的适应性免疫

    除了T细胞依赖性外，对哺乳动物外IgY类转换（见下文）的条件知之甚少。...在鲨鱼非编码区没有发现具有重复元件或靶区(r=腺嘌呤或鸟嘌呤，g=鸟嘌呤，y=胞嘧啶或胸腺嘧啶)基序的典型开关盒，因此，切换机制和与典型CSR的关系都是未知的。...Fig 4 14 The thymus 胸腺存在于所有的有颚类，通常有典型的皮质和髓质组织。它可以从一个小叶到一个多叶甚至不连续的结构，取决于所观察的物种或发育阶段。...相反，很明显，鱼类和两栖动物体内有淋巴细胞，如切除胸腺的动物和没有携带任何类型的TCRs的动物，这些细胞仍然能够诱导细胞溶解。未来的挑战将是将这些受体与特定的细胞功能连接起来。...为什么胸腺会进化？如果无颚类胸腺样体是一种模型，也许有颚类胸腺的出现不是为了胸腺的正向或负向选择，而是为了使发育中的T细胞远离B细胞发育的微环境(就像骨髓)。

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    时空月速览 |191篇文章，追踪发育再生进化疾病前沿研究(2022年11月）

    Image-seq，它与原位和体内成像兼容，可以记录被分析细胞的时间和动态变化。...，从而促进正常的胸腺细胞分化和增殖；通过使用同步的胎儿胸腺祖细胞培养，在支持基质上存在或不存在pMHC的不同，确定了在胸腺细胞发育关键转变中的单细胞转录组。...（n=15,854个）的蒺藜苜蓿根中的细胞核，构建了蒺藜苜蓿根的基因表达图谱，并在细胞类型特异性水平上对早期根共生响应进行了全面的转录组分析，揭示了蒺藜苜蓿基因响应根瘤菌感染的动态调控，包括许多新基因和功能通路...，以及取决于细胞类型的先前已知的结瘤相关基因和激素基因的差异募集。...，促进氧化应激，从而通过Nrf2转录诱导Bmp6；低铁条件下，Tfr1似乎有助于LSECs对铁的感知。

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    髓外中性粒细胞生成：狡兔三窟？

    正常情况下，成人造血主要发生在骨髓中，但在某些病理或生理条件下，身体可能会启动这种“额外”的造血途径。...EMH在人类中最常见的原因是骨髓造血能力的减退或丧失，此外诱发EMH的过程还有：(1) 在脾功能减退期间，增殖性的造血祖细胞被截留在脾脏中；(2)循环中因子水平异常，这些因子具有诱导髓外造血的能力。...EMH与髓系偏向的分化相关，但在转基因模型中也曾报道胸腺外（淋巴结）T细胞的隐秘发育途径。更有意思的是，急性炎症期间，胸腺髓系祖细胞竟然也能够产生中性粒细胞,而这一现象还进一步扩展到其他组织。...炎症条件下，粒细胞祖细胞被释放至胸腺、脾脏和肝脏等部位，在局部微环境中增殖并逐渐成熟，这一过程被称为髓外中性粒细胞生成。...然而，这些局部产生的中性粒细胞的具体功能和生物学意义仍有待深入探讨。这些研究表明，髓外中性粒细胞生成不仅在脾脏、胸腺和肝脏等组织中发生，还可能在其他组织中通过类似机制得到调控。

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    Drug Discov Today｜赛诺菲：机器学习引导的早期小分子药物发现

    PK是对药物动力学的研究，主要取决于体内的ADME过程，而PD则是对药物在体内的影响进行量化，它可以包括多种动力学，如生物标志物反应、肿瘤进展、细胞因子释放和其他。...在较小的数据域任务中，如体内建模，简单的机器学习任务可能更有用，因为深度学习方法可能无法准确捕捉这些有限的数据体系中的潜在趋势。关于模型参数的基本假设在算法选择中也起着重要作用。...例如，如果假设潜在的响应面是线性的，可以使用偏最小二乘法。然而，在非线性响应面的情况下，其他机器学习模型，如支持向量回归、高斯过程或基于树的方法更合适。...基于模板的方法使用神经网络对可能的化学反应途径进行排序，这些途径以前是手工编码或从数据库中得出的。...相反，无模板的方法对可能的反应途径不做任何假设，并使用基于图形或基于自然语言的方法来预测从市面上的起始材料到感兴趣的分子的反应途径。

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    Cancer-Immunity Cycle:肿瘤免疫循环简介

    免疫系统是防止病原体入侵， 维持机体内环境稳定的有效武器，免疫系统由免疫器官（骨髓，胸腺，脾脏，淋巴结等），免疫细胞（淋巴细胞， 单核巨噬细胞等）和免疫活性物质（抗体，白细胞介素等）组成。...，可以通过肿瘤细胞自身的变化或者肿瘤微环境的改变，逃过免疫系统的围剿，从而维持肿瘤细胞的不断增殖，最终导致疾病的产生，这一现象称之为免疫逃逸。...肿瘤细胞的免疫逃逸本质上是通过破坏肿瘤免疫循环中的某些步骤来实现的，相对地，科学家也提出了肿瘤的免疫治疗，该疗法通过放大或者激活机体内的肿瘤免疫循环，让免疫系统来杀伤肿瘤细胞，从而实现治疗的目的。...肿瘤的免疫疗法发展迅速，以PD-1, PD-L1抗体为代表的免疫疗法取得了令人振奋的进展， 对于多种肿瘤都存在一定的治疗效果，然而也存在响应率低，个体差异明显等问题。...肿瘤突变负荷tumor mutation burden, 简称TMB, 就是研究的非常火热的一种marker, 将TMB的水平划分成低，中，高3个level, 通过研究TMB水平与免疫治疗后患者生存情况的关系

    2.6K10

    解释选择性视觉注意相关的广泛经验现象，视觉识别的自由能例子拆解

    我们还进行了一项研究，对每个输入图像进行了20次模拟，以确定三种条件之间是否存在统计学上显著的差异（见图4）。...给定这些感觉信号，最小化自由能产生每个模板的后验概率密度，反映了感觉信号由相应对象引起的概率。从这个角度来看，模板对应于对感觉信号潜在原因的先验信念，通过贝叶斯信念更新从感觉数据中恢复。...然而，如上所述，这可能取决于参数设置，这些参数设置必须针对任何给定的选择行为进行优化，从而使贝叶斯模型比较能够确定哪种模型是最能解释实验数据的。...除了这些行为评估之外，PE-SAIM和EM-SAIM还可以生成类似EEG或fMRI测量的类型的神经元响应。...为了模拟神经元响应，我们省略了内容网络，因为它的激活取决于“像素化输入”。我们对选择网络和知识网络的输出激活和输入激活（由方程（2.11）、（2.13）、（3.3）和（3.5）定义）进行了求和。

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    细胞图谱 | Nature | 空间定位的人类胸腺细胞图谱映射到连续的组织轴上

    这种统一的 OrganAxis 使各种下游分析成为可能，例如不同模态的数据整合以及沿 OrganAxis 的基因表达和蛋白质丰度的跨条件比较（图 1e（右））。...CCR4（也称为CD194）的表达已知通过响应CCL17和CCL22介导皮质髓质迁移，在整个CD4hiCD8lo阶段增加，但CD4谱系的细胞直到迁移窗口结束时仍保持CCR4高表达，而未成熟的CD8谱系胸腺细胞表现出受体...为了包埋，胎儿或儿童胸腺组织首先转移到 PBS 中，然后放在冰上几分钟，以清除多余的培养基和保存液（如 HypoThermosol）。...我们首先对 Visium 基因表达进行了对数归一化处理，然后去除了未检测到任何皮层或髓质 Visium 点的叶小节，以提高两个数据集中 CMA 的置信度。...然后，将每种稀释后的抗体亚库存的 2 µl 结合到主混合液中，该混合液被加入到细胞中，在总体积为 200 µl 的条件下进行标记。 有关 TotalSeq-C 抗体的详细信息见补充表 6。

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    贝叶斯思想概述：从贝叶斯定理到贝叶斯网络

    接下来的这张图显示，在给定测试结果的病毒是否存在的条件下，它的结果也取决于测试（如上面的表格所示）： 然后，当我提供证据证明测试结果是True。...但是如果一个测试结果是false，之前的结果会再次出现，即病毒只有91%的机会存在于你的体内： 总之，贝叶斯网络有助于我们展现贝叶斯思维，当数据量适中、不完整和/或不确定时，贝叶斯网络可以用于数据科学中...他们还可以引入专家判断来建立或完善网络。它们允许“模拟”不同的场景，而且能够表示出输入值（在这个例子中即是病毒的存在和测试的准确度）与输出（事件实际发生的概率）是如何在某种程度上联系在一起的。...在这篇文章中，我解释了如何从贝叶斯定理开始建立贝叶斯网络。我目前正在研究贝叶斯网络来预测项目的成本和风险。我想分享构建这种强大的人工智能工具的基础知识。...除了跨越理论和数据之间的界限外，贝叶斯网络还具有因果关系这种特殊性质。 在特定条件下，即特定的理论驱动假设下，贝叶斯网络可以促进因果关系的推理。

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    NATURE|人类突变特征

    然而，由于样本中有许多特征和/或异质突变负荷，在一个特定样本中观察到的突变可以以多种方式重新构建——通常从许多特征中得到小的和/或生物学上难以置信的贡献。...Indels特征1 (ID1)主要由胸腺嘧啶的插入和删除组成，ID2主要由胸腺嘧啶缺失组成，均在长(≥5)胸腺嘧啶单核核苷酸重复序列(图2)。...在高突变和非高突变的癌症基因组中，ID1和ID2分别占了97%和45%的indel。它们可能是由于长单核苷束DNA复制过程中新生链(ID1)或模板链(ID2)的滑移引起的。...ID13的主要特征是胸腺嘧啶-胸腺嘧啶二核苷酸的胸腺嘧啶缺失，并在皮肤的恶性黑色素瘤中表现出大量突变（图2,3）。...然而，胞嘧啶-胞嘧啶二核苷酸的胞嘧啶缺失在ID13中并不明显，这可能反映了胸腺嘧啶相对于紫外光诱导的胞嘧啶二聚体的优势。ID6和ID8特征主要是≥5-bp删除(图2)。

    2.3K20

    @Controller和@RestController的区别

    表示该控制器中的所有方法都返回数据而不是视图。 将每个方法的返回值直接作为 HTTP 响应的内容，而不经过视图解析器。...; // 直接返回数据 } } 代码中的 @ResponseBody 注解告诉Spring框架，方法的返回值应该直接作为HTTP响应的主体内容，而不是通过视图解析器解析成视图。...这个注解告诉 Spring 框架不要将方法的返回值解析为视图，而是直接将其转换为响应的主体内容。...通常用于处理POST请求中的JSON或XML格式的数据。 当使用 @RequestBody 注解时，Spring MVC 会尝试将请求体的内容转换为指定的方法参数类型。...@PathViriable 在 Spring MVC 中，@PathVariable 是一个用于从 URI 中提取模板变量值的注解。模板变量是在 URI 中用花括号 {} 包裹的占位符。

    1.2K11

    PNAS：与语言相关的脑网络中特定频率的有向连接

    这些结果表明在语言处理过程中，有节律的定向交互的功能相关性取决于由不同频率段支持的脑区间相互作用的方向。这种功能相关性可扩展到其他认知领域，即反映一种与任务相关的脑网络中的信息动态流向的通用机制。...使用 ASEO 算法和盲源分离技术结合，将单次试次信号建模为正在进行的活动和事件相关的成分的组合，并从数据中去掉在模型中单次试次引起的响应。...使用Conte69 模板将每个大脑半球分割成191个脑区。...条件是根据单词是否出现在句式结构良好的句子上下文（或单词序列的一部分）；以及单词是否出现在句子(或单词序列)前段（2-4个单词）或句子（或单词序列）后段（n-3到n-1，n是语句序列的总词汇数）来定义。...来自颞叶皮层区域的连接峰值频率( α和低的β 频率) 始终低于来自顶叶或额叶区域(高β值)的连接峰值频率。此外，本研究的数据还揭示了大脑语言系统中特定频率下的子网络。

    1.4K10

    语言网络的短期迅速重组

    相反，对语音区域的刺激抑制了网络中的活动，并且在不引起脑区激活强度增加的情况下破坏了行为。这一现象说明相邻网络的补偿能力可能取决于功能中断的水平，反映出不同语言网络的特异性补偿能力。...每个miniblock间隔16s的静息态，当静息态结束后，要求被试尽可能快且准确地用左手中指或食指按下响应板上的按钮来做出反应。...功能图像的统计分析分两步进行：第一步包括每个任务条件的回归，指令和重新对齐参数。每个回归所有输入都与SPM8的标准血液动力学响应函数进行了卷积。...使用SPM8中的最小二乘法估计所有条件的体素回归系数，并从每个条件（即不同cTBS条件下的任务的主要影响）生成t统计量（SPM{t}）的统计参数图。...Results cTBS刺激AG和SMG后被试对任务响应速度的差异分析 在扫描fMRI过程中被试接受了语义任务（判断词语是自然的或人造的）和语音任务（判断词语是两个或三个音节）。

    1.2K80

    婴儿认知的血流动力学研究

    这种解剖学上的可变只能通过结构MRI解决(婴儿或年龄对应模板，详见5.2节)。 最后，fMRI的时间分辨率通常为0.5Hz(每2秒一个全脑样本)。...其次，与成人相比，婴儿的血流动力学响应函数(HRF)幅值较小，时序信息变化较慢（见图3），因此在信噪比相同的情况下，在相同刺激条件下，婴儿的血流动力学响应更难被检测到。...虽然在V和A+V条件下枕叶皮层的fNIRS通道被等效激活，但颞叶皮层的活动因条件而异：A+V条件下颞叶显著激活，V条件下显著负激活。...因此，我们需要特定年龄或头部尺寸的大脑模板(见图4)来定位全发育过程中覆盖解剖结构的fNIRS通道。...因此，该方法不在体素集群之间进行平滑处理，将体素转换为平均大脑模板，而是将原始体素激活输入到回归分析或机器学习算法中，根据体素激活模式预测存在哪种刺激。

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    鱼类淋巴细胞：在进化上和哺乳动物先天样淋巴细胞（ILL）类似？

    在体外和体内，鱼类淋巴细胞被证明具有功能活性，并产生和/或受淋巴细胞相关细胞因子家族的影响。...在肠道内，IEL表现出体外自发的细胞毒活性，增值能力差（未公开出版发行的），并在没有抗原刺激的情况下，在TcRβ链/TcRγ链的CDR 3连接长度中对给定的V/C组合进行体内自发体细胞重排。...鱼类肠道可以成为T细胞的主要产生场所，这一假说的支持来自于关于鲈鱼免疫系统发育的数据，在正处于发育的肠道中检测到第一抗体阳性的T细胞比在胸腺中检测到的要早，也可以同时检测到。...实验证据表明，鱼肠可能是T细胞的主要淋巴组织，甚至在它们出现在胸腺之前就可以在那里被检测到，在那里可能存在与胸腺t细胞选择不同的T细胞选择。...直到哺乳动物之前可能T细胞亚群与胸腺无关的起源似乎是保守的，其中γδt细胞可能来源于人胎肝和妊娠期6至9周的原始肠，这是通过研究δtcr在人类发育过程中的表达而提出的。

    2.3K30

    A Theory of Learning to Infer ：有限资源下不合理的合理性

    2 基于查询的分布优化该识别模型的参数,使得输出平均上尽可能接近真实的后验概率。这导致了习得性偏差,即忽略哪些信息源,这取决于这些信息源中的哪一个可靠地与真实后验相关。...精确的贝叶斯推断几乎总是不可能的。学习推理指的是一种特定的近似推理方案,使用模式识别系统(例如神经网络,但它也可以是范例概括模型)来发现和利用假设给定数据的条件分布中的模式(后验)。...直观上,退化导致模型作为后验对数优势的函数具有相对平坦的响应,这意味着偏差也将随着后验对数优势而增加。 操纵查询分布 在本节中,我们更直接地关注查询分布的作用。...我们的模型的一个基本预测是,它将更重视先验或可能性,这取决于两者中哪一个在历史上更能提供关于真实后验的信息。...我们在一个新的实验中通过操纵先验的信息含量和学习阶段的可能性来实证检验这一预测,试图在随后的实验条件固定的测试阶段引发对数据的过度反应和反应不足。

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