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全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) (2) -- pigeon

通过isoseq collapse和pigeon,我们最终能得到带有基因注释表达矩阵,后续基因差异分析,差异基因KEGG注释等都和二代RNA-seq类似了。...下面我们通过使用isoseq collapse和 pigeon对转录本(isoforms)进行在参考基因组指导下进一步合并(collapse),注释,分类和定量。...单个样本数据示例 pbmm2回贴转录本,map reads using pbmm2 # 建立参考基因组文件夹,并将参考基因组和注释文件放入其中 $ mkdir human_ref #参考序列建立索引 $...如果是多样本,后期需要做定量或差异表达分析的话,如果没有样本名称的话(bam文件 SM tag样本名称),需要在lima拆分或者去除primers时候将每个样本重新命名,这样collapsed.flnc_count.txt...使用方法 Pigeon是一个PacBio转录工具包,包含了用于将全长转录本isoforms按照参考基因组注释进行分类和过滤工具。

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关于Flutter 2.5稳定版知道多少?

当你创建一个新 Dart 或 Flutter 项目时,不仅可以使用这些规范,而且 只需要几个步骤 就可以将这种相同分析添加到你现有的应用。...要启用图标预览,需要告诉该插件正在使用哪些 package。在插件设置 / 偏好页面有一个新文本字段。 注意,这对定义静态常量图标有效,如屏幕截图中示例代码所示。...也可以在 VS Code ,通过在 editor.codeActionsOnSave 添加 source.fixAll 来设置保存时运行。...它支持以下功能: 使用 ChangeNotifier 来协调多个小工具 默认情况下,使用 arb 文件生成本地化。 包括一个示例图像,并为图像资源建立了 1x、2x 和 3x 文件夹。...使用「功能优先」文件夹组织方式 支持 shared_preference 支持浅色和深色主题设计 支持多页之间导航 随着时间推移和 Flutter 最佳实践发展,希望这个新模板也随之发展。

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    Flutter 2.5正式版发布,带来重大更新

    ; 以及提供一个全新应用程序模板, real-world Flutter 应用程序提供更好基础。...因此,在此版本,(#26219、#82883、#84740)解决了未使用图像内存没有被急切地回收问题,大大降低了了VMGC问题。...另一个出色社区贡献是 ScaffoldMessenger , 可能还记得 从Flutter 2.0 开始 ScaffoldMessenger 提供了一个更强大方式来显示 SnackBars ,...并提供了下面的功能: 用于 ChangeNotifier 协调多个 Widget 默认情况下使用 arb 文件生成本地化 包括示例图像并为图像资产建立 1x、2x 和 3x 文件夹 使用“功能优先”文件夹组织...目前,Flutter 团队一些插件已经使用Pigeon,在此版本它提供了更多有用错误消息,增加了对泛型、原始数据类型作为参数和返回类型以及多个参数支持,预计开发者将来会更频繁地使用它。

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    斯坦福 | 发布最新PIGEON模型,AI看图猜位置,准确率超90%!

    PIGEON进步还启发了开发人员创建另一个模型PIGEOTTO,使用Flickr和维基百科400万张图像进行训练,输入任意图像而非街景全景图,就能定位出图像位置,功能更加强大。...使用地理、人口统计和地质辅助数据来增强街景数据集,使用基于规则系统每个图像创建随机描述,例如: 地点:南非东开普省地区街景照片 Location: A Street View photo in the...再次使用OPTICS聚类算法,其中minsample参数3,xi参数0.15来聚类geocell内所有点,从而提出在cell内分类设置中学习类别。...在推理过程,首先计算并平均新位置嵌入,采用平均图像嵌入与给定geocell内所有原型之间欧几里得距离,选择具有最小欧几里得图像嵌入距离原型位置作为最终地理定位预测。...实验结果 性能最好PIGEON模型实现了91.96%国家准确率(基于政治边界),40.36%猜测都在距离正确位置25公里以内,位公里误差44.35公里,GeoGuessr平均得分为4525分。

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    Flutter 2.5正式版发布,带来多项重大更新

    ; 以及提供一个全新应用程序模板, real-world Flutter 应用程序提供更好基础。...因此,在此版本,(#26219、#82883、#84740)解决了未使用图像内存没有被急切地回收问题,大大降低了了VMGC问题。...另一个出色社区贡献是 ScaffoldMessenger , 可能还记得 从Flutter 2.0 开始 ScaffoldMessenger 提供了一个更强大方式来显示 SnackBars ,...,并提供了下面的功能: 用于 ChangeNotifier 协调多个 Widget 默认情况下使用 arb 文件生成本地化 包括示例图像并为图像资产建立 1x、2x 和 3x 文件夹 使用“功能优先”文件夹组织...[在这里插入图片描述] 目前,Flutter 团队一些插件已经使用Pigeon,在此版本它提供了更多有用错误消息,增加了对泛型、原始数据类型作为参数和返回类型以及多个参数支持,预计开发者将来会更频繁地使用

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    Flutter 多引擎渲染,在稿定 App 实践(二):原理篇

    前言 在这么偏僻技术路线上,还是有蛮多读者和社区认可。所以笔者会把这方案原理详细介绍给大家,让大家少走一些弯路。...(dart 说实话也不是一个好开发语言 ...)。 基于这个前提选择很少,Flutter 多引擎是实现跨端 UI 现在是最现实方案而已。...毕竟官方也是只有 Demo,甚至官方推荐 pigeon Demo[1] 也没和 multiple_flutters Demo[2] 联系起来。 至于为什么不继续使用容器混合型开发?...跨端 UI 组件化优势: APP 双端 UI 一致性实现,并且可以部署独立 Web Demo,提前进行 UI 走查。...解决开发使用痛点,减少开发难度曲线,自动生成调用 ComponentAPI 给 Native 侧无感调用抹平开发使用成本。 下面会从开发流程角度,逐步分析整套方案实现关键点。

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    Pigeon- Flutter多端接口一致性以及规范化管理实践

    导语: 跨端开发,经常会遇到插件,接口管理上问题。了解完本文,将会了解Flutter是如何通过Pigeon去解决plugin多端开发难以管理问题。...在Flutter插件包开发,因为涉及到native双端代码实现能力,dart侧暴露统一接口给使用者,也会出现同样问题,这里Flutter官方推荐使用Pigeon进行插件管理。...添加依赖 首先在pubspec.yaml添加依赖 dev_dependencies:   flutter_test:     sdk: flutter   pigeon:     version: 0.1.7...然后按照官方要求添加一个pigeons目录,这里我们放dart侧入口文件,内容接口、参数、返回值定义,后面通过pigeon命令,生产native端代码。...总结:通过Pigeon来管理Flutterplugin库,只需要在dart侧维护一份协议即可,即使在多端协同开发情况下,也达到约束和规范作用。

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    Google 2020开发者大会Flutter专题

    开发者可以使用 Flutter Gallery App 在 Timeline 查看 CPU/GPU 使用率,也可以用集成测试自动检测 CPU/GPU 使用率。...Pigeon与Flutter混合开发 什么是Pigeon 在早期hybird开发模式,前端和Native交互时需要native双端JS提供接口。...同样,在Flutter插件包开发,因为涉及到Native双端代码开发能力,Dart侧暴露统一接口给使用者,也会出现同样问题,此时Pigeon应运而生,Pigeon是Flutter官方推荐插件管理工具...dependencies: pigeon: ^0.1.15 然后,按照官方要求在项目目录下新建一个pigeons目录,作为存放dart侧入口文件,内容接口、参数、返回值定义等,以及后面通过pigeon...,而不是Sliver每项Cell单位 外接原生图片库,实现共享本地缓存 [在这里插入图片描述] 最后,我们来看一下Flutter在阿里巴巴体系化建设。

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    【译】Flutter 1.20 发布

    使用 PR 52126,我们很高兴地说等待已经结束:不再要求用户重新输入,操作系统已为他们收集数据。 ? 自动填充 另外会很高兴听到我们也已经开始 Web 添加此功能。...如果有兴趣向 InteractiveViewer 启用 Flutter 应用程序添加交互,那么可能也会很高兴听到我们在此版本添加了更多功能来拖动“n”。...image 现在,“Network” 页面会将计时信息以及状态和内容类型等其他信息添加到应用 network calls 。...为了满足这一需求,我们创建了 Pigeon 这个命令行工具,该工具使用 Dart 语法在平台通道顶部生成类型安全消息传递代码,而无需添加其他运行时依赖项。...使用Pigeon可以在直接调用 Dart 方法情况下调用 Java / Objective-C / Kotlin / Swift 类方法并传递非基本数据对象,而无需在平台通道上手动匹配方法字符串和序列化参数

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    Flutter混编工程之轻量化改造

    根据前面的几篇文章,我们修改下之前代码,先根目录下创建Pigeon文件夹,将不同协议,分别写入不同协议文件,例如:SchemaBookSearchAPI、SchemaUserAPI等等。...首先,依然是借用Pigeon那一套东西,生成相应Channel代码,之所以要使用Pigeon来生成代码原因,主要还是Pigeon使用了BasicMessageChannel来进行Channel通信...生成三方协议代码,在Android,我们创建一个通用FlutterActivity,并实现协议关于网络请求方法,借助前面几节内容,我们可以很方便实现下面的代码。...❞ 轻量化下开发流程 在使用Flutter开发新业务需求时,首先需要在Flutter创建相应路由名,然后在main配置相应业务页面,接下来即可进行正常Flutter业务开发,在网络请求等需要桥接原生地方...频繁请求场景 使用普通接口数据,连续请求10次,目前常规开发接口请求场景,大部分为1到3次,可以满足几乎目前所有使用场景。

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    Ipython、Jupyter 入门

    Python和很多语言对接,例如高效C语言 什么是IPython?...在代码输入栏下边添加一个输入栏,选中输入栏,b 在代码输入栏上边添加一个输入栏,选中输入栏,a 想要删除一个输入栏,选中输入栏,dd 2、使用?         ??...相当于把外部文件所有方法全部导入到Jupyter notebook。...timeit会多次运行statement,最后得到一个更为精确预期运行时间 可以使用两个%来测试多行对平均运行时间: %%timeit statement1 statement2 statement3...3、查看当前会话所有变量与函数 %who 查看当前会话所有变量与函数名称详细信息: %whos 4、执行Linux命令   前提是,终端试运行在linux系统上。 !

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    WordPress Flickr 相册插件:Flickr Photo Album

    搜索引擎友好URLs 完全控制外观和感觉,具体看下面的客户化章节 可以显示或者隐藏标识‘private’照片 支持 Flickr 注释(目前仅支持 Firefox)和 Flickr 留言。...增加了一个新 photo 标签以便让你能够轻易增加 Flichr 照片到你任何 blog 文章。 这个新 photo 标签可以让通过 tags 来分类照片或者搜索所有照片。...首先这个插件安装是比较直接,但是需要几个步骤。激活这个插件,设置缓存文件夹权限,然后创建一个 Flickr API Key 并将其输入到这个插件。...我选择 “photos” 这个显而易见名字,这样照片可以开始立刻被显示。 可以客户化照片页面,可以做更多,如在你主题文件夹增加一个模板页面。我还没有考虑那么做,嘻嘻!...我喜欢看到被实现特性是 Flickr 收藏特性,以及在你 blog 上独自组织相册到收藏夹特向。 使用这个插件喜欢它什么地方? ----

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    教程 | 用深度学习DIY自动化监控系统

    整个过程可以被归纳 3 个阶段: 1. 数据准备 2. 训练模型 3. 推断 ? 涉及训练目标检测模型工作流程。 如果你想看到那些激励进行更多尝试结果,请向下滚动到第 3 阶段!...在这种情况下,我们可以训练自己目标检测器,以便从正常图像识别我们目标。 ? 从我们数据集中提取带注释图像。 如前所述,摄像机图像质量可能较低。因此必须训练模型适应这样工作条件。...步骤 2:注释数据集 可以使用像 LabelImg 这样工具来进行注释。这是一项乏味任务,但同样重要。注释存储 XML 文件。...在 annotations 文件夹创建一个名为 xmls 文件夹,并将所有 XML 文件放入其中。...事实上,如果不想手动注释数据集,可以请求它们添加注释。以下是 Nanonets 负责繁重工作时简化工作流程。 ?

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    海盗中间件:美团服务体验平台对接业务数据最佳实践

    总第268篇 2018年 第60篇 背景 移动互联网时代,用户体验王。美团服务体验平台希望能够帮助客户解决在选、购、用美团产品过程遇到各种问题,真正做到“以客户中心”,客户排忧解难。...本文会着重讲一下在整个系统交互过程遇到一些问题,然后分享一下在实践探索出来经验和方法论,希望能够给大家带来一些启发。...服务体验平台内部对所有的业务数据和逻辑进行统一抽象,对内标准化接口,屏蔽掉业务逻辑和接口差异。所有的定制化逻辑都在适配层中封装。...//第一个task { "url": "http://helloWorld.test.hello", //url pigeon...通过DSL方式把之前硬编码组装逻辑实现了配置化,然后通过海盗引擎把并行调用服务都执行了并行调用,数据使用方不用再自己处理性能优化。 使用JSON DSL 描述整个工作蓝图,简单易学。

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    (Mac Windows)双系统上Git使用(不会打我)

    克隆项目 git clone https://gitee.com/root121toor/giteeTEst.git 后面要下载东西 ?...4 git提交 1)进入项目里面 2)使用 git add '添加文件名' 3) 使用 git commit -m '注释' 5 仓库修改信息 修改完成后按照原来程序再执行...(1)新建文件夹,进入到该目录,右键打开git bash (2)在文件夹内初始化git(创建git仓库) git init ( 会生成一个 .git 隐藏文件 ) (3)仓库添加信息...5、Git 内容完整性要优于 SVN: Git 内容存储使用是 SHA-1 哈希算法。这确保代码内容完整性,确保在遇到磁盘故障和网 络问题时降低对版本库破坏。...创作不易 累死了,,点个赞 关注下 么么哒

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    使用Python分析姿态估计数据集COCO教程

    可以在源站点上找到更多详细信息,在那里还可以下载所有必需文件:https://cocodataset.org/ 数据集由图像文件和注释文件组成。...在接下来几行,我们每个图像加载元数据,这是一个包含图像宽度、高度、名称、许可证等一般信息词典。 在第14行,我们加载给定图像注释元数据,这是一个字典列表,每个字典代表一个人。...在一个图像可能有多个人,因此是一对多关系。 在下一步,我们合并两个表(left join操作)并将训练集和验证集组合,另外,我们添加了一个新列source,值0表示训练集,值1表示验证集。...这样信息是必要,因为我们需要知道应该在哪个文件夹搜索图像。...还记得一个额外属性scale_cat?现在我们要好好利用它。

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    RPC第一篇:一个RPC调用执行过程

    通过本篇文章可以了解到一个RPC调用执行过程,从而能快速定位问题 Pigeon 作为 RPC 中间件,本篇文章就以 Pigeon-2.10.8 例, 什么是Pigeon Pigeon是一个纯粹使用...Pigeon使用代理模式来实现。 客户端Filter 代理模式具体实现,是用责任链模式衔接,框架提供了高可扩展性。...Pipeline 负责对 Channel 数据进行加工,在 Pigeon ,其主要包含:序列化、反序列化、完整性校验、解压缩等。... invoke 方法(这里使用 JDK 动态代理)。...3、在 RemoteCallInvokeFilter 调用 Client.write 方法,其逻辑从连接池(ChannelPool) 获取连接(获取连接超时时间默认为:2000ms),然后将数据写进

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