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GenomeStudio 中的背景校正和归一化算法

这个算法的思想比较简单,比如两个重复样本AB, 其信号强度理论上是相同的,但是实际情况并不会完全相同,而是存在倍数关系,比如B 是A的1.5倍,为了将二者归一化到同一水平,将A 的信号强度乘以1.5就可以了...使用NEGATIVE探针的某个信号强度作为需要减去的噪声强度,上面的代码通过对NEGATIVE探针的信号强度排序之后,随机挑选了第31位点的信号强度作为噪声,然后在原始的信号强度中减去这部分噪声强度。...在减去噪声强度同时,可能会出现最终的值小于零的情况,这里将最终小于零的值变成了0。...GenomeStudio的背景降噪算法的核心是利用NEGATIVE 探针的信号强度计算出一个统一的噪声强度,然后在原始的信号强度的基础上减去该噪声强度。...只有经过了包括背景降噪归一化在内的预处理步骤直接,才可以进行后续的差异分析。

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音频增益响度分析 ReplayGain 附完整C代码示例

ANS背景噪音抑制(Automatic Noise Suppression) 探测出背景固定频率的杂音并消除背景噪音。...AEC是回声消除器(Acoustic Echo Canceller) 对扬声器信号与由它产生的多路径回声的相关性为基础,建立远端信号的语音模型,利用它对回声进行估计,并不断地修改滤波器的系数,使得估计值更加逼近真实的回声...主要要考虑的是多长的音频,怎么分析当前音频的音量或者强度。 根据这个强度对整个音频做一个归一化拉伸,诸如此类。 图像与音频殊途同归。...根据维基上的说明,现在大多数使用的开源实现是  MP3Gain 资料见: http://wiki.hydrogenaud.io/index.php?...不需要增益则为0,需要增益则为对应的浮点正数或负数。 当然,不能传入太少的音频样本,否则无法客观分析。 算法只需要传入音频的数据指定需要分析的样本长度即可。 最终输出一个 推荐增益的分贝值。

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Web性能探索之旅-1.无线网络基础

一、无所不在的连接 针对不通的使用场景,无线网络技术有很多种。 鉴于无线网络技术如此多样,笼统地概括所有无线网络的性能优化手段是不可能的。...在所有这些因素中,与数据传输速度最直接相关的就是接收端发送端之间的可用带宽和信号强度 2.1 带宽 带宽:频率范围的大小。 根据香农的模型,信道的总体比特率与分配的带宽呈正比。...2.2 信号强度 信号强度:又叫做信噪比(SNR)。本质上,信噪比衡量的是预期信号强度背景噪声及干扰之间的比值。背景噪声越大,携带信息的信号就必须越强。...提高信噪比:增大发射功率,缩短收发两端的距离 路径损耗(通路衰减):信号强度随距离降低。 2.3 调制 用于编码信号的算法对无线性能同样有显著影响。...三、测量现实中的无线性能 所有利用无线电的通信都:  1.通过共享的通信媒体(无线电波)实现;  2.在管制下使用特定频率范围发射功率;  3.受限于不断变化的背景噪声干扰、所选的无线技术的技术约束

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Web性能探索之旅-1.无线网络基础

一、无所不在的连接 针对不通的使用场景,无线网络技术有很多种。 鉴于无线网络技术如此多样,笼统地概括所有无线网络的性能优化手段是不可能的。...在所有这些因素中,与数据传输速度最直接相关的就是接收端发送端之间的可用带宽和信号强度 2.1 带宽 带宽:频率范围的大小。 根据香农的模型,信道的总体比特率与分配的带宽呈正比。...2.2 信号强度 信号强度:又叫做信噪比(SNR)。本质上,信噪比衡量的是预期信号强度背景噪声及干扰之间的比值。背景噪声越大,携带信息的信号就必须越强。...提高信噪比:增大发射功率,缩短收发两端的距离 路径损耗(通路衰减):信号强度随距离降低。 2.3 调制 用于编码信号的算法对无线性能同样有显著影响。...三、测量现实中的无线性能 所有利用无线电的通信都:  1.通过共享的通信媒体(无线电波)实现;  2.在管制下使用特定频率范围发射功率;  3.受限于不断变化的背景噪声干扰、所选的无线技术的技术约束

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MACS3—探索基因组调控的钥匙

这种方法有效地区分了真实信号背景噪音,显著提高了峰值检测的准确性。...也可以同时指定多个文件,如 `-c A B C`,这些文件将被合并以估计 ChIP-seq 的背景噪声。 -f #指定输入文件的格式。...-B #设定是否分别保存extended fragment pileup local lambda tracks[局部背景信号估计] 到bedGraph文件,这些文件对于在基因组浏览器中可视化峰值背景信号非常有用...) for the Peak Summit):p 值越小,-log10(pvalue) 值越大,峰的显著性越高 fold_enrichment :折叠富集值,表示峰顶信号强度相对于局部背景的富集程度。...signalValue - 折叠富集值,表示峰顶信号强度相对于局部背景的富集程度。(同NAME_peaks.xls第8列) pValue - 统计显著性的度量,p 值的负对数值。

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Lidar强度图+VPR

,β是物体的反射率,θ是介质的吸收,反射率β受成分、粗糙度水分含量以及光束撞击表面的入射角的影响,具体示意图如下 测量信号第一次返回的时钟精度限制了距离测量的精度。...但是可以通过确定发射接收信号之间的相位差可以获得额外的精度增益。以更高准确度为目标的扫描仪会发送多个脉冲,这反过来又限制了距离测量的频率。现在单个传感器的测量频率 fm 可能达到 50 kHz。...之前针对 SLAM 位置识别的 3D-LiDAR 的大部分工作都集中在使用距离测量上,忽略其他可能有价值的信息。这也可能是因为机器人技术中使用的旧激光雷达的强度信息没有那么精确。...当激光雷达强度投影成全景图像时,激光雷达强度会让人想起使用灰度相机获得的强度。毫无疑问,LiDAR 强度图像的质量与相机等无源传感器获取的图像相比仍然较低。...对于每个数据集,提取了以下描述符:ORB、BRISK 作为BIN,Superpoint SURF 作为浮点

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基因芯片数据挖掘分析表达差异基因

下面大家分享一下基因芯片数据的预处理方法。 1)分析前需要对数据进行背景信号处理:背景处理即过滤芯片杂交信号中属于非特异性的背景噪音部分。...也可利用芯片最低信号强度的点(代表非特异性的样本与探针结合值)或综合整个芯片非杂交点背景所得的平均吸光值做为背景。 ?...2)芯片数据清理:经过背景校正后的芯片数据中可能会产生负值,还有一些单个异常大(或小)的峰(谷)信号(随机噪声)。...对于负值噪声信号,通常的处理方法就是将其去除,常见数据经验型舍弃方法有:A.标准值或奇异值舍弃法;B.变异系数法;前景值<200;前景值-平均数/前景值-中位数<80%等等。...对数转换能使上调、下调的基因连续分布在0的周围,更加符合正态分布,同时对数转换使荧光信号强度的标准差减少,利于进一步的数据分析。

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minfi 分析甲基化芯片数据 - 预处理篇

在芯片分析中,使用探针的信号强度来衡量表达量,但是探针的信号强度会受到噪声的干扰,所以需要去除背景噪声。...常见的背景降噪算法都是通过control探针的信号强度来校正CpG探针的信号强度。 对于甲基化芯片而言,由于混合了I型探针II型探针,其归一化策略其他的芯片会有所不同,必须使用专门的算法。...I型探针II 型探针之间的差异 450K850K芯片都混合使用了I型探针II 型探针,而这两种探针的信号强度的分布并不相同。 ?...Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips 在minfi 中, 提供了许多封装好的函数进行预处理操作,包括以下几种 preprocessRaw 直接使用探针原始的信号强度...公司提供的`Genomestudio 软件相同的背景降噪归一化算法。

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安捷伦芯片原始数据处理

一、 RGList对象结构 Red, Green Intensity List - class 什么意思:我的理解是红色绿色荧光信号强度列表,包含双通道芯片原始的荧光信号强度的矩阵探针/基因对应到哪个荧光点的注释信息...Description 一个基于列表的S4类,用于存储一批荧光斑点微阵列的红色绿色通道前景背景强度。RGList对象通常由read.maimages函数创建。...「Optional components include 可选组分」 「Rb」 「包含红色荧光(cy5)背景信号强度的实数矩阵。」 「Gb」 「包含绿色荧光(cy3)背景信号强度的实数矩阵。」...回旋镖这么快就扎回来了,我们在genes数据框下看到有45015个点及对应的注释信息,这里我们看到绿色前景荧光,绿色背景荧光,红色前景荧光,红色背景荧光都是有45015行,对应每个点的信号强度,而122...-背景信号强度A值(A值=前景信号强度+背景信号强度)的列表。

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动脉自旋标记(ASL)磁共振成像:基础物理、脉冲序列建模

Fig.12.6比较2D-EPI3D-EPI采集方案来解释说明。同时多层成像技术(SMS)激励可用于加速2D多层读出的获取,从而降低TI/PLD中的可变性不同层之间的背景抑制。...12.6.2 背景抑制 Ye等人建议使用背景抑制反转脉冲来减少与灌注无关的静态信号污染,且证明了使用背景抑制能够大大降低测量灌注信号的方差。...Fig.12.7 将背景抑制应用于3T肾脏ASL采集的实例显示: (i)质子密度图像; (Ii)使用两个背景抑制脉冲将静态控制标签信号置零的背景抑制图像(注意在五个层的恢复); (iii)灌注加权差值图像...典型的venc为50 mm/s,消除来自动脉小动脉的移动信号同时保留了来自组织的信号(Fig.12.8)。...这是在使用血液(T1b)的假定T1值的同时,通过λ(组织的信号强度与血液的信号强度)在逐个体素的基础上缩放单独获取的质子密度图像(Mt,0)来计算的。

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优化雾天目标检测与识别,能见度极低的条件下显著提高信号清晰度!

背景光提取、视觉增强图像增强。在背景光提取模块中,提出了一种基于结构相似性指数测量(SSIM)[24]的估计器,以确保仅过滤背景光,保留所需的信号。...由于不均匀光照通常是一个低频信号,作者可以使用低通滤波器来估计并移除背景光。然而,对于复杂场景,滤波器参数的选择至关重要。...提出了一种基于图像特征的自适应算法,可自动估计适当的滤波器大小,在有效去除非均匀光照的同时保留图像细节。 背景光估计原理是低通滤波。...数据比较显示,在室内严重不均匀光照条件下,HE放大了不均匀光照干扰同时增强了信号。由于块间光照强度差异显著,CLAHE难以无缝整合每个图块的光照强度,导致明显的块状伪影。...由于室内场景缺乏一致的背景光,DCP的估计与实际衰减模型偏差较大,使得每通道图像背景光估计对图像恢复无效。考虑到同态滤波,SSR成功地恢复了图像信息,但恢复的对比度较低,使得信号难以清晰观察。

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Python 做图片清晰度识别

我们期望的是一个单一的浮点数就可以表示图片的清晰度。...它被用来测量图片的二阶导数,突出图片中强度快速变化的区域, Sobel 以及 Scharr 算子十分相似。并且,以上算子一样,拉普拉斯算子也经常用于边缘检测。...实操 原理看起来比较复杂,涉及到很多信号啊图片处理的相关知识,下面我们来实操一下,直观感受下。...阀值依赖于你实际应用的业务场景,需要根据使用场景的不同做不同的定制。 真正的银弹并不存在。除了需要定个阀值外,有些图片可能会故意做个背景模糊或者背景虚化,这种图片很容易被误杀。 比如: ?...这个图前景其实看着还行,但是背景有大片的虚化模糊,这种情况下比较容易被误杀。 所以最好还是在了解原理之后,根据实际场景来使用

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3行代码Python搞定图片清晰度识别,原来我们看到的不一定是这样的

我们期望的是一个单一的浮点数就可以表示图片的清晰度。...它被用来测量图片的二阶导数,突出图片中强度快速变化的区域, Sobel 以及 Scharr 算子十分相似。并且,以上算子一样,拉普拉斯算子也经常用于边缘检测。...实操 原理看起来比较复杂,涉及到很多信号啊图片处理的相关知识,下面我们来实操一下,直观感受下。...阀值依赖于你实际应用的业务场景,需要根据使用场景的不同做不同的定制。 真正的银弹并不存在。除了需要定个阀值外,有些图片可能会故意做个背景模糊或者背景虚化,这种图片很容易被误杀。...这个图前景其实看着还行,但是背景有大片的虚化模糊,这种情况下比较容易被误杀。 所以最好还是在了解原理之后,根据实际场景来使用

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R-语言学习-20230911

测序分为芯片数据二代测序。图片series matrix file(s)是表达矩阵。图片GSE12417_RAW.tar是指原始数据。图片表达矩阵.txt文本用excel打开,前37行是实验信息。...质量控制 控制测序深度 背景校正 汇总。对于芯片数据而言,在分析之前,需要先进行背景校正background correct。...所谓背景校正,其本质上都是一个减法,将总体信号看做由探针特异性的结合信号 (真实信号)非特异性结合 (噪声信号)两部分组成,背景校正的工作就是从总体信号中减去噪声信号,从而得到真实信号。...芯片数据的灰度图特被黑,说明型号强度低,图像特别亮,说明信号强度有可能过饱和。层次聚类也叫树状聚类。"mm.data.raw" 是一个变量,它是通过将数据转换为 "mm" 格式而创建的。...每一个发现的基因都会被编制一个统一的编号,而Entrez ID是指的来自于NCBI旗下的Entrez gene数据库所使用的编号。

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从嘈杂视频中提取超清人声,语音增强模型PHASEN已加入微软视频服务丨AAAI 2020

下文中我们将详细介绍问题提出的背景、实现细节以及实验结果。 研究背景 用单通道的语音增强模型去除带噪语音中的噪声,其主流的方法有两种,分别在时域上处理和在时-频域上处理。...在第二种方法中,时-频掩膜(T-F Masking)被广泛使用,即预测一个乘性的时-频掩膜,与输入的时-频表征相乘,得到预测的时-频表征。STFT 谱是一个复数谱,包含相位强度两方面信息。...图1:双流结构 在设计强度流的过程中,我们发现图像处理中常用的小尺寸二维卷积操作无法处理语音信号中的谐波相关性。...不同于自然图像,语音信号在转化为时-频表征时的相关性不仅有邻域成分,而且有谐波成分,而这些谐波相关性是一种分布在频域上的全局相关性,例如:频率 f_0 倾向于 2f_0,1/2 f_0,3f_0,3/...实验结果 我们在最近 Google 提出的大数据集 AVSpeech + Audioset 被广泛使用的 Voice Bank + DEMAND 两个数据集上进行实验,总共用6种评价指标(SDR、PESQ

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全志XR806芯片 如何获取ap的rssi值?

1.问题背景 在网络设备上,很多开发者要把当前的网络质量反馈到用户上,以便用户了解当前网络环境,当网速慢或联网失败时做出及时的网络环境调整。 2.问题描述 如何获取目标ap的信号强度。...3.解决办法 (1)当连接到ap时获取当前ap的信号强度值,通过以下方式来获取rssidbm的值: ret = wlan_ext_request(g_wlan_netif, WLAN_EXT_CMD_GET_SIGNAL...\r\n", (signal.noise + (signal.rssi/2)), signal.noise); (2)获取附近ap的rssi值dbm值,可以通过扫描结果来获取,其中获取ap信息结构体wlan_sta_ap...wpa_key_mgmt; int wpa2_cipher; int wpa2_key_mgmt; } wlan_sta_ap_t; 注意:获取的信号强度信息时需要进行一次扫描动作才能刷新缓存结果...,所以获取信息之前需要调用wlan_ap_scan_once()函数扫描,并且等待扫描成功后,信号强度信息才会刷新。

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Deep Learning Enables Reduced Gadolinium Dose for Contrast-Enhanced Brain MRI

提出背景 钆(gá,gadolinium)是一种用于对比材料的重金属,可增强MRI上的图像,作为一种纵向弛豫造影剂(T1制剂),其作用主要使T1缩短,在T1加权图像上呈高信号。...因此,本文的目的就是提出一种基于深度学习的技术来降低钆剂量水平,同时保持全剂量对比度图像的质量对比度信息。...训练测试 训练测试是在配对归一化之后进行的,基于这样的假设:低剂量CE-MRI零剂量MRI的对比信号(剩余信号差异)是对齐且缩放的(scaled),但与全剂量CE-MRI零剂量MRI的对比信号相比...使用前10例(混合适应症)来训练模型,用零剂量低剂量图像来接近全剂量图像。...局限性 文中,作者也给出了几个失败的案例,主要原因有两个,①在大脑基底附近的动脉中,真实的全剂量图像和合成的全剂量图像有很大的不同,这种差异是由于动脉流入效应(inflow effect)产生的非线性信号强度变化造成的

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华为基站拆解曝光:PCB设计+高频走线

根据信号来源或类型的不同,假设在信号线分成3G ADC线或4G ADC线之前使用的是模拟设备AD8376可变增益放大器。...为了使信号的频率上升到广播载波频率,使用了2个模拟装置ADL5375-05上变频调制器。它们的范围从400mhz到6ghz。 然后信号通过5级陶瓷谐振器带通滤波器发送。...信号相位可以从晶体管EMC技术的设置佛罗里达RF实验室HPJ2F混合耦合器切换。...信号发送到功放前的前置放大器为飞思卡尔MMG3004NT1高线性放大器,可在400mhz ~ 2.2 GHz范围内放大17 dB。 为了控制信号强度,MCL 31R5数字步进衰减器位于输出连接器前。...所以美国真正要掐死华为的不是大家看到的手机业务,而是基站,同时拖慢华为研发下一代标准的速度。

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国家自然基金重点项目《影响ENSO强度不对称演变的机理研究》研究成果

南京信息工程大学李天明教授主持的国家自然科学基金重点项目《影响ENSO强度不对称演变的机理研究》(项目编号41630423),围绕当前气候状态未来气候变暖背景下,控制ENSO振幅、结构演变的物理机制这一主题...截至2015年8月,赤道东太平洋暖海温异常强度已接近过往超级厄尔尼诺事件,Bjerknes正反馈机制使得暖信号进一步放大,最终在2015年底时出现超级厄尔尼诺事件。...此外,使用简单的理论模型估算的纬向平均的纬向风应力的变化强迫海洋环流模式,从而知道未来的STC将会减弱。这种变化表明:在全球变暖背景下,ENSO变率可能会加强,这可能会产生深远的社会经济影响。...综上所述,将WHWP的影响与赤道太平洋以及印度洋偶极子(IOD)的热容量作为前兆信号相结合,使用简单的多元回归统计模型,就可以极大地增强并提高提前一年对厄尔尼诺的预报技巧。...在之前的90年里,ENSO强度AMO有显著的负相关关系。AMO负(正)位相时,ENSO强度偏强(弱)。海洋温跃层温度诊断结果表示,温跃层反馈项是AMO调制ENSO最重要的一项。

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