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R︱高效数据操作——data.table包(实战心得、dplyr对比、key灵活用法、数据合并)

data.table,还有一个比较特立独行函数: 使用:=引用来添加或更新一(参考:R语言data.table速查手册) DT[, c("V1","V2") := list(round(exp(V1..., -State) dplyr是arrange函数,而data.table是setorder函数,同时降序方式。...%>%功能是用于实现将一个函数输出传递给下一个函数第一个参数。注意这里,传递给下一个函数第一个参数,然后就不用写第一个参数了。在dplyr分组求和过程,还是挺有用。...返回匹配到键值所在(V2)所有行第一行 > DT["A", mult ="first"] V1 V2 V3 V4 1: 1 A -1.1727 1 2、nomatch参数——未匹配样本处理....SDcols常于.SD用在一起,他可以指定.SD中所包含,也就是对.SD取子集。

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Day07 生信马拉松-数据整理R

(x2,"T") #判断x2T开头字符串,输出逻辑向量 str_ends(x2,"e") #判断x2e结尾字符串,输出逻辑向量 1.5 字符串替换 x2 str_replace(x2,"o",..., new = Sepal.Length * Sepal.Width) #R修改必须要赋值,不赋值=没发生 test 2.4 连续步骤不同方法 2.4.1 多次赋值,产生多个中间变量 x1...) 筛选函数select() 筛选行函数filter() 2.4.2 多重嵌套,代码不易读 pheatmap::pheatmap(head(as.matrix(select(iris,-5)),50...名变为列名,将样本名转化为data.frame第一 ggplot2对行名并不友好,通常要使样本名转化为data.frame第一,防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来行名转变为第一...### ggplot2 分面相关设置(facet)详解 7.一些实操便捷函数 7.1 match() 函数 load("matchtest.Rdata") x y ## 把y列名正确替换为x里面的

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学习小组Day6-bubble

学习R包R包是多个函数集合,具有详细说明和示例。学生信,R语言必学原因是丰富图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 包使用是一通百通。...1.安装并加载R包1.1 镜像设置也和Linux一样,官方源因受到网速影响比较慢,添加国内镜像源会方便很多这里需要用到两行代码# options函数就是设置R运行过程一些选项设置options("repos...bashrc/环境文件一样R环境文件.Rprofile即可首先用file.edit()来编辑文件:file.edit('~/.Rprofile')然后在文件添加上述两行代码即可保存重新加载一下R(...具体讲解dplyr五个基础函数2.1 mutate(),新增列mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)2.2 select(),按筛选① 按号筛选...()函数则需要两个数据框有相同行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test2 <- data.frame(x = c(5,6

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R语言之数据框合并

有时数据集来自多个地方,我们需要将两个或多个数据集合并成一个数据集。合并数据框操作包括纵向合并、横向合并和按照某个共有变量合并。...1.纵向合并:rbind( ) 要纵向合并两个数据框,可以使用 rbind( )函数。被合并两个数据框必须拥有相同变量,这种合并通常用于数据框添加观测。...横向合并:cbind ( ) 要横向合并两个数据框,可以使用 cbind( ) 函数。用于合并两个数据框必须拥有相同行数,而且要以相同顺序排列。这种合并通常用于数据框添加变量。...包 full_join( ) 函数也能实现上述功能上面的命令等价于: options(warn=-1) # 清爽显示 library(dplyr) mydata <- full_join(data1...在对医学数据进行分析之前,通常情况下应先把数据集转换为长格式,因为 R 大多数函数都支持这种格式数据。

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R语言快速入门主线知识点分享|文末有资源

B C" # > paste0("A","B","C") # [1] "ABC" sample() # 抽样 ## 2、数据类型 vector # 向量(数值型、字符型、逻辑型) #单一向量必须拥有同一类型...order # 单列排序返回索引 rank # 单列排序返回“秩” arrage # 多排序 reorder # 用在绘图中 #去重 unique # 单向量/多完全重复去重 duplicated...# 函数 ############ 数据筛选(逻辑) 条件筛选、&、| 补充学习 《补充-R 语言 逻辑运算:TRUE_FALSE _ 专题3.pdf》 # 关于逻辑 可适当补充apply系列函数...1] TRUE # > any(F,F) # [1] FALSE options(digits=3) # 设置有效数字 NA # 缺失值 ##### dplyr下述五个函数用法 filter...50 5.1 # 3 virginica 5.55 50 6.9 ##### tidyr包 下述四个函数用法

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手把手教你用R语言读取CSV文件

read.table函数返回结果为data.frame。 read.table函数第一个参数为文件所在路径,可以是本地文件,也可以是网页上文件。本书主要是从网页读取文件。...stringAsFactors参数也可以用在data.frame。再次创建“Sport”。...readr包所有数据提取函数返回是tibble,该数据类型是data.frame扩展。最明显变化是打印元数据,比如行列数和每数据类型。...注意,数据读取为tbl_df对象,它是tbl扩展,也是data.frame扩展。tbl是data.frame特殊类型,它在dplyr定义。每数据类型显示在列名下面,这是个很好功能。...read_delim或者fread函数读取文件都非常快,具体使用哪个函数取决于dplyr或者data.table包哪个更适合数据处理。 关于作者:贾里德 P. 兰德(Jared P.

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数据清洗过程中常见排序和去重操作

单列排序返回索引 1.3 rank 单列排序返回“秩” 1.4 arrage 多排序 1.5、reorder 用在绘图中 2 去重 2.1 unique 单向量/多完全重复去重 2.2 duplicated...x每个元素秩 [1] 5.0 6.5 4.0 6.5 10.0 8.0 2.0 1.0 3.0 9.0 1.4 arrage 多排序 总结:arrange是dplyr排序函数...,可对数据框以形式进行因子排序 > library(dplyr) #加载dplyr > arrange(mtcars, cyl, disp) #对mtcars数据框按照cyl和disp升序排序...1.5.2 比如ggplot绘条形图使x轴按y轴数值大小排序 说明:reorder函数具有对排序变量因子化作用 > attach(mtcars) > str(reorder(gear,disp))...2 去重 2.1 unique 单向量/多完全重复去重 总结:unique,R默认是fromLast=FALSE,即若样本点重复出现,则取首次出现;否则去最后一次出现

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生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

undefined表格文件需要赋值,读取参数不同导致读取结果不同,不能在后续代码同等处理。Rdata可以保存多个变量,下次使用只需要一次load可以多个数据。...yes:逻辑值T时返回值no,逻辑值F时返回值ifelse函数和str_detect()函数连用,王炸炸炸!!!...(x,length)代码会返回一个向量2.10 两个数据框连接test1 <- data.frame(name = c('jimmy','nicker','Damon','Sophie'),...# 表达矩阵set.seed(10086)#使rnorm返回可重复需要加上代码。...表达矩阵:一行是一个基因在所有样品里表达,一是一个样本里所有基因表达。在表达矩阵,寻找在不同组有表达差异基因。

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生信星球学习小组Day6-R包学习 Jerry

今天是学习小组学习第6天,主要是学习了解R包 1. 安装和加载R包 R包是多个函数集合 a....镜像设置 (1)在Rstudio程序设置设置,可以用options()$repos来检验,但有时候还是不能成功,也不能下载Bioconductor包 (2)代码设置 # options函数就是设置R...(dplyr) test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),] #示例数据 2. dplyr五个基础函数 a. mutate(),新增列 mutate(test, new =...反连接:返回无法与y表匹配x表所记录anti_join anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') ## x y ## 1 a 1 ## 2 c 3 ##...简单合并 相当于base包里cbind()函数和rbind() bind_rows()要求两表列数相同,而bind_cols()函数要求两个数据框行数相同 test1 <- data.frame(x

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学习小组DAY6-Creep

今天学习内容是R包,R包是多个函数集合,本次主要是学习dplyr包。安装和加载R包设置镜像每次下载R包时,都需要重新配置镜像。...:102),]dplyr五个基础函数mutate(),新增列select(),按筛选filter()筛选行arrange(),按某1或某几列对整个表格进行排序summarise():汇总进行汇总时可以结合...group_by,实用性更强dplyr两个实用技能管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)管道操作可以直接省略中间步骤,导出最后结果count统计某unique值dplyr处理关系数据将...其实就是以左边那个表格作为连接依据找到对应值,如果没有就以NA表示全连full_join半连接:返回能够与y表匹配x表所有记录semi_join反连接:返回无法与y表匹配x表所记录anti_join...简单合并在相当于base包里cbind()函数和rbind()函数;注意,bind_rows()函数需要两个表格数相同,而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同行数以上就是本次学习内容了

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第6天生信学习笔记-微信公众号生信星球

R包是多个函数集合,R语言必学原因是丰富图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。...")library(dplyr)示例数据直接使用内置数据集iris简化版:test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]dplyr五个基础函数 1.mutate(),新增列mutate...y表匹配x表所有记录semi_joinsemi_join(x = test1, y = test2, by = 'x') 5.反连接:返回无法与y表匹配x表所记录anti_joinanti_join...(x = test2, y = test1, by = 'x') 6.简单合并在相当于base包里cbind()函数和rbind()函数;注意,bind_rows()函数需要两个表格数相同,而bind_cols...()函数则需要两个数据框有相同行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4), y = c(10,20,30,40))test1test2 <- data.frame(x =

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《高效R语言编程》6--高效数据木匠

tibble会打印每个变量类,data.frame不会 stringAsFactors默认不转换 输出时,只输出前10行 使用tidyr与正则表达式整理数据 整理数据包括数据清理和数据重构,前者是重定格式与标记脏数据...使用broom::tidy()广泛应用于模型数据,并以标准数据框格式返回模型输出。使用变量名非标准化求值更高效,见R语言 dplyr传递参数_自由 平等~忠诚 奉献-CSDN博客[2]。...summarize是一个多面手,用于返回自定义范围汇总统计值。...非标准计算 代码没有引号包裹原始名字,这种方式叫做非标准计算(NSE),高效交互使用函数,减少键盘输入,允许Rstudio自动完成。还是函数多个_。...数据库与dplyr 必须使用src_*()函数创建一个数据源。# 使用data.table()处理数据 是dplyr替代,两个哪个好存在争议,最好学一个一直坚持下去。

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